Mikrobiom je soubor všech mikroorganismů, které obývají dané prostředí, například lidské tělo. Tato mikroorganismy zahrnují bakterie, viry, archea a další mikroby. Mikrobiom je součástí každého živého organizmu a hraje důležitou roli ve zdraví a imunitním systému hostitele. V lidském těle se mikrobiom nachází v trávicím systému, kůži, ústech a dalších částech těla. Výzkum mikrobiomu je oblastí intenzivního výzkumu, jelikož se zjišťuje jeho vliv na lidské zdraví, potraviny a životní prostředí.