ChemSpider

ChemSpider je chemická databáze spravovaná Královskou společností chemie.

Databáze

Databáze obsahuje více než 100 milionů molekul společně s jejich vlastnostmi z více než 270 zdrojů, mezi které patří například FDA, Web of Science, NIH, EPA a jiné.

Každá chemická látka má jedinečný identifikátor, který tvoří součást URL záznamu. Například kofein má ID rovno 2424, a má tedy URL: http://www. +morechemspider. com/Chemical-Structure. 2424. html.

Přispívání do databáze

Uživatelé mohou do databáze vkládat například chemické struktury, ale i jiná data, jako jsou spektra, vlastnosti látek nebo prodejci. Rovněž jsou uživatele vedeni k přidávání nebo doplňování referencí. +more Jedná se tedy o crowdsourcingové pojetí vývoje chemické databáze. Tento přístup dal za vznik rozsáhlému slovníku zahrnující chemické názvy a chemické struktury. To lze využít například pro text-mining v biomedicínské a chemické literatuře.

I přes otevřený přístup databáze se tvůrci nezříkávají práv. Přímý výpis dat není k dispozici, v často kladených otázkách je dokonce uvedeno, že je povoleno pouze omezené stahování. +more Projekt tedy není ryze open-sourcový.

Vyhledávání

Pro hledání v databázi jsou k dispozici dva základní přístupy:

* Základní vyhledávání umožňuje dotazování na systematické, triviální a alternativní (např. obchodní) názvy chemikální, společně s registračními čísly látek. +more * Pokročilé vyhledávání zpřístupňuje interaktivní hledání podle chemické struktury, substruktury, vzorce, molární hmotnosti, dodavatelů atd. Vyhledávání lze dodatečně použít k rozšíření nebo omezení již nalezených běžných výsledků.

Značkování chemických dokumentů

Databáze ChemSpider se využívá v kombinaci s dolováním textu jako základ pro mark-upování chemických dokumentů. Systém ChemMantis algoritmicky identifikuje chemické názvy z webových dokumentů a stránek, a převádí názvy látek na chemické struktury pomocí slovníkového vyhledávání v této databázi. +more Výsledkem je potom systém zajišťující vazbu mezi chemickými dokumenty a vyhledáváním informací ve zdrojích zahrnutých v ChemSpideru.

Historie

ChemSpider byl poprvé spuštěn v beta verzi v březnu 2007 pod vlastnictvím soukromé organizace ChemZoo Incorporated. O rok později byl nasazen oficiálně. +more V květnu roku 2009 ChemSpider odkoupila Královská chemická společnost .

Odkazy

Reference

Související články

ZINC * PubChem * DrugBank * ChEBI * ChEMBL * Software pro molekulární modelování

Externí odkazy

Kategorie:Biologické databáze Kategorie:Chemické názvy a kódy‎