Rostlinolékařství

Rostlinolékařství též ochrana rostlin nebo fytopatologie je vědní disciplína, která se zabývá působením a životními pochody u různých živých organismů, především však rostlin, za účelem ochrany a podpory rozvoje rostlin, pro zemědělské účely. Je vědním oborem který patří mezi zemědělské obory. Rostlinolékařství se zabývá prevencí poškození, péčí o správný vývoj rostlin i léčbou chorob a poškození. Mezi důvody studia působení vlivů prostředí a jiných organismů na rostliny je zhoršená nebo zlepšená vitalita rostlin a vyplývající ekonomické efekty.

Řešení ochrany rostlin se v zásadním pojetí může zcela lišit u směrů, které preferují ochranu rostlin na základě ideologie a mystiky nebo na základě poznatků vědy, praxe a ekonomických vlivů.

Podle podstaty činitele interagujícího s rostlinou popisujeme poruchy, poškození a poranění jako rozdílné skupiny. Rostlina proti vlivům prostředí působí pasivními metodami ale na napadení patogenními organismy reaguje i aktivně, často na úrovni transkripce genů. +more Na vnější podnět tak hostitel odpovídá spektrem různých, často se překrývajících mechanismů. Mechanismy ochrany rostlin nejsou všechny plně prozkoumány, nejsou plně identifikovány ani všechny patogenní organismy a jejich vzájemné spolupůsobení při napadení hostitele.

Organizace

Častou cestou přenosu a rozvoje vážných infekcí v celých oblastech planety je u hospodářských rostlin zahraniční obchod. Toto riziko mají snižovat organizace jako je EPPO. +moreV ČR je orgánem, který se problematice věnuje Ministerstvo zemědělství České republiky, konkrétně Oddělení fytopatologie (ÚKZÚZ). ÚKZÚZ podává informace k rostlinolékařství na svých webových stránkách i prostřednictvím portálu eagri. cz.

Legislativa

Fytosanitárními riziky a fytosanitárními opatřeními se zabývá Vyhláška č. 326/2004 Sb. +more o rostlinolékařské péči , Vyhláška č. 331/2004 Sb. , Vyhláška č. 378/2010 Sb. , Vyhláška č. 83/1997 Sb. , Vyhláška č. 5/2020 Sb. o ochranných opatřeních proti škodlivým organismům rostlin, Vyhláška č. 6/2020 Sb. , o ošetřování nebo označování dřevěného obalového materiálu, dřeva nebo jiných předmětů, Zákon č. 219/2003 Sb. o oběhu osiva, Zákon č. 369/2019 Sb. , kterým se mění Zákon č. 326/2004 Sb. , o rostlinolékařské péči a o změně některých souvisejících zákonů, Vyhláška č. 332/2004 Sb. , o opatřeních k zabezpečení ochrany proti zavlékání a šíření původce rakoviny bramboru, háďátka bramborového, Vyhláška č. 331/2004 Sb. , o opatřeních k zabezpečení ochrany proti zavlékání a šíření původce bakteriální kroužkovitosti bramboru, Zákon č. 326/2004 Sb. , o rostlinolékařské péči a o změně některých souvisejících zákonů. Tyto ustanovení specifikují obecná nařízení daná legislativou EU.

Legislativa v rámci nařízení na ochranu rostlin pro definování pojmů označujících skupiny organismů vychází z ekonomických rizik vyplývajících z dopadů šíření daných organismů a souvisejících ekonomických dopadů. Z nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) 2016/2031 ze dne 26. +more října 2016 o ochranných opatřeních proti škodlivým organismům rostlin, o změně nařízení Evropského parlamentu a Rady (EU) č. 228/2013, (EU) č. 652/2014 a (EU) č. 1143/2014 a o zrušení směrnic Rady 69/464/EHS, 74/647/EHS, 93/85/EHS, 98/57/ES, 2000/29/ES, 2006/91/ES a 2007/33/ES, v platném znění, (dále jen „nařízení (EU) 2016/2031“) proto například vyplývá, že škodlivý organismus, který není karanténním škodlivým organismem pro Unii, by se měl nazývat „regulovaným nekaranténním škodlivým organismem pro Unii“ v případě, že se tento škodlivý organismus přenáší zejména prostřednictvím určitých rostlin k pěstování, jeho výskyt na těchto rostlinách k pěstování má nepřijatelný hospodářský dopad, pokud jde o zamýšlené použití těchto rostlin, a je uveden na seznamu regulovaných nekaranténních škodlivých organismů pro Unii.

Taxonomie fytosanitárních rizik

karanténní škodlivý organismus (KŠO) např. ESCA, Drosophila suzukii * regulovaný nekaranténní škodlivý organismus (RNŠO) * chráněná zóna

Podobory rostlinolékařství

Podřazenými obory rostlinolékařství jsou diagnostika chorob a škůdců rostlin , symptomatika, patometrie, etiologie patogenů, etologie, epidemiologie rostlin, geofytopatologie, herbologie, principy výživy rostlin, zemědělská entomologie, ochrana zahradních plodin, fytofarmacie, aplikační technika a mnoho dalších.

Sledované vlivy

Abiotikózy

Také byly dříve nazývány fyziologické choroby nebo fyzilogické choroby. Abiotikózy se dále člení na abiotické poruchy a poškození. +more Mezi abiotické poruchy patří například nutriční poruchy nebo poškození vlivy počasí. Vlivy teploty, sucha, světla i vlivy počasí mohou spolupůsobit, pro taková abiotická poškození a poruchy je používán název koabiotikóza.

Přírodní vlivy

světlo * vlhkost * teplota * půdní vlivy ** nedostatek živin ** pH půdy ** půdní poměry * vlivy počasí ** sníh ** kroupy ** vítr ** blesk

Antropogenní vlivy

emise a znečištění půdy, znečištění vody * výživa, nesprávné použití pesticidů, technologické chyby * poranění rostlin technikou a při transportu * poranění rostlin vandaly Terminologie porucha, poranění, poškození, choroba se mohou podle autora a jeho příslušnosti k větvi oboru mírně rozrůzňovat.

Biotikózy

Mezi patogenní organismy způsobující biotikózy jsou řazeny * viroidy například Apple scar skin viroid (ASSVd), Pear blister canker viroid (PBCVd) * viry například virus tabákové mozaiky, Apple mosaic virus (ApMV) * bakterie - například Pseudomońas syringae * fytoplazmy například gumovitost jabloně (Apple rubbery wood agent) * houby například Taphrina deformans * hmyz například mšice

Plevele a parazitické rostliny

Fytopatologie se zabývá parazitickými rostlinami jako je jmelí i plevelnými rostlinami, které mohou být buď hostitelskými rostlinami patogenů nebo odebírají z půdy nebo přímo rostliny živiny (záraza).

Diagnostické metody patogenů ve fytopatologii

Diagnostické metody

* hodnocení symptomů * hodnocení pomocí biologických indikátorů * mikroskopie * serologické metody - detekce virových proteinů * detekce a kvantifikace nukleových kyselin

Hodnocení symptomů

Je založeno na odborné znalosti a víceleté praktické zkušenosti, mnohdy specifické. Na projevy patogenů má vliv i lokalita, hostitel a vyskytují se odlišné kmeny a patovary vyvolávající odlišné projevy nebo naopak a choroby se v různých stádiích projevují odlišně. +more Odborník obvykle vyhodnocuje škálu symptomů a na základě znalostí, souvislostí a logiky odhaduje další vývoj situace, podle něhož doporučuje metodu zásahu. Odhadu mohou výrazně pomoci sledování klimatických modelů a upozornění ÚKZÚS.

Využití biologických indikátorů

U biologických indikátorů se poškození a poruchy projeví výrazněji a specifičtěji účinky chemické látky používané při kolonizaci rostlin patogeny (viz výše). Jejich reakce na tyto látky má geneticky danou podstatu. +more V případě ovocných druhů se například vyšetřovaný vzorek podezřelý na bakteriózu může roubovat na citlivější odrůdy blízkých druhů a sledují se očekávané typické projevy.

Mikroskopické metody ve fytopatologii

Optická mikroskopie, fluorescenční mikroskopie * Laserová konfokální mikroskopie (CLSM) * Rastrovací elektronová mikroskopie (SEM) * Mikroskopie atomárních sil (AFM)

Serologické metody - detekce virových proteinů

Serologické metody využívají specifické reakce mezi antigenem a protilátkou ELISA (Enzyme-linked Immunosorbent Assay). Nepřímé formy AqF ELISA, TAS ELISA. +more Přímé DAS ELISA, ELISA, metody srážení, reakce specifických látek. Principy serologických metod detekující přítomnost protilátek (název metody):.

* precipitace * aglutinace * komplement fixační reakce * enzymové reakce - ELISA Komponenty # pevná fáze, která váže antigeny/protilátky. Dříve využívána celulóza, agaróza, polyakrylamid. +more V současnosti zkumavky, destičky, polyvinyl, PP, polykarbonát, sklo, silikon, atp. # antigen (testovaný homogenizpvaný vzorek, květy, poupata, listy, dřevní hmota. ) Homogenizace vzorku v extrakčním pufru, ve třecí misce za použití tekutého dusíku, ručně nebo homogenizérem # protilátka (izolovaný IgG) polyklonální i monoklonální # protilátka s konjugovaným IgG enzymem + substrát.

Při reakci protilátky s konjugovaným enzymem je nejvyužívanější alkalická fosfatáza, štěpí se bezbarvý p-nitrofenylfosfát na fosfát a žlutý nitrofenolát. Je používána i peroxidáza, substrát peroxidu vodíku, která v přítomnosti chromogen 1,2- diaminobenzenu tvoří žluto-oranžové zbarvení nebo β-D-galaktosidáza, kde je o-nitrofenyl-β-D-galaktopyranosid přeměňován na měřitelný žlutý nitrofenolát.

Diagnostika patogenů pomocí detekce a kvantifikace nukleových kyselin

Detekuje se RNA virů a bakterií, DNA bakterií, hub, fytoplazem. Používá se více metod i podle cíle získání potřebné informace.

Komponenty PCR reakce

DNA templát obsahující cílovou sekvenci.       *  Taq DNA polymeráza - enzym, který od konce syntetizuje nové řetězce DNA komplementární k cílové sekvenci templátové DNA a příslušný pufr, který zajišťuje optimální prostředí pro funkci dané polymerázy. +more * primery - krátké úseky jednořetězcové DNA, komplementární k cílové sekvenci * nukleotidy (dNTPs nebo deoxynukleotidtrifosfáty) - jednotlivé dusíkaté báze - A, T, G, C.

LAMP

LAMP - (Loop-mediated  Isothermal Amplification) amplifikuje cílové oblasti DNA. Izotermická metoda k níž není tedy třeba termocykler, ale pouze termoblok. +more Amplifikuje se větší množství DNA než u běžné PCR.

Odkazy

Reference

Literatura

Externí odkazy

Kategorie:Zemědělství