Bioconductor

Bioconductor je bioinformatický software vyvinutý pro analýzu velkoobjemových genomických dat. Jedná se o nástavbu využívající programovací jazyk R, která je, stejně jako R, open-source s možností vytvoření vlastních uživatelsky specifických balíčků (packages), kterých bylo (k únoru 2018) dostupných celkem 1473. Každý rok vychází dvě nové verze Bioconductoru, na kterých spolupracuje široká uživatelská komunita.

Využití

K nejčastějšímu využití softwaru Bioconductor patří analýza genové exprese (microarray), manipulace s DNA a RNA sekvenčními daty (např. anotace, variant calling), vyhodnocování dat z průtokové cytometrie, dále se využívá i v epigenetice (metylace, vazba transkripčních faktorů) nebo proteomice s důrazem na možnosti zpracování velkého množství dat získaného např. +more sekvenováním nové generace nebo již zmíněnou průtokovou cytometrií.

Dokumentace a workflow

Kromě dokumentace s popisem funkcí jednotlivých balíčků existuje ke každému z nich také soubor s příklady k vyzkoušení. Dokumentace i testovací soubor jsou umístěné ve složce „doc“ daného balíčku. +more K nejčastěji využívaným analýzám byla vytvořena specifická workflow - metodický postup provádějící uživatele analýzou dat od jejich importování až po finální výsledky s využitím vhodných balíčků Bioconductoru. Některé postupy jsou dokonce zveřejněné ve formě videí na portálu YouTube. Další manuály a možnosti využití softwaru Bioconductor jsou zveřejněny např. na stránkách Kalifornské univerzity nebo laboratoře EMBL. V případě problémů je možné také využít stránky poskytující uživatelskou podporu projektu.

Balíčky

Většina komponent softwaru Bioconductor sestává z bioinformatických balíčků pro programovací jazyk R uchovávaných na vlastním repozitáři. Balíčky se specializují na práci s velkým množstvím biologických dat, typicky genomických nebo microarray dat. +more Oproti R má Bioconductor vlastní metodu pro stahování balíčků - používají se příkazy:.

source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite(c("název balíčku"))

místo příkazu využívaného v programu R:

install.packages("název balíčku")

Související články

R (programovací jazyk) * Sekvenování DNA * DNA čip * Bioinformatika

Reference

Kategorie:Bioinformatika