Cesko.wiki Flow Cytometry Standard
Author
Albert FloresFlow Cytometry Standard (FCS) je normou, podle které jsou běžně zapisována a čtena data získaná metodou průtokové cytometrie, a nejrozšířenějším datovým formátem pro ukládání a sdílení těchto dat. Spravuje ji společnost ISAC (International Society for Advancement of Cytometry). Standard FCS byl jako první svého typu navržen a vyvinut v roce 1984. V současnosti je formát souboru FCS podporován veškerým komerčně dostupným cytometrickým softwarem.
Struktura souboru
Datový soubor FCS se dělí na segmenty, a to minimálně tři. * V segmentu HEADER (záhlaví) je specifikována verze FCS (např. +more „FCS3. 1”) a umístění a rozsah ostatních segmentů v rámci souboru. * Segment TEXT popisuje některé aspekty dat v souboru pomocí klíčových slov (keywords). Např. ve tvrzení je klíčovým slovem $TOT a stanovuje celkový počet naměřených událostí. Těch je podle tvrzení 5000. Pro klíčová slova neexistují výchozí hodnoty. Mezi další tvrzení patří například údaje o době měření, jméno autora dat nebo vymezení dalšího segmentu TEXT vnořeného do datového segmentu. Mohou sem ovšem patřit i parametry gejtů (gate: strategicky zvolené vymezení podmnožiny událostí). * Segment DATA obsahuje samotné naměřené hodnoty. V souboru FCS jsou uspořádány jednotlivé fluorescenční kanály, popřípadě kanály pro přímý a boční rozptyl, ve sloupcích. Řádky pak odpovídají jednotlivým událostem (events). * Nepovinný segment ANALYSIS může obsahovat výsledky zpracování dat. Ve většině případů je analýza prováděna off-line, tj. po akvizici dat. Proto nacházíme segment ANALYSIS jen zřídka v originálu datového souboru, zato běžně v jeho kopii po zpracování dat jako následném úkonu. Schéma dat z průtokové cytometrie dle formátu FCS. Zde pracuje přístroj se 3 kanály pro rozptyl a 13 fluorescenčními kanály. Vidět jsou zde pouze data z měření prvních 30 buněk. (anglicky).
Historie
V roce 1984 navrhli americký bioinformatik Robert F. Murphy a imunolog Thomas M. +more Chused jednotný formát pro výstupy z cytometrických experimentů. Jako pohnutku uvedli rostoucí složitost generovaných dat a častější potřebu přenosnosti těchto dat mezi různými typy přístrojů. Jako sjednocený přístup byl tudíž navržen binární soubor s konkrétními náležitostmi. V roce 1990 uvedl kolektiv autorů ze Society for Analytical Cytology (předchůdce ISAC) verzi FSC 2. Verze 2. 0 umožnila mj. Ukládání několika setů dat do jednoho souboru. V roce 1997 byla uvedena verze 3. 0, ve které byla odstraněna horní hranice kapacity 100 MB na jeden soubor. Současnou verzí, uvedenou roku 2010, je FCS 3. 1. , která mimo jiné rozšířila repertoár použitelných znaků v textovém segmentu souboru.
