Array ( [0] => 15272354 [id] => 15272354 [1] => cswiki [site] => cswiki [2] => Phytools [uri] => Phytools [3] => [img] => [4] => [day_avg] => [5] => [day_diff] => [6] => [day_last] => [7] => [day_prev_last] => [8] => [oai] => [9] => [is_good] => [10] => [object_type] => [11] => 0 [has_content] => 0 [12] => [oai_cs_optimisticky] => ) Array ( [0] => {{Infobox - software [1] => | jméno = phytools [2] => | vývojář = Liam J. Revell [3] => | první vydání = 2012 [4] => | programovací jazyk = R [5] => | typ softwaru = balíček statistického programu R [6] => | aktuální verze = 0.7-03 [7] => | datum aktuální verze = 21.8. 2019 [8] => | licence = GPL [9] => | web = http://github.com/liamrevell/phytools, http://blog.phytools.org [10] => }} [11] => [12] => '''Phytools''' (rozříšený název zní phytools: An [[R (programovací jazyk)|R]] package for phylogenetic comparative biology (and other things)) je soubor programů pro fylogenetické analýzy ve statistickém programovacím jazyku [[R (programovací jazyk)|R]]. [13] => [14] => == Základní informace == [15] => Soubor programů phytools v programovacím jazyku [[R (programovací jazyk)|R]] je určen pro výpočty různých [[Fylogeneze|fylogenetických]] analýz. Práce s fylogenetickými daty v prostředí [[R (programovací jazyk)|R]] se rozmohla po vytvoření souboru programů [[Ape (balíček programu R)|Ape]] (Analysis of Phylogenetics and Evolution) [[R (programovací jazyk)|R]] package.{{Citace periodika [16] => | titul = APE: Analyses of Phylogenetics and Evolution in R language [17] => | url = https://academic.oup.com/bioinformatics/article/20/2/289/204981 [18] => | periodikum = Bioinformatics [19] => | datum vydání = 2004-01-22 [20] => | datum přístupu = 2019-09-04 [21] => | issn = 1367-4803 [22] => | strany = 289–290 [23] => | ročník = 20 [24] => | číslo = 2 [25] => | doi = 10.1093/bioinformatics/btg412 [26] => | jazyk = en [27] => | jméno = Korbinian [28] => | příjmení = Strimmer [29] => | jméno2 = Julien [30] => | příjmení2 = Claude [31] => | jméno3 = Emmanuel [32] => | příjmení3 = Paradis [33] => }} Na jehož bázi také soubor programů phytools funguje, stejně tak jako další balíčky – phangorn a geiger. Samotný soubor programů phytools byl vyvinut až v roce 2012 a nabízí širší funkční využití než výše zmíněné. Balíček může běžný i pokročilý uživatel spustit v programu [[R (programovací jazyk)|R]] i v dalších grafických rozhraních ([[RStudio|R Studio]], [[RKWard]], R commander). Před prvním užitím se samozřejmě uživatel může uchýlit k vyvolání příkazu —helpphytools, kde uživatel dostane přehled příkazů, které balíček phytools umí. Stejně tak se může uživatel obrátit do podprobného manuálu, kde najde zhubra 172 příkazů/funkcí.{{Citace elektronické monografie [34] => | příjmení = [35] => | jméno = [36] => | titul = Package ‘phytools’ [37] => | url = https://cran.r-project.org/web/packages/phytools/phytools.pdf [38] => | vydavatel = [39] => | místo = [40] => | datum vydání = [41] => | datum přístupu = 4.9. 2019 [42] => }} [43] => [44] => == Funkce == [45] => [46] => === Statistické funkce === [47] => Díky více než sto funkcím a příkazů lze vykonat s fylogenetickými daty a stromy mnoho analýz a také grafických úprav. Z celé řady lze jmenovat výpočet ancestrální strategie (pomocí příkazu anc.trend). Díky metodám založeným na metodě maximum likelihood ze studovat změny ve znacích, které probíhaly během [[evoluce]] (příkazy – brownie.lite, evol.vcv, fitDiversityModel a phylosig). Také umí analyzovat tzv. “rate shift” neboli úrovně přeskoků/změn ve znacích na [[Fylogenetický strom|fylogenetickém stromě]] (evol.rate.mcmc). Pro testování statistických hypotéz ve fylogenetickém kontextu má též několik funkcí (příkazy – phyl.cca, phyl.pairedttest, phyl.pca a phyl.resid). V neposlední řadě také s tímto balíčkem mohou být vypočítány [[Fylogenetický strom|fylogenetické stromy]] pomocí přístupů parsimony supertree estimation (příkaz – mrp.supertree) a least-squares phylogeny inference (příkaz – optim.phylo.ls), také dokáže vypočítat matice pro další výpočty [[Fylogenetický strom|fylogenetických stromů]] v jiných [[Počítačový program|programech]].{{Citace periodika [48] => | titul = phytools: an R package for phylogenetic comparative biology (and other things) [49] => | url = https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/j.2041-210X.2011.00169.x [50] => | periodikum = Methods in Ecology and Evolution [51] => | datum vydání = 2012 [52] => | datum přístupu = 2019-09-04 [53] => | issn = 2041-210X [54] => | strany = 217–223 [55] => | ročník = 3 [56] => | číslo = 2 [57] => | doi = 10.1111/j.2041-210X.2011.00169.x [58] => | jazyk = en [59] => | jméno = Liam J. [60] => | příjmení = Revell [61] => }} {{Wayback|url=https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/j.2041-210X.2011.00169.x |date=20200616093603 }} [62] => [63] => === Grafické funkce === [64] => Balíček nabízí mnohé grafické úpravy [[Fylogenetický strom|fylogenetických stromů]], většinu typů lze najít v článku o grafických metodách{{Citace monografie [65] => | titul = Graphical Methods for Visualizing Comparative Data on Phylogenies [66] => | url = http://dx.doi.org/10.1007/978-3-662-43550-2_4 [67] => | vydavatel = Springer Berlin Heidelberg [68] => | místo = Berlin, Heidelberg [69] => | isbn = 9783662435496 [70] => | isbn2 = 9783662435502 [71] => | strany = 77–103 [72] => | jméno = Liam J. [73] => | příjmení = Revell [74] => }} a blogu vývojáře, kde má více než tisíc článků.{{Citace elektronické monografie [75] => | titul = Phylogenetic Tools for Comparative Biology [76] => | url = http://blog.phytools.org/ [77] => | datum přístupu = 2019-09-04 [78] => }}) Nicméně k základním možnostem, které balíček nabízí, patří zabarvování větví se společným předkem, 2D prostorové mapování znaku a času, může být mapováno i v 3D prostoru za spoluužití s balíčkem rgl. Lze projektovat a propojovat větve z fylogenetického stromu s mapou a geografickým prostorem (příkaz – geo.legend). [79] => [80] => == Závěr == [81] => V současnosti se nachází všechny podrobné informace na stránce balíčku na doméně [[GitHub]]{{Citace elektronického periodika [82] => | titul = Contribute to liamrevell/phytools development by creating an account on GitHub [83] => | url = https://github.com/liamrevell/phytools [84] => | datum vydání = 2019-08-27 [85] => | datum přístupu = 2019-09-04 [86] => | poznámka = original-date: 2015-08-18T19:42:41Z [87] => }} a na svém webu autor pravidelně přidává pravidelně spoustu rad a návodů k výpočtu různých fylofenetických analýz a grafických zpracování [[Fylogenetický strom|fylogenetických stromů]]. Balíček se mezi evolučními biology a fylogenetiky těší oblibě, doposud byl původní článek z roku 2012 citován podle [[Google Scholar|GoogleScholar]] 2783× a po zadání hesla “phytools” v [[Google Scholar|Google scholar]] dostaneme přes 3600 výsledků (k 31.8. 2019). [88] => [89] => == Reference == [90] => [91] => [92] => [[Kategorie:Bioinformatika]] [] => )
good wiki

Phytools

Phytools (rozříšený název zní phytools: An R package for phylogenetic comparative biology (and other things)) je soubor programů pro fylogenetické analýzy ve statistickém programovacím jazyku R.

More about us

About

Expert Team

Vivamus eget neque lacus. Pellentesque egauris ex.

Award winning agency

Lorem ipsum, dolor sit amet consectetur elitorceat .

10 Year Exp.

Pellen tesque eget, mauris lorem iupsum neque lacus.

You might be interested in

,'R (programovací jazyk)','Fylogenetický strom','Google Scholar','Fylogeneze','Ape (balíček programu R)','RStudio','RKWard','evoluce','Počítačový program','GitHub','Kategorie:Bioinformatika'

Evoluce

Evoluce je biologický proces, který se zabývá změnami druhů a organismů v průběhu času.

Fylogeneze

GitHub

Kategorie:Bioinformatika

RKWard

RKWard je otevřený softwarový projekt, který poskytuje grafické uživatelské rozhraní pro statistické programování v prostředí R.

RStudio