Cesko.wiki Phytools
Author
Albert FloresZákladní informace
Soubor programů phytools v programovacím jazyku R je určen pro výpočty různých fylogenetických analýz. Práce s fylogenetickými daty v prostředí R se rozmohla po vytvoření souboru programů Ape (Analysis of Phylogenetics and Evolution) R package. +more Na jehož bázi také soubor programů phytools funguje, stejně tak jako další balíčky - phangorn a geiger. Samotný soubor programů phytools byl vyvinut až v roce 2012 a nabízí širší funkční využití než výše zmíněné. Balíček může běžný i pokročilý uživatel spustit v programu R i v dalších grafických rozhraních (R Studio, RKWard, R commander). Před prvním užitím se samozřejmě uživatel může uchýlit k vyvolání příkazu -helpphytools, kde uživatel dostane přehled příkazů, které balíček phytools umí. Stejně tak se může uživatel obrátit do podprobného manuálu, kde najde zhubra 172 příkazů/funkcí.
Funkce
Statistické funkce
Díky více než sto funkcím a příkazů lze vykonat s fylogenetickými daty a stromy mnoho analýz a také grafických úprav. Z celé řady lze jmenovat výpočet ancestrální strategie (pomocí příkazu anc. +moretrend). Díky metodám založeným na metodě maximum likelihood ze studovat změny ve znacích, které probíhaly během evoluce (příkazy - brownie. lite, evol. vcv, fitDiversityModel a phylosig). Také umí analyzovat tzv. “rate shift” neboli úrovně přeskoků/změn ve znacích na fylogenetickém stromě (evol. rate. mcmc). Pro testování statistických hypotéz ve fylogenetickém kontextu má též několik funkcí (příkazy - phyl. cca, phyl. pairedttest, phyl. pca a phyl. resid). V neposlední řadě také s tímto balíčkem mohou být vypočítány fylogenetické stromy pomocí přístupů parsimony supertree estimation (příkaz - mrp. supertree) a least-squares phylogeny inference (příkaz - optim. phylo. ls), také dokáže vypočítat matice pro další výpočty fylogenetických stromů v jiných programech.
Grafické funkce
Balíček nabízí mnohé grafické úpravy fylogenetických stromů, většinu typů lze najít v článku o grafických metodách a blogu vývojáře, kde má více než tisíc článků. ) Nicméně k základním možnostem, které balíček nabízí, patří zabarvování větví se společným předkem, 2D prostorové mapování znaku a času, může být mapováno i v 3D prostoru za spoluužití s balíčkem rgl. +more Lze projektovat a propojovat větve z fylogenetického stromu s mapou a geografickým prostorem (příkaz - geo. legend).
Závěr
V současnosti se nachází všechny podrobné informace na stránce balíčku na doméně GitHub a na svém webu autor pravidelně přidává pravidelně spoustu rad a návodů k výpočtu různých fylofenetických analýz a grafických zpracování fylogenetických stromů. Balíček se mezi evolučními biology a fylogenetiky těší oblibě, doposud byl původní článek z roku 2012 citován podle GoogleScholar 2783× a po zadání hesla “phytools” v Google scholar dostaneme přes 3600 výsledků (k 31. +more8. 2019).