Vagnerova skupina je název pro archeologickou kulturu a kruh badatelů, který se zabývá studiem a výzkumem neolitického osídlení na území České republiky, zejména v období kolem 5. tisíciletí př. n. l. až 4. tisíciletí př. n. l. Jméno skupiny je odvozeno od jejího zakladatele, českého archeologa Josefa Vagnera.
Vagnerova skupina byla založena v roce 1946 a postupně se rozrostla o další badatele z několika českých univerzit, muzeí a archeologických institucí. Jejím hlavním cílem je propojování archeologických výzkumů na území České republiky a jejich koordinace, aby se dosáhlo komplexního a celistvého pohledu na pravěké osídlení této oblasti.
V rámci svého výzkumu Vagnerova skupina zkoumá osídlení, hroby, keramiku, šperky a další archeologické nálezy pocházející z období neolitu na území České republiky. Tito badatelé se snaží zjistit, jak se pravěcí lidé v této oblasti živili, jakými nástroji a technologiemi disponovali a jaké měly jejich společnosti sociální struktury.
V rámci svého výzkumu Vagnerova skupina spolupracuje s dalšími mezinárodními archeologickými týmy a publikuje vědecké články a monografie o svých výzkumech. Její výsledky přispívají nejen k poznání pravěku na území České republiky, ale také k celkovému pochopení evropského neolitu.