Array ( [0] => 15633977 [id] => 15633977 [1] => cswiki [site] => cswiki [2] => SARS-CoV-2 [uri] => SARS-CoV-2 [3] => Novel Coronavirus SARS-CoV-2.jpg [img] => Novel Coronavirus SARS-CoV-2.jpg [4] => [day_avg] => [5] => [day_diff] => [6] => [day_last] => [7] => [day_prev_last] => [8] => [oai] => [9] => [is_good] => [10] => [object_type] => [11] => 1 [has_content] => 1 [12] => **SARS-CoV-2** SARS-CoV-2 je koronavirus, který byl identifikován na konci roku 2019. Tento virus se stal známým jako příčina onemocnění COVID-19, jež ovlivnilo životy lidí na celém světě. Přestože se jedná o výzvu, kterou je třeba čelit, vyvolal tento virus také řadu pozitivních reakcí a inovací. Vědci a výzkumníci z celého světa se rychle spojili, aby lépe pochopili virus a vyvinuli účinné vakcíny. Tento nevídaný mezinárodní úsilí vedlo k vývoji vakcín za rekordně krátkou dobu, což ukázalo na schopnost lidské spolupráce a výzkumu. Díky tomu se miliony lidí v mnoha zemích mohly ochránit před těžkým průběhem onemocnění. Pandemie také přinesla důležité změny v našem každodenním životě. Společnost se naučila více ocenit a investovat do veřejného zdraví, což posílilo zdravotnické systémy a připravilo nás na budoucí výzvy. Lidé projevili solidaritu a vzájemnou pomoc, což posílilo komunitní vazby. SARS-CoV-2, ačkoliv přinesl mnoho obtíží, se stal také katalyzátorem pro růst v oblasti telemedicíny, vzdělávání na dálku a digitální komunikace. Naučili jsme se přizpůsobit a inovovat, což ukazuje na naši odolnost a schopnost překonávat překážky. I když je důležité brát pandemii vážně a dodržovat zdravotní doporučení, je rovněž důležité se zaměřit na pozitivní aspekty, které z této výzvy plynou. Lidský duch, solidarita a vědecký pokrok nám ukazují, že i v těžkých časech existuje naděje na lepší zítřky. [oai_cs_optimisticky] => **SARS-CoV-2** SARS-CoV-2 je koronavirus, který byl identifikován na konci roku 2019. Tento virus se stal známým jako příčina onemocnění COVID-19, jež ovlivnilo životy lidí na celém světě. Přestože se jedná o výzvu, kterou je třeba čelit, vyvolal tento virus také řadu pozitivních reakcí a inovací. Vědci a výzkumníci z celého světa se rychle spojili, aby lépe pochopili virus a vyvinuli účinné vakcíny. Tento nevídaný mezinárodní úsilí vedlo k vývoji vakcín za rekordně krátkou dobu, což ukázalo na schopnost lidské spolupráce a výzkumu. Díky tomu se miliony lidí v mnoha zemích mohly ochránit před těžkým průběhem onemocnění. Pandemie také přinesla důležité změny v našem každodenním životě. Společnost se naučila více ocenit a investovat do veřejného zdraví, což posílilo zdravotnické systémy a připravilo nás na budoucí výzvy. Lidé projevili solidaritu a vzájemnou pomoc, což posílilo komunitní vazby. SARS-CoV-2, ačkoliv přinesl mnoho obtíží, se stal také katalyzátorem pro růst v oblasti telemedicíny, vzdělávání na dálku a digitální komunikace. Naučili jsme se přizpůsobit a inovovat, což ukazuje na naši odolnost a schopnost překonávat překážky. I když je důležité brát pandemii vážně a dodržovat zdravotní doporučení, je rovněž důležité se zaměřit na pozitivní aspekty, které z této výzvy plynou. Lidský duch, solidarita a vědecký pokrok nám ukazují, že i v těžkých časech existuje naděje na lepší zítřky. ) Array ( [0] => {{Možná hledáte|jiný=[[Covid-19]], [[pandemie covidu-19]], nebo [[pandemie covidu-19 v Česku]]}} [1] => {{Taxobox [2] => | jméno = [[Koronavirus]] ''SARS-CoV-2'' [3] => | obrázek = 2019-nCoV-CDC-23312 without background.png [4] => | velikost obrázku = 250px [5] => | popisek = [[Morfologie (biologie)|Morfologie]] [[Virový obal|virového obalu]] [[virion]]u koronaviru ''SARS-CoV-2''. Kvůli [[glykoproteiny|glykoproteinovým]] výběžkům (peplomerům) na vnějším povrchu má v elektronovém mikroskopu podobu [[koróna|koróny]] (z [[latina|lat.]] ''corona''), typickou pro [[Koronavirus|koronaviry]], které jsou podle toho také pojmenovány. [6] => | obrázek2 = Novel Coronavirus SARS-CoV-2.jpg [7] => | velikost obrázku2 = 250px [8] => | popisek2 = [[Nepravé barvy]] SARS-CoV-2 v [[Transmisní elektronový mikroskop|transmisním elektronovém mikroskopu]] [9] => | Baltimorova klasifikace virů = IV [10] => | realm = ''[[RNA viry|Riboviria]]'' [11] => | říše = ''[[Orthornavirae]]'' [12] => | kmen = ''[[Pisuviricota]]'' [13] => | třída = ''[[Pisoniviricetes]]'' [14] => | řád = ''[[Nidovirales]]'' [15] => | podřád = ''Cornidovirineae'' [16] => | čeleď = ''[[Coronaviridae]]'' [17] => | podčeleď = ''[[Koronavirus|Orthocoronavirinae]]'' [18] => | rod = ''Betacoronavirus'' [19] => | podrod = ''Sarbecovirus'' [20] => | druh = ''Severe acute respiratory syndrome-related
coronavirus'' [21] => | druhotné dělení = [[ráz (taxonomie)|ráz]] / vnitrodruhový [[klad]] [22] => | podřazené taxony = '''''SARS-CoV-2''''' [23] => }} [24] => '''''SARS-CoV-2''''' je [[Taxonomie (biologie)|taxonomický]] [[Ráz (taxonomie)|ráz]] či vnitrodruhový [[klad]] virového [[druh]]u s mezinárodním taxonomickým názvem '''''Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus'''''.{{#tag:ref|Jedná se o taxonomické jméno, stanovené [[Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů|Mezinárodním výborem pro klasifikaci virů]] (konkrétně jeho Coronavirus Study Group).{{Citace elektronického periodika [25] => | příjmení = Gorbalenya [26] => | jméno = Alexander E. [27] => | příjmení2 = Baker [28] => | jméno2 = Susan C. [29] => | příjmení3 = Baric [30] => | jméno3 = Ralph S. [31] => | spoluautoři = ''et al''. (Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses) [32] => | titul = The species ''Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus'': classifying ''2019-nCoV'' and naming it ''SARS-CoV-2'' [33] => | periodikum = Nature Microbiology [34] => | vydavatel = Springer Nature Limited [35] => | rok vydání = 2020 [36] => | měsíc vydání = březen [37] => | den vydání = 2 [38] => | ročník = [39] => | typ ročníku = svazek [40] => | číslo = [41] => | strany = [42] => | poznámka = online před tiskem [43] => | url = https://www.nature.com/articles/s41564-020-0695-z#article-info [44] => | issn = 2058-5276 [45] => | doi = 10.1038/s41564-020-0695-z [46] => | jazyk = anglicky [47] => }} [[Světová zdravotnická organizace]] toto pojmenování plně respektuje, sama však pro komunikaci s veřejností používá označení „virus odpovědný za covid-19“ či „virus nemoci covid-19“.{{Citace elektronického periodika [48] => | příjmení = Enserink [49] => | jméno = Martin [50] => | titul = Update: ‘A bit chaotic.’ Christening of new coronavirus and its disease name create confusion [51] => | periodikum = Science [52] => | odkaz na periodikum = Science [53] => | vydavatel = American Association for the Advancement of Science [54] => | rok vydání = 2020 [55] => | měsíc vydání = únor [56] => | den vydání = 12 [57] => | ročník = [58] => | typ ročníku = svazek [59] => | číslo = [60] => | strany = [61] => | url = https://www.sciencemag.org/news/2020/02/bit-chaotic-christening-new-coronavirus-and-its-disease-name-create-confusion [62] => | issn = 1095-9203 [63] => | doi = 10.1126/science.abb2806 [64] => | jazyk = anglicky [65] => }}|group="pozn."}} Jedná se o [[RNA viry|RNA]] [[koronavirus]],{{Citace elektronického periodika [66] => | titul = Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV) [67] => | periodikum = www.who.int [68] => | url = https://www.who.int/publications-detail/surveillance-case-definitions-for-human-infection-with-novel-coronavirus-(ncov) [69] => | jazyk = en [70] => | datum přístupu = 2020-01-23 [71] => }}{{Citace elektronického periodika [72] => | titul = Novel Coronavirus 2019, Wuhan, China {{!}} CDC [73] => | periodikum = www.cdc.gov [74] => | url = https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/index.html [75] => | datum vydání = 2020-01-23 [76] => | jazyk = en-us [77] => | datum přístupu = 2020-01-23 [78] => }} který způsobuje onemocnění [[covid-19]],{{Citace elektronické monografie [79] => | titul = Novel Coronavirus situation report 22 [80] => | url = https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200211-sitrep-22-ncov.pdf [81] => | vydavatel = WHO [82] => | datum_vydání = 2020-02-11 [83] => | datum_přístupu = 2020-02-11 [84] => }} jež bylo poprvé pozorováno na konci roku [[2019]] v [[Čína|čínském]] městě [[Wu-chan]].{{Citace elektronického periodika [85] => | titul = Nový koronavirus (2019-nCoV), zpráva o situaci č. 1, WHO, SZÚ [86] => | periodikum = www.szu.cz [87] => | url = http://www.szu.cz/tema/prevence/novy-koronavirus-2019-ncov-zprava-o-situaci-c-1-who [88] => | datum přístupu = 2020-01-23 [89] => }} Nyní je osmým známým [[Koronavirus#Lidské koronaviry a jejich taxonomické zařazení|lidským koronavirem]].{{Citace elektronického periodika [90] => | příjmení1 = Machado [91] => | jméno1 = Denis Jacob [92] => | příjmení2 = Scott [93] => | jméno2 = Rachel [94] => | příjmení3 = Guirales [95] => | jméno3 = Sayal [96] => | příjmení4 = Janies [97] => | jméno4 = Daniel A. [98] => | titul = Fundamental evolution of all ''Orthocoronavirinae'' including three deadly lineages descendent from Chiroptera-hosted coronaviruses: SARS-CoV, MERS-CoV and SARS-CoV-2 [99] => | periodikum = Cladistics [100] => | vydavatel = John Wiley & Sons, Inc. [101] => | datum_vydání = 2021-04-26 [102] => | url = https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/cla.12454 [103] => | issn = 1096-0031 [104] => | datum_přístupu = 2021-05-11 [105] => | jazyk = anglicky [106] => | doi = 10.1111/cla.12454 [107] => | poznámky = online před zahrnutím do čísla [108] => }} [[Sekvenování|Sekvenční analýza]] odhalila, že patří do stejného druhu jako ''[[SARS|SARS-CoV]]'', tedy virus způsobující nemoc [[SARS]].{{Citace elektronického periodika [109] => | titul = Informace k případům pneumonie spojené s novým koronavirem, Wu-chan, Čína [110] => | periodikum = www.hygpraha.cz [111] => | url = http://www.hygpraha.cz/dokumenty/informace-k-pripadum-pneumonie-pravdepodobne-spojene-s-novym-koronavirem--wu-chan--cina-4508_4508_161_1.html [112] => | datum přístupu = 2020-01-23 [113] => | url archivu = https://web.archive.org/web/20200215180817/http://www.hygpraha.cz/dokumenty/informace-k-pripadum-pneumonie-pravdepodobne-spojene-s-novym-koronavirem--wu-chan--cina-4508_4508_161_1.html [114] => | datum archivace = 2020-02-15 [115] => | nedostupné = ano [116] => }} Od SARS-CoV se nový virus liší v sekvenci některých virových proteinů, které potlačují antivirovou imunitu a aktivují [[inflamazóm]].{{Citace elektronického periodika [117] => | příjmení1 = Yuen [118] => | jméno1 = Kit-San [119] => | příjmení2 = Ye [120] => | jméno2 = Zi -Wei [121] => | příjmení3 = Fung [122] => | jméno3 = Sin-Yee [123] => | příjmení4 = Chan [124] => | jméno4 = Chi-Ping [125] => | příjmení5 = Jin [126] => | jméno5 = Dong-Yan [127] => | titul = SARS-CoV-2 and COVID-19: The most important research questions [128] => | periodikum = Cell & Bioscience [129] => | ročník = 10 [130] => | číslo = 1 [131] => | datum_vydání = 2020-12 [132] => | strany = 40 [133] => | url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7074995/pdf/13578_2020_Article_404.pdf [134] => | datum_přístupu = 2020-10-30 [135] => | jazyk = anglicky [136] => | doi = 10.1186/s13578-020-00404-4 [137] => | pmid = 32190290 [138] => }} [139] => [140] => Nákaza covidem-19 se začátkem roku 2020 masově rozšířila na všechny obydlené kontinenty a 11. března 2020 byla [[Světová zdravotnická organizace|Světovou zdravotnickou organizací]] označena za [[Pandemie|pandemii]]. Onemocnění se objevilo v 220 zemích světa, včetně [[Česko|České republiky]].{{Citace elektronického periodika [141] => | titul = Coronavirus Data [142] => | periodikum = worldometers.com [143] => | url = https://www.worldometers.info/coronavirus/countries-where-coronavirus-has-spread/ [144] => | datum vydání = 2021-04-27 [145] => | url archivu = [146] => | datum přístupu = 2021-04-27 [147] => }} Do {{Data pandemie covidu-19/Svět aktuálně|datum}} bylo v {{Data pandemie covidu-19/Svět aktuálně|počet zemí}} zemích celkem potvrzeno {{Data pandemie covidu-19/Svět aktuálně|nakažení}} případů, z toho {{Data pandemie covidu-19/Svět aktuálně|úmrtí}} úmrtí, připisovaných covidu-19. Ke stejnému dni bylo podáno {{Data pandemie covidu-19/Svět aktuálně|očkovaní}} dávek vakcíny. [148] => [149] => == Epidemiologie == [150] => [[Soubor:Naturalis Biodiversity Center - RMNH.MAM.33160.b dor - Rhinolophus sinicus - skin.jpeg|náhled|Vzorky odebrané z Rhinolophus sinicus, druhu [[Netopýři|netopýrů]], vykazují 80% podobnost s SARS-CoV-2]] [151] => [[Soubor:3D medical animation corona virus.jpg|náhled|3D animace koronaviru]] [152] => {{Podrobně|Pandemie covidu-19}} [153] => Dne 31. prosince 2019 městská zdravotnická komise ve Wu-chanu oznámila, že ve městě se vyskytlo množství pacientů s [[Symptom|příznaky]] [[Zápal plic|pneumonie]] neznámého [[Etiologie|původu]].{{Citace elektronického periodika [154] => | titul = WHO {{!}} Pneumonia of unknown cause – China [155] => | periodikum = WHO [156] => | url = http://www.who.int/csr/don/05-january-2020-pneumonia-of-unkown-cause-china/en/ [157] => | datum přístupu = 2020-01-23 [158] => }} Část pacientů byli prodejci a obchodníci na místním [[Tržiště|trhu]] s živými zvířaty a mořskými produkty z jižní Číny, kde syrové maso určené ke konzumaci přicházelo do styku s živými zvířaty. Jako jeden z možných mezihostitelů nebo zdroj komplementárního viru byli zvažováni [[luskouni]],{{Citace elektronického periodika [159] => | titul = Missing link in coronavirus jump from bats to humans could be pangolins, not snakes [160] => | periodikum = medicalxpress.com [161] => | datum_vydání = 2020-03-26 [162] => | url = https://medicalxpress.com/news/2020-03-link-coronavirus-humans-pangolins-snakes.html [163] => | datum_přístupu = 2020-10-30 [164] => | jazyk = anglicky [165] => }} ale pozdější zkoumání tuto teorii jednoznačně vyvrátilo.{{Cite journal|url=https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/jmv.25731|title=Evolutionary history, potential intermediate animal host, and cross‐species analyses of SARS‐CoV‐2|first1=Xingguang|last1=Li|first2=Junjie|last2=Zai|first3=Qiang|last3=Zhao|first4=Qing|last4=Nie|first5=Yi|last5=Li|first6=Brian T.|last6=Foley|first7=Antoine|last7=Chaillon|date=21. 6. 2020|journal=Journal of Medical Virology|volume=92|issue=6|pages=602–611|accessdate=21. 5. 2022|via=DOI.org (Crossref)|doi=10.1002/jmv.25731|pmid=32104911|pmc=PMC7228310}} [166] => [167] => Po provedení krevních testů a výtěrů z krku u 15 pacientů bylo oznámeno, že se jedná o nový typ [[koronavirus|koronaviru]], což o dva dny později potvrdila [[Světová zdravotnická organizace]].{{Citace elektronického periodika [168] => | titul = Novel Coronavirus 2019 [169] => | periodikum = www.who.int [170] => | url = https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019 [171] => | jazyk = en [172] => | datum přístupu = 2020-01-23 [173] => }}{{Citace elektronického periodika [174] => | titul = RKI - Neuartiges Coronavirus - Informationen des RKI zu Pneumonien durch ein neuartiges Coronavirus (2019-nCoV) in Wuhan, China [175] => | periodikum = www.rki.de [176] => | url = https://www.rki.de/DE/Content/Infekt/Ausbrueche/respiratorisch/Pneumonien-China.html [177] => | datum přístupu = 2020-01-23 [178] => | url archivu = https://web.archive.org/web/20200111163217/https://www.rki.de/DE/Content/Infekt/Ausbrueche/respiratorisch/Pneumonien-China.html [179] => | datum archivace = 2020-01-11 [180] => }}{{Citace elektronického periodika [181] => | titul = WHO Statement Regarding Cluster of Pneumonia Cases in Wuhan, China [182] => | periodikum = www.who.int [183] => | url = https://www.who.int/china/news/detail/09-01-2020-who-statement-regarding-cluster-of-pneumonia-cases-in-wuhan-china [184] => | jazyk = en [185] => | datum přístupu = 2020-01-23 [186] => }} Poté, co onemocnělo několik členů [[Lékař|zdravotnického personálu]], který se podílel na péči o nakažené, vyšlo najevo, že virus je přenosný z [[člověk]]a na člověka.{{Citace elektronického periodika [187] => | titul = Nový typ koronaviru je přenosný z člověka na člověka. České ministerstvo nabádá turisty k opatrnosti [188] => | periodikum = iROZHLAS [189] => | odkaz na periodikum = iROZHLAS [190] => | vydavatel = Český rozhlas [191] => | url = https://www.irozhlas.cz/zpravy-svet/koronavirus-cina-priznaky-nemoc-onemocneni-cesko-2020-sars-mers_2001211617_ako [192] => | jazyk = cs [193] => | datum přístupu = 2020-01-23 [194] => }}{{Citace elektronického periodika [195] => | titul = News / Wuhan Coronavirus [196] => | periodikum = Imperial College London [197] => | url = http://www.imperial.ac.uk/medicine/departments/school-public-health/infectious-disease-epidemiology/mrc-global-infectious-disease-analysis/news--wuhan-coronavirus/ [198] => | jazyk = en-GB [199] => | datum přístupu = 2020-01-23 [200] => }} Byl také zveřejněn [[genom]] [[Virus|viru]], který je nyní dostupný skrze Evropský globální katalog pro archivaci virů a genový archiv NCBI.{{Citace elektronického periodika [201] => | titul = Epidemie akutního respiračního syndromu vyvolaná novým koronavirem, Wu-chan, Čína; ECDC - RRA, 1. aktualizace, SZÚ [202] => | periodikum = www.szu.cz [203] => | url = http://www.szu.cz/tema/prevence/epidemie-akutniho-respiracniho-syndromu-vyvolana-novym?source=rss [204] => | datum přístupu = 2020-01-23 [205] => }} [206] => [207] => Z Wu-chanu se virem způsobená choroba, nazvaná [[covid-19]], šířila nejprve po dalších čínských městech.{{Citace elektronického periodika [208] => | titul = China coronavirus: Hong Kong scraps major Lunar New Year events [209] => | periodikum = South China Morning Post [210] => | url = https://www.scmp.com/news/hong-kong/health-environment/article/3047310/china-coronavirus-hong-kong-widens-criteria [211] => | datum vydání = 2020-01-23 [212] => | jazyk = en [213] => | datum přístupu = 2020-01-23 [214] => }} První případ nákazy mimo území [[Čína|Číny]] byl zaznamenán v [[Thajsko|Thajsku]].{{Citace elektronického periodika [215] => | titul = Záhadný čínský virus má další oběť. Vědci jsou bezradní [216] => | periodikum = Seznam Zprávy [217] => | odkaz na periodikum = Seznam Zprávy [218] => | vydavatel = Seznam.cz [219] => | odkaz na vydavatele = Seznam.cz [220] => | vydavatel = Seznam [221] => | jméno = Daniela [222] => | příjmení = Kučerová [223] => | url = https://www.seznamzpravy.cz/clanek/zahadny-cinsky-virus-se-rozsiril-za-hranice-stale-se-o-nem-moc-nevi-86560 [224] => | datum přístupu = 2020-01-23 [225] => }}{{Citace periodika [226] => | titul = First case of new virus reported outside China [227] => | periodikum = BBC News [228] => | odkaz na periodikum = BBC News [229] => | datum vydání = 2020-01-14 [230] => | jazyk = en-GB [231] => | url = https://www.bbc.com/news/world-asia-china-51108726 [232] => | datum přístupu = 2020-01-23 [233] => }} Nakažené později ohlásily mimo jiné [[Japonsko]],{{Citace elektronického periodika [234] => | příjmení = Jan 16 [235] => | jméno = Lisa Schnirring {{!}} News Editor [236] => | příjmení2 = 2020 [237] => | titul = Japan has 1st novel coronavirus case; China reports another death [238] => | periodikum = CIDRAP [239] => | url = http://www.cidrap.umn.edu/news-perspective/2020/01/japan-has-1st-novel-coronavirus-case-china-reports-another-death [240] => | jazyk = en [241] => | datum přístupu = 2020-01-23 [242] => }} [[Tchaj-wan]],{{Citace elektronického periodika [243] => | příjmení = [244] => | jméno = [245] => | titul = Taiwan timely identifies first imported case of 2019 novel coronavirus infection returning from Wuhan [246] => | periodikum = Tisková zpráva [247] => | vydavatel = Tchajwanské centrum pro zdravotní kontrolu [248] => | url = https://www.cdc.gov.tw/En/Bulletin/Detail/pVg_jRVvtHhp94C6GShRkQ?typeid=158 [249] => | datum vydání = [250] => | url archivu = [251] => | datum přístupu = 2020-01-23 [252] => }} [[Spojené státy americké|USA]]{{Citace elektronického periodika [253] => | příjmení = CDC [254] => | titul = 2019 Novel Coronavirus (2019-nCoV) [255] => | periodikum = Centers for Disease Control and Prevention [256] => | url = https://www.cdc.gov/media/releases/2020/p0121-novel-coronavirus-travel-case.html [257] => | datum vydání = 2020-01-21 [258] => | jazyk = en-us [259] => | datum přístupu = 2020-01-23 [260] => }} či [[Singapur]].{{Citace elektronického periodika [261] => | titul = Singapore: First case of 2019-nCoV confirmed January 23 /update 2 [262] => | periodikum = GardaWorld [263] => | url = https://www.garda.com/crisis24/news-alerts/307966/singapore-first-case-of-2019-ncov-confirmed-january-23-update-2 [264] => | jazyk = en [265] => | datum přístupu = 2020-01-23 [266] => }} Počet nakažených rychle narůstá. V lednu 2020 se covid-19 rozšířil i do zbývajících obydlených kontinentů včetně [[Evropa|Evropy]]. V Česku byla nákaza potvrzena dne 1. března 2020.{{Citace elektronického periodika [267] => | příjmení = Režňáková [268] => | jméno = Lada [269] => | příjmení 2 = Vlčková [270] => | jméno 2 = Tereza [271] => | titul = V Česku jsou tři lidé s potvrzenou nákazou koronavirem, oznámil Vojtěch [272] => | url = https://www.idnes.cz/zpravy/domaci/ministr-adam-vojtech-koronavirus-tiskova-konference-ministerstvo-zdravotnictvi.A200301_150713_domaci_lre [273] => | periodikum = iDNES.cz [274] => | odkaz na periodikum = iDNES.cz [275] => | vydavatel = MAFRA [276] => | datum vydání = 2020-03-01 [277] => | datum přístupu = 2020-03-01 [278] => }} [279] => [280] => Dne 30. ledna 2020 byl [[Světová zdravotnická organizace|Světovou zdravotnickou organizací]] vyhlášen [[Ohrožení veřejného zdraví mezinárodního významu|globální stav zdravotní nouze]]. Dne 11. března 2020 bylo rozšíření covidu-19 [[Světová zdravotnická organizace|Světovou zdravotnickou organizací]] označeno za [[Pandemie|pandemii]]. [281] => [282] => === Původ viru === [283] => Podle oficiální čínské verze byla zdrojem pandemie [[tržnice Chua-nan]] prodávající živá zvířata ve Wu-chanu, ale i po déle než 17 měsících od počátku pandemie není původ viru dostatečně vysvětlen a únik z laboratoře zůstává pravděpodobnou variantou,{{Cite web|url=https://science.sciencemag.org/content/372/6543/694.1|title=Jesse D. Bloom et al., Investigate the origins of COVID-19, Open letter to Science, 14.5.2021|accessdate=21. 5. 2022}} která by se měla prošetřit.{{Citace elektronického periodika [284] => | příjmení2 = Decroly [285] => | jméno2 = Etienne [286] => | titul = Why the COVID-19 lab leak theory must be formally investigated [287] => | periodikum = medicalxpress.com [288] => | url = https://medicalxpress.com/news/2021-06-covid-lab-leak-theory-formally.html [289] => | datum_vydání = 2021-06-02 [290] => | jazyk = anglicky [291] => | datum_přístupu = 2022-08-15 [292] => | příjmení1 = Courtier [293] => | jméno1 = Virginie [294] => }} Trh se zvířaty mohl být pouze sekundárním ohniskem, kam nákazu zanesli infikovaní lidé. Čína i v říjnu 2022 brání vyšetřování původu viru a nezávislí výzkumníci nedostali možnost prohlédnout laboratorní zápisníky, databáze, záznamy elektronické pošty a vzorky.{{Citace elektronického periodika [295] => | příjmení = Lázňovský [296] => | jméno = Matouš [297] => | titul = TechMIX: Odvážná zpráva o vzniku covidu je založena na chybě v překladu [298] => | periodikum = SeznamZprávy [299] => | vydavatel = Seznam.cz [300] => | url = https://www.seznamzpravy.cz/clanek/tech-techmix-odvazna-zprava-o-vzniku-covidu-je-zalozena-na-chybe-v-prekladu-218858 [301] => | datum vydání = 2022-11-10 [302] => | datum přístupu = 2022-11-13 [303] => }} [304] => [305] => Porovnáním publikovaných sekvencí SARS-CoV-2 z počátku pandemie s frekvencí mutací viru byl odvozen společný předek těchto variant, který se začal exponenciálně šířit už v listopadu 2019. Fylogeneze viru rovněž jednoznačně vyloučila luskouny jako mezihostitele.{{Cite web|url=https://academic.oup.com/ve/article/6/1/veaa034/5827470|title=No evidence for distinct types in the evolution of SARS-CoV-2|website=academic.oup.com|accessdate=21. 5. 2022|date=14.5.2020}} Na konci října 2022 byla veřejně uvolněna studie, která na základě [[Analýza dat|statistické analýzy]] naznačuje umělý původ viru, avšak neprošla ještě [[Peer review|recenzním řízením]].{{Citace elektronického periodika [306] => | příjmení = Karlík [307] => | jméno = Tomáš [308] => | titul = Covid má laboratorní původ, naznačuje nový výzkum. Studie, která to má dokazovat, je ale sporná [309] => | periodikum = ČT24 [310] => | url = https://ct24.ceskatelevize.cz/veda/3538028-covid-ma-laboratorni-puvod-naznacuje-novy-vyzkum-studie-ktera-ma-dokazovat-je-ale [311] => | datum vydání = 2022-10-21 [312] => | jazyk = [313] => | datum přístupu = 2022-10-23 [314] => }} Podobně silné argumenty hájí přírodní původ viru. Dne 31. října 2022 byla agenturou [[Bloomberg L.P.|Bloomberg]] zveřejněna zpráva [[Senát Spojených států amerických|Senátu USA]], podle které na základě posledních výzkumů již nelze hypotézu o přirozeném zoonotickém původu považovat za správnou, a proto byla pandemie viru covid-19 s největší pravděpodobností výsledkem incidentu souvisejícího s výzkumem.{{Citace elektronického periodika [315] => | příjmení = [316] => | titul = Incident související s výzkumem. Zpráva Senátu USA ukazuje na původ covidu [317] => | periodikum = echo24.cz [318] => | url = https://echo24.cz/a/ShJXA/zpravy-zahranici-puvod-koronaviru-wu-chan-cina-analyza [319] => | datum vydání = 2022-11-01 [320] => | jazyk = [321] => | datum přístupu = 2022-11-01 [322] => }}{{Citace elektronického periodika [323] => | titul = China Dismisses ‘Fabricated’ Virus Leak Theory Revived by Report [324] => | periodikum = Bloomberg [325] => | url = https://www.bloomberg.com/news/articles/2022-10-31/china-dismisses-fabricated-virus-leak-theory-revived-by-report [326] => | datum vydání = 2022-10-31 [327] => | datum přístupu = 2022-11-01 [328] => }} K podobnému závěru došli i čeští vědci [[Zdeněk Hostomský]] a [[Roman Prymula]].[https://www.novinky.cz/clanek/domaci-koronavirus-unikl-z-laboratore-nedbalym-cinanum-domnivaji-se-hostomsky-s-prymulou-40420065 Jan Menšík, Koronavirus zřejmě opravdu unikl z laboratoře, tvrdí Hostomský s Prymulou, Novinky.cz, 15.1.2023] [329] => [330] => Na druhou stranu, dvě vzájemně se doplňující veřejně dostupné studie publikované r. 2022 v prestižním vědeckém časopise [[Science]] naznačují na základě [[Fylogenetika|fylogenetických]] studií virových genomů a na základě podrobné statistické analýzy geografických dat, že právě tržnice Chua-nan byla nejspíše skutečně primárním epicentrem nákazy a zároveň i místem, kde došlo ke dvojímu přenosu viru ze zvířat na člověka: nejprve podle všeho došlo k nákaze významnou linií B během listopadu 2019 a o několik týdnů později i linií A; zvířata vnímavá k viru SARS-CoV-2, která mohla být přímým zdrojem nákazy, se na tržnici prodávala. Tyto studie zpochybňují hypotézu o laboratorním původu viru, ačkoli je již přesný sled událostí možné jen obtížně (pokud vůbec) rekonstruovat.{{Citace periodika [331] => | příjmení = Pekar [332] => | jméno = Jonathan E. [333] => | příjmení2 = Magee [334] => | jméno2 = Andrew [335] => | příjmení3 = Parker [336] => | jméno3 = Edyth [337] => | titul = The molecular epidemiology of multiple zoonotic origins of SARS-CoV-2 [338] => | periodikum = Science [339] => | datum vydání = 2022-08-26 [340] => | ročník = 377 [341] => | číslo = 6609 [342] => | strany = 960–966 [343] => | issn = 0036-8075 [344] => | pmid = 35881005 [345] => | doi = 10.1126/science.abp8337 [346] => | jazyk = en [347] => | url = https://www.science.org/doi/10.1126/science.abp8337 [348] => | datum přístupu = 2024-01-09 [349] => }}{{Citace periodika [350] => | příjmení = Worobey [351] => | jméno = Michael [352] => | příjmení2 = Levy [353] => | jméno2 = Joshua I. [354] => | příjmení3 = Malpica Serrano [355] => | jméno3 = Lorena [356] => | titul = The Huanan Seafood Wholesale Market in Wuhan was the early epicenter of the COVID-19 pandemic [357] => | periodikum = Science [358] => | datum vydání = 2022-08-26 [359] => | ročník = 377 [360] => | číslo = 6609 [361] => | strany = 951–959 [362] => | issn = 0036-8075 [363] => | pmid = 35881010 [364] => | doi = 10.1126/science.abp8715 [365] => | jazyk = en [366] => | url = https://www.science.org/doi/10.1126/science.abp8715 [367] => | datum přístupu = 2024-01-09 [368] => }} Podobné závěry podporující spíše přirozený původ viru a naopak zpochybňující některé argumenty ve prospěch jeho laboratorního původu (např. údajně umělé modifikace genu pro spike protein) byly publikovány i v dalších významných odborných časopisech věnovaných přírodním vědám.{{Citace periodika [369] => | příjmení = Garry [370] => | jméno = Robert F. [371] => | titul = The evidence remains clear: SARS-CoV-2 emerged via the wildlife trade [372] => | periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences [373] => | datum vydání = 2022-11-22 [374] => | ročník = 119 [375] => | číslo = 47 [376] => | issn = 0027-8424 [377] => | pmid = 36355862 [378] => | doi = 10.1073/pnas.2214427119 [379] => | jazyk = en [380] => | url = https://pnas.org/doi/10.1073/pnas.2214427119 [381] => | datum přístupu = 2024-01-09 [382] => }}{{Citace periodika [383] => | příjmení = Garry [384] => | jméno = Robert F. [385] => | titul = SARS-CoV-2 furin cleavage site was not engineered [386] => | periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences [387] => | datum vydání = 2022-10-04 [388] => | ročník = 119 [389] => | číslo = 40 [390] => | issn = 0027-8424 [391] => | pmid = 36173950 [392] => | doi = 10.1073/pnas.2211107119 [393] => | jazyk = en [394] => | url = https://pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.2211107119 [395] => | datum přístupu = 2024-01-09 [396] => }}{{Citace periodika [397] => | příjmení = Alwine [398] => | jméno = James C. [399] => | příjmení2 = Casadevall [400] => | jméno2 = Arturo [401] => | příjmení3 = Enquist [402] => | jméno3 = Lynn W. [403] => | titul = A Critical Analysis of the Evidence for the SARS-CoV-2 Origin Hypotheses [404] => | periodikum = Journal of Virology [405] => | datum vydání = 2023-04-27 [406] => | ročník = 97 [407] => | číslo = 4 [408] => | issn = 0022-538X [409] => | pmid = 36897089 [410] => | doi = 10.1128/jvi.00365-23 [411] => | jazyk = en [412] => | url = https://journals.asm.org/doi/10.1128/jvi.00365-23 [413] => | datum přístupu = 2024-01-09 [414] => }} [415] => [416] => Největší koncentrace viru SARS-CoV-2 na tržnici Chua-nan byla zaznamenána u jednoho z konkrétních stánků, který prodával nedomestikovaná zvířata. Ve vzorcích pozitivních na výskyt viru z tohoto stánku byly nalezeny také stopy DNA několika zvířat, přičemž z těchto zvířat byl u [[Oviječ maskovaný|oviječe maskovaného]], [[Psík mývalovitý|psíka mývalovitého]], [[Hlodoun|hlodounů]] z čeledi [[Slepcovití|slepcovitých]] a [[dikobraz krátkoocasý|dikobraze krátkoocasého]] v minulosti zaznamenán přenos koronavirů z netopýrů. K přenosu na člověka pravděpodobně došlo na tržnici Chua-nan z některého z těchto druhů v průběhu listopadu 2019.{{Citace monografie [417] => | příjmení = Crits-Christoph [418] => | jméno = Alexander [419] => | příjmení2 = Levy [420] => | jméno2 = Joshua I. [421] => | příjmení3 = Pekar [422] => | jméno3 = Jonathan E. [423] => | titul = Genetic tracing of market wildlife and viruses at the epicenter of the COVID-19 pandemic [424] => | url = http://biorxiv.org/lookup/doi/10.1101/2023.09.13.557637 [425] => | doi = 10.1101/2023.09.13.557637 [426] => | poznámka = DOI: 10.1101/2023.09.13.557637 [427] => | jazyk = en [428] => }}{{Citace periodika [429] => | příjmení = Pekar [430] => | jméno = Jonathan E. [431] => | příjmení2 = Magee [432] => | jméno2 = Andrew [433] => | příjmení3 = Parker [434] => | jméno3 = Edyth [435] => | titul = The molecular epidemiology of multiple zoonotic origins of SARS-CoV-2 [436] => | periodikum = Science [437] => | datum vydání = 2022-08-26 [438] => | ročník = 377 [439] => | číslo = 6609 [440] => | strany = 960–966 [441] => | issn = 0036-8075 [442] => | doi = 10.1126/science.abp8337 [443] => | jazyk = en [444] => | url = https://www.science.org/doi/10.1126/science.abp8337 [445] => | datum přístupu = 2024-01-10 [446] => }}{{Citace elektronického periodika [447] => | příjmení = Mueller [448] => | jméno = Benjamin [449] => | titul = New Data Links Pandemic’s Origins to Raccoon Dogs at Wuhan Market [450] => | periodikum = The New York Times [451] => | url = https://www.nytimes.com/2023/03/16/science/covid-wuhan-market-raccoon-dogs-lab-leak.html [452] => | datum vydání = 2023-03-16 [453] => | datum přístupu = 2024-01-10 [454] => }} [455] => [456] => === Obecná epidemiologická rizika === [457] => Vědci již dříve varovali, že trhy, na nichž se prodávají zvířata odchycená v přírodě, jmenovitě netopýři, jsou potenciálním zdrojem infekce.{{Citace elektronické monografie | jméno = Rowan | příjmení = Scarborough | titul = China knew for years bats caused disease, yet left wild animal markets open | url = https://www.washingtontimes.com/news/2020/mar/18/china-knew-years-bats-caused-disease-yet-left-wild/ | vydavatel = The Washington Times | datum vydání = 2020-03-18 | datum přístupu = 2020-03-26 | jazyk = en}} Čínští vědci, kteří po pět let zkoumali netopýry v provincii Yunnan, sekvenovali 11 nově objevených kmenů netopýřích SARSr-CoV, z nichž některé se díky mutaci v S-proteinu byly schopné vázat na ACE2 receptor lidských buněk.{{Citace elektronického periodika [458] => | příjmení1 = Hu [459] => | jméno1 = Ben [460] => | příjmení2 = Zeng [461] => | jméno2 = Lei-Ping [462] => | příjmení3 = Yang [463] => | jméno3 = Xing-Lou [464] => | příjmení4 = Ge [465] => | jméno4 = Xing-Yi [466] => | příjmení5 = Zhang [467] => | jméno5 = Wei [468] => | příjmení6 = Li [469] => | jméno6 = Bei [470] => | příjmení7 = Xie [471] => | jméno7 = Jia-Zheng [472] => | příjmení8 = Shen [473] => | jméno8 = Xu-Rui [474] => | příjmení9 = Zhang [475] => | jméno9 = Yun-Zhi [476] => | příjmení10 = Wang [477] => | jméno10 = Ning [478] => | příjmení11 = Luo [479] => | jméno11 = Dong-Sheng [480] => | příjmení12 = Zheng [481] => | jméno12 = Xiao-Shuang [482] => | příjmení13 = Wang [483] => | jméno13 = Mei-Niang [484] => | příjmení14 = Daszak [485] => | jméno14 = Peter [486] => | příjmení15 = Wang [487] => | jméno15 = Lin-Fa [488] => | příjmení16 = Cui [489] => | jméno16 = Jie [490] => | příjmení17 = Shi [491] => | jméno17 = Zheng-Li [492] => | titul = Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus [493] => | periodikum = PLOS Pathogens [494] => | ročník = 13 [495] => | číslo = 11 [496] => | datum_vydání = 2017-11-30 [497] => | datum_přístupu = 2020-10-30 [498] => | jazyk = anglicky [499] => | doi = 10.1371/journal.ppat.1006698 [500] => }} Z fekálií netopýrů byl izolován kmen koronaviru Rs3367 schopný vazby na ACE2 receptor několika druhů zvířat a reprodukující se in vitro v kultuře ''Vero E6'' buněk z opičích ledvin.{{Citace elektronického periodika [501] => | příjmení1 = Ge [502] => | jméno1 = Xing-Yi [503] => | příjmení2 = Li [504] => | jméno2 = Jia-Lu [505] => | příjmení3 = Yang [506] => | jméno3 = Xing-Lou [507] => | příjmení4 = Chmura [508] => | jméno4 = Aleksei A. [509] => | příjmení5 = Zhu [510] => | jméno5 = Guangjian [511] => | příjmení6 = Epstein [512] => | jméno6 = Jonathan H. [513] => | příjmení7 = Mazet [514] => | jméno7 = Jonna K. [515] => | příjmení8 = Hu [516] => | jméno8 = Ben [517] => | příjmení9 = Zhang [518] => | jméno9 = Wei [519] => | příjmení10 = Peng [520] => | jméno10 = Cheng [521] => | příjmení11 = Zhang [522] => | jméno11 = Yu-Ji [523] => | příjmení12 = Luo [524] => | jméno12 = Chu-Ming [525] => | příjmení13 = Tan [526] => | jméno13 = Bing [527] => | příjmení14 = Wang [528] => | jméno14 = Ning [529] => | příjmení15 = Zhu [530] => | jméno15 = Yan [531] => | příjmení16 = Crameri [532] => | jméno16 = Gary [533] => | příjmení17 = Zhang [534] => | jméno17 = Shu-Yi [535] => | příjmení18 = Wang [536] => | jméno18 = Lin-Fa [537] => | příjmení19 = Daszak [538] => | jméno19 = Peter [539] => | příjmení20 = Shi [540] => | jméno20 = Zheng-Li [541] => | titul = Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor [542] => | periodikum = [[Nature]] [543] => | ročník = 503 [544] => | číslo = 7477 [545] => | datum_vydání = 2013-11 [546] => | strany = 535–538 [547] => | url = https://www.nature.com/articles/nature12711 [548] => | datum_přístupu = 2020-10-30 [549] => | jazyk = anglicky [550] => | doi = 10.1038/nature12711 [551] => | pmid = 24172901 [552] => }} [553] => [554] => Výzkum koronavirů, které mají schopnost vyvolat infekční onemocnění lidí, je považován za vysoce rizikový a vyžaduje laboratoř s nejvyšším stupněm zabezpečení (biohazard s certifikací BSL-4). V USA byla již roku 2014 zrušena podpora výzkumu, kterým jsou transformovány viry k získání nových vlastností, které by mohly být potenciálně nebezpečné (označované jako „gain-of-function“),{{Citace elektronické monografie [555] => | příjmení1 = Collins [556] => | jméno1 = Francis S. [557] => | titul = Statement on Funding Pause on Certain Types of Gain-of-Function Research [558] => | url = https://www.nih.gov/about-nih/who-we-are/nih-director/statements/statement-funding-pause-certain-types-gain-function-research [559] => | vydavatel = National Institutes of Health [560] => | datum_vydání = 2014-10-16 [561] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [562] => | jazyk = anglicky [563] => }}{{Citace elektronického periodika [564] => | příjmení1 = Reardon [565] => | jméno1 = Sara [566] => | titul = US suspends risky disease research [567] => | periodikum = [[Nature]] [568] => | ročník = 514 [569] => | číslo = 7523 [570] => | datum_vydání = 2014-10-22 [571] => | strany = 411–412 [572] => | url = https://www.nature.com/news/us-suspends-risky-disease-research-1.16192 [573] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [574] => | jazyk = anglicky [575] => | doi = 10.1038/514411a [576] => }} např. schopnosti přenosu mezi lidmi.{{Citace elektronického periodika [577] => | příjmení1 = Imai [578] => | jméno1 = Masaki [579] => | příjmení2 = Watanabe [580] => | jméno2 = Tokiko [581] => | příjmení3 = Hatta [582] => | jméno3 = Masato [583] => | příjmení4 = Das [584] => | jméno4 = Subash C. [585] => | příjmení5 = Ozawa [586] => | jméno5 = Makoto [587] => | příjmení6 = Shinya [588] => | jméno6 = Kyoko [589] => | příjmení7 = Zhong [590] => | jméno7 = Gongxun [591] => | příjmení8 = Hanson [592] => | jméno8 = Anthony [593] => | příjmení9 = Katsura [594] => | jméno9 = Hiroaki [595] => | příjmení10 = Watanabe [596] => | jméno10 = Shinji [597] => | příjmení11 = Li [598] => | jméno11 = Chengjun [599] => | příjmení12 = Kawakami [600] => | jméno12 = Eiryo [601] => | příjmení13 = Yamada [602] => | jméno13 = Shinya [603] => | příjmení14 = Kiso [604] => | jméno14 = Maki [605] => | příjmení15 = Suzuki [606] => | jméno15 = Yasuo [607] => | příjmení16 = Maher [608] => | jméno16 = Eileen A. [609] => | příjmení17 = Neumann [610] => | jméno17 = Gabriele [611] => | příjmení18 = Kawaoka [612] => | jméno18 = Yoshihiro [613] => | titul = Experimental adaptation of an influenza H5 HA confers respiratory droplet transmission to a reassortant H5 HA/H1N1 virus in ferrets [614] => | periodikum = [[Nature]] [615] => | ročník = 486 [616] => | číslo = 7403 [617] => | datum_vydání = 2012-06 [618] => | strany = 420–428 [619] => | url = https://www.nature.com/articles/nature10831.pdf [620] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [621] => | jazyk = anglicky [622] => | doi = 10.1038/nature10831 [623] => }} Přesto byl s povolením NIH (US National Institutes of Health) ještě v následujícím roce na University of North Carolina at Chapel Hill dokončen pokus, kdy vědci vytvořili chiméru koronaviru netopýra (SHC014) s virem SARS, která byla schopna infikovat lidské plicní buňky in vitro.{{Citace elektronického periodika [624] => | příjmení1 = Menachery [625] => | jméno1 = Vineet D [626] => | příjmení2 = Yount [627] => | jméno2 = Boyd L [628] => | příjmení3 = Debbink [629] => | jméno3 = Kari [630] => | příjmení4 = Agnihothram [631] => | jméno4 = Sudhakar [632] => | příjmení5 = Gralinski [633] => | jméno5 = Lisa E [634] => | příjmení6 = Plante [635] => | jméno6 = Jessica A [636] => | příjmení7 = Graham [637] => | jméno7 = Rachel L [638] => | příjmení8 = Scobey [639] => | jméno8 = Trevor [640] => | příjmení9 = Ge [641] => | jméno9 = Xing-Yi [642] => | příjmení10 = Donaldson [643] => | jméno10 = Eric F [644] => | příjmení11 = Randell [645] => | jméno11 = Scott H [646] => | příjmení12 = Lanzavecchia [647] => | jméno12 = Antonio [648] => | příjmení13 = Marasco [649] => | jméno13 = Wayne A [650] => | příjmení14 = Shi [651] => | jméno14 = Zhengli-Li [652] => | příjmení15 = Baric [653] => | jméno15 = Ralph S [654] => | titul = A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence [655] => | periodikum = Nature Medicine [656] => | ročník = 21 [657] => | číslo = 12 [658] => | datum_vydání = 2015-12 [659] => | strany = 1508–1513 [660] => | url = https://www.nature.com/articles/nm.3985.pdf [661] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [662] => | jazyk = anglicky [663] => | doi = 10.1038/nm.3985 [664] => }} Tento typ experimentů byl kritizován ve vědecké komunitě, protože riziko úniku takového viru z laboratoře převažuje nad potenciálním vědeckým přínosem.{{Citace elektronického periodika [665] => | příjmení1 = Butler [666] => | jméno1 = Declan [667] => | titul = Engineered bat virus stirs debate over risky research [668] => | periodikum = [[Nature]] [669] => | datum_vydání = 2015-11-12 [670] => | url = https://www.nature.com/news/engineered-bat-virus-stirs-debate-over-risky-research-1.18787 [671] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [672] => | jazyk = anglicky [673] => | doi = 10.1038/nature.2015.18787 [674] => }} Obhájci argumentovali tím, že virus byl takto předefinován z kategorie „možný patogen“ do kategorie „jasné a přítomné nebezpečí“. Autoři virové chiméry připojili v březnu 2020 prohlášení, že jejich článek byl užit jako důkaz pro neověřené teorie, že covid-19 byl uměle vytvořen. [675] => [676] => === Šíření viru === [677] => [[Soubor:Karlovy Vary hospital during the COVID-19 pandemic 07.png|náhled|Zdravotníci v ochranných oblecích ošetřující pacienta s covidem-19, nemocnice Karlovy Vary.]] [678] => Virus SARS-CoV-2 se šíří vzájemným kontaktem.{{Citace elektronického periodika [679] => | příjmení = CDC [680] => | titul = Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) [681] => | periodikum = Centers for Disease Control and Prevention [682] => | url = https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/faq.html [683] => | datum vydání = 2020-02-11 [684] => | jazyk = en-us [685] => | datum přístupu = 2020-06-29 [686] => }} Primárně pomocí infikovaných kapének, které nakažený vylučuje při kašli, kýchání nebo mluvení. Tyto infikované kapénky se mohou šířit až na vzdálenost dvou metrů. Lidé se mohou nakazit jejich vdechnutím nebo přenesením viru v kapénce z nějakého povrchu na obličej (typicky při doteku úst, nosu nebo očí). Zatím není zcela jasné, jak dlouho virus přežívá mimo lidské tělo. [687] => [688] => Inkubační doba se pohybuje mezi 1 až 14 dny, nicméně obvyklá doba od setkání se s nakaženým do prvních příznaků je 5–6 dní.{{Citace elektronického periodika [689] => | titul = Chřipka versus koronavirus – podobnosti a zásadní rozdíly, situace k 18.3.2020, SZÚ [690] => | periodikum = www.szu.cz [691] => | url = http://www.szu.cz/tema/prevence/chripka-versus-koronavirus-podobnosti-a-zasadni-rozdily-k-18 [692] => | datum přístupu = 2020-06-29 [693] => | url archivu = https://web.archive.org/web/20200701035527/http://www.szu.cz/tema/prevence/chripka-versus-koronavirus-podobnosti-a-zasadni-rozdily-k-18 [694] => | datum archivace = 2020-07-01 [695] => }} Podle dat Světové zdravotnické organizace je základní reprodukční číslo (R0 – očekávaný počet nových nemocných, které nakazí jeden člověk v populaci, kde mohou být nakaženi všichni jedinci) 2–3. Nicméně mezinárodní vědecký tým, který analyzoval 140 případů onemocnění napříč Čínou zjistil, že hodnota R0 je 5,7 (medián, 95% CI 3.8–8.9).{{Citace periodika [696] => | příjmení = Sanche [697] => | jméno = Steven [698] => | příjmení2 = Lin [699] => | jméno2 = Yen Ting [700] => | příjmení3 = Xu [701] => | jméno3 = Chonggang [702] => | titul = High Contagiousness and Rapid Spread of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 [703] => | periodikum = Emerging Infectious Diseases [704] => | datum vydání = 2020-07 [705] => | ročník = 26 [706] => | číslo = 7 [707] => | strany = 1470–1477 [708] => | issn = 1080-6040 [709] => | doi = 10.3201/eid2607.200282 [710] => | url = http://wwwnc.cdc.gov/eid/article/26/7/20-0282_article.htm [711] => | datum přístupu = 2020-06-29 [712] => }} [713] => [714] => [[Ultrafialové záření]] podle výzkumů [[Harvardova univerzita|Harvardovy univerzity]] stojí za snižováním šíření tohoto viru, nicméně si nejsou jistí, jakým způsobem se tak děje. Jako možné varianty uvádějí, že UV záření může ničit samotný virus na površích a v aerosolech nebo například to, že lidé chodí v létě více ven, kde se virus tak snadno nešíří. Další možností např. je, že lidský organismus v létě vlivem UV záření produkuje více [[Vitamín D|vitaminu D]], podporující imunitu. Dále uvádějí, že je nepravděpodobné, že UV záření bez dalších přísných opatření dokáže zabránit šíření wuchanského koronaviru. Mezi šířením SARS-CoV-2 a hladinou UV záření tak existuje [[korelace]], přímá [[kauzalita]] však v článku potvrzena nebyla.{{Citace elektronického periodika [715] => | příjmení1 = Burrows [716] => | jméno1 = Leah [717] => | titul = Researchers find correlation between COVID-19 spread and UV levels [718] => | periodikum = The Harvard Gazette [719] => | vydavatel = news.harvard.edu [720] => | datum_vydání = 2020-12-16 [721] => | url = https://news.harvard.edu/gazette/story/2020/12/seasonal-changes-in-uv-may-increase-spread-of-covid-19/ [722] => | datum_přístupu = 2021-01-17 [723] => | jazyk = en [724] => }} UVC složka záření se průmyslově používá k dezinfekci. UVB má vliv na ničení virů SARS-CoV-2, ale patrně je zde i podíl záření UVA.{{Citace elektronického periodika [725] => | příjmení1 = Luzzatto-Fegiz [726] => | jméno1 = Paolo [727] => | příjmení2 = Temprano-Coleto [728] => | jméno2 = Fernando [729] => | příjmení3 = Peaudecerf [730] => | jméno3 = François J [731] => | příjmení4 = Landel [732] => | jméno4 = Julien R [733] => | příjmení5 = Zhu [734] => | jméno5 = Yangying [735] => | příjmení6 = McMurry [736] => | jméno6 = Julie A [737] => | titul = UVB Radiation Alone May Not Explain Sunlight Inactivation of SARS-CoV-2 [738] => | periodikum = The Journal of Infectious Diseases [739] => | ročník = 223 [740] => | číslo = 8 [741] => | datum_vydání = 2021-04-23 [742] => | strany = 1500–1502 [743] => | url = https://academic.oup.com/jid/article/223/8/1500/6129304 [744] => | jazyk = anglicky [745] => | doi = 10.1093/infdis/jiab070 [746] => }} [747] => [748] => == Příznaky nakažení == [749] => [[Soubor:Symptoms of coronavirus disease 2019.svg|jazyk=cs|náhled|Symptomy virové choroby covid-19.{{Citace elektronické monografie | url = https://www.sciencealert.com/wuhan-coronavirus-can-be-infectious-before-people-show-symptoms-official-claims | titul = Wuhan Coronavirus Can Be Infectious Before People Show Symptoms, Official Claims| autor = Julia Naftulin | vydavatel = sciencealert.com | datum vydání = 2020-01-26 | datum přístupu = 2020-01-28 | jazyk = en}}]] [750] => {{Podrobně|covid-19}} [751] => Mezi příznaky nakažení patří suchý [[kašel]], [[dušnost]], únava a horečka.{{Citace elektronického periodika [752] => | titul = Symptoms of Novel Coronavirus (2019-nCoV) {{!}} CDC [753] => | periodikum = www.cdc.gov [754] => | url = https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/about/symptoms.html [755] => | datum vydání = 2020-01-23 [756] => | jazyk = en-us [757] => | datum přístupu = 2020-01-23 [758] => }} Životní funkce přijímaných pacientů byly obvykle stabilní.{{Citace elektronického periodika [759] => | titul = 武汉市卫生健康委员会 [760] => | periodikum = wjw.wuhan.gov.cn [761] => | url = http://wjw.wuhan.gov.cn/front/web/showDetail/2020011109036 [762] => | datum přístupu = 2020-01-23 [763] => | url archivu = https://web.archive.org/web/20200111031745/http://wjw.wuhan.gov.cn/front/web/showDetail/2020011109036 [764] => | datum archivace = 2020-01-11 [765] => | nedostupné = ano [766] => }} Závažnější případy mohou vést k [[Zápal plic|zápalu plic]],{{Citace elektronického periodika | autor = ket | titul = Počet obětí koronaviru šplhá ke dvěma tisícům. Nakažení jsou i Američané evakuovaní z lodi v Japonsku | periodikum = ČT24 | odkaz na periodikum = ČT24 | vydavatel = Česká televize | datum vydání = 2020-02-17 | datum přístupu = 2020-02-17 | url = https://ct24.ceskatelevize.cz/svet/3049314-pocet-obeti-koronaviru-splha-ke-dvema-tisicum-cinska-mesta-v-chu-peji-chteji-blokovat}} selhání [[ledvina|ledvin]] a [[smrt]]i.{{Citace elektronické monografie | url = https://www.who.int/news-room/q-a-detail/q-a-coronaviruses | titul = Q&A on coronaviruses | vydavatel = www.who.int | url archivu = https://web.archive.org/web/20200120174649/https://www.who.int/news-room/q-a-detail/q-a-coronaviruses | datum archivace = 2020-01-20 | datum přístupu = 2020-01-29 | jazyk = en}} Symptomy většinou přicházejí postupně a zhruba 80 % nemocných se uzdraví bez nutnosti hospitalizace. U zbývajících 20 % nakažených má nemoc vážný průběh a nemocným se hůře dýchá (část z nich musí být připojena na ventilátor nebo ECMO). [767] => [768] => Čínští vědci popsali obvyklý průběh nemoci u hospitalizovaných pacientů.{{Citace periodika [769] => | příjmení = Wang [770] => | jméno = Dawei [771] => | příjmení2 = Hu [772] => | jméno2 = Bo [773] => | příjmení3 = Hu [774] => | jméno3 = Chang [775] => | titul = Clinical Characteristics of 138 Hospitalized Patients With 2019 Novel Coronavirus–Infected Pneumonia in Wuhan, China [776] => | periodikum = JAMA [777] => | datum vydání = 2020-03-17 [778] => | ročník = 323 [779] => | číslo = 11 [780] => | strany = 1061 [781] => | issn = 0098-7484 [782] => | pmid = 32031570 [783] => | doi = 10.1001/jama.2020.1585 [784] => | jazyk = en [785] => | url = https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2761044 [786] => | datum přístupu = 2020-06-29 [787] => }} Celkem zkoumali onemocnění u 138 pacientů – 26 % z nich bylo hospitalizováno na jednotce intenzivní péče a smrtnost byla 4,3 %. První symptomy byly horečka, únava, bolest svalů. Po pěti dnech (medián, IQR 1–10) od prvních symptomů se u pacientů začala projevovat dušnost. Sedmý den (medián, IQR 4–7) po propuknutí prvních příznaků byli nemocní hospitalizovaní. Syndrom akutní dechové tísně se projevil osmý den po propuknutí prvních příznaků (medián, IQR 6–12). Přesun na jednotku intenzivní péče potřebovali pacienti desátý den od propuknutí prvních příznaků (medián, IQR 6–12). Lidé, kteří se uzdravili byli z nemocnice propuštěni sedmnáctý den. [788] => [789] => Průběh onemocnění a jeho závažnost záleží i na celkovém zdravotním a tělesném stavu nemocného. U lidí starších 65 let a lidí s vyšším krevním tlakem, problémy se srdcem nebo plícemi, lidí s cukrovkou nebo nádorovými onemocněními a obecně lidí se suprimovaným imunitním systémem je vyšší riziko vážného průběhu nemoci covid-19.{{Citace elektronického periodika [790] => | titul = COVID-19 - ÚZIS ČR [791] => | periodikum = www.uzis.cz [792] => | url = https://www.uzis.cz/index.php?pg=covid-19 [793] => | datum přístupu = 2020-06-29 [794] => }} [795] => [796] => === Přítomnost viru v tělesných orgánech === [797] => U příbuzného viru SARS-CoV, který způsobil epidemii v letech 2002–2004, byla zkoumána jeho distribuce v orgánech zemřelých pacientů pomocí myší monoklonální protilátky proti nukleoproteinu viru a histochemickou reakcí nebo in situ hybridizací s fragmentem RNA virové RNA-polymerázy. Bylo zjištěno, že virus se nachází v plicích, trachei a bronchech, žaludku, tenkém střevě, distálním tubulu ledvin, potní žláze, příštítné žláze, hypofýze, pankreasu, játrech, nadledvině a v mozku. Nebyl nalezen v jícnu, slezině, mízních uzlinách, kostní dřeni, srdci, aortě, mozečku, štítné žláze, pohlavních orgánech a svalech. Studie významně přispěla k objasnění mechanismu přenosu viru, když prokázala, že může být vylučován i močí, výkaly nebo potem.{{Citace elektronického periodika [798] => | příjmení1 = Ding [799] => | jméno1 = Yanqing [800] => | příjmení2 = He [801] => | jméno2 = Li [802] => | příjmení3 = Zhang [803] => | jméno3 = Qingling [804] => | příjmení4 = Huang [805] => | jméno4 = Zhongxi [806] => | příjmení5 = Che [807] => | jméno5 = Xiaoyan [808] => | příjmení6 = Hou [809] => | jméno6 = Jinlin [810] => | příjmení7 = Wang [811] => | jméno7 = Huijun [812] => | příjmení8 = Shen [813] => | jméno8 = Hong [814] => | příjmení9 = Qiu [815] => | jméno9 = Liwen [816] => | příjmení10 = Li [817] => | jméno10 = Zhuguo [818] => | příjmení11 = Geng [819] => | jméno11 = Jian [820] => | příjmení12 = Cai [821] => | jméno12 = Junjie [822] => | příjmení13 = Han [823] => | jméno13 = Huixia [824] => | příjmení14 = Li [825] => | jméno14 = Xin [826] => | příjmení15 = Kang [827] => | jméno15 = Wei [828] => | příjmení16 = Weng [829] => | jméno16 = Desheng [830] => | příjmení17 = Liang [831] => | jméno17 = Ping [832] => | příjmení18 = Jiang [833] => | jméno18 = Shibo [834] => | titul = Organ distribution of severe acute respiratory syndrome(SARS) associated coronavirus(SARS-CoV) in SARS patients: implications for pathogenesis and virus transmission pathways [835] => | periodikum = The Journal of Pathology [836] => | ročník = 203 [837] => | číslo = 2 [838] => | datum_vydání = 2004-06-01 [839] => | strany = 622–630 [840] => | url = https://europepmc.org/backend/ptpmcrender.fcgi?accid=PMC7167761&blobtype=pdf [841] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [842] => | jazyk = anglicky [843] => | doi = 10.1002/path.1560 [844] => | pmid = 15141376 [845] => }} Předběžné výsledky potvrdily vylučování viru anální cestou v pozdních fázích léčení{{Citace elektronického periodika [846] => | příjmení1 = Zhang [847] => | jméno1 = Wei [848] => | příjmení2 = Du [849] => | jméno2 = Rong-Hui [850] => | příjmení3 = Li [851] => | jméno3 = Bei [852] => | příjmení4 = Zheng [853] => | jméno4 = Xiao-Shuang [854] => | příjmení5 = Yang [855] => | jméno5 = Xing-Lou [856] => | příjmení6 = Hu [857] => | jméno6 = Ben [858] => | příjmení7 = Wang [859] => | jméno7 = Yan-Yi [860] => | příjmení8 = Xiao [861] => | jméno8 = Geng-Fu [862] => | příjmení9 = Yan [863] => | jméno9 = Bing [864] => | příjmení10 = Shi [865] => | jméno10 = Zheng-Li [866] => | příjmení11 = Zhou [867] => | jméno11 = Peng [868] => | titul = Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes [869] => | periodikum = Emerging Microbes & Infections [870] => | ročník = 9 [871] => | číslo = 1 [872] => | datum_vydání = 2020-01-01 [873] => | strany = 386–389 [874] => | url = https://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.1080/22221751.2020.1729071 [875] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [876] => | jazyk = anglicky [877] => | doi = 10.1080/22221751.2020.1729071 [878] => }} a u 23% pacientů dokonce i po negativních testech na přítomnost viru v plicích také u SARS-CoV-2.{{Citace elektronického periodika [879] => | příjmení1 = Xiao [880] => | jméno1 = Fei [881] => | příjmení2 = Tang [882] => | jméno2 = Meiwen [883] => | příjmení3 = Zheng [884] => | jméno3 = Xiaobin [885] => | příjmení4 = Liu [886] => | jméno4 = Ye [887] => | příjmení5 = Li [888] => | jméno5 = Xiaofeng [889] => | příjmení6 = Shan [890] => | jméno6 = Hong [891] => | titul = Evidence for Gastrointestinal Infection of SARS-CoV-2 [892] => | periodikum = Gastroenterology [893] => | ročník = 158 [894] => | číslo = 6 [895] => | datum_vydání = 2020-05 [896] => | strany = 1831–1833.e3 [897] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [898] => | jazyk = anglicky [899] => | doi = 10.1053/j.gastro.2020.02.055 [900] => | pmid = 32142773 [901] => }} [902] => [903] => === Fyziologické indikátory === [904] => V antivirové imunitě hrají důležitou roli T-lymfocyty. Měřením typických markerů indikujících vyčerpání T lymfocytů (PD-1 a TIM-3) pomocí průtokové cytometrie bylo zjištěno, že většina starších pacientů a pacientů na jednotkách intenzivní péče s covidem-19 měla dramaticky snížený titr T-CD4+ a TCD8+ i celkový titr T lymfocytů (300/μL, 400/μL, 800/μL), což negativně korelovalo s jejich přežíváním. Sníženému počtu T-lymfocytů zároveň odpovídají zvýšené koncentrace některých cytokinů, zejména TNF-a, IL-6 a IL-10 v séru pacientů.{{Citace elektronického periodika [905] => | příjmení1 = Diao [906] => | jméno1 = Bo [907] => | příjmení2 = Wang [908] => | jméno2 = Chenhui [909] => | příjmení3 = Tan [910] => | jméno3 = Yingjun [911] => | příjmení4 = Chen [912] => | jméno4 = Xiewan [913] => | příjmení5 = Liu [914] => | jméno5 = Ying [915] => | příjmení6 = Ning [916] => | jméno6 = Lifen [917] => | příjmení7 = Chen [918] => | jméno7 = Li [919] => | příjmení8 = Li [920] => | jméno8 = Min [921] => | příjmení9 = Liu [922] => | jméno9 = Yueping [923] => | příjmení10 = Wang [924] => | jméno10 = Gang [925] => | příjmení11 = Yuan [926] => | jméno11 = Zilin [927] => | příjmení12 = Feng [928] => | jméno12 = Zeqing [929] => | příjmení13 = Zhang [930] => | jméno13 = Yi [931] => | příjmení14 = Wu [932] => | jméno14 = Yuzhang [933] => | příjmení15 = Chen [934] => | jméno15 = Yongwen [935] => | titul = Reduction and Functional Exhaustion of T Cells in Patients With Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) [936] => | periodikum = Frontiers in Immunology [937] => | ročník = 11 [938] => | datum_vydání = 2020-05-01 [939] => | strany = 827 [940] => | url = https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.02.18.20024364v1.full.pdf [941] => | jazyk = anglicky [942] => | doi = 10.3389/fimmu.2020.00827 [943] => }} U pacientů s covidem-19, kterým selhaly plíce a vyžadovali plicní ventilaci, byla pozorována zvýšená hladina interleukinu 6 (IL-6).{{Citace elektronického periodika [944] => | příjmení1 = Herold [945] => | jméno1 = Tobias [946] => | příjmení2 = Jurinovic [947] => | jméno2 = Vindi [948] => | příjmení3 = Arnreich [949] => | jméno3 = Chiara [950] => | příjmení4 = Hellmuth [951] => | jméno4 = Johannes C [952] => | příjmení5 = von Bergwelt-Baildon [953] => | jméno5 = Michael [954] => | příjmení6 = Klein [955] => | jméno6 = Matthias [956] => | příjmení7 = Weinberger [957] => | jméno7 = Tobias [958] => | titul = Level of IL-6 predicts respiratory failure in hospitalized symptomatic COVID-19 patients [959] => | periodikum = medRxiv preprint [960] => | datum_vydání = 2020-04-04 [961] => | url = https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.01.20047381v2.full.pdf [962] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [963] => | jazyk = anglicky [964] => | doi = 10.1101/2020.04.01.20047381 [965] => }} [966] => [967] => === Napadení CNS === [968] => Neurotropní viry, mezi které lze zařadit i SARS-CoV a MERS-CoV, mohou způsobit devastující onemocnění centrální nervové soustavy, zejména u dětí a seniorů. Do mozku se virus dostane při přímém průniku z cév, prostřednictvím cerebrospinálního moku nebo axonálním transportem z periferních nervů,{{Citace elektronického periodika [969] => | příjmení1 = Dahm [970] => | jméno1 = Tobias [971] => | příjmení2 = Rudolph [972] => | jméno2 = Henriette [973] => | příjmení3 = Schwerk [974] => | jméno3 = Christian [975] => | příjmení4 = Schroten [976] => | jméno4 = Horst [977] => | příjmení5 = Tenenbaum [978] => | jméno5 = Tobias [979] => | titul = Neuroinvasion and Inflammation in Viral Central Nervous System Infections [980] => | periodikum = Mediators of Inflammation [981] => | ročník = 2016 [982] => | datum_vydání = 2016-05-25 [983] => | strany = 1–16 [984] => | url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4897715/pdf/MI2016-8562805.pdf [985] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [986] => | jazyk = anglicky [987] => | doi = 10.1155/2016/8562805 [988] => | pmid = 27313404 [989] => }} např. při přenosu infekce z očí nebo nosu do [[Čichový bulbus|olfaktorického bulbu]] nebo [[Trojklaný nerv|trojklaného nervu]]. ACE2 receptor se vyskytuje i v nervových buňkách. Dříve popsané viry SARS-CoV a MERS-CoV napadají mozkový kmen a mohou odpovídat za některá selhání plic. Potlačení reflexu mozkového kmene na hypoxii se projevuje tím, že pacienti s [[Covid-19|covidem-19]] s prokazatelně nízkou hladinou kyslíku v krvi nemají zvýšenou frekvenci dýchání.{{Citace elektronického periodika [990] => | příjmení1 = Wadman [991] => | jméno1 = Meredith [992] => | příjmení2 = Couzin-Frankel [993] => | jméno2 = Jennifer [994] => | příjmení3 = Kaiser [995] => | jméno3 = Jocelyn [996] => | příjmení4 = Matacic [997] => | jméno4 = Catherine [998] => | titul = How does coronavirus kill? Clinicians trace a ferocious rampage through the body, from brain to toes [999] => | periodikum = [[Science]] [1000] => | datum_vydání = 2020-04-17 [1001] => | url = https://www.sciencemag.org/news/2020/04/how-does-coronavirus-kill-clinicians-trace-ferocious-rampage-through-body-brain-toes [1002] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1003] => | jazyk = anglicky [1004] => | doi = 10.1126/science.abc3208 [1005] => }} [1006] => [1007] => Někteří pacienti nakažení SARS-CoV-2 vykazují neurologické příznaky, jako zmatení, nevolnost, bolest hlavy nebo ztrátu čichu a chuti. U jednoho z pacientů s covidem-19, jehož onemocnění se zkomplikovalo encefalitidou, byl SARS-CoV-2 prokázán v mozkomíšním moku. Pozorování neurologických symptomů publikovali lékaři i v Japonsku, USA, Francii a Itálii.{{Citace elektronického periodika [1008] => | příjmení1 = Yong [1009] => | jméno1 = Shin Jie [1010] => | titul = Neurology and COVID-19: Everything Researchers Know So Far [1011] => | periodikum = Medium.com [1012] => | datum_vydání = 2020-04-11 [1013] => | url = https://medium.com/microbial-instincts/neurology-and-covid-19-everything-researchers-know-so-far-f7e0607e2071 [1014] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1015] => | jazyk = anglicky [1016] => }} Ukazuje se, že až více než třetina nakažených vykazuje známky zasažení centrálního nebo periferního nervového systému či svalů. Včasná diferenciální diagnóza neurologického onemocnění může napomoci k odhalení možných nositelů viru SARS-CoV-2.{{Citace elektronického periodika [1017] => | příjmení1 = Jin [1018] => | jméno1 = Huijuan [1019] => | příjmení2 = Hong [1020] => | jméno2 = Candong [1021] => | příjmení3 = Chen [1022] => | jméno3 = Shengcai [1023] => | příjmení4 = Zhou [1024] => | jméno4 = Yifan [1025] => | příjmení5 = Wang [1026] => | jméno5 = Yong [1027] => | příjmení6 = Mao [1028] => | jméno6 = Ling [1029] => | příjmení7 = Li [1030] => | jméno7 = Yanan [1031] => | příjmení8 = He [1032] => | jméno8 = Quanwei [1033] => | příjmení9 = Li [1034] => | jméno9 = Man [1035] => | příjmení10 = Su [1036] => | jméno10 = Ying [1037] => | příjmení11 = Wang [1038] => | jméno11 = David [1039] => | příjmení12 = Wang [1040] => | jméno12 = Longde [1041] => | příjmení13 = Hu [1042] => | jméno13 = Bo [1043] => | titul = Consensus for prevention and management of coronavirus disease 2019 (COVID-19) for neurologists [1044] => | periodikum = Stroke and Vascular Neurology [1045] => | ročník = 5 [1046] => | číslo = 2 [1047] => | datum_vydání = 2020-06 [1048] => | strany = 146–151 [1049] => | url = https://svn.bmj.com/content/svnbmj/5/2/146.full.pdf [1050] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1051] => | jazyk = anglicky [1052] => | doi = 10.1136/svn-2020-000382 [1053] => }} [1054] => [1055] => U jedné zhruba padesátileté ženy lékaři diagnostikovali akutní nekrotizující encefalopatii, která je vzácnou komplikací v případě chřipek a jiných virových infekcí. V Itálii byly u některých pacientů zaznamenány blouznivé stavy ještě před tím, než se u nich objevily horečky a potíže s dýcháním.{{Citace elektronického periodika [1056] => | titul = Část nakažených koronavirem má neurologické potíže, ukazují případy po celém světě [1057] => | periodikum = [[ČT24]] [1058] => | vydavatel = [[Česká televize]] [1059] => | datum_vydání = 2020-04.04 [1060] => | url = https://ct24.ceskatelevize.cz/veda/3070680-cast-nakazenych-koronavirem-ma-neurologicke-potize-ukazuji-pripady-po-celem-svete [1061] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1062] => | jazyk = anglicky [1063] => }} [1064] => [1065] => === Virová latence === [1066] => Latentní průběh virového onemocnění je typický pro retroviry (HIV), nebo pro některé DNA-viry např. Hepesviridae (jako tzv. epizomální latence), ale u RNA-virů není zcela obvyklý. Přesto byla v experimentech in vitro popsána trvalá infekce některých typů buněk koronavirem.{{Citace elektronického periodika [1067] => | příjmení1 = Holmes [1068] => | jméno1 = Kathryn V. [1069] => | příjmení2 = Behnke [1070] => | jméno2 = James N. [1071] => | titul = Evolution of a Coronavirus during Persistent Infection in Vitro [1072] => | periodikum = Biochemistry and Biology of Coronaviruses. Advances in Experimental Medicine and Biology [1073] => | ročník = 142 [1074] => | datum_vydání = 1981 [1075] => | strany = 287–299 [1076] => | url = https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-1-4757-0456-3_23 [1077] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1078] => | jazyk = anglicky [1079] => | doi = 10.1007/978-1-4757-0456-3_23 [1080] => }} Podle ojedinělého popsaného případu u člověka v Japonsku zatím nelze určit, zda šlo o reinfekci SARS-CoV-2 nebo virovou latenci.{{Citace elektronického periodika [1081] => | titul = Expert reaction to people being re-tested positive for coronavirus after initial recovery [1082] => | periodikum = sciencemediacentre.org [1083] => | datum_vydání = 2020-02-27 [1084] => | url = https://www.sciencemediacentre.org/expert-reaction-to-people-being-re-tested-positive-for-coronavirus-after-initial-recovery-e-g-case-reported-in-japan-where-a-woman-has-been-confirmed-as-a-coronavirus-case-for-2nd-time/ [1085] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1086] => | jazyk = anglicky [1087] => }} Jižní Korea ale ohlásila, že u 111 vyléčených pacientů krátce po propuštění z karantény byla opakovaným testem prokázána reaktivace viru.{{Citace elektronického periodika [1088] => | příjmení1 = Herald [1089] => | jméno1 = The Korea [1090] => | titul = Over 110 people retest positive for coronavirus: authorities [1091] => | periodikum = The Korea Herald [1092] => | datum_vydání = 2020-04-12 [1093] => | url = http://www.koreaherald.com/view.php?ud=20200412000213 [1094] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1095] => | jazyk = anglicky [1096] => }} Reinfekce nejsou dostatečně dokumentovány a týkají se pouze ojedinělých pacientů s těžším průběhem. V jednom případě se jednalo o jiný kmen viru, v dalších chyběla data o vytvoření protilátek proti spike proteinu po první infekci. Asymptomatické reinfekce nelze zachytit bez rozsáhlého testování vůbec.{{Citace elektronického periodika [1097] => | příjmení1 = Iwasaki [1098] => | jméno1 = Akiko [1099] => | titul = What reinfections mean for COVID-19 [1100] => | periodikum = The Lancet Infectious Diseases [1101] => | datum_vydání = 2020-10-12 [1102] => | url = https://www.thelancet.com/action/showPdf?pii=S1473-3099%2820%2930783-0 [1103] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1104] => | jazyk = anglicky [1105] => | doi = 10.1016/S1473-3099(20)30783-0 [1106] => }} Protilátky jsou individuálně přítomny různou dobu a to dny až roky.https://medicalxpress.com/news/2021-03-individual-sars-cov-neutralizing-antibody-immunity.html - Individual SARS-CoV-2 neutralizing antibody immunity lasts from days to decades [1107] => [1108] => === Asymptomatický průběh === [1109] => Již předchozí vědecké studie prokázaly, že běžná sezónní chřipka (H1N1) může mít asymptomatický průběh (tzn. bez teplot nebo kašle a bolestí v krku) u 69–73 % dětí, kterým byly později v krvi prokázány nově vytvořené protilátky proti kmenům chřipky H1N1 nebo H3N2.{{Citace elektronického periodika [1110] => | příjmení1 = Hsieh [1111] => | jméno1 = Ying-Hen [1112] => | příjmení2 = Tsai [1113] => | jméno2 = Chen-An [1114] => | příjmení3 = Lin [1115] => | jméno3 = Chien-Yu [1116] => | příjmení4 = Chen [1117] => | jméno4 = Jin-Hua [1118] => | příjmení5 = King [1119] => | jméno5 = Chwan-Chuen [1120] => | příjmení6 = Chao [1121] => | jméno6 = Day-Yu [1122] => | příjmení7 = Cheng [1123] => | jméno7 = Kuang-Fu [1124] => | titul = Asymptomatic ratio for seasonal H1N1 influenza infection among schoolchildren in Taiwan [1125] => | periodikum = BMC Infectious Diseases [1126] => | ročník = 14 [1127] => | číslo = 1 [1128] => | datum_vydání = 2014-02-12 [1129] => | strany = 80 [1130] => | url = https://link.springer.com/article/10.1186/1471-2334-14-80 [1131] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1132] => | jazyk = anglicky [1133] => | doi = 10.1186/1471-2334-14-80 [1134] => }} U jiných virových onemocnění jsou procenta asymptomatického průběhu onemocnění od 8 % u spalniček, přes 32 % u norovirové nákazy až po 90–95 % u dětské obrny.{{Citace elektronického periodika [1135] => | příjmení1 = Mizumoto [1136] => | jméno1 = Kenji [1137] => | příjmení2 = Kagaya [1138] => | jméno2 = Katsushi [1139] => | příjmení3 = Zarebski [1140] => | jméno3 = Alexander [1141] => | příjmení4 = Chowell [1142] => | jméno4 = Gerardo [1143] => | titul = Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020 [1144] => | periodikum = Eurosurveillance [1145] => | ročník = 25 [1146] => | číslo = 10 [1147] => | datum_vydání = 2020-03-12 [1148] => | url = https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.10.2000180#html_fulltext [1149] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1150] => | jazyk = anglicky [1151] => | doi = 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.10.2000180 [1152] => }} [1153] => [1154] => Data shromážděná z 25 dosud publikovaných článků ukazují, že také infekce covidu-19 má u dětských pacientů většinou mírný nebo asymptomatický průběh a děti se mohou stát přenašeči nákazy v rodinách.{{Citace elektronického periodika [1155] => | příjmení1 = Li [1156] => | jméno1 = Xiao [1157] => | příjmení2 = Qian [1158] => | jméno2 = Kun [1159] => | příjmení3 = Xie [1160] => | jméno3 = Ling-ling [1161] => | příjmení4 = Li [1162] => | jméno4 = Xiu-juan [1163] => | příjmení5 = Cheng [1164] => | jméno5 = Min [1165] => | příjmení6 = Jiang [1166] => | jméno6 = Li [1167] => | příjmení7 = Schuller [1168] => | jméno7 = Bjoern W. [1169] => | titul = A Mini Review on Current Clinical and Research Findings for Children Suffering from COVID-19 [1170] => | periodikum = medRxiv preprint [1171] => | datum_vydání = 2020-04-04 [1172] => | url = https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.30.20044545v1.full.pdf [1173] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1174] => | jazyk = anglicky [1175] => | doi = 10.1101/2020.03.30.20044545 [1176] => }} [1177] => [1178] => Podobná studie na zatím omezeném počtu 565 Japonců, kteří byli evakuováni z Wu-chanu a všichni otestováni na přítomnost SARS-CoV-2 pomocí RT-PCR (Reverse transcription PCR) testu ukazuje, že z celkového počtu pozitivně testovaných bylo bez příznaků až 30 %, a to i po třicetidenní karanténě.{{Citace elektronického periodika [1179] => | příjmení1 = Nishiura [1180] => | jméno1 = Hiroshi [1181] => | příjmení2 = Kobayashi [1182] => | jméno2 = Tetsuro [1183] => | příjmení3 = Miyama [1184] => | jméno3 = Takeshi [1185] => | příjmení4 = Suzuki [1186] => | jméno4 = Ayako [1187] => | příjmení5 = Jung [1188] => | jméno5 = Sung-mok [1189] => | příjmení6 = Hayashi [1190] => | jméno6 = Katsuma [1191] => | příjmení7 = Kinoshita [1192] => | jméno7 = Ryo [1193] => | příjmení8 = Yang [1194] => | jméno8 = Yichi [1195] => | příjmení9 = Yuan [1196] => | jméno9 = Baoyin [1197] => | příjmení10 = Akhmetzhanov [1198] => | jméno10 = Andrei R. [1199] => | příjmení11 = Linton [1200] => | jméno11 = Natalie M. [1201] => | titul = Estimation of the asymptomatic ratio of novel coronavirus infections (COVID-19) [1202] => | periodikum = International Journal of Infectious Diseases [1203] => | ročník = 94 [1204] => | datum_vydání = 2020-05 [1205] => | strany = 154–155 [1206] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1207] => | jazyk = anglicky [1208] => | doi = 10.1016/J.IJID.2020.03.020 [1209] => }} U pasažérů lodi Diamond Princess, kde vypukla nákaza covid-19 před 5. únorem 2020, mělo pozitivní test 634 z celkem 3 063 testovaných pasažérů, přičemž procento zjištěných asymptomatických pacientů se v průběhu testování postupně mezi 13.–20. únorem zvyšovalo z počátečních 16 % až na více než 50 %. [1210] => {| class="wikitable" [1211] => |+Studie o počtu asymptomatický pacientů [1212] => !Místo [1213] => !Počet pozitivně testovaných [1214] => !Podíl asymptomatických případů [1215] => !Ref. [1216] => |- [1217] => |Loď Diamond Princess, Yokohama, Japonsko [1218] => |634 [1219] => |18% (95% CI 16%–20%). [1220] => |{{Citace periodika [1221] => | příjmení = Mizumoto [1222] => | jméno = Kenji [1223] => | příjmení2 = Kagaya [1224] => | jméno2 = Katsushi [1225] => | příjmení3 = Zarebski [1226] => | jméno3 = Alexander [1227] => | titul = Estimating the asymptomatic proportion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) cases on board the Diamond Princess cruise ship, Yokohama, Japan, 2020 [1228] => | periodikum = Eurosurveillance [1229] => | datum vydání = 2020-03-12 [1230] => | ročník = 25 [1231] => | číslo = 10 [1232] => | issn = 1560-7917 [1233] => | pmid = 32183930 [1234] => | doi = 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.10.2000180 [1235] => | jazyk = en [1236] => | url = https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.10.2000180 [1237] => | datum přístupu = 2020-06-29 [1238] => }} [1239] => |- [1240] => |Šanghaj [1241] => |328 [1242] => |4% [1243] => |{{Citace periodika [1244] => | příjmení = Zhou [1245] => | jméno = X. [1246] => | příjmení2 = Li [1247] => | jméno2 = Y. [1248] => | příjmení3 = Li [1249] => | jméno3 = T. [1250] => | titul = Follow-up of asymptomatic patients with SARS-CoV-2 infection [1251] => | periodikum = Clinical Microbiology and Infection [1252] => | datum vydání = 2020-07 [1253] => | ročník = 26 [1254] => | číslo = 7 [1255] => | strany = 957–959 [1256] => | pmid = 32234453 [1257] => | doi = 10.1016/j.cmi.2020.03.024 [1258] => | jazyk = en [1259] => | url = https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1198743X20301695 [1260] => | datum přístupu = 2020-06-29 [1261] => }} [1262] => |- [1263] => |Japonci evakuovaní z Wuhanu [1264] => |565 [1265] => |31% (95% CI 7.7%–54%) [1266] => |{{Citace periodika [1267] => | příjmení = Nishiura [1268] => | jméno = Hiroshi [1269] => | příjmení2 = Kobayashi [1270] => | jméno2 = Tetsuro [1271] => | příjmení3 = Miyama [1272] => | jméno3 = Takeshi [1273] => | titul = Estimation of the asymptomatic ratio of novel coronavirus infections (COVID-19) [1274] => | periodikum = International Journal of Infectious Diseases [1275] => | datum vydání = 2020-05 [1276] => | ročník = 94 [1277] => | strany = 154–155 [1278] => | pmid = 32179137 [1279] => | doi = 10.1016/j.ijid.2020.03.020 [1280] => | jazyk = en [1281] => | url = https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1201971220301399 [1282] => | datum přístupu = 2020-06-29 [1283] => }} [1284] => |- [1285] => |Ošetřovatelský dům, King County, Washington [1286] => |23 [1287] => |57% * [1288] => |{{Citace periodika [1289] => | příjmení = Hamner [1290] => | jméno = Lea [1291] => | příjmení2 = Dubbel [1292] => | jméno2 = Polly [1293] => | příjmení3 = Capron [1294] => | jméno3 = Ian [1295] => | titul = High SARS-CoV-2 Attack Rate Following Exposure at a Choir Practice — Skagit County, Washington, March 2020 [1296] => | periodikum = MMWR. Morbidity and Mortality Weekly Report [1297] => | datum vydání = 2020-05-15 [1298] => | ročník = 69 [1299] => | číslo = 19 [1300] => | strany = 606–610 [1301] => | issn = 0149-2195 [1302] => | doi = 10.15585/mmwr.mm6919e6 [1303] => | url = http://dx.doi.org/10.15585/mmwr.mm6919e6 [1304] => | datum přístupu = 2020-06-29 [1305] => }} [1306] => |- [1307] => |Hospitalizovaní pacienti v Pekingu, Čína [1308] => |262 [1309] => |5% [1310] => |{{Citace periodika [1311] => | příjmení = Tian [1312] => | jméno = Sijia [1313] => | příjmení2 = Hu [1314] => | jméno2 = Nan [1315] => | příjmení3 = Lou [1316] => | jméno3 = Jing [1317] => | titul = Characteristics of COVID-19 infection in Beijing [1318] => | periodikum = Journal of Infection [1319] => | datum vydání = 2020-04 [1320] => | ročník = 80 [1321] => | číslo = 4 [1322] => | strany = 401–406 [1323] => | issn = 0163-4453 [1324] => | doi = 10.1016/j.jinf.2020.02.018 [1325] => | url = http://dx.doi.org/10.1016/j.jinf.2020.02.018 [1326] => | datum přístupu = 2020-06-29 [1327] => }} [1328] => |- [1329] => |Provincie Če-ťiang, Čína [1330] => |391 [1331] => |14% [1332] => |{{Citace elektronického periodika [1333] => | příjmení = Wu [1334] => | jméno = Shan shan [1335] => | příjmení2 = Sun [1336] => | jméno2 = Pan pan [1337] => | příjmení3 = Li [1338] => | jméno3 = Rui ling [1339] => | titul = Epidemiological Development of Novel Coronavirus Pneumonia in China and Its Forecast [1340] => | periodikum = dx.doi.org [1341] => | url = http://dx.doi.org/10.1101/2020.02.21.20026229 [1342] => | datum vydání = 2020-02-26 [1343] => | datum přístupu = 2020-06-29 [1344] => }} [1345] => |- [1346] => |Provincie Če-ťiang, Čína [1347] => |36 (děti) [1348] => |28% [1349] => |{{Citace periodika [1350] => | příjmení = Qiu [1351] => | jméno = Haiyan [1352] => | příjmení2 = Wu [1353] => | jméno2 = Junhua [1354] => | příjmení3 = Hong [1355] => | jméno3 = Liang [1356] => | titul = Clinical and epidemiological features of 36 children with coronavirus disease 2019 (COVID-19) in Zhejiang, China: an observational cohort study [1357] => | periodikum = The Lancet Infectious Diseases [1358] => | datum vydání = 2020-06 [1359] => | ročník = 20 [1360] => | číslo = 6 [1361] => | strany = 689–696 [1362] => | pmid = 32220650 [1363] => | doi = 10.1016/S1473-3099(20)30198-5 [1364] => | jazyk = en [1365] => | url = https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1473309920301985 [1366] => | datum přístupu = 2020-06-29 [1367] => }} [1368] => |- [1369] => |Nemocnice v okrese Daofu, Čína [1370] => |83 [1371] => |22% [1372] => |{{Citace monografie [1373] => | příjmení = Song [1374] => | jméno = Huan [1375] => | příjmení2 = Xiao [1376] => | jméno2 = Jun [1377] => | příjmení3 = Qiu [1378] => | jméno3 = Jiajun [1379] => | titul = A considerable proportion of individuals with asymptomatic SARS-CoV-2 infection in Tibetan population [1380] => | url = http://medrxiv.org/lookup/doi/10.1101/2020.03.27.20043836 [1381] => | doi = 10.1101/2020.03.27.20043836 [1382] => | poznámka = DOI: 10.1101/2020.03.27.20043836 [1383] => | jazyk = en [1384] => }} [1385] => |- [1386] => |Severní Itálie [1387] => |60 [1388] => |67% [1389] => |{{Citace monografie [1390] => | titul = Il caso studio: [1391] => | url = http://dx.doi.org/10.2307/j.ctv12sdx29.7 [1392] => | vydavatel = Archaeopress Publishing Ltd [1393] => | strany = 25–46 [1394] => | isbn = 978-1-78969-664-6 [1395] => }} [1396] => |} [1397] => Ze studie, která měřila virovou RNA ve stěrech z horních dýchacích cest vyplývá, že její množství je u asymptomatických pacientů podobné jako u těch, kteří vykazují příznaky onemocnění. Testování na přítomnost viru je tedy jedinou cestou jak nakažené izolovat.{{Citace elektronického periodika [1398] => | příjmení1 = Zou [1399] => | jméno1 = Lirong [1400] => | příjmení2 = Ruan [1401] => | jméno2 = Feng [1402] => | příjmení3 = Huang [1403] => | jméno3 = Mingxing [1404] => | příjmení4 = Liang [1405] => | jméno4 = Lijun [1406] => | příjmení5 = Huang [1407] => | jméno5 = Huitao [1408] => | příjmení6 = Hong [1409] => | jméno6 = Zhongsi [1410] => | příjmení7 = Yu [1411] => | jméno7 = Jianxiang [1412] => | příjmení8 = Kang [1413] => | jméno8 = Min [1414] => | příjmení9 = Song [1415] => | jméno9 = Yingchao [1416] => | příjmení10 = Xia [1417] => | jméno10 = Jinyu [1418] => | příjmení11 = Guo [1419] => | jméno11 = Qianfang [1420] => | příjmení12 = Song [1421] => | jméno12 = Tie [1422] => | příjmení13 = He [1423] => | jméno13 = Jianfeng [1424] => | příjmení14 = Yen [1425] => | jméno14 = Hui-Ling [1426] => | příjmení15 = Peiris [1427] => | jméno15 = Malik [1428] => | příjmení16 = Wu [1429] => | jméno16 = Jie [1430] => | titul = SARS-CoV-2 Viral Load in Upper Respiratory Specimens of Infected Patients [1431] => | periodikum = New England Journal of Medicine [1432] => | ročník = 382 [1433] => | číslo = 12 [1434] => | datum_vydání = 2020-03-19 [1435] => | strany = 1177–1179 [1436] => | url = https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMc2001737 [1437] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1438] => | jazyk = anglicky [1439] => | doi = 10.1056/NEJMc2001737 [1440] => }} Nově zavedené antigenní testování v České republice odhaluje až nadpoloviční množství bezpříznakových nakažených (5 000/ 9 500 testovaných) a představuje až 20 procent všech nových záchytů.{{Citace elektronického periodika [1441] => | příjmení1 = Menšík [1442] => | jméno1 = Jan [1443] => | titul = Antigenní testy odhalují tisíce bezpříznakových nákaz [1444] => | periodikum = Novinky.cz [1445] => | odkaz na periodikum = Novinky.cz [1446] => | vydavatel = Borgis [1447] => | datum_vydání = 2020-12-23 [1448] => | url = https://www.novinky.cz/domaci/clanek/antigenni-testy-odhaluji-tisice-bezpriznakovych-pacientu-40346109 [1449] => | datum_přístupu = 2020-12-28 [1450] => | jazyk = anglicky [1451] => }} [1452] => [1453] => == Mechanismus nakažení == [1454] => Virus vstupuje do buňky prostřednictvím vazby na peptidázu [[Angiotenzin konvertující enzym|angiotensin konvertáza]] (ACE2), který je silně exprimován na epiteliálních buňkách typu II [[Plicní sklípek|plicních alveol]] a řasinkovém epitelu průdušinek. [[Angiotenzin konvertující enzym|Angiotensin konvertáza]] je dimer (ACE2) a tvoří komplex s dalším proteinem B0AT1, který slouží jako transmembránový přenašeč aminokyselin. Dimer ACE2 je vlastním vazebným místem pro virový glykoprotein S, jehož trimer tvoří výběžky (spike) obalu koronaviru SARS-CoV-2.{{Citace elektronického periodika [1455] => | příjmení1 = Yan [1456] => | jméno1 = Renhong [1457] => | příjmení2 = Zhang [1458] => | jméno2 = Yuanyuan [1459] => | příjmení3 = Li [1460] => | jméno3 = Yaning [1461] => | příjmení4 = Xia [1462] => | jméno4 = Lu [1463] => | příjmení5 = Guo [1464] => | jméno5 = Yingying [1465] => | příjmení6 = Zhou [1466] => | jméno6 = Qiang [1467] => | titul = Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2 [1468] => | periodikum = [[Science]] [1469] => | ročník = 367 [1470] => | číslo = 6485 [1471] => | datum_vydání = 2020-03-27 [1472] => | strany = 1444–1448 [1473] => | url = https://science.sciencemag.org/content/367/6485/1444 [1474] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1475] => | jazyk = anglicky [1476] => | doi = 10.1126/science.abb2762 [1477] => }} [1478] => [1479] => Plicní buňky zároveň obsahují řadu genů, které se účastní replikace virové RNA a hrají úlohu v životním cyklu viru v infikované buňce. ACE2 receptor SARS-CoV-2 viru je zastoupen i v řadě dalších tkání, včetně ledvin, srdce, endotelu nebo střeva. Při počátku nákazy na tržnici v čínském Wu-hanu mohly hrát roli receptory viru přítomné ve střevních buňkách, v nichž [[Angiotenzin konvertující enzym|angiotensin konvertáza]] hraje roli při resorpci aminokyselin ze střeva. [1480] => [1481] => Virus je po navázání na receptor dopraven dovnitř buňky endocytózou v tzv. [[endozom]]u, kde teprve dochází k fúzi jeho obalu s membránou a uvolnění virové RNA do cytoplasmy. Experimenty na zvířecích modelech prokázaly, že v infekci plic koronaviry SARS-CoV a MERS-CoV u myší hraje klíčovou roli i transmembránová serinová proteáza TMPRSS2, která aktivuje spike protein virové obálky a mění jeho prostorovou konformaci, která pak umožňuje fúzi virového obalu s membránou.{{Citace elektronického periodika [1482] => | příjmení1 = Iwata-Yoshikawa [1483] => | jméno1 = Naoko [1484] => | příjmení2 = Okamura [1485] => | jméno2 = Tadashi [1486] => | příjmení3 = Shimizu [1487] => | jméno3 = Yukiko [1488] => | příjmení4 = Hasegawa [1489] => | jméno4 = Hideki [1490] => | příjmení5 = Takeda [1491] => | jméno5 = Makoto [1492] => | příjmení6 = Nagata [1493] => | jméno6 = Noriyo [1494] => | titul = TMPRSS2 Contributes to Virus Spread and Immunopathology in the Airways of Murine Models after Coronavirus Infection [1495] => | periodikum = Journal of Virology [1496] => | ročník = 93 [1497] => | číslo = 6 [1498] => | datum_vydání = 2019-01-09 [1499] => | strany = e01815–18, /jvi/93/6/JVI.01815–18.atom [1500] => | url = https://jvi.asm.org/content/jvi/93/6/e01815-18.full-text.pdf [1501] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1502] => | jazyk = anglicky [1503] => | doi = 10.1128/JVI.01815-18 [1504] => | url archivu = https://web.archive.org/web/20210324190531/https://jvi.asm.org/content/jvi/93/6/e01815-18.full.pdf [1505] => | datum archivace = 2021-03-24 [1506] => }} Tato proteáza vyžaduje kyselé pH a mechanismus antivirového účinku [[chlorochin]]u je vysvětlován tím, že zvyšuje pH v [[endozom]]ech.{{Citace elektronického periodika [1507] => | příjmení1 = Vincent [1508] => | jméno1 = Martin J [1509] => | příjmení2 = Bergeron [1510] => | jméno2 = Eric [1511] => | příjmení3 = Benjannet [1512] => | jméno3 = Suzanne [1513] => | příjmení4 = Erickson [1514] => | jméno4 = Bobbie R [1515] => | příjmení5 = Rollin [1516] => | jméno5 = Pierre E [1517] => | příjmení6 = Ksiazek [1518] => | jméno6 = Thomas G [1519] => | příjmení7 = Seidah [1520] => | jméno7 = Nabil G [1521] => | příjmení8 = Nichol [1522] => | jméno8 = Stuart T [1523] => | titul = Chloroquine is a potent inhibitor of SARS coronavirus infection and spread [1524] => | periodikum = Virology Journal [1525] => | ročník = 2 [1526] => | číslo = 1 [1527] => | datum_vydání = 2005 [1528] => | strany = 69 [1529] => | url = https://virologyj.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/1743-422X-2-69 [1530] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1531] => | jazyk = anglicky [1532] => | doi = 10.1186/1743-422X-2-69 [1533] => | url archivu = https://web.archive.org/web/20200929061341/https://virologyj.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/1743-422X-2-69 [1534] => | datum archivace = 2020-09-29 [1535] => }} [1536] => [1537] => Objasnění mechanismu infekce nabízí zároveň možné způsoby léčby infekce. Kromě vakcíny proti podjednotce virové kapsidy, která se váže na receptor ACE-2, přichází v úvahu blokace tohoto receptoru{{Citace elektronického periodika [1538] => | příjmení1 = Yang [1539] => | jméno1 = Guang [1540] => | příjmení2 = Tan [1541] => | jméno2 = Zihu [1542] => | příjmení3 = Zhou [1543] => | jméno3 = Ling [1544] => | příjmení4 = Yang [1545] => | jméno4 = Min [1546] => | příjmení5 = Peng [1547] => | jméno5 = Lang [1548] => | příjmení6 = Liu [1549] => | jméno6 = Jinjin [1550] => | příjmení7 = Cai [1551] => | jméno7 = Jingling [1552] => | příjmení8 = Yang [1553] => | jméno8 = Ru [1554] => | příjmení9 = Han [1555] => | jméno9 = Junyan [1556] => | příjmení10 = Huang [1557] => | jméno10 = Yafei [1558] => | příjmení11 = He [1559] => | jméno11 = Shaobin [1560] => | titul = Angiotensin II Receptor Blockers and Angiotensin-Converting Enzyme Inhibitors Usage is Associated with Improved Inflammatory Status and Clinical Outcomes in COVID-19 Patients With Hypertension [1561] => | periodikum = medRxiv preprint [1562] => | datum_vydání = 2020-04-04 [1563] => | url = https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.31.20038935v1.full.pdf [1564] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1565] => | jazyk = anglicky [1566] => | doi = 10.1101/2020.03.31.20038935 [1567] => }} nebo inaktivace transmembránové serinové proteázy 2 (TMPRSS2),{{Citace elektronického periodika [1568] => | příjmení1 = Simmons [1569] => | jméno1 = G. [1570] => | příjmení2 = Gosalia [1571] => | jméno2 = D. N. [1572] => | příjmení3 = Rennekamp [1573] => | jméno3 = A. J. [1574] => | příjmení4 = Reeves [1575] => | jméno4 = J. D. [1576] => | příjmení5 = Diamond [1577] => | jméno5 = S. L. [1578] => | příjmení6 = Bates [1579] => | jméno6 = P. [1580] => | titul = Inhibitors of cathepsin L prevent severe acute respiratory syndrome coronavirus entry [1581] => | periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences [1582] => | ročník = 102 [1583] => | číslo = 33 [1584] => | datum_vydání = 2005-08-16 [1585] => | strany = 11876–11881 [1586] => | url = https://www.pnas.org/content/102/33/11876?ijkey=e7f59c934a352752f99b58dc171d3f489df3c279&keytype2=tf_ipsecsha [1587] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1588] => | jazyk = anglicky [1589] => | doi = 10.1073/pnas.0505577102 [1590] => | url archivu = https://web.archive.org/web/20200720120127/https://www.pnas.org/content/102/33/11876?ijkey=e7f59c934a352752f99b58dc171d3f489df3c279&keytype2=tf_ipsecsha [1591] => | datum archivace = 2020-07-20 [1592] => }}{{Citace elektronického periodika [1593] => | příjmení1 = Hoffmann [1594] => | jméno1 = Markus [1595] => | příjmení2 = Kleine-Weber [1596] => | jméno2 = Hannah [1597] => | příjmení3 = Krüger [1598] => | jméno3 = Nadine [1599] => | příjmení4 = Müller [1600] => | jméno4 = Marcel [1601] => | příjmení5 = Drosten [1602] => | jméno5 = Christian [1603] => | příjmení6 = Pöhlmann [1604] => | jméno6 = Stefan [1605] => | titul = The novel coronavirus 2019 (2019-nCoV) uses the SARS-coronavirus receptor ACE2 and the cellular protease TMPRSS2 for entry into target cells [1606] => | periodikum = bioRxiv preprint [1607] => | datum_vydání = 2020-01-31 [1608] => | url = https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.31.929042v1.full.pdf [1609] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1610] => | jazyk = anglicky [1611] => | doi = 10.1101/2020.01.31.929042 [1612] => }} která štěpí ''peplomer'' virové obálky a umožňuje viru fúzi s membránou [[endozom]]u a vstup do cytoplasmy buňky.{{Citace elektronického periodika [1613] => | příjmení1 = Zhang [1614] => | jméno1 = Haibo [1615] => | příjmení2 = Penninger [1616] => | jméno2 = Josef M. [1617] => | příjmení3 = Li [1618] => | jméno3 = Yimin [1619] => | příjmení4 = Zhong [1620] => | jméno4 = Nanshan [1621] => | příjmení5 = Slutsky [1622] => | jméno5 = Arthur S. [1623] => | titul = Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) as a SARS-CoV-2 receptor: molecular mechanisms and potential therapeutic target [1624] => | periodikum = Intensive Care Medicine [1625] => | ročník = 46 [1626] => | číslo = 4 [1627] => | datum_vydání = 2020-03-03 [1628] => | strany = 586–590 [1629] => | url = https://link.springer.com/article/10.1007/s00134-020-05985-9 [1630] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1631] => | jazyk = anglicky [1632] => | doi = 10.1007/s00134-020-05985-9 [1633] => }} Inhibitory této proteázy, camostat a nafamostat jsou schválená léčiva v Japonsku a USA, kde jsou užívána k léčbě chronické pankreatidy, rakoviny i některých virových onemocnění, včetně MERS-CoV.{{Citace elektronického periodika [1634] => | příjmení1 = Yamamoto [1635] => | jméno1 = Mizuki [1636] => | příjmení2 = Matsuyama [1637] => | jméno2 = Shutoku [1638] => | příjmení3 = Li [1639] => | jméno3 = Xiao [1640] => | příjmení4 = Takeda [1641] => | jméno4 = Makoto [1642] => | příjmení5 = Kawaguchi [1643] => | jméno5 = Yasushi [1644] => | příjmení6 = Inoue [1645] => | jméno6 = Jun-ichiro [1646] => | příjmení7 = Matsuda [1647] => | jméno7 = Zene [1648] => | titul = Identification of Nafamostat as a Potent Inhibitor of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus S Protein-Mediated Membrane Fusion Using the Split-Protein-Based Cell-Cell Fusion Assay [1649] => | periodikum = Antimicrobial Agents and Chemotherapy [1650] => | ročník = 60 [1651] => | číslo = 11 [1652] => | datum_vydání = 2016-11-21 [1653] => | strany = 6532–6539 [1654] => | url = https://aac.asm.org/content/aac/60/11/6532.full.pdf [1655] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1656] => | jazyk = anglicky [1657] => | doi = 10.1128/AAC.01043-16 [1658] => | url archivu = https://web.archive.org/web/20201103082120/https://aac.asm.org/content/aac/60/11/6532.full.pdf [1659] => | datum archivace = 2020-11-03 [1660] => }} [1661] => [1662] => == Fylogenetika == [1663] => {{SARS-CoV-2 fylogenetika}} [1664] => Jako referenční [[Sekvenování|sekvence]] SARS-CoV-2 slouží vzorek viru hCoV-19/Wuhan/WIV04/2019, získaný od symptomatického pacienta dne 30. prosince 2019 v nemocnici Wuhan Jinyintan Hospital ve [[Wu-chan]]u.{{Cite web|url=https://www.gisaid.org/epiflu-applications/hcov-19-reference-sequence/|title=Official hCoV-19 Reference Sequence, GISAID|website=www.gisaid.org|accessdate=21. 5. 2022}}. Do 2. února 2021 bylo získáno téměř 460 000 úplných genomových sekvencí viru z celého světa.{{Cite web|url=https://www.gisaid.org/|title=hCoV-19 Data Sharing via GISAID|website=www.gisaid.org|date=2.2.2021|accessdate=21. 5. 2022}} [1665] => [1666] => Části genetické sekvence ''SARS-CoV-2'' vykazují podobnosti s jinými [[betacoronavirus|betakoronaviry]] vyskytujících se v netopýrech jako jsou ''[[SARS-CoV]]'' či ''[[MERS-CoV]]'', které způsobují nemoci [[SARS]] a [[MERS]], nicméně nový koronavirus je od nich geneticky odlišný.{{Citace elektronického periodika [1667] => | příjmení = [1668] => | jméno = [1669] => | titul = Diagnostic detection of Wuhan coronavirus 2019 by real-time RTPCR [1670] => | periodikum = [1671] => | vydavatel = World Health Organisation [1672] => | url = https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus-assay-v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf?sfvrsn=d381fc88_2 [1673] => | datum vydání = 2020-01-13 [1674] => | url archivu = [1675] => | datum přístupu = 2020-01-23 [1676] => }}Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses including novel coronavirus from Wuhan using data generated by the Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health, the National Institute for Viral Disease Control and Prevention, the Institute of Pathogen Biology, and the Wuhan Institute of Virology shared via GISAID.[https://nextstrain.org/groups/blab/sars-like-cov Dostupné online] (anglicky) Jeho RNA je dlouhá přibližně 30 473 bp. Fylogenická analýza je dostupná skrze Nextstrain.{{Cite web|url=https://nextstrain.org/ncov?m=div|title=Nextstrain: Genomic epidemiology of novel coronavirus|website=nextstrain.org|accessdate=21. 5. 2022}}. Vysokou 96% příbuznost vykazuje netopýří koronavirus BatCoV RaTG13{{Citace periodika [1677] => | příjmení = Zhou [1678] => | jméno = Hong [1679] => | příjmení2 = Chen [1680] => | jméno2 = Xing [1681] => | příjmení3 = Hu [1682] => | jméno3 = Tao [1683] => | titul = A Novel Bat Coronavirus Closely Related to SARS-CoV-2 Contains Natural Insertions at the S1/S2 Cleavage Site of the Spike Protein [1684] => | periodikum = Current Biology [1685] => | datum vydání = 2020-06 [1686] => | ročník = 30 [1687] => | číslo = 11 [1688] => | strany = 2196–2203.e3 [1689] => | pmid = 32416074 [1690] => | doi = 10.1016/j.cub.2020.05.023 [1691] => | jazyk = en [1692] => | url = https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S096098222030662X [1693] => | datum přístupu = 2021-02-25 [1694] => }}{{Citace periodika [1695] => | příjmení = Zhou [1696] => | jméno = Peng [1697] => | příjmení2 = Yang [1698] => | jméno2 = Xing-Lou [1699] => | příjmení3 = Wang [1700] => | jméno3 = Xian-Guang [1701] => | titul = A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin [1702] => | periodikum = Nature [1703] => | datum vydání = 2020-03-12 [1704] => | ročník = 579 [1705] => | číslo = 7798 [1706] => | strany = 270–273 [1707] => | issn = 0028-0836 [1708] => | pmid = 32015507 [1709] => | doi = 10.1038/s41586-020-2012-7 [1710] => | jazyk = en [1711] => | url = http://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7 [1712] => | datum přístupu = 2021-02-25 [1713] => }} pocházející z netopýrů v měděném dole v [[Chanijský autonomní okres Mo-ťiang|Mo-ťiangu]] v městské prefektuře [[Pchu-er]] v provincii [[Jün-nan]], který byl sekvenován až po vypuknutí [[pandemie covidu-19]] koncem roku 2019.{{Citace elektronického periodika [1714] => | titul = Study points to evidence of stray dogs as possible origin of SARS-CoV-2 pandemic [1715] => | periodikum = medicalxpress.com [1716] => | datum_vydání = 2020-04-14 [1717] => | url = https://medicalxpress.com/news/2020-04-evidence-stray-dogs-sars-cov-pandemic.html [1718] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1719] => | jazyk = anglicky [1720] => }} Podobně vysokou příbuznost vykazuje také netopýří koronavirus RmYN02 pocházející z netopýrů z autonomní oblasti [[Si-šuang-pan-na]] v provincii Jün-nan, který byl sekvenován v roce 2020. Obě sekvenování prováděli vědci ve [[Wuchanský institut virologie|Wuchanském institutu virologie]]. [1721] => [1722] => Porovnání známých sekvencí savčích koronavirů napomohlo k objasnění významu mutací, insercí nebo delecí (rekombinací), které hypoteticky vznikly přes zvířecího mezihostitele nebo až během infekce člověka a vedly k adaptaci na mezilidský přenos. Zatímco receptorová doména S proteinu obsahuje střídavě base shodné s koronavirem netopýra či [[Luskouni|luskouna]], jeho doména aktivovaná membránovou proteázou je kódována unikátní nově získanou sekvencí RNA a nemá žádnou analogii se zkoumanými viry. Bez objevení takové sekvence u některého zvířecího koronaviru nelze stanovit, zda virus vznikl přirozenou rekombinací nebo uměle.{{Citace elektronického periodika [1723] => | příjmení1 = Andersen [1724] => | jméno1 = Kristian G. [1725] => | příjmení2 = Rambaut [1726] => | jméno2 = Andrew [1727] => | příjmení3 = Lipkin [1728] => | jméno3 = W. Ian [1729] => | příjmení4 = Holmes [1730] => | jméno4 = Edward C. [1731] => | příjmení5 = Garry [1732] => | jméno5 = Robert F. [1733] => | titul = The proximal origin of SARS-CoV-2 [1734] => | periodikum = Nature Medicine [1735] => | ročník = 26 [1736] => | číslo = 4 [1737] => | datum_vydání = 2020-04 [1738] => | strany = 450–452 [1739] => | url = https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9.pdf [1740] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1741] => | jazyk = anglicky [1742] => | doi = 10.1038/s41591-020-0820-9 [1743] => }} [1744] => [1745] => Předběžné zprávy uvádějí, že virus ''SARS-CoV-2'' je přirozeného původu;{{Citace elektronického periodika [1746] => | příjmení = Mihulka [1747] => | jméno = Stanislav [1748] => | titul = Původ nepřítele: Kde se vzal virus SARS-CoV-2 [1749] => | periodikum = OSEL.cz [1750] => | vydavatel = Osel,s.r.o. [1751] => | rok vydání = 2020 [1752] => | měsíc vydání = březen [1753] => | den vydání = 19 [1754] => | url = http://www.osel.cz/11082-puvod-nepritele-kde-se-vzal-virus-sars-cov-2.html [1755] => | issn = 1214-6307 [1756] => }}{{Citace elektronického periodika [1757] => | titul = The COVID-19 coronavirus epidemic has a natural origin, scientists say [1758] => | periodikum = medicalxpress.com [1759] => | datum_vydání = 2020-03-17 [1760] => | url = https://medicalxpress.com/news/2020-03-covid-coronavirus-epidemic-natural-scientists.html [1761] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1762] => | jazyk = anglicky [1763] => }} nevykazuje celogenomovou příbuznost k jiným liniím koronavirů SARS, kterou by se vyznačoval záměrně laboratorně vytvořený virus, ale nese změny jak v genech pro receptor vážící doménu odpovědnou za vazbu viru na receptor cílových buněk, tak pro „místo štěpení“, které musí být rozpoznáno a štěpeno enzymy hostitele, čímž je virový protein aktivován ke vstupu do buněk.Vědci zjistili, že nový koronavirus (SARS-CoV-2) způsobující onemocnění COVID-19, má přirozený původ! Tiskové prohlášení AV ČR. 19. březen 2020. [http://www.avcr.cz/.content/galerie-souboru/tiskove-zpravy/2020/TZ_UBO_koronavirus_final_19_3_2020.docx Dostupné online] [1764] => [1765] => Porovnání kompletního genomu SARS-CoV-2 s příbuznými koronaviry vedlo ke zjištění, že spolu s netopýřím RaTG13 tvoří zvláštní linii odlišnou od ostatních známých koronavirů pouze pokud jde o část ORF 1a a část kódující S protein. Tato sekvence RNA však není identická a tedy RaTG13 není virem, který způsobil nynější pandemii. Naopak celá střední část SARS-CoV-2 – téměř polovina jeho genomu (pořadí nukleotidů 10 901–22 830) nemá žádnou příbuznou analogii mezi známými sekvencemi koronavirů podrodu Sarbecovirus ani jinými koronaviry a autoři vylučují, že mohla vzniknout nedávnou rekombinací.{{Citace elektronického periodika [1766] => | příjmení1 = Paraskevis [1767] => | jméno1 = D. [1768] => | příjmení2 = Kostaki [1769] => | jméno2 = E.G. [1770] => | příjmení3 = Magiorkinis [1771] => | jméno3 = G. [1772] => | příjmení4 = Panayiotakopoulos [1773] => | jméno4 = G. [1774] => | příjmení5 = Sourvinos [1775] => | jméno5 = G. [1776] => | příjmení6 = Tsiodras [1777] => | jméno6 = S. [1778] => | titul = Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV) rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination event [1779] => | periodikum = Infection, Genetics and Evolution [1780] => | ročník = 79 [1781] => | datum_vydání = 2020-04-27 [1782] => | strany = 104212 [1783] => | url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7106301/pdf/main.pdf [1784] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1785] => | jazyk = anglicky [1786] => | doi = 10.1016/j.meegid.2020.104212 [1787] => | pmid = 32004758 [1788] => }} Shodu ve většině oblastí genomu (např. 1ab, 3a, E, 6, 7a, N a 10) se však podařilo identifikovat u příbuzného netopýřího viru RmYN02, což představuje další podporu pro přirozený vznik lidského SARS-CoV-2.{{Citace elektronického periodika [1789] => | autor1 = Hong Zhou [1790] => | spoluautoři = ''et al''. [1791] => | titul = A novel bat coronavirus closely related to SARS-CoV-2 contains natural insertions at the S1/S2 cleavage site of the spike protein [1792] => | periodikum = Current Biology [1793] => | datum_vydání = 2020-05-06 [1794] => | doi = 10.1016/j.cub.2020.05.023 [1795] => | poznámky = online Pre-proof [1796] => | jazyk = anglicky [1797] => }}{{Citace elektronického periodika [1798] => | autor1 = Cell Press [1799] => | titul = A close relative of SARS-CoV-2 found in bats offers more evidence it evolved naturally [1800] => | periodikum = Phys.Org [1801] => | datum_vydání = 2020-05-11 [1802] => | url = https://phys.org/news/2020-05-relative-sars-cov-evidence-evolved-naturally.html [1803] => | jazyk = anglicky [1804] => }} [1805] => [1806] => RNA viry představují 37% všech zoonóz, neboť vysoká frekvence mutací jejich genomu umožňuje rychlejší adaptaci na nového hostitele. Viry s genomem tvořeným velkou jednovláknovou RNA mají obecně širší spektrum možných hostitelů, přičemž při infekci hraje důležitou roli evolučně konzervovaná struktura jejich receptorového proteinu.{{Citace elektronického periodika [1807] => | příjmení1 = Woolhouse [1808] => | jméno1 = Mark E.J. [1809] => | příjmení2 = Gowtage-Sequeria [1810] => | jméno2 = Sonya [1811] => | titul = Host Range and Emerging and Reemerging Pathogens [1812] => | periodikum = Emerging Infectious Diseases [1813] => | ročník = 11 [1814] => | číslo = 12 [1815] => | datum_vydání = 2005-12 [1816] => | strany = 1842–1847 [1817] => | url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3367654/pdf/05-0997.pdf [1818] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1819] => | jazyk = anglicky [1820] => | doi = 10.3201/eid1112.050997 [1821] => | pmid = 16485468 [1822] => }} Viry s vysokou plasticitou, pokud jde o spektrum hostitelů, představují vážnější riziko přenosu na člověka.{{Citace elektronického periodika [1823] => | příjmení1 = Shaw [1824] => | jméno1 = Liam P. [1825] => | příjmení2 = Wang [1826] => | jméno2 = Alethea D. [1827] => | příjmení3 = Dylus [1828] => | jméno3 = David [1829] => | příjmení4 = Meier [1830] => | jméno4 = Magda [1831] => | příjmení5 = Pogacnik [1832] => | jméno5 = Grega [1833] => | příjmení6 = Dessimoz [1834] => | jméno6 = Christophe [1835] => | příjmení7 = Balloux [1836] => | jméno7 = Francois [1837] => | titul = The phylogenetic range of bacterial and viral pathogens of vertebrates [1838] => | periodikum = bioRxiv preprint [1839] => | datum_vydání = 2019-06-13 [1840] => | url = https://www.biorxiv.org/content/10.1101/670315v1.full.pdf [1841] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1842] => | jazyk = anglicky [1843] => | doi = 10.1101/670315 [1844] => }} Také platí, že změna hostitele na větší fylogenetickou vzdálenost obvykle vede ke vzniku vážnějšího onemocnění a vyšší mortalitě.{{Citace elektronického periodika [1845] => | příjmení1 = Farrell [1846] => | jméno1 = Maxwell J. [1847] => | příjmení2 = Davies [1848] => | jméno2 = T. Jonathan [1849] => | titul = Disease mortality in domesticated animals is predicted by host evolutionary relationships [1850] => | periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences [1851] => | ročník = 116 [1852] => | číslo = 16 [1853] => | datum_vydání = 2019-04-16 [1854] => | strany = 7911–7915 [1855] => | url = https://www.pnas.org/content/116/16/7911 [1856] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1857] => | jazyk = anglicky [1858] => | doi = 10.1073/pnas.1817323116 [1859] => | url archivu = https://web.archive.org/web/20201012191324/https://www.pnas.org/content/116/16/7911 [1860] => | datum archivace = 2020-10-12 [1861] => }} [1862] => [1863] => SARS-CoV-2 během šíření v lidské populaci mutuje s vysokou frekvencí. Porovnáním celkem 7 666 z 11 000 známých kompletních genových sekvencí (GISAID Initiative EpiCoV platform){{Citace elektronické monografie [1864] => | titul = GISAID [1865] => | url = https://www.gisaid.org/ [1866] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1867] => | jazyk = anglicky [1868] => }} bylo nalezeno celkem 198 homoplasických (shodných) mutací, které během vývoje z původního typu viru patrně představují evoluční adaptaci na lidského hostitele a měly by být předmětem dalšího zkoumání. 80 % záměn nukleotidů představuje nesynonymní mutaci (232) a zbytek synonymní mutaci (58) aminokyselin virových proteinů, z toho nejčastěji v nestrukturních proteinech Nsp6, Nsp11, Nsp13 a v S proteinu obálky viru. Tyto mutace jsou většinou neutrální nebo recesivní. Autoři zároveň uvádějí, že 96 % příbuznost s netopýřím koronavirem BatCoV RaTG13 není dostatečně vysoká, aby bylo možno tento virus pokládat za přímého předchůdce SARS-CoV-2. Matematickým výpočtem z fylogenetického stromu bylo odvozeno, že výchozí typ viru (Most Recent Common Ancestor) se v Číně objevil v době mezi 6. říjnem až 11. prosincem 2019 a rychlost mutací činí přibližně 10−4/genom/rok.{{Citace elektronického periodika [1869] => | příjmení1 = van Dorp [1870] => | jméno1 = Lucy [1871] => | příjmení2 = Acman [1872] => | jméno2 = Mislav [1873] => | příjmení3 = Richard [1874] => | jméno3 = Damien [1875] => | příjmení4 = Shaw [1876] => | jméno4 = Liam P. [1877] => | příjmení5 = Ford [1878] => | jméno5 = Charlotte E. [1879] => | příjmení6 = Ormond [1880] => | jméno6 = Louise [1881] => | příjmení7 = Owen [1882] => | jméno7 = Christopher J. [1883] => | příjmení8 = Pang [1884] => | jméno8 = Juanita [1885] => | příjmení9 = Tan [1886] => | jméno9 = Cedric C.S. [1887] => | příjmení10 = Boshier [1888] => | jméno10 = Florencia A.T. [1889] => | příjmení11 = Ortiz [1890] => | jméno11 = Arturo Torres [1891] => | příjmení12 = Balloux [1892] => | jméno12 = François [1893] => | titul = Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2 [1894] => | periodikum = Infection, Genetics and Evolution [1895] => | ročník = 83 [1896] => | datum_vydání = 2020-09 [1897] => | strany = 104351 [1898] => | url = https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567134820301829 [1899] => | datum_přístupu = 2020-11-01T [1900] => | jazyk = anglicky [1901] => | doi = 10.1016/j.meegid.2020.104351 [1902] => }} [1903] => [1904] => Někteří vědci předpokládají, že při přenosu koronaviru z původního hostitele, kterým byli patrně netopýři, hrál roli některý mezihostitel. Doména virové obálky, která se váže na receptor [[Angiotenzin konvertující enzym|angiotenzin konvertáza]] v lidských buňkách je velmi podobná doméně jedné ze dvou linií SARS-CoV-2-příbuzných koronavirů, které byly izolovány z malajských luskounů, zabavených při policejní operaci proti pašerákům na jihu Číny.{{Citace elektronického periodika [1905] => | příjmení1 = Lam [1906] => | jméno1 = Tommy Tsan-Yuk [1907] => | příjmení2 = Jia [1908] => | jméno2 = Na [1909] => | příjmení3 = Zhang [1910] => | jméno3 = Ya-Wei [1911] => | příjmení4 = Shum [1912] => | jméno4 = Marcus Ho-Hin [1913] => | příjmení5 = Jiang [1914] => | jméno5 = Jia-Fu [1915] => | příjmení6 = Zhu [1916] => | jméno6 = Hua-Chen [1917] => | příjmení7 = Tong [1918] => | jméno7 = Yi-Gang [1919] => | příjmení8 = Shi [1920] => | jméno8 = Yong-Xia [1921] => | příjmení9 = Ni [1922] => | jméno9 = Xue-Bing [1923] => | příjmení10 = Liao [1924] => | jméno10 = Yun-Shi [1925] => | příjmení11 = Li [1926] => | jméno11 = Wen-Juan [1927] => | příjmení12 = Jiang [1928] => | jméno12 = Bao-Gui [1929] => | příjmení13 = Wei [1930] => | jméno13 = Wei [1931] => | příjmení14 = Yuan [1932] => | jméno14 = Ting-Ting [1933] => | příjmení15 = Zheng [1934] => | jméno15 = Kui [1935] => | příjmení16 = Cui [1936] => | jméno16 = Xiao-Ming [1937] => | příjmení17 = Li [1938] => | jméno17 = Jie [1939] => | příjmení18 = Pei [1940] => | jméno18 = Guang-Qian [1941] => | příjmení19 = Qiang [1942] => | jméno19 = Xin [1943] => | příjmení20 = Cheung [1944] => | jméno20 = William Yiu-Man [1945] => | příjmení21 = Li [1946] => | jméno21 = Lian-Feng [1947] => | příjmení22 = Sun [1948] => | jméno22 = Fang-Fang [1949] => | příjmení23 = Qin [1950] => | jméno23 = Si [1951] => | příjmení24 = Huang [1952] => | jméno24 = Ji-Cheng [1953] => | příjmení25 = Leung [1954] => | jméno25 = Gabriel M. [1955] => | příjmení26 = Holmes [1956] => | jméno26 = Edward C. [1957] => | příjmení27 = Hu [1958] => | jméno27 = Yan-Ling [1959] => | příjmení28 = Guan [1960] => | jméno28 = Yi [1961] => | příjmení29 = Cao [1962] => | jméno29 = Wu-Chun [1963] => | titul = Identifying SARS-CoV-2-related coronaviruses in Malayan pangolins [1964] => | periodikum = [[Nature]] [1965] => | ročník = 583 [1966] => | číslo = 7815 [1967] => | datum_vydání = 2020-03-26 [1968] => | strany = 282–285 [1969] => | url = https://www.nature.com/articles/s41586-020-2169-0.pdf [1970] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1971] => | jazyk = anglicky [1972] => | doi = 10.1038/s41586-020-2169-0 [1973] => }} Porovnání téměř 3000 známých úplných genomů koronavirů naznačuje, že virová doména S proteinu, která se váže na receptor, je u netopýřích virů vysoce variabilní a prochází řízenou evolucí. V sekvencích virů netopýrů a luskounů byly nalezeny tři nezávislé a statisticky významné rekombinace. Podle nerecenzovaného článku čínských výzkumníků byla porovnáním koronavirů netopýra (Bat-CoV-RaTG13) a luskouna (Pangolin-CoV-2019) nalezena pravděpodobná rekombinace v místě S proteinu, která mohla vést ke vzniku SARS-CoV-2.{{Citace elektronického periodika [1974] => | příjmení1 = Zhu [1975] => | jméno1 = Zhenglin [1976] => | příjmení2 = Meng [1977] => | jméno2 = Kaiwen [1978] => | příjmení3 = Meng [1979] => | jméno3 = Geng [1980] => | titul = The genomic recombination events may reveal the evolution of coronavirus and the origination of 2019-nCoV [1981] => | periodikum = Nature Research preprint [1982] => | datum_vydání = 2020-04-05 [1983] => | url = https://assets.researchsquare.com/files/rs-21488/v1/manuscript.pdf [1984] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [1985] => | jazyk = anglicky [1986] => | doi = 10.21203/rs.3.rs-21488/v1 [1987] => | url archivu = https://web.archive.org/web/20200720120220/https://assets.researchsquare.com/files/rs-21488/v1/manuscript.pdf [1988] => | datum archivace = 2020-07-20 [1989] => | nedostupné = ano [1990] => }} [1991] => [1992] => Lidské patogenní RNA-viry jako virus chřipky,{{Citace elektronického periodika [1993] => | příjmení1 = Greenbaum [1994] => | jméno1 = Benjamin D. [1995] => | příjmení2 = Levine [1996] => | jméno2 = Arnold J. [1997] => | příjmení3 = Bhanot [1998] => | jméno3 = Gyan [1999] => | příjmení4 = Rabadan [2000] => | jméno4 = Raul [2001] => | titul = Patterns of Evolution and Host Gene Mimicry in Influenza and Other RNA Viruses [2002] => | periodikum = PLoS Pathogens [2003] => | ročník = 4 [2004] => | číslo = 6 [2005] => | datum_vydání = 2008-06-06 [2006] => | url = https://journals.plos.org/plospathogens/article/file?id=10.1371/journal.ppat.1000079&type=printable [2007] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [2008] => | jazyk = anglicky [2009] => | doi = 10.1371/journal.ppat.1000079 [2010] => }} SARS, MERS, koronaviry luskounů, netopýří koronavirus BatCoV RaTG13, ale též psí koronaviry, mají společnou vlastnost, která jim dovoluje uniknout přirozenému obrannému mechanismu v buňkách. Je to nízký obsah dinukleotidů CpG v jejich RNA, které rozeznává buněčný restrikční faktor ZAP (Zinc finger Antiviral Protein) a aktivuje buněčnou RNA-exonukleázu (exozómový komplex), která pak cizou RNA rozštěpí. Existuje pravděpodobnost, že virus z trusu netopýrů zmutoval ve střevě psů, protože SARS-CoV-2 způsobuje zažívací potíže také u lidí. [2011] => [2012] => === Analýza viru SARS-CoV-2 === [2013] => Původně byl ''SARS-CoV-2'' považovaný za druh odlišný od ''SARS-CoV''. Mezinárodní výbor pro klasifikaci virů však na základě dostupných genových sekvencí a s přihlédnutím k taxonomickým pravidlům pro virový druh rozhodl, že odlišnosti ''SARS-CoV-2'' nejsou pro jeho uznání jako nový druh dostatečné a je třeba ho řadit jako ''SARS-CoV'' do stejného druhu s mezinárodním označením ''Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus''. [2014] => [2015] => Genetické analýzy ukázaly, že virus mutuje a v listopadu 2020 bylo identifikováno nejméně osm jeho typů.{{Citace elektronického periodika [2016] => | příjmení1 = Weise [2017] => | jméno1 = Elizabeth [2018] => | titul = 8 strains of the coronavirus are circling the globe. Here's what clues they're giving scientists. [2019] => | periodikum = USA Today [2020] => | url = https://eu.usatoday.com/story/news/nation/2020/03/27/scientists-track-coronavirus-strains-mutation/5080571002/ [2021] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [2022] => | jazyk = anglicky [2023] => }}{{#tag:ref|Zde záleží na tom, jaká kritéria se volí pro to, aby byla daná zmutovaná linie označená za nový typ. Není jednotné ani pojmenování těchto typů. Např. virologicko-epidemiologický server Nexstrain.gov, shromažďující příslušná genetická data, k 29. 3. 2020 rozlišuje již 10 [[klad]]ů: A1a, A2, A2a, A3, A6, A7, B, B1, B2, B4.[https://nextstrain.org/ncov?c=clade_membership&l=radial Genomic epidemiology of novel coronavirus]. Nexstrain.gov (anglicky)|group="pozn."}} Přesné místo vzniku daného typu (odlišující mutace) nelze z dosavadního omezeného množství sekvenovaných vzorků určit, je ale možné, že všechny mají původ ve Wu-chanu, kde byly zaznamenány první dva (ne nutně nejpůvodnější), evolučně starší typ S i evolučně novější typ L. Novější typ L se šíří snáze, není však známo, že by nutně způsoboval závažnější formu onemocnění.{{Citace elektronického periodika [2024] => | autor = fš [2025] => | titul = Koronavirus zmutoval do dvou typů [2026] => | periodikum = Novinky.cz [2027] => | odkaz na periodikum = Novinky.cz [2028] => | vydavatel = Borgis [2029] => | rok vydání = 2020 [2030] => | měsíc vydání = březen [2031] => | den vydání = 5 [2032] => | url = https://www.novinky.cz/zahranicni/koronavirus/clanek/koronavirus-zmutoval-do-dvou-typu-toho-agresivnejsiho-ubyva-tvrdi-cinane-40315704 [2033] => }} 27. března 2020 byla publikována studie ukazující, že jeden z nově zjištěných, mutací vzniklých podtypů SARS-CoV-2 by mohl způsobovat [[chronické onemocnění]] (pacient se viru nedokázal zbavit ani za 49 dní), i když s mírným průběhem. Indikátory imunitní reakce byly přitom stabilní i přes vysokou virovou zátěž, což by mohlo naznačovat, že lidský organismus může vytvořit s daným podtypem viru [[symbióza|symbiotický]] vztah.{{Citace elektronického periodika [2034] => | příjmení = Hockaday [2035] => | jméno = James [2036] => | titul = Scientists may have found mutated coronavirus sub-type which lasts 49 days [2037] => | periodikum = Metro.co.uk [2038] => | vydavatel = Associated Newspapers Limited [2039] => | rok vydání = 2020 [2040] => | měsíc vydání = duben [2041] => | den vydání = 1 [2042] => | url = https://metro.co.uk/2020/04/01/scientists-may-found-coronavirus-sub-type-left-patient-infectious-49-days-12495201/ [2043] => | jazyk = anglicky [2044] => }}{{Citace elektronického periodika [2045] => | autor = Li Tan [2046] => | autor2 = Xia Kang [2047] => | autor3 = Bo Zhang [2048] => | autor4 = Shangen Zheng [2049] => | autor5 = Bo Liu [2050] => | autor6 = Tiantian Yu [2051] => | autor7 = Fan Yang [2052] => | spoluautoři = QIONGSHU WANG; HONGMING MIAO [2053] => | titul = A special case of COVID-19 with long duration of viral shedding for 49 days [2054] => | periodikum = medRχiv [2055] => | vydavatel = Cold Spring Harbor Laboratory [2056] => | rok vydání = 2020 [2057] => | měsíc vydání = březen [2058] => | den vydání = 27 [2059] => | datum přístupu = 2020-04-02 [2060] => | strany = 1–21 [2061] => | poznámka = preprint [2062] => | url = https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.22.20040071v1 [2063] => | dostupnost2 = PDF [2064] => | url2 = https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.22.20040071v1.full.pdf [2065] => | doi = 10.1101/2020.03.22.20040071 [2066] => | jazyk = anglicky [2067] => }}{{Citace elektronického periodika [2068] => | autor1 = YONG JIA [2069] => | autor2 = Gangxu Shen [2070] => | autor3 = Yujuan Zhang [2071] => | autor4 = Keng-Shiang Huang [2072] => | autor5 = Hsing-Ying Ho [2073] => | autor6 = Wei-Shio Hor [2074] => | autor7 = Chih-Hui Yang [2075] => | autor8 = Chengdao Li [2076] => | autor9 = Wei-Lung Wang [2077] => | titul = Analysis of the mutation dynamics of SARS-CoV-2 reveals the spread history and emergence of RBD mutant with lower ACE2 binding affinity [2078] => | periodikum = bioRχiv [2079] => | vydavatel = Cold Spring Harbor Laboratory [2080] => | datum_vydání = 2020-04-11 [2081] => | url = https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.04.09.034942v1.article-info [2082] => | jazyk = anglicky [2083] => | doi = 10.1101/2020.04.09.034942 [2084] => }}{{Citace elektronického periodika [2085] => | příjmení1 = Chen [2086] => | jméno1 = Stephen [2087] => | titul = Coronavirus mutation could threaten the race to develop vaccine [2088] => | periodikum = South China Morning Post [2089] => | vydavatel = South China Morning Post Publishers Ltd. [2090] => | datum_vydání = 2020-04-14 [2091] => | url = https://www.scmp.com/news/china/science/article/3079678/coronavirus-mutation-threatens-race-develop-vaccine [2092] => | jazyk = anglicky [2093] => }} [2094] => [2095] => Vysokou frekvenci mutací u RNA virů způsobuje jejich jednovláknová RNA a také virová RNA-polymeráza, která při replikaci vnáší časté chyby. Akumulace mutací v každém replikačním cyklu však neznamená, že se virus stává automaticky nebezpečnější, protože epidemiologicky významné vlastnosti jako virulence jsou kontrolovány více geny současně. Nové vlastnosti nevznikají v tak krátkém evolučním období a většina mutantních virů je přirozenou selekcí eliminována.Holmes, E. C. The Evolution and Emergence of RNA Viruses, Oxford University Press, 2009 Do dubna 2020 bylo sekvenováno celkem 3379 genomů SARS CoV-2 z různých oblastí světa, přičemž u dvou původem z USA bylo nalezeno 16 a 22 mutací. Některé evropské typy mají 11–14 mutací (Island, Belgie, Francie, Nizozemsko). [2096] => [2097] => Porovnání celkem 160 kompletních sekvencí SARS-CoV-2, izolovaných v různých částech světa během počáteční fáze šíření pandemie na počátku března 2020, umožnilo na základě postupně kumulovaných mutací genomu a známé cestovní historie nakažených konstrukci fylogenetického stromu viru. Z celkem 100 různých genomů viru je možné sestavit tři hlavní typy, z nichž původní typ A, který má nejblíže k předpokládanému zdroji – koronaviru netopýra z okolí [[Jün-nan]]u, označovanému BatCoVRaTG13, mohl kolovat v lidské populaci na jihu Číny už v září 2019. Nejstarší podtyp SARS-CoV-2, označovaný A, byl nalezen v [[Kuang-tung|Guandongu]], mladší podtyp A převážně ve [[Wu-chan]]u, odkud se rozšířil do USA a Austrálie. Podtyp B se vyskytuje ve [[Wu-chan]]u a některých přilehlých asijských zemích. Podtyp C se vyskytuje v asijských zemích mimo Čínu, v Evropě a USA. Na základě analýzy genomů viru bylo možné určit např. přímou trasu přenosu [[Kuang-tung|Guandong]]–Kanada. Na trase šíření [[Wu-chan]]–Německo–Itálie–Mexiko virus postupně kumuloval celkem 10 mutací.{{Citace elektronického periodika [2098] => | příjmení1 = Forster [2099] => | jméno1 = Peter [2100] => | příjmení2 = Forster [2101] => | jméno2 = Lucy [2102] => | příjmení3 = Renfrew [2103] => | jméno3 = Colin [2104] => | příjmení4 = Forster [2105] => | jméno4 = Michael [2106] => | titul = Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes [2107] => | periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences [2108] => | ročník = 117 [2109] => | číslo = 17 [2110] => | datum_vydání = 2020-04-28 [2111] => | strany = 9241–9243 [2112] => | url = https://www.pnas.org/content/117/17/9241 [2113] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [2114] => | jazyk = anglicky [2115] => | doi = 10.1073/pnas.2004999117 [2116] => | url archivu = https://web.archive.org/web/20200607011159/https://www.pnas.org/content/117/17/9241 [2117] => | datum archivace = 2020-06-07 [2118] => }} [2119] => [2120] => Mapování mutací viru a vytvoření jeho fylogenetického stromu se věnuje iniciativa GISAID.{{Citace elektronické monografie [2121] => | titul = Genomic epidemiology of hCoV-19 [2122] => | url = https://www.gisaid.org/epiflu-applications/phylodynamics/ [2123] => | vydavatel = gisaid.org [2124] => | datum_přístupu = 2020-12-28 [2125] => | jazyk = anglicky [2126] => | url archivu = https://web.archive.org/web/20210106154517/https://www.gisaid.org/epiflu-applications/phylodynamics/ [2127] => | datum archivace = 2021-01-06 [2128] => | nedostupné = ano [2129] => }} Důsledné sekvenování izolovaných typů viru ale provádí pouze několik zemí, z nich nejdůsledněji [[Austrálie]], kde bylo izolováno a sekvenováno téměř 59 % virů z celkem 28 000 nakažených. Následuje [[Nový Zéland]] (48,6 %), [[Tchaj-wan]] (17,7 %), z evropských zemí [[Dánsko]] a [[Island]] (11,7, 10,6 %), následují [[Gambie]] (9,5 %) a [[Vietnam]] (8 %). [[Spojené království|Velká Británie]] s celkovým množstvím přes 2 miliony nakažených sekvenovala celkem 7,4 % (= 157 000), kdežto USA s 18 miliony nakažených má pouze 0,3 % sekvenovaných virů (= 51 000) a je až na 43. místě ve světě.{{Citace elektronického periodika [2130] => | příjmení1 = Stevens [2131] => | jméno1 = Harry [2132] => | příjmení2 = Berger [2133] => | jméno2 = Miriam [2134] => | titul = U.S. ranks 43rd worldwide in sequencing to check for coronavirus variants like the one found in the U.K. [2135] => | periodikum = [[The Washington Post]] [2136] => | datum_vydání = 2020-12-23 [2137] => | url = https://www.washingtonpost.com/world/2020/12/23/us-leads-world-coronavirus-cases-ranks-43rd-sequencing-check-variants/ [2138] => | issn = 0190-8286 [2139] => | datum_přístupu = 2020-12-28 [2140] => | jazyk = anglicky [2141] => }} [2142] => [2143] => Jak se ukázalo v případě jiných infekcí (Ebola), jsou virulence a přenosnost viru v nepřímé úměře, protože vysoce virulentní onemocnění zahubí infikovaného dříve, než stačí nakazit další. I bodová mutace viru je naopak významná při jeho mezidruhovém přenosu, jak se ukázalo u lidského HIV, který vznikl mutací AA30 v Gag proteinu SIV, mutace GP-A82V viru Eboly, nebo mutace E1-A226V u Chikunguya viru, která umožnila změnu mezihostitele.{{Citace elektronického periodika [2144] => | příjmení1 = Grubaugh [2145] => | jméno1 = Nathan D. [2146] => | příjmení2 = Petrone [2147] => | jméno2 = Mary E. [2148] => | příjmení3 = Holmes [2149] => | jméno3 = Edward C. [2150] => | titul = We shouldn’t worry when a virus mutates during disease outbreaks [2151] => | periodikum = Nature Microbiology [2152] => | ročník = 5 [2153] => | číslo = 4 [2154] => | datum_vydání = 2020-04 [2155] => | strany = 529–530 [2156] => | url = https://www.nature.com/articles/s41564-020-0690-4.pdf [2157] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [2158] => | jazyk = anglicky [2159] => | doi = 10.1038/s41564-020-0690-4 [2160] => }} Jindy byla příčinou mezidruhového přenosu naopak delece části genomu. Při epidemii SARS (2002–2003) byly SARS-CoV viry nalezeny na tržnici v Guandongu u himálajských cibetek, psíků mývalovitých i lidí pracujících v tržnici. Také SARS-CoV má oproti koronaviru cibetky bodovou mutaci v místě domény vázající se na ACE2, která zvyšuje jeho afinitu k receptoru.{{Citace elektronického periodika [2161] => | příjmení1 = Cui [2162] => | jméno1 = Jie [2163] => | příjmení2 = Li [2164] => | jméno2 = Fang [2165] => | příjmení3 = Shi [2166] => | jméno3 = Zheng-Li [2167] => | titul = Origin and evolution of pathogenic coronaviruses [2168] => | periodikum = Nature Reviews Microbiology [2169] => | ročník = 17 [2170] => | číslo = 3 [2171] => | datum_vydání = 2019-03 [2172] => | strany = 181–192 [2173] => | url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7097006/pdf/41579_2018_Article_118.pdf [2174] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [2175] => | jazyk = anglicky [2176] => | doi = 10.1038/s41579-018-0118-9 [2177] => | pmid = 30531947 [2178] => }} Virulentní varianta viru, izolovaná z pacientů s nemocí SARS, vznikla delecí 29 nukleotidů v genu kódujícím spike protein obalu viru, který mu umožnil adaptaci na lidského hostitele.{{Citace elektronického periodika [2179] => | příjmení1 = Guan [2180] => | jméno1 = Y. [2181] => | příjmení2 = Zheng [2182] => | jméno2 = B. J. [2183] => | příjmení3 = He [2184] => | jméno3 = Y. Q. [2185] => | příjmení4 = Liu [2186] => | jméno4 = X. L. [2187] => | příjmení5 = Zhuang [2188] => | jméno5 = Z. X. [2189] => | příjmení6 = Cheung [2190] => | jméno6 = C. L. [2191] => | příjmení7 = Luo [2192] => | jméno7 = S. W. [2193] => | příjmení8 = Li [2194] => | jméno8 = P. H. [2195] => | příjmení9 = Zhang [2196] => | jméno9 = L. J. [2197] => | příjmení10 = Guan [2198] => | jméno10 = Y. J. [2199] => | příjmení11 = Butt [2200] => | jméno11 = K. M. [2201] => | příjmení12 = Wong [2202] => | jméno12 = K. L. [2203] => | příjmení13 = Chan [2204] => | jméno13 = K. W. [2205] => | příjmení14 = Lim [2206] => | jméno14 = W. [2207] => | příjmení15 = Shortridge [2208] => | jméno15 = K. F. [2209] => | příjmení16 = Yuen [2210] => | jméno16 = K. Y. [2211] => | příjmení17 = Peiris [2212] => | jméno17 = J. S. M. [2213] => | příjmení18 = Poon [2214] => | jméno18 = L. L. M. [2215] => | titul = Isolation and Characterization of Viruses Related to the SARS Coronavirus from Animals in Southern China [2216] => | periodikum = [[Science]] [2217] => | ročník = 302 [2218] => | číslo = 5643 [2219] => | datum_vydání = 2003-10-10 [2220] => | strany = 276–278 [2221] => | url = https://science.sciencemag.org/content/sci/302/5643/276.full.pdf [2222] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [2223] => | jazyk = anglicky [2224] => | doi = 10.1126/science.1087139 [2225] => }} [2226] => [2227] => === Odlišnosti SARS-CoV a SARS-CoV-2 === [2228] => Za epidemie, která má počátek na přelomu let 2002-2003{{Cite web|url=https://www.who.int/csr/don/2003_07_04/en/|title=Update 95 - SARS: Chronology of a serial killer, WHO|accessdate=21. 5. 2022}} byl původ viru SARS-CoV jednoznačně identifikován porovnáním jeho sekvence spike proteinu s homologní sekvencí viru izolovaného z cibetky. Mezi prvními čtyřmi nakaženými byla servírka z restaurace v Guangzhou která měla cibetky na jídelníčku a zákazník, který seděl v blízkosti klecí s živými cibetkami.{{Cite journal|url=https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16485471/|title=SARS-CoV infection in a restaurant from palm civet|first1=Ming|last1=Wang|first2=Meiying|last2=Yan|first3=Huifang|last3=Xu|first4=Weili|last4=Liang|first5=Biao|last5=Kan|first6=Bojian|last6=Zheng|first7=Honglin|last7=Chen|first8=Han|last8=Zheng|first9=Yanmei|last9=Xu|first10=Enmin|last10=Zhang|first11=Hongxia|last11=Wang|first12=Jingrong|last12=Ye|first13=Guichang|last13=Li|first14=Machao|last14=Li|first15=Zhigang|last15=Cui|first16=Yu-Fei|last16=Liu|first17=Rong-Tong|last17=Guo|first18=Xiao-Ning|last18=Liu|first19=Liu-Hua|last19=Zhan|first20=Duan-Hua|last20=Zhou|first21=Ailan|last21=Zhao|first22=Rong|last22=Hai|first23=Dongzhen|last23=Yu|first24=Yi|last24=Guan|first25=Jianguo|last25=Xu|date=21. 12. 2005|journal=Emerging Infectious Diseases|volume=11|issue=12|pages=1860–1865|accessdate=21. 5. 2022|via=PubMed|doi=10.3201/eid1112.041293|pmid=16485471|pmc=3367621}} [2229] => [2230] => Genomy viru cibetky a SARS-CoV byly na počátku téměř shodné, ale po přenosu na člověka virus v krátké době kumuloval množství nehomologních mutací, které byly významné pro jeho adaptaci na nového hostitele.{{Cite journal|url= https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15695582/ |first1=Huai-Dong|last1=Song|first2=Chang-Chun|last2=Tu|first3=Guo-Wei|last3=Zhang|first4=Sheng-Yue|last4=Wang|first5=Kui|last5=Zheng|first6=Lian-Cheng|last6=Lei|first7=Qiu-Xia|last7=Chen|first8=Yu-Wei|last8=Gao|first9=Hui-Qiong|last9=Zhou|first10=Hua|last10=Xiang|first11=Hua-Jun|last11=Zheng|first12=Shur-Wern Wang|last12=Chern|first13=Feng|last13=Cheng|first14=Chun-Ming|last14=Pan|first15=Hua|last15=Xuan|first16=Sai-Juan|last16=Chen|first17=Hui-Ming|last17=Luo|first18=Duan-Hua|last18=Zhou|first19=Yu-Fei|last19=Liu|first20=Jian-Feng|last20=He|first21=Peng-Zhe|last21=Qin|first22=Ling-Hui|last22=Li|first23=Yu-Qi|last23=Ren|first24=Wen-Jia|last24=Liang|first25=Ye-Dong|last25=Yu|first26=Larry|last26=Anderson|first27=Ming|last27=Wang|first28=Rui-Heng|last28=Xu|first29=Xin-Wei|last29=Wu|first30=Huan-Ying|last30=Zheng|first31=Jin-Ding|last31=Chen|first32=Guodong|last32=Liang|first33=Yang|last33=Gao|first34=Ming|last34=Liao|first35=Ling|last35=Fang|first36=Li-Yun|last36=Jiang|first37=Hui|last37=Li|first38=Fang|last38=Chen|first39=Biao|last39=Di|first40=Li-Juan|last40=He|first41=Jin-Yan|last41=Lin|first42=Suxiang|last42=Tong|first43=Xiangang|last43=Kong|first44=Lin|last44=Du|first45=Pei|last45=Hao|first46=Hua|last46=Tang|first47=Andrea|last47=Bernini|first48=Xiao-Jing|last48=Yu|first49=Ottavia|last49=Spiga|first50=Zong-Ming|last50=Guo|first51=Hai-Yan|last51=Pan|first52=Wei-Zhong|last52=He|first53=Jean-Claude|last53=Manuguerra|first54=Arnaud|last54=Fontanet|first55=Antoine|last55=Danchin|first56=Neri|last56=Niccolai|first57=Yi-Xue|last57=Li|first58=Chung-I.|last58=Wu|first59=Guo-Ping|last59=Zhao |title= Cross-host evolution of severe acute respiratory syndrome coronavirus in palm civet and human |date=15. 2. 2005|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America|volume=102|issue=7|pages=2430–2435|accessdate=21. 5. 2022|via=PubMed|doi=10.1073/pnas.0409608102|pmid=15695582}} [2231] => [2232] => Oproti tomu byl SARS-CoV-2 od počátku pandemie na konci roku 2019 dokonale adaptován na lidského hostitele a připomínal již mutovaný SARS-CoV z pozdní fáze první pandemie v letech 2003-2004. Nebyly nalezeny žádné vzorky viru SARS-CoV-2, které by potvrdily jeho původ nebo evoluci v jiném hostiteli. Také materiál z tržiště ve Wu-chanu je identický s viry izolovanými z infikovaných pacientů a pocházel nejpravděpodobněji z lidského zdroje. Homologie s viry netopýrů je nedostatečná a je vyloučeno, aby mezihostitelem viru byli luskouni.{{Cite web|url= https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.01.073262v1.full |title=SARS-CoV-2 is well adapted for humans. What does this mean for re-emergence?|first1=Shing Hei|last1=Zhan|first2=Benjamin E.|last2=Deverman|first3=Yujia Alina|last3=Chan|date=2. 5. 2020|pages=2020.05.01.073262|accessdate=21. 5. 2022|via=bioRxiv|doi=10.1101/2020.05.01.073262v1.full}} [2233] => [2234] => Někdejší ředitel [[Centers for Disease Control and Prevention|Centra pro kontrolu a prevenci nemocí]] v USA Dr. Robert Redfield uvedl, že teorie o přenosu viru SARS-CoV-2 z netopýrů přes mezihostitele na člověka nedává žádný biologický smysl. Mnohem pravděpodobnější je varianta, že čínská laboratoř, která se věnovala studiu netopýřích virů, viry adaptovala pro pasážování v kulturách lidských buněk a poté došlo k nezamýšlenému úniku.{{Cite web|url= https://edition.cnn.com/2021/03/26/health/covid-war-doctors-sanjay-gupta/index.html |title=Autopsy of a pandemic: 6 doctors at the center of the US Covid-19 response|first=Dr Sanjay Gupta, CNN Chief Medical|last=Correspondent|website=CNN Health|accessdate=21. 5. 2022|date=26.3.2021}} [2235] => [2236] => === Kontroverze === [2237] => Vědecká komunita stále nedostala vzorky netopýřího viru RaTG13, který autoři článku v ''[[Nature]]'' z 3. února 2020 označili jako možného původce pandemie.{{Citace elektronického periodika [2238] => | příjmení1 = Zhou [2239] => | jméno1 = Peng [2240] => | příjmení2 = Yang [2241] => | jméno2 = Xing-Lou [2242] => | příjmení3 = Wang [2243] => | jméno3 = Xian-Guang [2244] => | příjmení4 = Hu [2245] => | jméno4 = Ben [2246] => | příjmení5 = Zhang [2247] => | jméno5 = Lei [2248] => | příjmení6 = Zhang [2249] => | jméno6 = Wei [2250] => | příjmení7 = Si [2251] => | jméno7 = Hao-Rui [2252] => | příjmení8 = Zhu [2253] => | jméno8 = Yan [2254] => | příjmení9 = Li [2255] => | jméno9 = Bei [2256] => | příjmení10 = Huang [2257] => | jméno10 = Chao-Lin [2258] => | příjmení11 = Chen [2259] => | jméno11 = Hui-Dong [2260] => | příjmení12 = Chen [2261] => | jméno12 = Jing [2262] => | příjmení13 = Luo [2263] => | jméno13 = Yun [2264] => | příjmení14 = Guo [2265] => | jméno14 = Hua [2266] => | příjmení15 = Jiang [2267] => | jméno15 = Ren-Di [2268] => | příjmení16 = Liu [2269] => | jméno16 = Mei-Qin [2270] => | příjmení17 = Chen [2271] => | jméno17 = Ying [2272] => | příjmení18 = Shen [2273] => | jméno18 = Xu-Rui [2274] => | příjmení19 = Wang [2275] => | jméno19 = Xi [2276] => | příjmení20 = Zheng [2277] => | jméno20 = Xiao-Shuang [2278] => | příjmení21 = Zhao [2279] => | jméno21 = Kai [2280] => | příjmení22 = Chen [2281] => | jméno22 = Quan-Jiao [2282] => | příjmení23 = Deng [2283] => | jméno23 = Fei [2284] => | příjmení24 = Liu [2285] => | jméno24 = Lin-Lin [2286] => | příjmení25 = Yan [2287] => | jméno25 = Bing [2288] => | příjmení26 = Zhan [2289] => | jméno26 = Fa-Xian [2290] => | příjmení27 = Wang [2291] => | jméno27 = Yan-Yi [2292] => | příjmení28 = Xiao [2293] => | jméno28 = Geng-Fu [2294] => | příjmení29 = Shi [2295] => | jméno29 = Zheng-Li [2296] => | titul = A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin [2297] => | periodikum = [[Nature]] [2298] => | ročník = 579 [2299] => | číslo = 7798 [2300] => | datum_vydání = 2020-03-12 [2301] => | strany = 270–273 [2302] => | url = https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7.pdf [2303] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [2304] => | jazyk = anglicky [2305] => | doi = 10.1038/s41586-020-2012-7 [2306] => }} Tato hypotéza, stejně jako metodologie, kvalita dat a experimentální postupy uvedeného článku byly zpochybněny.{{Citace elektronického periodika [2307] => | příjmení1 = Lin [2308] => | jméno1 = Xiaoxu [2309] => | příjmení2 = Chen [2310] => | jméno2 = Shizhong [2311] => | titul = Major Concerns on the Identification of Bat Coronavirus Strain RaTG13 and Quality of Related Nature Paper [2312] => | periodikum = Preprints [2313] => | datum_vydání = 2020-06-05 [2314] => | url = https://www.preprints.org/manuscript/202006.0044/v1 [2315] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [2316] => | jazyk = anglicky [2317] => | doi = 10.20944/preprints202006.0044.v1 [2318] => }} [2319] => [2320] => Š' Čeng-li a její tým z [[Wuchanský institut virologie|Wuchanského institutu virologie]] už od června roku 2012 po dobu 18 měsíců zkoumali koronaviry netopýrů v měděném dole v [[Chanijský autonomní okres Mo-ťiang|Mo-ťiangu]] v provincii Jün-nan, kde v 1 322 vzorcích nalezli 293 druhů koronovirů, z toho několik nových druhů, který byly popsány ve vědecké publikaci,{{Citace periodika [2321] => | příjmení = Ge [2322] => | jméno = Xing-Yi [2323] => | příjmení2 = Wang [2324] => | jméno2 = Ning [2325] => | příjmení3 = Zhang [2326] => | jméno3 = Wei [2327] => | titul = Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft [2328] => | periodikum = Virologica Sinica [2329] => | datum vydání = 2016-02 [2330] => | ročník = 31 [2331] => | číslo = 1 [2332] => | strany = 31–40 [2333] => | issn = 1674-0769 [2334] => | pmid = 26920708 [2335] => | doi = 10.1007/s12250-016-3713-9 [2336] => | jazyk = en [2337] => | url = http://link.springer.com/10.1007/s12250-016-3713-9 [2338] => | datum přístupu = 2021-02-25 [2339] => }} kde však chybí jakákoli zmínka o tom, že důvodem k jejich výzkumu byla těžká plicní pneumonie u dělníků kteří se v tomto dole dostali do kontaktu s netopýry a jejich exkrementy v dubnu 2012.{{Citace elektronického periodika [2340] => | příjmení1 = Ge [2341] => | jméno1 = Xing-Yi [2342] => | příjmení2 = Wang [2343] => | jméno2 = Ning [2344] => | příjmení3 = Zhang [2345] => | jméno3 = Wei [2346] => | příjmení4 = Hu [2347] => | jméno4 = Ben [2348] => | příjmení5 = Li [2349] => | jméno5 = Bei [2350] => | příjmení6 = Zhang [2351] => | jméno6 = Yun-Zhi [2352] => | příjmení7 = Zhou [2353] => | jméno7 = Ji-Hua [2354] => | příjmení8 = Luo [2355] => | jméno8 = Chu-Ming [2356] => | příjmení9 = Yang [2357] => | jméno9 = Xing-Lou [2358] => | příjmení10 = Wu [2359] => | jméno10 = Li-Jun [2360] => | příjmení11 = Wang [2361] => | jméno11 = Bo [2362] => | příjmení12 = Zhang [2363] => | jméno12 = Yun [2364] => | příjmení13 = Li [2365] => | jméno13 = Zong-Xiao [2366] => | příjmení14 = Shi [2367] => | jméno14 = Zheng-Li [2368] => | titul = Coexistence of multiple coronaviruses in several bat colonies in an abandoned mineshaft [2369] => | periodikum = Virologica Sinica [2370] => | ročník = 31 [2371] => | číslo = 1 [2372] => | datum_vydání = 2016-02-18 [2373] => | strany = 31–40 [2374] => | url = https://europepmc.org/backend/ptpmcrender.fcgi?accid=PMC7090819&blobtype=pdf [2375] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [2376] => | jazyk = anglicky [2377] => | doi = 10.1007/s12250-016-3713-9 [2378] => | pmid = 26920708 [2379] => }} Zpráva o pneumonii byla publikována odděleně jejich ošetřujícími lékaři a pouze v čínštině. Ze šesti nemocných tehdy tři zemřeli.{{Citace elektronického periodika |titul=The Analysis of6Patients with Severe Pneumonia Caused by Unknown Viruses |url=http://eng.oversea.cnki.net/Kcms/detail/detail.aspx?filename=1013327523.nh&dbcode=CMFD&dbname=CMFD2014 |datum přístupu=2020-07-09 |url archivu=https://web.archive.org/web/20200716092338/http://eng.oversea.cnki.net/Kcms/detail/detail.aspx?filename=1013327523.nh&dbcode=CMFD&dbname=CMFD2014 |datum archivace=2020-07-16 |nedostupné=ano }}{{Citace elektronického periodika [2380] => | titul = Wu-chan řešil nápadně podobný virus už před sedmi lety [2381] => | periodikum = Novinky.cz [2382] => | odkaz na periodikum = Novinky.cz [2383] => | vydavatel = Borgis [2384] => | datum_vydání = 2020-07-09 [2385] => | url = https://www.novinky.cz/zahranicni/clanek/wu-chan-resil-napadne-podobny-virus-uz-pred-sedmi-lety-40329941 [2386] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [2387] => }} Vzorky od čtyř z těchto nemocných byly v roce 2012 negativně testovány na [[virus Ebola]], [[Nipah virus]] a netopýří SARS-CoV Rp3.{{Citace periodika [2388] => | příjmení = Zhou [2389] => | jméno = Peng [2390] => | příjmení2 = Yang [2391] => | jméno2 = Xing-Lou [2392] => | příjmení3 = Wang [2393] => | jméno3 = Xian-Guang [2394] => | titul = Addendum: A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin [2395] => | periodikum = Nature [2396] => | datum vydání = 2020-12-03 [2397] => | ročník = 588 [2398] => | číslo = 7836 [2399] => | strany = E6–E6 [2400] => | issn = 0028-0836 [2401] => | doi = 10.1038/s41586-020-2951-z [2402] => | jazyk = en [2403] => | url = http://www.nature.com/articles/s41586-020-2951-z [2404] => | datum přístupu = 2021-02-25 [2405] => }} [2406] => [2407] => RaTG13 (RaBtCoV/4991) byl údajně izolován a sekvenován roku 2016, ale o jeho existenci a vztahu k uvedené pneumonii nebyla informována vědecká komunita. Není rovněž zřejmé, jaké experimenty byly s tímto virem provedeny před vypuknutím pandemie covidu-19 koncem roku 2019. V roce 2020 byly čtyři výše uvedené vzorky od nemocných v dole negativně testovány na SARS-CoV-2. Ve Wuchanském institutu virologie byly prováděny experimenty [[Výzkum zisku funkce|výzkumu zisku funkce]], při kterých se manipulovalo s genetickým kódem koronavirů.{{Citace periodika [2408] => | příjmení = Qin [2409] => | jméno = Amy [2410] => | příjmení2 = Buckley [2411] => | jméno2 = Chris [2412] => | titul = A Top Virologist in China, at Center of a Pandemic Storm, Speaks Out [2413] => | periodikum = The New York Times [2414] => | datum vydání = 2021-06-14 [2415] => | issn = 0362-4331 [2416] => | jazyk = en-US [2417] => | url = https://www.nytimes.com/2021/06/14/world/asia/china-covid-wuhan-lab-leak.html [2418] => | datum přístupu = 2021-06-15 [2419] => }}{{Citace periodika [2420] => | příjmení = Hu [2421] => | jméno = Ben [2422] => | příjmení2 = Zeng [2423] => | jméno2 = Lei-Ping [2424] => | příjmení3 = Yang [2425] => | jméno3 = Xing-Lou [2426] => | titul = Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus [2427] => | periodikum = PLOS Pathogens [2428] => | datum vydání = 2017-11-30 [2429] => | ročník = 13 [2430] => | číslo = 11 [2431] => | strany = e1006698 [2432] => | issn = 1553-7374 [2433] => | pmid = 29190287 [2434] => | doi = 10.1371/journal.ppat.1006698 [2435] => | jazyk = en [2436] => | url = https://dx.plos.org/10.1371/journal.ppat.1006698 [2437] => | datum přístupu = 2021-06-15 [2438] => }} [2439] => [2440] => Jak vyplývá ze zjištění vědeckého týmu DRASTIC, který pátrá po původu pandemie, žádal Wuchanský institut virologie neúspěšně 18 měsíců před vypuknutím pandemie americkou agenturu Defense Advanced Research Projects (DARP) o grant ve výši 14 miliard dolarů na velmi nebezpečné experimenty. Jejich předmětem mělo být vytvoření nanočástic s chimérickými, v laboratoři vytvořenými spike proteiny i plány na vytvoření geneticky pozměněných chimérických virů schopných snadněji infikovat lidi. Návrh grantu také zahrnoval plány na smíchání vysoce rizikových přírodních kmenů koronavirů s infekčnějšími druhy. Agentura DARP projekt financovat odmítla, ale pravost dokumentů potvrdili členové Trumpovy administrativy. V čele projektu stojí britský zoolog Peter Daszak z americké organizace EcoHealth Alliance, který patří k nejhlasitějším zastáncům teorie o přírodním původu SARS-CoV-2.{{Cite web|url=https://www.seznamzpravy.cz/clanek/cinsti-vedci-chteli-misit-koronaviry-neskodne-ale-infekcni-s-nebezpecnymi-175170|title=Čínští vědci chtěli mísit koronaviry: neškodné a infekční s nebezpečnými - Seznam Zprávy|website=www.seznamzpravy.cz|accessdate=21. 5. 2022|date=22.9-2021 |first1= Daniela |last1= Kučerová}} Podrobnou analýzu virového spike proteinu provedli Birger Sørensen, Angus Dalgleish & Andres Susrud ze St Georges University, London. Ti nalezli celkem šest inzercí aminokyselin ve spike proteinu, které nemohly vzniknout přirozenou mutací a vykazují charakteristické znaky záměrné manipulace.[https://thevirus.wtf/wp-content/uploads/2020/12/TheEvidenceNoNaturalEvol.pdf Birger Sørensen, Angus Dalgleish & Andres Susrud, The Evidence which Suggests that This Is No Naturally Evolved Virus. A Reconstructed Historical Aetiology of the SARS-CoV-2 Spike] [2441] => [2442] => Čína se z propagandistických důvodů pokouší jakkoli zpochybnit tamní původ viru a na vědecké publikace uvalila nejpřísnější cenzuru a podmínku předchozího schválení na centrální úrovni. Čínští vědci o původu viru téměř nic nepublikovali nebo se otázce původu viru a celé epidemie raději vyhýbají. Podle šetření [[The Associated Press]] mohou koronavirus studovat pouze prověření čínští vědci, kteří mají často blízko armádě. {{Cite web |first1= DAKE |last1= KANG |first2= MARIA |last2= CHENG |first3= SAM |last3= MCNEIL | url=https://apnews.com/article/united-nations-coronavirus-pandemic-china-only-on-ap-bats-24fbadc58cee3a40bca2ddf7a14d2955|title=China clamps down in hidden hunt for coronavirus origins|date= 30.12.2020 |website= AP News | accessdate=21. 5. 2022 }} Tématu se nesmějí věnovat zahraniční vědci a jejich čínští kolegové mají zákaz předávat jim informace.{{Cite web |url=https://sinopsis.cz/clr-nadale-kontroluje-narativ-o-puvodu-viru-a-brani-who-ve-vysetrovani/ |first1= Filip |last1= Jirouš |title=ČLR nadále kontroluje narativ o původu viru a brání WHO ve vyšetřování|date=7. 1. 2021|website=Sinopsis|accessdate=21. 5. 2022}} [2443] => [2444] => Přímo na místě měl otázky původu viru zkoumat vědecký tým vyslaný Světovou zdravotnickou organizací, ale Čína zablokovala na poslední chvíli vydání víz a to i pro členy týmu, kteří již byli na cestě.{{Cite web|url=https://www.theguardian.com/world/2021/jan/05/china-blocks-entry-to-who-team-studying-covids-origins |last1=Boseley |first1=Sarah |title=China blocks entry to WHO team studying Covid's origins|date=5. 1. 2021|website=the Guardian|accessdate=21. 5. 2022}} Mise WHO se nakonec uskutečnila v termínu 16-24. února 2021 a tvořil ji 26členný vědecký tým v němž polovinu měli vyhrazenu čínští vědci. Výsledky byly zveřejněny ve čtyřicetistránkovém dokumentu.{{Cite web|url=https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/who-china-joint-mission-on-covid-19-final-report.pdf|title=Report of the WHO-China Joint Mission on Coronavirus Disease 2019 (COVID-19), 16-24 February 2021|accessdate=21. 5. 2022}} Proti závěrům se otevřeným dopisem vyslovilo celkem 26 vědců a vědkyň z předních univerzit z celého světa, kteří upozorňují, že výsledky vyšetřování nelze považovat za nezávislé. Někteří zahraniční vyšetřovatelé si sami za sebe západním médiím stěžovali na čínský tlak a politizaci vědecké práce.{{Cite web|url=https://www.seznamzpravy.cz/clanek/setreni-ve-wu-chanu-vubec-nebylo-nezavisle-lide-to-maji-vedet-apeluji-vedci-145725 |author=Lukáš Marek |title=Šetření ve Wu-chanu vůbec nebylo nezávislé, lidé to mají vědět, apelují vědci - Seznam Zprávy|website=www.seznamzpravy.cz|accessdate=21. 5. 2022|date=5.3.2021}} Celý text otevřeného dopisu ''Call for a Full and Unrestricted International Forensic Investigation into the Origins of COVID-19'' zveřejnily The New York Times[https://int.nyt.com/data/documenttools/covid-origins-letter/5c9743168205f926/full.pdf] [2445] => [2446] => Jak vyšlo najevo z investigace amerického týmu "Right to Know" v únoru 2021,{{Cite web|url=https://usrtk.org/biohazards-blog/no-need-for-you-to-sign-the-statement-ralph/ |title=Emails show scientists discussed masking their involvement in key journal letter on Covid origins|first=Sainath|last=Suryanarayanan|date=15. 2. 2021|website=U.S. Right to Know|accessdate=21. 5. 2022}} tzv. prohlášení 27 prominentních vědců zveřejněné počátkem roku 2020 v časopisu Lancet,{{Cite journal|url=https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30418-9/fulltext|title=Statement in support of the scientists, public health professionals, and medical professionals of China combatting COVID-19|first1=Charles|last1=Calisher|first2=Dennis|last2=Carroll|first3=Rita|last3=Colwell|first4=Ronald B.|last4=Corley|first5=Peter|last5=Daszak|first6=Christian|last6=Drosten|first7=Luis|last7=Enjuanes|first8=Jeremy|last8=Farrar|first9=Hume|last9=Field|first10=Josie|last10=Golding|first11=Alexander|last11=Gorbalenya|first12=Bart|last12=Haagmans|first13=James M.|last13=Hughes|first14=William B.|last14=Karesh|first15=Gerald T.|last15=Keusch|first16=Sai Kit|last16=Lam|first17=Juan|last17=Lubroth|first18=John S.|last18=Mackenzie|first19=Larry|last19=Madoff|first20=Jonna|last20=Mazet|first21=Peter|last21=Palese|first22=Stanley|last22=Perlman|first23=Leo|last23=Poon|first24=Bernard|last24=Roizman|first25=Linda|last25=Saif|first26=Kanta|last26=Subbarao|first27=Mike|last27=Turner|date=7. 3. 2020|journal=The Lancet|volume=395|issue=10226|pages=e42–e43|accessdate=21. 5. 2022|via=www.thelancet.com|doi=10.1016/S0140-6736(20)30418-9|pmid=32087122}} které označilo domněnky o umělém původu viru za "konspirační teorii", organizoval prezident EcoHealth Alliance Peter Daszak. Členové EcoHealth Alliance (např. The University of North Carolina at Chapel Hill){{Cite web|url=https://www.ecohealthalliance.org/program/south-east-asia-research-collaboration-hub|title=Emerging Infectious Diseases - South East Asia Research Collaboration Hub|website=EcoHealth Alliance|accessdate=21. 5. 2022}} přitom sami prováděli výzkumy zahrnující genetickou manipulaci koronavirů ve spolupráci s [[Wuchanský institut virologie|Wuchanským institutem virologie]]{{Citace periodika [2447] => | příjmení = Hu [2448] => | jméno = Ben [2449] => | příjmení2 = Zeng [2450] => | jméno2 = Lei-Ping [2451] => | příjmení3 = Yang [2452] => | jméno3 = Xing-Lou [2453] => | titul = Discovery of a rich gene pool of bat SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus [2454] => | periodikum = PLOS Pathogens [2455] => | datum vydání = 2017-11-30 [2456] => | ročník = 13 [2457] => | číslo = 11 [2458] => | strany = e1006698 [2459] => | issn = 1553-7374 [2460] => | pmid = 29190287 [2461] => | doi = 10.1371/journal.ppat.1006698 [2462] => | jazyk = en [2463] => | url = https://dx.plos.org/10.1371/journal.ppat.1006698 [2464] => | datum přístupu = 2021-06-02 [2465] => }}{{Citace periodika [2466] => | příjmení = Wang [2467] => | jméno = Ning [2468] => | příjmení2 = Li [2469] => | jméno2 = Shi-Yue [2470] => | příjmení3 = Yang [2471] => | jméno3 = Xing-Lou [2472] => | titul = Serological Evidence of Bat SARS-Related Coronavirus Infection in Humans, China [2473] => | periodikum = Virologica Sinica [2474] => | datum vydání = 2018-02-01 [2475] => | ročník = 33 [2476] => | číslo = 1 [2477] => | strany = 104–107 [2478] => | issn = 1995-820X [2479] => | pmid = 29500691 [2480] => | doi = 10.1007/s12250-018-0012-7 [2481] => | jazyk = en [2482] => | url = https://doi.org/10.1007/s12250-018-0012-7 [2483] => | datum přístupu = 2021-06-02 [2484] => }}{{Citace periodika [2485] => | příjmení = Zeng [2486] => | jméno = Lei-Ping [2487] => | příjmení2 = Gao [2488] => | jméno2 = Yu-Tao [2489] => | příjmení3 = Ge [2490] => | jméno3 = Xing-Yi [2491] => | titul = Bat Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus WIV1 Encodes an Extra Accessory Protein, ORFX, Involved in Modulation of the Host Immune Response [2492] => | periodikum = Journal of Virology [2493] => | datum vydání = 2016-07-15 [2494] => | ročník = 90 [2495] => | číslo = 14 [2496] => | strany = 6573–6582 [2497] => | issn = 0022-538X [2498] => | pmid = 27170748 [2499] => | doi = 10.1128/JVI.03079-15 [2500] => | jazyk = en [2501] => | url = https://jvi.asm.org/content/90/14/6573 [2502] => | datum přístupu = 2021-06-02 [2503] => }} {{Wayback|url=https://jvi.asm.org/content/90/14/6573 |date=20210601085819 }} a někteří z nich jsou uvedeni jako spoluautoři i v prohlášení v časopisu Lancet. Financování tohoto výzkumu zastavil prezident Trump. Peter Daszak, který je jedním z nejhlasitějších obhájců teorie o přírodním původu viru, byl členem týmu WHO, který měl ve [[Wu-chan]]u pátrat po původu SARS-CoV-2.{{Citace elektronického periodika |titul=WHO mission member says 'don't rely' on U.S. virus intelligence, Japan Times, 10.2.2021 |url=https://www.japantimes.co.jp/news/2021/02/10/world/who-us-intel/ |datum přístupu=2021-03-05 |url archivu=https://web.archive.org/web/20210302181628/https://www.japantimes.co.jp/news/2021/02/10/world/who-us-intel/ |datum archivace=2021-03-02 }} [2504] => [2505] => Prezident [[WHO]] [[Tedros Adhanom Ghebreyesus]] prohlásil 30. března 2021, že k jednoznačnému vyloučení verze úniku viru SARS-CoV-2 z laboratoře [[Wuchanský institut virologie|Virologického institutu ve Wu-chanu]] je potřebné další vyšetřování. Virus pravděpodobně koloval ve Wu-chanu již v říjnu nebo listopadu 2019. Tým, který WHO vyslala do Číny počátkem roku 2021, se setkal s neochotou čínské strany poskytnout původní nezpracovaná data a vzorky potřebné ke zkoumání původu viru.{{Cite web|url=https://www.bbc.com/news/world-asia-china-56581246|title=Coronavirus: More work needed to rule out lab leak theory says WHO|website=BBC News|date=30. 3. 2021|accessdate=21. 5. 2022|via=www.bbc.com}} Plán WHO na druhou fázi vyšetřování původu viru Čína v červenci 2021 odmítla a označila výsledky první fáze vyšetřování za zpolitizované.{{Citace elektronického periodika [2506] => | titul = Čína odmítla další vyšetřování původu koronaviru [2507] => | periodikum = Novinky.cz [2508] => | odkaz na periodikum = Novinky.cz [2509] => | vydavatel = Borgis [2510] => | url = https://www.novinky.cz/zahranicni/svet/clanek/cina-odmitla-dalsi-vysetrovani-puvodu-koronaviru-40366883 [2511] => | datum přístupu = 2021-08-31 [2512] => }}{{Citace elektronického periodika [2513] => | titul = Čína zarazila další vyšetřování původu koronaviru. Odmítá, že mohl uniknout z laboratoře [2514] => | periodikum = E15.cz [2515] => | url = https://www.e15.cz/zahranicni/cina-zarazila-dalsi-vysetrovani-puvodu-koronaviru-odmita-ze-mohl-uniknout-z-laboratore-1382308 [2516] => | jazyk = cs [2517] => | datum přístupu = 2021-08-31 [2518] => }} [2519] => [2520] => V srpnu 2021 bylo zveřejněno shrnutí zprávy amerických [[Tajná služba|tajných služeb]] k původu viru. Podle tohoto shrnutí se virus objevil v čínské populaci nejpozději v listopadu 2019 Wu-chanu. Není důvod předpokládat, že byl vyvinut jako [[biologická zbraň]], jeho původ však zůstává nejasný. Jako pravděpodobné tajné služby považují hypotézy o přirozeném původu, tedy mezidruhovém přenosu z hostitele s obdobným dosud neznámým virem, a hypotézu o laboratorní nehodě ve Virologickém institutu ve Wu-chanu.{{Citace elektronického periodika [2521] => | titul = Tajné služby sepsaly zprávu o původu covidu. I to, zda šlo o biologickou zbraň [2522] => | periodikum = Seznam Zprávy [2523] => | odkaz na periodikum = Seznam Zprávy [2524] => | vydavatel = Seznam.cz [2525] => | odkaz na vydavatele = Seznam.cz [2526] => | url = https://www.seznamzpravy.cz/clanek/finalni-zprava-puvod-covidu-muze-byt-dvoji-urcite-nejde-o-biologickou-zbran-173387 [2527] => | datum přístupu = 2021-08-31 [2528] => }}{{Citace elektronického periodika [2529] => | titul = Unclassified Summary of Assessment on COVID-19 Origins [2530] => | periodikum = www.dni.gov [2531] => | vydavatel = The Office of the Director of National Intelligence [2532] => | url = https://www.dni.gov/index.php/newsroom/reports-publications/reports-publications-2021/item/2236-unclassified-summary-of-assessment-on-covid-19-origins [2533] => | datum vydání = 2021-08-27 [2534] => | datum přístupu = 2021-08-31 [2535] => | url archivu = https://web.archive.org/web/20210901001912/https://www.dni.gov/index.php/newsroom/reports-publications/reports-publications-2021/item/2236-unclassified-summary-of-assessment-on-covid-19-origins [2536] => | datum archivace = 2021-09-01 [2537] => }} [2538] => [2539] => === Mezidruhový přenos === [2540] => SARS-CoV-2 je z člověka přenosný na řadu jiných savců, včetně psů, domácích i velkých koček (lvů, sněžných levhartů a tygrů), lidoopů, norků, kaloňů, [[Tany|tan]] a křečků.[https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/daily-life-coping/animals.html COVID-19 and Animals, CDC USA, 10.2.2021] Jako nový problém se ukazuje přenos z lidí na norky chované na kožešinových farmách. V USA od srpna 2020 virus zabil více než 15 000 norků a farmy ve státech Utah, Wisconsin a Michigan byly nuceny zavést karanténu. Podobně jako u lidí probíhá infekce u některých norků bezpříznakově, ale zatím neexistují důkazy o zpětném přenosu na lidi. Na farmách v Dánsku byla u norků objevena nebezpečná mutace, která omezuje imunitní reakci a mohla by snížit účinnost připravovaných vakcín. Proto se tam rozhodli zlikvidovat veškeré farmy a usmrtit 17 milionů norků.{{Citace elektronického periodika [2541] => | příjmení1 = Švamberk [2542] => | jméno1 = Alex [2543] => | titul = Koronovirus našli i u norků v USA. Zabil už přes 15 000 zvířat [2544] => | periodikum = Novinky.cz [2545] => | odkaz na periodikum = Novinky.cz [2546] => | vydavatel = Borgis [2547] => | datum_vydání = 2020-11-11 [2548] => | url = https://www.novinky.cz/zahranicni/amerika/clanek/koronovirus-nasli-i-u-norku-v-usa-zabil-uz-pres-15-000-zvirat-40341905 [2549] => | datum_přístupu = 2020-11-20 [2550] => }} [2551] => [2552] => SARS-CoV-2 je přenosný zejména na lidoopy. Safari Park v San Diegu zaznamenal 11. ledna 2021 onemocnění u třech [[Gorila nížinná|Goril nížinných]], které se pravděpodobně nakazily od asymptomatického ošetřovatele. Onemocnění se projevilo kašlem a virus byl potvrzen ve vzorcích výkalů.{{Cite web|url=https://www.nationalgeographic.com/animals/2021/01/gorillas-san-diego-zoo-positive-coronavirus/ |author=Natasha Daly|title=Several gorillas test positive for COVID-19 at California zoo—first in the world|date=11. 1. 2021|website=National Geographic|accessdate=21. 5. 2022}} Zoo v San Diegu získala experimentální vakcínu veterinární farmaceutické firmy Zoetis, kterou preventivně imunizovala čtyři orangutany a pět šimpanzů bonobo.{{Cite web|url=https://www.sandiegouniontribune.com/news/health/story/2021-03-04/san-diego-zoo-vaccinates-apes-against-covid-19|author=Jonathan Wosen|title=San Diego Zoo vaccinates apes against COVID-19|date=4. 3. 2021|website=The San Diego Union-Tribune|accessdate=21. 5. 2022}} [2553] => [2554] => Také v [[Zoo Praha|pražské zoo]] se nakazil gorilí samec a dva lvi indičtí.{{Cite web|url=https://www.idnes.cz/praha/zpravy/koronavirus-zoo-praha-gorila-richard-lvi.A210225_162308_praha-zpravy_klu|title=Koronavirus se rozšířil na zvířata v Zoo Praha, nakazil se i Richard|date=25. 2. 2021|website=iDNES.cz|accessdate=21. 5. 2022}} [2555] => [2556] => [[Jelenec běloocasý]] se v USA ukázal jako relativně promořená populace.{{Citace elektronického periodika [2557] => | příjmení1 = O'Kane [2558] => | jméno1 = Caitlin [2559] => | titul = Deer can carry COVID-19. Here's what that means for humans. [2560] => | periodikum = cbsnews.com [2561] => | datum_vydání = 2021-11-15 [2562] => | url = https://www.cbsnews.com/news/deer-can-carry-covid-19-heres-what-that-means-for-humans/ [2563] => | datum_přístupu = 2022-08-15 [2564] => | jazyk = anglicky [2565] => }} [2566] => [2567] => == Významné varianty a mutace SARS-CoV-2 == [2568] => [[Soubor:Omicron SARS-CoV-2 radial distance tree 2021-Dec-01.svg|náhled|upright=1.5|Hlavní nebo dřívěji rizikové varianty viru SARS-CoV-2 zobrazené ve formě stromu v radiálním měřítku podle genetické vzdálenosti]] [2569] => Virus během šíření v populaci přirozeně mutuje s frekvencí 1–2 mutace/měsíc{{Citace elektronického periodika [2570] => | příjmení1 = Duchene [2571] => | jméno1 = Sebastian [2572] => | příjmení2 = Featherstone [2573] => | jméno2 = Leo [2574] => | příjmení3 = Haritopoulou-Sinanidou [2575] => | jméno3 = Melina [2576] => | příjmení4 = Rambaut [2577] => | jméno4 = Andrew [2578] => | příjmení5 = Lemey [2579] => | jméno5 = Philippe [2580] => | příjmení6 = Baele [2581] => | jméno6 = Guy [2582] => | titul = Temporal signal and the phylodynamic threshold of SARS-CoV-2 [2583] => | periodikum = Virus Evolution [2584] => | ročník = 6 [2585] => | číslo = 2 [2586] => | datum_vydání = 2020-07-01 [2587] => | strany = veaa061 [2588] => | url = https://academic.oup.com/ve/article/6/2/veaa061/5894560 [2589] => | datum_přístupu = 2020-12-28 [2590] => | jazyk = anglicky [2591] => | doi = 10.1093/ve/veaa061 [2592] => }} a dominantní se stávají linie s vyšší transmisí. V únoru 2020 se objevila mutace D614G a rychle se stala dominantní,{{Citace elektronického periodika [2593] => | příjmení1 = Korber [2594] => | jméno1 = Bette [2595] => | příjmení2 = Fischer [2596] => | jméno2 = Will M. [2597] => | příjmení3 = Gnanakaran [2598] => | jméno3 = Sandrasegaram [2599] => | příjmení4 = Yoon [2600] => | jméno4 = Hyejin [2601] => | příjmení5 = Theiler [2602] => | jméno5 = James [2603] => | příjmení6 = Abfalterer [2604] => | jméno6 = Werner [2605] => | příjmení7 = Hengartner [2606] => | jméno7 = Nick [2607] => | příjmení8 = Giorgi [2608] => | jméno8 = Elena E. [2609] => | příjmení9 = Bhattacharya [2610] => | jméno9 = Tanmoy [2611] => | příjmení10 = Foley [2612] => | jméno10 = Brian [2613] => | příjmení11 = Hastie [2614] => | jméno11 = Kathryn M. [2615] => | příjmení12 = Parker [2616] => | jméno12 = Matthew D. [2617] => | příjmení13 = Partridge [2618] => | jméno13 = David G. [2619] => | příjmení14 = Evans [2620] => | jméno14 = Cariad M. [2621] => | příjmení15 = Freeman [2622] => | jméno15 = Timothy M. [2623] => | příjmení16 = de Silva [2624] => | jméno16 = Thushan I. [2625] => | příjmení17 = McDanal [2626] => | jméno17 = Charlene [2627] => | příjmení18 = Perez [2628] => | jméno18 = Lautaro G. [2629] => | příjmení19 = Tang [2630] => | jméno19 = Haili [2631] => | příjmení20 = Moon-Walker [2632] => | jméno20 = Alex [2633] => | příjmení21 = Whelan [2634] => | jméno21 = Sean P. [2635] => | příjmení22 = LaBranche [2636] => | jméno22 = Celia C. [2637] => | příjmení23 = Saphire [2638] => | jméno23 = Erica O. [2639] => | příjmení24 = Montefiori [2640] => | jméno24 = David C. [2641] => | příjmení25 = Angyal [2642] => | jméno25 = Adrienne [2643] => | příjmení26 = Brown [2644] => | jméno26 = Rebecca L. [2645] => | příjmení27 = Carrilero [2646] => | jméno27 = Laura [2647] => | příjmení28 = Green [2648] => | jméno28 = Luke R. [2649] => | příjmení29 = Groves [2650] => | jméno29 = Danielle C. [2651] => | příjmení30 = Johnson [2652] => | jméno30 = Katie J. [2653] => | příjmení31 = Keeley [2654] => | jméno31 = Alexander J. [2655] => | příjmení32 = Lindsey [2656] => | jméno32 = Benjamin B. [2657] => | příjmení33 = Parsons [2658] => | jméno33 = Paul J. [2659] => | příjmení34 = Raza [2660] => | jméno34 = Mohammad [2661] => | příjmení35 = Rowland-Jones [2662] => | jméno35 = Sarah [2663] => | příjmení36 = Smith [2664] => | jméno36 = Nikki [2665] => | příjmení37 = Tucker [2666] => | jméno37 = Rachel M. [2667] => | příjmení38 = Wang [2668] => | jméno38 = Dennis [2669] => | příjmení39 = Wyles [2670] => | jméno39 = Matthew D. [2671] => | titul = Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus [2672] => | periodikum = Cell [2673] => | ročník = 182 [2674] => | číslo = 4 [2675] => | datum_vydání = 2020-08 [2676] => | strany = 812–827.e19 [2677] => | url = https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30820-5 [2678] => | datum_přístupu = 2020-12-28 [2679] => | jazyk = anglicky [2680] => | doi = 10.1016/j.cell.2020.06.043 [2681] => }} a epidemiologická data ji nejčastěji spojují se ztrátou čichu.{{Citace periodika [2682] => | příjmení = Butowt [2683] => | jméno = Rafal [2684] => | příjmení2 = Bilinska [2685] => | jméno2 = Katarzyna [2686] => | příjmení3 = Von Bartheld [2687] => | jméno3 = Christopher S. [2688] => | titul = Chemosensory Dysfunction in COVID-19: Integration of Genetic and Epidemiological Data Points to D614G Spike Protein Variant as a Contributing Factor [2689] => | periodikum = ACS Chemical Neuroscience [2690] => | datum vydání = 2020-10-21 [2691] => | ročník = 11 [2692] => | číslo = 20 [2693] => | strany = 3180–3184 [2694] => | issn = 1948-7193 [2695] => | pmid = 32997488 [2696] => | doi = 10.1021/acschemneuro.0c00596 [2697] => | jazyk = en [2698] => | url = https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acschemneuro.0c00596 [2699] => | datum přístupu = 2021-02-25 [2700] => }} [2701] => [2702] => Prostředím pro častější vznik mutací jsou např. pacienti s oslabenou imunitou, u kterých onemocnění covid-19 může probíhat po dobu několik měsíců. Při léčbě konvalescentní plasmou pak dochází k selekci mutantních kmenů, které vykazují vyšší rezistenci vůči protilátkám díky kombinaci delecí a záměn aminokyselin ve spike-proteinu (D796H a ΔH69/ΔV70).{{Cite web|url=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.05.20241927v2|title=Neutralising antibodies drive Spike mediated SARS-CoV-2 evasion|first1=S. A.|last1=Kemp|first2=D. A.|last2=Collier|first3=R.|last3=Datir|first4=S.|last4=Gayed|first5=A.|last5=Jahun|first6=M.|last6=Hosmillo|first7=Iatm|last7=Ferreira|first8=C.|last8=Rees-Spear|first9=P.|last9=Mlcochova|first10=Ines Ushiro|last10=Lumb|first11=David|last11=Roberts|first12=Anita|last12=Chandra|first13=N.|last13=Temperton|first14=The CITIID-NIHR BioResource COVID-19|last14=Collaboration|first15=The COVID-19 Genomics UK (COG-UK)|last15=Consortium|first16=K.|last16=Sharrocks|first17=E.|last17=Blane|first18=J. a. G.|last18=Briggs|first19=MJ van|last19=Gils|first20=K. G. C.|last20=Smith|first21=J. R.|last21=Bradley|first22=C.|last22=Smith|first23=R. A.|last23=Goldstein|first24=I. G.|last24=Goodfellow|first25=A.|last25=Smielewska|first26=J. P.|last26=Skittrall|first27=T.|last27=Gouliouris|first28=E.|last28=Gkrania-Klotsas|first29=C. J. R.|last29=Illingworth|first30=L. E.|last30=McCoy|first31=R. K.|last31=Gupta|date=19. 12. 2020|pages=2020.12.05.20241927|accessdate=21. 5. 2022|via=medRxiv|doi=10.1101/2020.12.05.20241927v2}} [2703] => [2704] => Podle generálního ředitele [[WHO]] [[Tedros Adhanom Ghebreyesus|Tedrose Adhanoma Ghebreyesuse]] se jedná o běžný a očekávaný jev a rychlost mutací koronaviru je stále nižší než u viru [[Chřipka|chřipky]] a jeho infekčnost je nižší než u [[Příušnice|příušnic]]. Jedinou cestou ke snížení frekvence mutací je omezení šíření viru v populaci.{{Citace elektronického periodika [2705] => | titul = WHO says no need for major alarm over new virus strain [2706] => | periodikum = rte.ie [2707] => | url = https://www.rte.ie/news/coronavirus/2020/1221/1185682-coronavirus-europe/ [2708] => | jazyk = anglicky [2709] => | příjmení1 = Connelly [2710] => | jméno1 = Tony [2711] => | datum_vydání = 2020-12-21 [2712] => | datum_přístupu = 2020-12-28 [2713] => }} Řada expertů potvrzuje, že mutacemi získaná vyšší infekčnost virů je obvykle provázena nižší patogenitou a úmrtností.{{Citace elektronického periodika [2714] => | příjmení2 = Fox [2715] => | jméno2 = Kara [2716] => | titul = What we know -- and what we don't -- about the UK coronavirus variant [2717] => | periodikum = [[CNN]] [2718] => | url = https://edition.cnn.com/2020/12/21/uk/coronavirus-variant-uk-intl/index.html [2719] => | jazyk = anglicky [2720] => | příjmení1 = Rahim [2721] => | jméno1 = Zamira [2722] => | datum_vydání = 2020-12-23 [2723] => | datum_přístupu = 2020-12-28 [2724] => }} [2725] => [2726] => Velká Británie, která dodala do světové databáze více než polovinu všech známých sekvencí viru SARS-CoV-2, zveřejnila 26. ledna 2021 vládní výzvu pro ostatní země, aby využily její laboratorní kapacity a vytvořily tak ''Novou platformu pro hodnocení variant viru'' (New Variant Assessment Platform).{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Donnelly | jméno1 = Laura | titul = UK to help sequence mutations of Covid around world to find dangerous new variants | periodikum = Telegraph.co.uk | vydavatel = Telegraph Media Group | datum vydání = 2021-01-26 | url = https://www.telegraph.co.uk/news/2021/01/26/uk-help-sequence-mutations-covid-around-world-find-dangerous/ | url archivu = https://web.archive.org/web/20210127230601/https://www.telegraph.co.uk/news/2021/01/26/uk-help-sequence-mutations-covid-around-world-find-dangerous/ | datum archivace = 2021-01-27 | jazyk = en [2727] => }} [2728] => [2729] => === Varianta B.1.1.7 (α dle WHO) = alfa === [2730] => Potvrzuje se, že evoluční tlak vede k takovým mutacím, které zvyšují afinitu k receptoru nebo usnadňují vstup viru do cílové lidské buňky. Na jihovýchodě Velké Británie byla identifikována varianta viru označovaná B.1.1.7 (SARS-CoV-2 [[VUI 202012/01]] dle klasifikace WHO, také označována 501Y.V1), která se velmi rychle šíří a byla prvně přenesena do Nizozemska, Dánska, Itálie a Austrálie.{{Citace elektronického periodika [2731] => | titul = Nový nakažlivější kmen koronaviru už se šíří Evropou [2732] => | periodikum = Seznam Zprávy [2733] => | odkaz na periodikum = Seznam Zprávy [2734] => | vydavatel = Seznam.cz [2735] => | odkaz na vydavatele = Seznam.cz [2736] => | datum_vydání = 2020-12-20 [2737] => | url = https://www.seznamzpravy.cz/clanek/novy-rychlejsi-kmen-koronaviru-desi-svet-134568 [2738] => | datum_přístupu = 2020-12-28 [2739] => }} Varianta patrně vznikla v létě roku 2020.https://nextstrain.org/ncov/gisaid/global?f_clade_membership=20I%20%28Alpha,%20V1%29 - Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling Varianta byla poprvé detekována v září 2020 a poté v prosinci 2020 v Londýně odpovídala za dvě třetiny nových infekcí.{{Citace elektronického periodika [2740] => | příjmení1 = Gallagher [2741] => | jméno1 = James [2742] => | titul = New coronavirus variant: What do we know? [2743] => | periodikum = [[BBC News]] [2744] => | datum_vydání = 2020-12-20 [2745] => | url = https://www.bbc.com/news/health-55388846 [2746] => | datum_přístupu = 2020-12-28 [2747] => | jazyk = anglicky [2748] => }} Počátkem roku 2021 byla tato vysoce infekční varianta viru rozšířena již do 33 zemí.{{Cite web|url=https://www.nytimes.com/2021/01/01/world/British-variant-Turkey-US-travel-restrictions.html |title=Citing incoming travelers, Turkey becomes the 33rd country to find the virus variant first identified in Britain.|first1=Jason|last1=Gutierrez|first2=Michael|last2=Wolgelenter|first3=Andrea|last3=Kannapell|website=The New York Times|date=1. 1. 2021|accessdate=21. 5. 2022|via=NYTimes.com}} Nakažlivost mutantního viru demonstruje případ Irska, které dříve patřilo k nejméně postiženým zemím a v první dekádě ledna 2021 se stalo zemí s nejvyšším počtem nově nakažených na 100 000 obyvatel na světě. „Britská“ varianta viru tam byla nalezena téměř u poloviny nových případů infekce.{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Ferguson | jméno1 = Amanda | příjmení2 = Adam | jméno2 = Karla | titul = Ireland had one of the lowest coronavirus rates in Europe. It’s now highest in the world | periodikum = The Washington Post | odkaz na periodikum = The Washington Post | datum vydání = 2021-01-11 | url = https://www.washingtonpost.com/world/europe/ireland-covid-curve/2021/01/11/aeb08592-51cc-11eb-a1f5-fdaf28cfca90_story.html | jazyk = anglicky}} V Dánsku, kde je díky důslednému sekvenování velmi přesný přehled o nových případech nakažení, tato varianta odpovídá každý týden za 70 % zjištěných případů a bude dominantní už v polovině února 2021.{{Cite journal|url=https://www.nature.com/articles/d41586-021-00065-4|title=Alarming COVID variants show vital role of genomic surveillance|first=David|last=Cyranoski|date=15. 1. 2021|journal=Nature|volume=589|issue=7842|pages=337–338|accessdate=21. 5. 2022|via=www.nature.com|doi=10.1038/d41586-021-00065-4}}{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Michael | jméno1 = Birnbaum | příjmení2 = Sorensen | jméno2 = Martin Selsoe | titul = Denmark is sequencing all coronavirus samples and has an alarming view of the U.K. variant | periodikum = The Washington Post | odkaz na periodikum = The Washington Post | datum vydání = 2021-01-22 | url = https://www.washingtonpost.com/world/europe/uk-variant-covid-denmark/2021/01/22/ddfaf420-5453-11eb-acc5-92d2819a1ccb_story.html | jazyk = anglicky}} Také [[Centers for Disease Control and Prevention|CDC]] ve [[Spojené státy americké|Spojených státech]] varuje, že tato nová nakažlivější varianta viru bude dominantní už koncem března 2021. [2749] => [2750] => U varianty se očekává vyšší počet úmrtí v důsledku exponenciálního růstu počtu nemocných,{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Mandavilli | jméno1 = Apoorva | příjmení2 = Rabin | jméno2 = Roni Caryn | titul = C.D.C. Warns the New Virus Variant Could Fuel Huge Spikes in Covid-19 Cases | periodikum = The New York Times | odkaz na periodikum = The New York Times | vydavatel = The New York Times Company | datum vydání = 2021-01-15 | datum aktualizace = 2021-02-09 | url = https://www.nytimes.com/2021/01/15/health/covid-cdc-variant.html | jazyk = en}} varianta také zřejmě způsobuje těžší průběh a vyšší smrtnost.{{Citace elektronického periodika [2751] => | titul = Update note on B.1.1.7 severity - 11 February 2021 [2752] => | vydavatel = NERVTAG [2753] => | url = https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/961042/S1095_NERVTAG_update_note_on_B.1.1.7_severity_20210211.pdf [2754] => | datum vydání = 2020-02-12 [2755] => | datum přístupu = 2020-02-25 [2756] => }} Podle matematické analýzy, provedené vědci z London School of Hygiene and Tropical Medicine, infekce touto nakažlivější variantou způsobuje těžší průběh nemoci a vyšší smrtnost průměrně o 61 %.{{Cite journal|url=https://www.nature.com/articles/s41586-021-03426-1|title=Increased mortality in community-tested cases of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7|first1=Nicholas G.|last1=Davies|first2=Christopher I.|last2=Jarvis|first3=W. John|last3=Edmunds|first4=Nicholas P.|last4=Jewell|first5=Karla|last5=Diaz-Ordaz|first6=Ruth H.|last6=Keogh|date=15.3.2021|journal=Nature|volume=593|issue=7858|pages=270–274|accessdate=21. 5. 2022|via=www.nature.com|doi=10.1038/s41586-021-03426-1}} [2757] => [2758] => Pravděpodobný záchyt britské mutace koronaviru ohlásila 16. ledna 2021 také Národní referenční laboratoř [[Státní zdravotní ústav|Státního zdravotního ústavu]].{{Citace elektronické monografie | příjmení1 = Jiřincová | jméno1 = Helena | titul = Mimořádná zpráva NRL pro chřipku a nechřipková virová respirační onemocnění - Britská mutace | url = http://www.szu.cz/podezreni-na-vyskyt-britske-varianty-vui-202012-01-20b-yv1-v | druh nosiče = PDF | vydavatel = Státní zdravotní ústav | odkaz na vydavatele = Státní zdravotní ústav | datum vydání = 2021-01-16 | datum přístupu = 2021-01-16 | url archivu = https://web.archive.org/web/20210123012002/http://www.szu.cz/podezreni-na-vyskyt-britske-varianty-vui-202012-01-20b-yv1-v | datum archivace = 2021-01-23 | nedostupné = ano }} Podle analýzy společnosti Diana Biotechnologies, která zpracovává asi čtvrtinu českých PCR testů, byla tato varianta v půli února 2021 v České republice již dominantní.{{Citace elektronické monografie [2759] => | titul = Britská varianta COVID-19 se rychle šíří i přes současná opatření. Nejspíš již dominuje v celé ČR – DIANA [2760] => | url = https://www.dianabiotech.com/for-media/britska_varianta_dominuje/ [2761] => | datum přístupu = 2021-02-25 [2762] => | jazyk = en-US [2763] => }} [2764] => [2765] => Tato varianta kumuluje neobvyklé množství mutací, které odpovídají za 14 záměn aminokyselin ve virových proteinech. Z nich nejvýznamnější je mutace v jednom ze šesti klíčových kontaktních míst domény spike proteinu, která se váže na receptor ACE 2 a odpovídá za zvýšenou vazebnou afinitu (N501Y). Další mutace spike proteinu je delece (69–70del), která je spojována s únikem před imunitní odpovědí (oslabením imunogenicity). Další mutace (P681H) je v bezprostřední blízkosti domény spike proteinu, která se štěpí furinovou proteázou a hraje roli při vstupu viru do lidské buňky.{{Citace elektronického periodika [2766] => | příjmení1 = Rambaut [2767] => | jméno1 = Andrew [2768] => | příjmení2 = Loman [2769] => | jméno2 = Nick [2770] => | příjmení3 = Pybus [2771] => | jméno3 = Oliver [2772] => | příjmení4 = Barclay [2773] => | jméno4 = Wendy [2774] => | příjmení5 = Barrett [2775] => | jméno5 = Jeff [2776] => | příjmení6 = Carabelli [2777] => | jméno6 = Alesandro [2778] => | příjmení7 = Connor [2779] => | jméno7 = Tom [2780] => | příjmení8 = Peacock [2781] => | jméno8 = Tom [2782] => | příjmení9 = Robertson [2783] => | jméno9 = David L [2784] => | příjmení10 = Volz [2785] => | jméno10 = Erik [2786] => | titul = Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations [2787] => | periodikum = Virological [2788] => | datum_vydání = 2020-12-19 [2789] => | url = https://virological.org/t/preliminary-genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-the-uk-defined-by-a-novel-set-of-spike-mutations/563 [2790] => | datum_přístupu = 2020-12-28 [2791] => | jazyk = anglicky [2792] => }} [2793] => [2794] => === Varianta B.1.351 / 501.V2 (β dle WHO) = beta === [2795] => Další varianta viru, označovaná 501Y.V2 (také označována B.1.351) pochází z [[Jihoafrická republika|Jihoafrické republiky]] a během dvou měsíců se zde stala dominantní. Lékaře znepokojuje, že způsobuje kritická onemocnění u mladších a jinak zdravých pacientů,{{Citace elektronické monografie [2796] => | titul = Update on Covid-19 (18th December 2020) [2797] => | url = https://sacoronavirus.co.za/2020/12/18/update-on-covid-19-18th-december-2020/ [2798] => | vydavatel = sacoronavirus.co.za [2799] => | datum_vydání = 2020-12-18 [2800] => | datum_přístupu = 2020-12-28 [2801] => | jazyk = anglicky [2802] => | kapitola = Statement on the 501.V2 Variant [2803] => }} a také napadá i některé pacienty, kteří již onemocnění prodělali.{{Citace elektronického periodika [2804] => | příjmení = Kupferschmidt [2805] => | jméno = Kai [2806] => | příjmení2 = [2807] => | příjmení3 = [2808] => | jméno3 = [2809] => | titul = New coronavirus variants could cause more reinfections, require updated vaccines [2810] => | periodikum = Science [2811] => | vydavatel = AAAS [2812] => | url = https://www.sciencemag.org/news/2021/01/new-coronavirus-variants-could-cause-more-reinfections-require-updated-vaccines [2813] => | datum vydání = 2021-01-15 [2814] => | jazyk = en [2815] => | datum přístupu = 2021-02-25 [2816] => }} Tato varianta byla zanesena do [[Spojené království|Velké Británie]], [[Německo|Německa]], [[Francie]], [[Švýcarsko|Švýcarska]], [[Belgie]] nebo [[Rakousko|Rakouska]].{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Kubátová | jméno1 = Eliška | titul = Evropské země se snaží obrnit před mutacemi z Brazílie a JAR. Co o nakažlivějších variantách víme? | periodikum = iRozhlas.cz | odkaz na periodikum = iROZHLAS | vydavatel = Český rozhlas | odkaz na vydavatele = Český rozhlas | datum vydání = 2021-02-16 | url = https://www.irozhlas.cz/zpravy-svet/jihoafricka-brazilska-mutace-varianty-koronaviru-jar-reinfekce-vakciny-imunita_2102160616_eku | datum přístupu = 2021-02-28}} Přítomnost této varianty byla v únoru 2021 potvrzena také v České republice.{{Citace elektronického periodika [2817] => | autor = sob [2818] => | titul = V Česku byla potvrzena nakažlivější jihoafrická varianta koronaviru [2819] => | periodikum = ČT24 [2820] => | odkaz na periodikum = ČT24 [2821] => | vydavatel = Česká televize [2822] => | odkaz na vydavatele = Česká televize [2823] => | url = https://ct24.ceskatelevize.cz/domaci/3275330-v-cesku-byla-potvrzena-nakazlivejsi-jihoafricka-varianta-koronaviru [2824] => | datum vydání = 2020-02-25 [2825] => | datum přístupu = 2021-02-25 [2826] => }}{{Citace elektronického periodika [2827] => | titul = Czech Republic confirms first case of COVID-19 South African variant [2828] => | periodikum = Reuters [2829] => | odkaz na periodikum = Reuters [2830] => | datum_vydání = 2021-02-25 [2831] => | url = https://www.reuters.com/article/health-coronavirus-czech-variants/czech-republic-confirms-first-case-of-covid-19-south-african-variant-idUSL8N2KV7M6 [2832] => | datum_přístupu = 2021-02-28 [2833] => | jazyk = en [2834] => }} [2835] => [2836] => Vysoká infekčnost je spojována se substitucemi třech aminokyselin v klíčové části spike glykoproteinu (K417N, E484K, N501Y), kterou se váže na receptor lidských buněk (ACE2).{{Citace elektronické monografie [2837] => | titul = Statement of the WHO Working Group on COVID-19 Animal Models (WHO-COM) about the UK and South African SARS-CoV-2 new variants. [2838] => | url = https://www.who.int/docs/default-source/blue-print/who-com-statement_new-variant_rev1.pdf [2839] => | vydavatel = [[Světová zdravotnická organizace]] [2840] => | datum_vydání = 2020-12-23 [2841] => | datum_přístupu = 2020-12-28 [2842] => | jazyk = anglicky [2843] => }} Firmy Novavax a Janssen už ohlásily nižší účinnost svých vakcín proti této variantě viru,{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Gallagher | jméno1 = James | titul = Covid vaccine update: Those that work - and the others on the way | periodikum = BBC News | vydavatel = BBC | odkaz na vydavatele = BBC | url = https://www.bbc.com/news/health-51665497 | datum aktualizace = 2021-02-02 | datum přístupu = 2021-02-28 | jazyk = en}} ale proces výroby vakcín umožňuje pružně reagovat na jakékoli modifikace viru v relativně krátké době.{{Citace periodika [2844] => | titul = Covid-19 in South Africa: Scientists seek to understand new variant [2845] => | periodikum = BBC News [2846] => | vydavatel = BBC [2847] => | odkaz na vydavatele = BBC [2848] => | datum vydání = 2021-01-04 [2849] => | jazyk = en-GB [2850] => | url = https://www.bbc.com/news/world-africa-55531838 [2851] => | datum přístupu = 2021-02-25 [2852] => }} Podobně byla o něco méně účinná i vakcína firmy Pfizer, ale celkově se ukázala být proti této variantě funkční.{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Roberts | jméno1 = Michelle | titul = South Africa coronavirus variant: What is the risk? | periodikum = BBC News | vydavatel = BBC | odkaz na vydavatele = BBC | url = https://www.bbc.com/news/health-55534727 | datum aktualizace = 2021-02-02 | datum přístupu = 2021-02-28 | jazyk = en}} Podobně vakcína AstraZeneca by mohla chránit proti těžkému průběhu nemoci. [2853] => [2854] => === Varianta P.1 / 501Y.V3 (γ dle WHO) = gama === [2855] => Tato varianta, označovaná také 501Y.V3, byla poprvé detekována v [[Tokio|Tokiu]] v lednu 2021 u čtyř turistů, kteří přiletěli z brazilského státu [[Amazonas (brazilský stát)|Amazonas]]. Představuje nový fenotyp, konvergentně vyvinutý z původního kmene označovaného B.1.1.28. V Brazílii se P.1 nevyskytovala do listopadu 2020, ale ve vzorcích z druhé poloviny prosince 2020 už představovala 42 %. Varianta má 17 mutací, včetně biologicky významných záměn aminokyselin ve spike-proteinu (K417T, E454K a N501Y), které má společné s jihoafrickou variantou B.1.351 a delecí ''del. 11288-11296'' (ORF 1b), která je společná s britskou B 1.1.7. Všechny uvedené mutace zvyšují infekčnost viru a vedly k rapidnímu růstu hospitalizací ve městě [[Manaus]].{{Citace elektronického periodika [2856] => | titul = Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings [2857] => | periodikum = Virological [2858] => | url = https://virological.org/t/genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-manaus-preliminary-findings/586 [2859] => | datum vydání = 2021-01-12 [2860] => | jazyk = en [2861] => | datum přístupu = 2021-02-25 [2862] => }} [2863] => [2864] => Kmen P.1 je podle lékařů až 2,2krát nakažlivější než předchozí verze SARS-CoV-2 a je u něj až o 61 procent vyšší riziko, že se lidé nakazí opakovaně. V Brazílii byl v březnu 2021 odpovědný za většinu nakažených a mezitím se stačil rozšířit do dalších 20 zemí. Zhruba třicet procent lidí, kteří po nákaze P.1 umírají, je mladší 60 let. Brazílie neprovádí v potřebném rozsahu sekvenaci vzorků viru, ale existují doklady že začala mutovat i samotná varianta P.1 a vykazuje změny, které by ji mohly učinit ještě nakažlivější. Vědci uvádějí, že podle předběžných studií jsou existující vakcíny účinné i proti kmeni P.1,{{Cite web|url=https://ct24.ceskatelevize.cz/veda/3290679-v-brazilii-radi-varianta-covidu-19-ktera-ohrozuje-cely-svet|title=V Brazílii řádí varianta covidu-19, která ohrožuje celý svět |website=ČT24 |date= 30.3.2021|accessdate=21. 5. 2022}} ale čínská vakcína, kterou Brazílie užívá nejvíce, je šestkrát méně účinná proti variantě P.1 než proti původnímu kmenu SARS-CoV-2. Do 9. dubna 2021 bylo vakcinováno méně než 10 % obyvatel a celková úmrtnost činila 15 500 lidí za jediný týden.{{Cite web|url=https://cnn.iprima.cz/brazilie-je-hrozbou-pro-cely-svet-varuji-vedci-je-tovarnou-novych-variant-22775|title=Továrna na nové mutace koronaviru: Brazílie je hrozbou pro celý svět, varují vědci|website=CNN Prima News|date=11.4.2021|accessdate=21. 5. 2022}} [2865] => [2866] => Během šíření varianty P.1 se stále snižoval průměrný věk úmrtí v Brazílii. Z původních 71 let se snížil na 59 let.{{Citace elektronické monografie [2867] => | příjmení = Cintra [2868] => | jméno = Pedro [2869] => | titul = Atualizando também a idade média dos óbitos por #Covid19. [2870] => | url = https://twitter.com/pedrocintra52/status/1407724967446331396/photo/1 [2871] => | datum přístupu = 2021-06-25 [2872] => }} [2873] => [2874] => Další nebezpečná varianta popsaná z Brazílie je označovaná '''P.2 / GR/484K.V2 (ζ dle WHO)'''. Brazílie s počtem úmrtí, který v červnu 2021 přesáhl 500 000, se stala po USA druhou nejpostiženější zemí a ocitla se v kritické situaci i kvůli nízkému procentu vakcinovaných (15 %).{{Cite web|url=https://www.bbc.com/news/world-latin-america-57541794|title=Covid: Brazil hits 500,000 deaths amid 'critical' situation|website=BBC News|date=19.6.2021|accessdate=21. 5. 2022|via=www.bbc.com}} [2875] => [2876] => === Varianta B.1.525 (η dle WHO) = éta === [2877] => Tato varianta, označovaná též VUI-21FEB-03 nebo G/484K.V3 a považovaná spolu s B.1.526 za variantu hodnou zájmu (variant of interest),{{Cite web|url=https://www.nytimes.com/interactive/2021/health/coronavirus-variant-tracker.html|title=Coronavirus Variants and Mutations|first1=Jonathan|last1=Corum|first2=Carl|last2=Zimmer|date=22.3.2021|accessdate=21. 5. 2022|via=NYTimes.com}} je v tisku uváděna jako nigerijská. Původně byla zachycena v prosinci 2020 ve Velké Británii (UK1188) a v Nigérii, kde se později stala převažující formou SARS-CoV-2. Vyskytuje se ve 36 zemích, včetně [[Polsko|Polska]], [[Německo|Německa]] a [[Rakousko|Rakouska]].{{Cite web|url=https://cov-lineages.org/global_report_B.1.525.html|title=Global report investigating novel coronavirus haplotypes: B.1.525, Fig. 5|website=cov-lineages.org|date= 8.4.2021 |accessdate=21. 5. 2022}} Nese stejnou záměnu E484K a deleci ΔH69/ΔV70 jako ostatní infekční formy viru, ale obsahuje důležitou novou mutaci F888L v S2 doméně spike proteinu, která zvyšuje rezistenci vůči protilátkám a mutaci Q677H, která stabilizuje dimer S1 a S2 spike proteinu. Varianta B.1.525 má řadu dalších mutací ve strukturálních transmembránových proteinech E: (l21F), M:(I82 F), a N:(A12G) a (T208I) a v proteinovém komplexu virové RNA dependentní RNA polymerázy: NSP3: (T1189I), NSP6: (delece tří aminokyselin 106- 108), a NSP12: (P323F). Tyto mutace mohou přispívat k vyšší účinnosti replikace.{{Cite web|url=https://www.forbes.com/sites/williamhaseltine/2021/02/24/new-nigerian-variant-continues-the-trend-of-dangerous-strains-threatening-covid-19-progress/|title=A New Covid-19 Variant From Nigeria Raises Increased Concerns For Containment And Vaccination|first=William A.|last=Haseltine|website=Forbes|date=24.2.2021|accessdate=21. 5. 2022}} [2878] => [2879] => === Varianta B.1.617 (δ dle WHO) = delta === [2880] => Klad 21A varianty delta se objevil v Asii zhruba v květnu roku 2020.https://nextstrain.org/ncov/gisaid/global?f_clade_membership=21A%20%28Delta%29 - Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling V [[Indie|Indii]] se objevila varianta koncem roku 2020https://www.gisaid.org/hcov19-variants/ - VOC Kappa B.1.617.1 a v březnu 2021 byla u 15–20 % zkoumaných vzorků zachycena nová varianta viru, označovaná jako '''B.1.617.1''' (VUI-21APR-01, '''kapa''' dle WHO), obsahující dvě významné mutace E484Q a L452R, které odpovídají za zvýšenou infekčnost viru a propůjčují viru vyšší odolnost vůči protilátkám. V dubnu již tvořila 61 % zachycených vzorků. Kromě ní se v Indii vyskytují mutace B.1.1.7, B.1.351 a P.1. V několika indických státech tvořila 33–50 % zachycených vzorků nová varianta viru s mutací N440K. Do března 2021 nebylo možné určit, zda odpovídá za rychlý růst počtu nakažených v několika regionech.{{Cite web|url=https://pib.gov.in/PressReleaseIframePage.aspx?PRID=1707177 |title=Genome Sequencing by INSACOG shows variants of concern and a Novel variant in India|website=PIB Delhi |date=24.3.2021|accessdate=21. 5. 2022}} V Indii se v polovině dubnu 2021 nakazilo za jediný den až více než 200 000 obyvatel, celkem zemřelo 174 000 osob.{{Citace elektronického periodika [2881] => | příjmení1 = Ryšánek [2882] => | jméno1 = Adam [2883] => | titul = V Británii se objevila dvojitá mutace koronaviru. U vědců vyvolává obavy [2884] => | periodikum = Seznam Zprávy [2885] => | odkaz na periodikum = Seznam Zprávy [2886] => | vydavatel = Seznam.cz [2887] => | odkaz na vydavatele = Seznam.cz [2888] => | datum_vydání = 2021-04-16 [2889] => | url = https://www.seznamzpravy.cz/clanek/v-britanii-se-objevila-dvojita-mutace-koronaviru-u-vedcu-vyvolava-obavy-150958 [2890] => | datum_přístupu = 2022-08-15 [2891] => }} Ačkoli je tato varianta viru zřejmě nakažlivější než britská, nemoci podléhají pouze lidé, kteří nebyli vakcinováni. Všechny z nejčastěji používaných vakcín od firem AstraZeneca, Pfizer i Moderna podle předběžných údajů z Indie chránily před nakažením nejméně z 97 %.{{Cite web|url=https://www.novinky.cz/zahranicni/evropa/clanek/obavy-se-nenaplnily-indicka-mutace-ockovani-obejit-nedokaze-40360447|author=Petr Jemelka|title=Obavy se nenaplnily. Indická mutace očkování obejít nedokáže|website=Novinky.cz|date= 17.5.2021|accessdate=21. 5. 2022}} Všechny vakcíny chrání před těžkým průběhem onemocnění a úmrtím z 80-90%. Naproti tomu u neočkovaných je riziko hospitalizace a přijetí na JIP více než dvojnásobné oproti původní variantě Wu-han a riziko úmrtí vyšší o 133 %. Varianta delta je nakažlivější než varianty alfa, beta a gama, její inkubační doba se zkrátila na 3,7 dne a virová nálož je 1260 x vyšší než u kmenu Wu-han.{{Cite web|url=https://www.novinky.cz/zahranicni/amerika/clanek/u-varianty-delta-je-vyssi-riziko-hospitalizace-a-umrti-nez-u-trech-predchozich-40379425 |author= Alex Švamberk |title=U varianty delta je vyšší riziko hospitalizace a úmrtí než u třech předchozích | website =Novinky.cz | date = 28.11.2021 |accessdate=21. 5. 2022}} [2892] => [2893] => Ve indickém státě [[Maháráštra|Maharasthra]] byla třetí vlna pandemie částečně spojena s variantou viru, která je označována jako '''B.1.617.2''' (VOC-21APR-02, delta dle WHO), a obsahuje současně tři nebezpečné mutace spike proteinu v doméně, kterou se váže na ACE receptor (RBD) – A484Q, T474K a L452R. Vědci analyzovali 598 kompletních genomů viru a kromě toho zkoumali krystalovou strukturu deseti mutantních spike proteinů s rozštěpeným furinovým místem v komplexu s ACE2 receptorem. Od ledna 2021https://www.gisaid.org/hcov19-variants/ - VOC Delta B.1.617.2+AY.1+AY.2 narůstala frekvence mutací L452R and E484Q v RBD a také další nesynonymní mutace mimo RBD: G142D a P681R a dále T19R, E154K, D614G, Q1071H, H1101D. Mutace přispívají ke stabilitě spike proteinu ve vodném prostředí (výměna hydrofobního L za hydrofilní R v pozici 452), usnadňují štěpení furinovou proteázou a následnou fúzi s membránou (P681R) nebo snižují účinnost terapeuticky užívaných monoklonálních protilátek (L452R a E484Q).{{Cite web|url=https://www.news-medical.net/news/20210427/Triple-mutation-in-SARS-CoV-2-seen-in-second-wave-of-COVID-19-in-India.aspx|author=Lakshmi Supriya|title=Triple mutation in SARS-CoV-2 seen in second wave of COVID-19 in India|date=27. 4. 2021|website=Medical, Life Science News|accessdate=21. 5. 2022}} [2894] => [2895] => Podle anglického úřadu veřejného zdraví (PHE) varianta delta je až o 60 % nakažlivější ve srovnání s britskou variantou alfa a zvyšuje riziko hospitalizace více než 2,5násobně. Ve Velké Británii se prvně objevila v únoru a už v květnu 2021 odpovídala za tři čtvrtiny nově nakažených a postupně vytlačila variantu alfa.{{Cite web|url=https://www.seznamzpravy.cz/clanek/prvni-data-o-nebezpecne-mutaci-do-nemocnice-posila-dvaapulkrat-vic-pacientu-156906 |author= Barbora Nováková |title=První data o nebezpečné mutaci. Do nemocnice posílá dvaapůlkrát víc pacientů |website=Seznam Zprávy |date=4.6.2021 |accessdate=21. 5. 2022}} V červnu 2021 ve Velké Británii varianta delta odpovídala za 90 % nově nakažených, ale většinou šlo o mladé neočkované lidi ve věku 12-20 let. Průběh infekce připomíná běžné nachlazení s bolestí hlavy, rýmou a zanícením v hrdle.{{Cite web|url=https://www.bbc.com/news/health-57467051|title=Headache and runny nose linked to Delta variant|date=14. 6. 2021|accessdate=21. 5. 2022|via=www.bbc.com}} [2896] => [2897] => Jedná se o variantu, která je mnohem nebezpečnější pro děti. V Anglii končí 1/75 nakažených dětí v nemocnici.{{Citace elektronické monografie [2898] => | jméno = James Neill [2899] => | titul = UPDATE: one in every 75 child cases of COVID-19 are admitted to hospital [2900] => | url = https://twitter.com/jneill/status/1403682523650179075 [2901] => | datum vydání = 2021-06-11 [2902] => | datum přístupu = 2021-06-25 [2903] => }} [2904] => [2905] => === Varianta B.1.1.529 ([[Omikron|ο]] dle WHO) = omikron === [2906] => V Jihoafrické republice byla ve školách a mezi mladými lidmi v listopadu 2021 zachycena ve větší míře nová varianta označená '''B.1.1.529 ([[Omikron|ο]] dle WHO)'''.{{Citace elektronické monografie [2907] => | titul = Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern [2908] => | url = https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern [2909] => | datum_přístupu = 2021-11-26 [2910] => | datum_vydání = 2021-11-26 [2911] => }} Vznikla patrně v létě roku 2021.https://nextstrain.org/ncov/gisaid/global?f_clade_membership=21K%20%28Omicron%29 - Genomic epidemiology of novel coronavirus - Global subsampling Vědce znepokojuje vysoký počet celkem 30 mutací [[Aminokyselina|aminokyselin]], které virus akumuloval ve spike proteinu. Ty zásadně změnily jeho prostorovou konformaci a mohou být odpovědné za odolnost vůči protilátkám. Kromě toho má varianta omikron celkem deset mutací jen v doméně, kterou se váže na receptor ACE2 (Angiotensin-converting enzyme 2) lidských buněk (delta má pouze dvě takové mutace).{{Cite web|url=https://www.bbc.com/news/health-59418127 |author=James Gallagher |title= New Covid variant: How worried should we be? |date=26.11.2021 |accessdate=21. 5. 2022|via=www.bbc.com}} Počítačové simulace spike proteinu naznačují, že virus by mohl unikat i imunitě zprostředkované [[T-lymfocyt|T lymfocyty]].{{Cite journal|url=https://www.nature.com/articles/d41586-021-03552-w|title=Heavily mutated Omicron variant puts scientists on alert|first=Ewen|last=Callaway|date=25. 11. 2021|journal=Nature|volume=600|issue=7887|pages=21–21|accessdate=21. 5. 2022|via=www.nature.com|doi=10.1038/d41586-021-03552-w}} Nástup nové varianty B.1.1.529 je výrazně strmější než u předchozích variant beta (dominovala na přelomu let 2020/2021) a delta (dominantní od června 2021, kdy nahradila variantu alfa). Ve spike proteinu kumulovala veškeré mutace charakteristické pro vysoce infekční a nejnebezpečnější varianty alfa, beta a delta, označované [[Světová zdravotnická organizace|WHO]] jako tzv. VOC (Variants of concern). Kromě toho obsahuje nové mutace, jejichž význam dosud není zřejmý. Řada států už zrušila lety z afrických zemí, kde byla nová varianta viru potvrzena.{{Cite web|url=https://www.seznamzpravy.cz/clanek/koronavirus-prehled-co-uz-vime-o-nove-variante-ktera-strasi-svet-181820|title=První data. Co už víme o nové variantě koronaviru, která straší svět - Seznam Zprávy|website=www.seznamzpravy.cz|accessdate=21. 5. 2022}} V listopadu 2021 byla WHO zařazena mezi znepokojivé varianty (VOC).{{Citace elektronického periodika [2912] => | příjmení = [2913] => | jméno = [2914] => | titul = Omikron. WHO pojmenovala novou obávanou variantu koronaviru [2915] => | periodikum = ČT24 [2916] => | vydavatel = Česká televize [2917] => | url = https://ct24.ceskatelevize.cz/specialy/koronavirus/3405712-od-soboty-se-omezi-vstup-do-ceska-z-osmi-africkych-zemi-duvodem-je-nova [2918] => | datum vydání = 2021-11-26 [2919] => | jazyk = cs [2920] => | datum přístupu = 2021-11-26 [2921] => }}{{Citace elektronického periodika [2922] => | titul = Omikron. WHO oficiálně zařadila novou variantu mezi znepokojivé [2923] => | periodikum = Seznam Zprávy [2924] => | odkaz na periodikum = Seznam Zprávy [2925] => | vydavatel = Seznam.cz [2926] => | odkaz na vydavatele = Seznam.cz [2927] => | url = https://www.seznamzpravy.cz/clanek/zahranicni-omikron-who-oficialne-zaradila-novou-variantu-mezi-znepokojive-181934 [2928] => | datum přístupu = 2021-11-26 [2929] => }} K mutacím viru patrně došlo v [[myš]]ích.{{Citace elektronického periodika [2930] => | příjmení1 = Wei [2931] => | jméno1 = Changshuo [2932] => | příjmení2 = Shan [2933] => | jméno2 = Ke-Jia [2934] => | příjmení3 = Wang [2935] => | jméno3 = Weiguang [2936] => | příjmení4 = Zhang [2937] => | jméno4 = Shuya [2938] => | příjmení5 = Huan [2939] => | jméno5 = Qing [2940] => | příjmení6 = Qian [2941] => | jméno6 = Wenfeng [2942] => | titul = Evidence for a mouse origin of the SARS-CoV-2 Omicron variant [2943] => | periodikum = Journal of Genetics and Genomics [2944] => | ročník = 48 [2945] => | číslo = 12 [2946] => | datum_vydání = 2021-12 [2947] => | strany = 1111–1121 [2948] => | url = https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1673852721003738 [2949] => | jazyk = anglicky [2950] => | doi = 10.1016/j.jgg.2021.12.003 [2951] => }} [2952] => [2953] => Novou variantu viru je možné odhalit [[Polymerázová řetězová reakce|PCR testem]], kde jako charakteristický marker slouží tzv. ''S gene dropout'' nebo ''S gene target failure'' - to znamená, že PCR test není schopen detekovat gen pro spike protein. Ten je jedním ze tří genů, na který je PCR test nastaven. Varianta Omikron má oproti předchozím selekční výhodu a vykazuje mnohem rychlejší nástup šíření.{{Cite web|url=https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern|title=Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern|website=www.who.int|accessdate=21. 5. 2022}} V Dánsku, kde se sekvenuje až 50 % zachycených vzorků viru a ve Velké Británii (sekvenováno 16 % vzorků) je v prosinci 2021 potvrzen komunitní přenos varianty omikron. Vzestup záchytů je 2 až 3násobný, bez jakékoli spojitosti s cestovatelskou anamnézou.{{Cite web|url=https://www.seznamzpravy.cz/clanek/koronavirus-z-danska-a-britanie-se-stala-evropska-ohniska-omikronu-ale-jen-zdanlive-182695|title=Proč Dánsko a Británie hlásí prudký nárůst varianty omikron - Seznam Zprávy|website=www.seznamzpravy.cz|accessdate=21. 5. 2022}} [2954] => [2955] => Vysoký počet nahromaděných mutací umožňuje variantě omikron obejít imunitu navozenou vakcinací. V Dánsku, kde bylo touto variantou ke 14. 12. 2021 nakaženo už 3 437 lidí, bylo z toho počtu celkem 75 % plně očkovaných dvěma dávkami. Podle studie, kterou nechala udělat největší jihoafrická zdravotní pojišťovna Discovery Health, vakcinace mRNA od firmy Pfizer poskytuje jen asi 33 % ochranu před nakažením variantou omikron, ale stále chrání před těžkým průběhem a hospitalizací zhruba ze 70 %.{{Cite web|url=https://www.seznamzpravy.cz/clanek/koronavirus-varovani-z-danska-omikron-valcuje-deltu-vetsina-nakazenych-je-ockovana-183356|title=Varování z Dánska: Omikron válcuje deltu, většina nakažených je očkovaná - Seznam Zprávy|website=www.seznamzpravy.cz|accessdate=21. 5. 2022}} [2956] => [2957] => Podle jihoafrické lékařky Angelique Coetzee se symptomy onemocnění variantou omikron liší od původního viru. U mnoha nakažených, mezi kterými převažují neočkované děti, se projevilo vysokým krevním tlakem, silnou únavu a kašlem. Žádný z jejích pacientů podle ní neztratil čich ani chuť, příznaky jsou většinou mírné.{{Cite web|url=https://www.novinky.cz/koronavirus/clanek/lekarka-z-jar-popsala-nezvykle-priznaky-nakazy-omikronem-40379463|title=Lékařka z JAR popsala nezvyklé příznaky nákazy omikronem | website =Novinky.cz | date = |accessdate=21. 5. 2022}} Data pro JAR z 10. prosince 2021 ukazují téměř kolmý vzestup nákazy novou variantou omikron (šestinásobek během 2 týdnů) ale pouze mírný vzestup počtu hospitalizovaných. Průměrná doba pobytu v nemocnici se naopak výrazně zkrátila z osmi na 2,8 dne a nijak se nezvýšil počet úmrtí.{{Cite web|url=https://www.novinky.cz/zahranicni/clanek/jak-smrtici-je-omikron-data-z-jar-zatim-hovori-jasne-40381111|title=Jak smrtící je omikron? Data z JAR zatím hovoří jasně | website =Novinky.cz | date = |accessdate=21. 5. 2022}} Vlna onemocnění variantou omikron v JAR dosáhla vrcholu během tří týdnů a od 17.12. počet nově nakažených klesá. Úmrtnost zůstala velmi nízká a sedmidenní průměr se pohybuje kolem 0,50 na milion obyvatel. Oproti variantě delta, kde bylo hospitalizováno až 19 % nakažených je u varianty omikron procento hospitalizovaných jen kolem 1,7 %. V JAR mohou být výsledky oproti jiným zemím zkresleny tím, že je zde nižší průměrný věk a covid už dříve prodělalo až 80 % populace a má vytvořenou imunitu.{{Cite web|url=https://www.novinky.cz/koronavirus/clanek/zvrat-v-jar-omikron-zacal-zpomalovat-40381695|title=Zvrat v JAR. Omikron začal zpomalovat | website = Novinky.cz|date= |accessdate=21. 5. 2022}} Snížení hospitalizací a úmrtí oproti variantě delta lze přičíst pouze čtvrtinu, zbytek je efekt zvýšené imunity.{{Citace elektronického periodika [2958] => | titul = South African study suggests Omicron less severe even for unvaccinated [2959] => | periodikum = [[Reuters]] [2960] => | datum_vydání = 2022-01-14 [2961] => | url = https://www.reuters.com/business/healthcare-pharmaceuticals/safrican-study-suggests-omicron-less-severe-even-unvaccinated-2022-01-14/ [2962] => | datum_přístupu = 2022-08-15 [2963] => | jazyk = anglicky [2964] => }}https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMp2119682 - Challenges in Inferring Intrinsic Severity of the SARS-CoV-2 Omicron Variant{{Citace elektronického periodika [2965] => | příjmení1 = Bhattacharyya [2966] => | jméno1 = Roby P. [2967] => | příjmení2 = Hanage [2968] => | jméno2 = William P. [2969] => | titul = Challenges in Inferring Intrinsic Severity of the SARS-CoV-2 Omicron Variant [2970] => | periodikum = New England Journal of Medicine [2971] => | ročník = 386 [2972] => | číslo = 7 [2973] => | datum_vydání = 2022-02-17 [2974] => | strany = e14 [2975] => | url = https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMp2119682 [2976] => | jazyk = anglicky [2977] => | doi = 10.1056/NEJMp2119682 [2978] => }} [2979] => [2980] => Z údajů zveřejněných 2. ledna 2022 vyplývá, že varianta omikron se množí především v horních cestách dýchacích a většinou nepronikne do plic. K podobným závěrům došly i experimenty na zvířatech. To vysvětluje vysokou infekčnost i celkově lehčí průběh onemocnění.{{Cite web|url=https://www.seznamzpravy.cz/clanek/koronavirus-pribylo-dobrych-zprav-dalsi-studie-naznacuji-ze-omikron-min-nici-plice-184635|title=Přibylo dobrých zpráv. Další studie naznačují, že omikron méně ničí plíce - Seznam Zprávy|website=www.seznamzpravy.cz|accessdate=21. 5. 2022}} Izraelský koordinátor boje proti covidu-19 Nachman Aš soudí, že rychlý nástup vlny onemocnění variantou omikron, která může v devítimilionové populaci Izraele do konce ledna postihnout 2-4 miliony lidí, přinese stádní imunitu.{{Cite web|url=https://www.seznamzpravy.cz/clanek/koronavirus-omikron-muze-prinest-stadni-imunitu-ale-ne-bez-rizik-zaznelo-z-izraele-184640|title=Omikron může přinést stádní imunitu, ale ne bez rizik, zaznělo z Izraele - Seznam Zprávy|website=www.seznamzpravy.cz|accessdate=21. 5. 2022}} [2981] => [2982] => Varianta omikron dokáže obejít imunitu očkovaných 2,7krát až 3,7krát snadněji než předchozí převažující varianta delta.{{Cite web|url=https://www.novinky.cz/zahranicni/evropa/clanek/studie-omikron-umi-snadneji-obejit-imunitu-40382832|title=Studie: Omikron umí snadněji obejít imunitu |website=Novinky.cz|date= |accessdate=21. 5. 2022}} Monoklonální protilátky, které u varianty delta asi ze 70 procent brání vážnému průběhu nemoci covid-19, podle nových studií v případě omikronu nefungují.{{Cite web|url=https://www.seznamzpravy.cz/clanek/koronavirus-az-v-cesku-prevladne-omikron-prestane-se-lecit-protilatkami-nezabiraji-184623|title=Až v Česku převládne omikron, přestane se léčit protilátkami. Nezabírají - Seznam Zprávy|website=www.seznamzpravy.cz|accessdate=21. 5. 2022}} [2983] => [2984] => Image:SARS-CoV-2_Variant_B-1-1-529_Omicron_lineage_mutations.png|přehled mutací varianty omikron [2985] => [2986] => ==== Subvarianty BA.2 a BA.3 ==== [2987] => Další dvě sublinie jsou označovány jako '''BA.2/B.1.1.529.2''' a '''BA.3/B.1.1.529.3'''. Kromě mnoha společných mutací se od původní linie omikron B.1.1.529 výrazně liší. BA.1 a BA.2 navzájem sdílejí 32 mutací, ale dalšími 28 mutacemi se liší. Tím se BA.2 podobá spíše některým jiným hlavním variantám a bylo navrženo, aby BA.2 dostala vlastní název podle řecké abecedy.{{Cite web|url=https://fortune.com/2022/01/21/what-is-stealth-omicron-new-covid-variant-substrain-denmark/|title=What is 'stealth Omicron'?|website=Fortune|accessdate=21. 5. 2022}} [2988] => [2989] => Nástup BA.2 byl velmi rychlý. První potvrzená sekvence BA.2 v databázi GISAID pochází ze 17. listopadu 2021.{{Cite web|url=https://outbreak.info/situation-reports?pango=BA.2|title=BA.2 Lineage Report|website=outbreak.info|date=17.11.2021|accessdate=21. 5. 2022}} Na přelomu prosince 2021 a ledna 2022 se stala dominantní přinejmenším v některých částech Indie (koncem prosince 2021 již tvořila téměř 80 % v Kalkatě) a na Filipínách, stala se častou ve Skandinávii, Jižní Africe a Singapuru a vykazovala známky nárůstu v Německu a Spojeném království. V Dánsku byla první BA.2 ve vzorku odebraném 5. prosince 2021. Ve druhém týdnu (10.-16. ledna) roku 2022 se frekvence obou subvariant téměř vyrovnala, obě byly mírně pod 50 procenty (kolem jednoho procenta byla rychle mizející Delta). Poté se BA.2 v Dánsku stala dominantní subvariantou, ale nedošlo k žádnému dramatickému zhoršení celkové situace.{{Cite web|url=https://nyheder.tv2.dk/2022-01-21-ny-omikron-variant-tager-over-i-danmark-det-ved-vi-om-den|title=Ny Omikron-variant tager over i Danmark - det ved vi om den - TV 2|date=21. 1. 2022|website=nyheder.tv2.dk|accessdate=21. 5. 2022}} K 24. lednu 2022 dánské zdravotnické orgány nezaznamenaly rozdíly mezi BA.1 a BA.2 v hospitalizacích nebo závažnosti a první údaje z Indie ukazují stejným směrem. V Dánsku byla míra průlomu imunity u lidí, kteří byli očkováni nebo byli předtím infikováni COVID-19, podobná míře průlomu a reinfekce pozorované u BA.1. K 17. lednu 2022 byl BA.2 zjištěn nejméně ve 40 zemích a na všech kontinentech kromě Antarktidy. V Česku byla k 25. lednu 2022 subvarianta BA.2 zachycena u 173 osob a tvoří asi 4 % případů.{{Cite web|url=https://www.novinky.cz/koronavirus/clanek/omikron-v-95-procentech-vzorku-objevuje-se-i-varianta-ba-2-40385037|title=Omikron v 95 procentech vzorků. Objevuje se i varianta BA.2 |website=Novinky.cz|date= |accessdate=21. 5. 2022}} [2990] => [2991] => Hlavním rozdílem mezi BA.2 a "standardní" subvariantou omikron je, že BA.2 nemá charakteristickou deleci (Δ69-70) způsobující tzv. S-gene target failure (SGTF), podle které je mnoho qPCR testů schopno rychle odhalit případ jako variantu omikron. Třetí sublinie Omicron, BA.3, je zatím velmi vzácná a nepředstavuje stejný potenciální problém při detekci, protože má deleci SGTF (Δ69-70), podobně jako BA.1. [2992] => [2993] => ==== Subvarianty BA.4 a BA.5 ==== [2994] => Varianta BA.4 byla v dubnu 2022 detekována v Jižní Africe, Botswaně, Dánsku, Skotsku a Anglii a první údaje naznačovaly, že je nakažlivěší než převládající BA.2. V květnu 2022 ji jako VOC označilo Evropské centrum pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC)[https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern European Centre for Disease Prevention and Control: SARS-CoV-2 variants of concern as of 15 July 2022] a britská UKHSA. Varianta BA.5 se v květnu 2022 stala dominantní v Portugalsku.[https://www.sciencesetavenir.fr/sante/variant-ba-5-apres-le-portugal-les-autres-pays-europeens-vont-connaitre-leur-sixieme-vague_163686 Coralie Lemke, Variant BA.5 du Covid-19 : "Après le Portugal, les autres pays européens vont connaître leur sixième vague", Sciences et Avenir, Santé, 25.5.2022] V červnu 2022 se obě nové varianty staly dominantními v Německu, Velké Británii, USA a Francii. V Česku tvoří obě varianty v červenci 2022 téměř 87 % všech případů. Podle dostupných dat zřejmě lépe unikají virus neutralizačním protilátkám navozeným předchozími onemocněními, ale nijak nezhoršují průběh onemocnění.{{Citace elektronického periodika |titul=SZÚ: Subvarianty omikronu BA.4 nebo BA.5 dominují z téměř 87%, 4.7.2022 |url=http://www.szu.cz/subvarianty-omikronu-ba-4-nebo-ba-5-dominuji-z-temer-87 |datum přístupu=2022-07-18 |url archivu=https://web.archive.org/web/20220713072612/https://www.szu.cz/subvarianty-omikronu-ba-4-nebo-ba-5-dominuji-z-temer-87 |datum archivace=2022-07-13 }} [2995] => [2996] => Subvarianta '''BA.4.6''', která patrně vznikla rekombinací v USA a tvoří tam 9% všech infekcí, se objevila ve Velké Británii a v září 2022 už představovala 9% nových infekcí. Oproti původní BA.4 se v časné fázi infekce rychleji replikuje, je odolnější vůči vakcinaci starší vakcínou proti SARS-CoV-2 wuchanského typu a nelze ji léčit protilátkovou terapií Evusheld. Průběh infekce je ale mírný a neliší se od jiných variant omicronu.[https://www.sciencealert.com/the-new-covid-subvariant-ba-4-6-is-spreading-heres-what-we-know Manal Mohammed, The New COVID Subvariant BA.4.6 Is Spreading. Here's What We Know, Science Alert, 15.9.2022] [2997] => [2998] => ==== Subvarianta Centaurus (BA.2.75, BA.2.76) ==== [2999] => Zatím nejinfekčnější subvarianta Omikronu označovaná Centaurus (Kentaur) se objevila poprvé v květnu 2022 v Indii a rychle vytlačuje předchozí variantu BA.5. Příznaky onemocnění jsou stejné nebo mírnější a předchozí prodělání covidu nebo vakcinace poskytují dostatečnou ochranu.{{Citace elektronického periodika [3000] => | příjmení1 = Davies [3001] => | jméno1 = Joe [3002] => | titul = Why you DON'T need to worry about 'Centaurus': 'Most infectious' Covid variant yet is growing rapidly in India and may already be in the UK... but experts say there's no proof it will send us back to darkest days of pandemic [3003] => | periodikum = [[Daily Mail]] [3004] => | datum_vydání = 2022-07-13 [3005] => | url = https://www.dailymail.co.uk/news/article-11006795/Centaurus-variant-dont-need-worry-BA-2-75-experts-claim.html [3006] => | datum_přístupu = 2022-08-15 [3007] => | jazyk = anglicky [3008] => }} V Česku potvrdila Národní referenční laboratoř první případ subvarianty koronaviru BA.2.76 v pondělí 18. července 2022.[https://www.seznamzpravy.cz/clanek/koronavirus-v-cesku-se-objevila-nova-subvarianta-omikronu-209180 Miroslav Tomko, V Česku se objevila nová subvarianta omikronu, Seznam Zprávy 18.7.2022] [3009] => ==== Subvarianta Pirola (BA.2.86) ==== [3010] => Nová varianta Omicronu, která se začala šířit koncem srpna 2023 v Dánsku, Izraeli a USA[https://www.cdc.gov/respiratory-viruses/whats-new/covid-19-variant.html CDC: Risk Assessment Summary for SARS CoV-2 Sublineage BA.2.86, 23.8.2023] má oproti XBB.1.5 celkem 30 nových mutací ve spike proteinu a podobá se tak radikální změně, ke které došlo při mutaci varianty Delta na Omicron.[https://www.yalemedicine.org/news/new-covid-variant-ba286-pirola Carrie MacMillan, Variant, Increase COVID-19 Cases?, Yale Medicine, 31.8.2023] V září byla Pirola zachycena už v 11 zemích. Nové mutace způsobily, že virus lépe obchází imunitu získanou očkováním nebo předchozí infekcí SARS-CoV-2 a patrně odpovídají za nárůst počtu infikovaných, ale zatím nejsou důkazy, že by vedly k těžšímu průběhu onemocnění.[https://www.gavi.org/vaccineswork/everything-you-need-know-about-new-ba286-pirola-variant Linda Geddes, Everything you need to know about the new BA.2.86 “Pirola” variant, Wakcines Work, 11.9.2023] [3011] => [3012] => ==== Subvarianta XBB.1.5 ==== [3013] => Subvarianty Omikronu s označením XBB byly sledovány několik měsíců a dosavadní bádání ukazuje, že obsahují prvky, které zvyšují schopnost překonat imunitní reakci. Subvarianta XBB.1.5 se objevila koncem října 2022 ve státech New York a Connecticut. V posledním týdnu roku 2022 zdvojnásobila svůj podíl na celkových infekcích omikronem a odpovídala za 40,5 procenta infekcí napříč USA. Vznikla rekombinací dvou subvariant Omicronu BA.2 a získala tak 14 nových mutací ve spike-proteinu.[https://edition.cnn.com/2023/01/03/health/covid-variant-xbb-explainer/index.html Brenda Goodman, Omicron offshoot XBB.1.5 could drive new Covid-19 surge in US, CNN health, 3.1.2023] Od příbuzných podtypů se odlišuje mutací spike proteinu '''F486P''', která zvyšuje odolnost viru vůči protilátkám, ale nezvyšuje celkovou smrtnost.[https://www.novinky.cz/clanek/zahranicni-amerika-usa-eviduji-vzestup-nove-verze-koronaviru-hospitalizovanych-nejvic-od-brezna-40418908 USA evidují vzestup nové verze koronaviru, hospitalizovaných nejvíc od března, Novinky.cz, 2.1.2023] [3014] => ==== Subvarianta XBB 1.16 ==== [3015] => Nová varianta Omicronu označovaná XBB 1.16 nebo '''acturus''' se objevila v lednu 2023 v Indii a odpovídá za rychlý nárůst případů.[https://economictimes.indiatimes.com/industry/healthcare/biotech/healthcare/india-registering-big-covid-spike-dangerous-xbb-1-16-variant-could-be-behind-it-heres-all-you-should-know/articleshow/98770923.cms India registering big Covid spike. Dangerous XBB 1.16 variant could be behind it. The Economic Times, 19.3.2023] Ze všech známých variant viru se šíří nejrychlejším tempem. Podle WHO obsahuje novou mutaci oproti XBB.1.5, která odpovídá za vyšší infekčnost, ale příznaky onemocnění se od předchozí varianty nijak neliší.[https://www.ndtv.com/health/arcturus-or-the-xbb-1-16-variant-is-the-new-covid-19-variant-more-dangerous-3954541 Varsha Vats, Arcturus Or The XBB.1.16 Variant: Is The New Covid-19 Variant More Dangerous?, NDTV, 17.4.2023] Varianta XBB 1.16 (spolu s XBB.1.9.1 a XBB.1.9.2) je na vzestupu také v USA a byla zařazena mezi sledované.[https://www.usnews.com/news/health-news/articles/2023-04-14/cdc-adds-new-xbb-1-16-omicron-subvariant-to-variant-tracker Cecelia Smith-Schoenwalder, CDC Adds New XBB.1.16 Omicron Subvariant to Variant Tracker, US News, 14.4.2023][https://covid.cdc.gov/covid-data-tracker/#variant-proportions COVID Data Tracker, CDC, United States] [3016] => ==== EG.5 a EG.5.1 ==== [3017] => Jedná se o subvarianty odvozené z XBB 1.9.2 s novými mutacemi ve spike proteinu, které zvyšují infekčnost a umožňují vyhnout se imunitní reakci. Konkrétně se jedná o mutace F456L (záměna fenylalaninu za leucin v pozici 456) u EG.5 a další mutaci Q52H (záměna glutaminu za histidin v pozici 52) u varianty EG.5.1. První případy infekce touto variantou přezdívanou '''Eris''' byly zaznamenány v únoru 2023[https://www.bbc.com/news/health-66461727 BBS What we know about the Covid variant EG.5 dubbed 'Eris'] a od června do července stoupl podíl těchto nových variant na infekcích virem SARS-CoV-2 globálně ze 7,6 na 17,4 %. Žádná z nových variant EG.5 nezpůsobuje těžší průběh onemocnění ani úmrtnost.[https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/09082023eg.5_ire_final.pdf?sfvrsn=2aa2daee_1 WHO: EG.5 Initial Risk Evaluation, 9 August 2023][https://www.wn24.cz/siri-se-nova-varianta-koronaviru-nebezpecnejsi-podle-dosavadnich-poznatku-neni/ Šíří se nová varianta koronaviru. Nebezpečnější podle dosavadních poznatků není, World News 24, 1.8.2023] [3018] => ==== JN.1 ==== [3019] => Nová subvarianta '''JN.1''' vznikla velkým počtem nových mutací z '''BA.2.86 (Pirola)''' během léta v USA a od té doby se lavinovitě šíří. V prosinci 2023 už představovala téměř polovinu nových infekcí v USA.[https://www.nytimes.com/2023/12/27/well/live/jn1-covid-variant.html Knvul Sheikh, JN.1 Now Accounts for Nearly Half of U.S. Covid Cases, The New York Times, 27.12.2023] JN.1 má oproti BA.2.86 kolem 30 nových mutací, z toho pouze jednu ve spike proteinu, ale ta jí dovoluje překonat imunitu vytvořenou proti předchozím variantám a zhruba dvojnásobně snižuje účinky neutralizačních protilátek. [[Světová zdravotnická organizace|WHO]] ji označila za variantu hodnou pozornosti a výzkumníci odhadují, že během několika týdnů bude dominantní globálně. Exponenciální nárůst infekcí i hospitalizací byl zaznamenán v Dánsku, Španělsku, Belgii, Francii a Holandsku a podobný nárůst zaznamenává Kanada, Asie a Austrálie.[https://edition.cnn.com/2023/12/19/health/what-to-know-about-jn-1/index.html Brenda Goodman, Coronavirus subvariant JN.1 growing fast in US, already dominant in the Northeast, CNN, 19.12.2023] Dobrou zprávou je vysoká účinnost očkování nejnovější m-RNA vakcínou proti variantě XBB.1.5, která chrání i proti JN.1 (13,3 - 27,4 krát).[https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.11.26.568730v2 Qian Wang, Yicheng Guo et al., XBB.1.5 monovalent mRNA vaccine booster elicits robust neutralizing antibodies against emerging SARS-CoV-2 variants, BioRxiv, 2023] [3020] => [3021] => === Další varianty === [3022] => Varianta 20A.EU1 se objevila počátkem léta 2020 ve Španělsku a turisté ji následně rozšířili po celé Evropě.{{Citace elektronického periodika [3023] => | příjmení2 = Zuber [3024] => | jméno2 = Moira [3025] => | příjmení3 = Nadeau [3026] => | jméno3 = Sarah [3027] => | titul = Emergence and spread of a SARS-CoV-2 variant through Europe in the summer of 2020 [3028] => | periodikum = medRxiv preprint [3029] => | url = https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.10.25.20219063v2.full.pdf [3030] => | doi = 10.1101/2020.10.25.20219063 [3031] => | jazyk = anglicky [3032] => | jméno9 = Fernando González [3033] => | datum_přístupu = 2020-12-28 [3034] => | datum_vydání = 2020-10-28 [3035] => | jméno11 = Richard A. [3036] => | příjmení11 = Neher [3037] => | jméno10 = Tanja [3038] => | příjmení10 = Stadler [3039] => | příjmení1 = Hodcroft [3040] => | příjmení9 = Candelas [3041] => | jméno8 = Iñaki [3042] => | jméno1 = Emma B. [3043] => | jméno7 = Timothy G. [3044] => | příjmení7 = Vaughan [3045] => | jméno6 = David [3046] => | příjmení6 = Veesler [3047] => | jméno5 = Jesse D. [3048] => | příjmení5 = Bloom [3049] => | jméno4 = Katharine H. D. [3050] => | příjmení4 = Crawford [3051] => | příjmení8 = Comas [3052] => }} [3053] => [3054] => V New Yorku se od listopadu 2020 rychle šířila nová varianta označovaná '''B.1.526 (ι dle WHO)'''. Kumuluje nebezpečné mutace spike proteinu, které odpovídají za nižší účinnost neutralizačních protilátek (E484K) a za vyšší afinitu k ACE2 receptoru na lidských buňkách (S477N).[https://outbreak.info/situation-reports?country=United%20States&division=California&division=New%20York&pango=B.1.526&muts=S%3AS477N&selected=Worldwide&selectedType=world B.1.526 Lineage with S:S477N Report, Outbreak info, 24.2.2021]{{Citace elektronického periodika | příjmení1 = Mandavilli | jméno1 = Apoorva | titul = A New Coronavirus Variant Is Spreading in New York, Researchers Report | periodikum = The New York Times | odkaz na periodikum = The New York Times | vydavatel = The New York Times Company | datum vydání = 2021-02-24 | datum aktualizace = 2021-02-25 | url = https://www.nytimes.com/2021/02/24/health/coronavirus-variant-nyc.html | jazyk = en}} V polovině února 2021 tvořila varianta B.1.526 už 27 % nových virových sekvencí dodaných do databáze [[GISAID]].{{Cite web|url= https://nymag.com/intelligencer/2021/02/new-york-city-coronavirus-variant-b-1-526-what-we-know.html |title= Everything We Know About the Coronavirus Variant Spreading in New York City |first1=Matt |last1=Stieb |first2= Paola |last2= Rosa-Aquino|date= 24.2.2021|website=New York Intelligencer |accessdate=21. 5. 2022}} [3055] => [3056] => Dvě příbuzné kalifornské varianty viru, označované '''B.1.427 a B.1.429 / S:452R (ε dle WHO)''', způsobují vážnější průběh onemocnění, při kterém je třeba pacienty připojit na kyslíkovou podporu. Vyznačují se rovněž asi o 20 % vyšší infekčností a zvýšenou rezistencí vůči protilátkám získaných po prodělání onemocnění nebo po vakcinaci.{{Cite web|url=https://www.seznamzpravy.cz/clanek/nove-a-urputnejsi-vyzkousejte-si-jak-se-siri-varianty-covidu-150662|title=Nové a urputnější. Varianty viru se učí uhodnout heslo, v Česku měly příležitost - Seznam Zprávy|website=www.seznamzpravy.cz|accessdate=21. 5. 2022}} [3057] => [3058] => V [[Bretaň|Bretani]] byla nalezena varianta covidu-19, kterou neodhalily běžné PCR testy a byla potvrzena až po odběru krve. Sekvenováním byla zjištěna u osmi z celkem 79 hospitalizovaných pacientů v nemocnici města [[Lannion]], a ukázalo se že jde o novou, dosud neznámou mutaci viru. K březnu 2021 chyběly údaje o infekčnosti nebo závažnosti onemocnění a nebylo známo, do jaké míry je proti této nové mutaci účinné očkování.[https://www.bloomberg.com/news/articles/2021-03-16/france-finds-variant-in-brittany-that-evades-standard-tests Marthe Fourcade, France Finds Covid-19 Variant That Evades Gold-Standard Tests, Bloomberg, 16.3.2021] [3059] => [3060] => V Japonsku byla u turisty, který přicestoval z [[Filipíny|Filipín]], zachycena nová varianta SARS-CoV-2, prozatímně označovaná jako '''P.3 nebo VUI-21MAR-02(9.3) /GR/1092K.V1 (θ dle WHO)''', známá od 9. března a odlišná od britské, brazilské nebo jihoafrické varianty. Je považována za stejně nebezpečnou neboť může být odolnější vůči neutralizačním protilátkám získaným vakcinací.{{Citace elektronického periodika |titul=Japanese authorities discover a new coronavirus variant in traveler from Philippines, The japan Times, 13.3.2021 |url=https://www.japantimes.co.jp/news/2021/03/13/national/new-variant-philippines/ |datum přístupu=2021-03-16 |url archivu=https://web.archive.org/web/20210504151117/https://www.japantimes.co.jp/news/2021/03/13/national/new-variant-philippines/ |datum archivace=2021-05-04 }} Nově byla filipínská varianta viru zanesena také do [[Anglie]]. Podle analýz obsahuje nová varianta epidemiologicky významné záměny E484K a N501Y. Na [[Filipíny|Filipínách]] byly předtím zachyceny všechny nové nakažlivější mutace, včetně B 1.1.7, B.1.351 a P 1.{{Cite web|url=https://www.novinky.cz/zahranicni/svet/clanek/v-anglii-se-objevila-filipinska-mutace-40354234|title=V Anglii se objevila filipínská mutace |website=Novinky.cz|date= |accessdate=21. 5. 2022}} [3061] => [3062] => Varianta označovaná '''B.1.617.1 nebo G/452R.V3 (κ dle WHO)''' byla poprvé zaznamenána v Indii v říjnu 2020 a popsána v dubnu 2021.{{Cite web|url=https://www.who.int/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants|title=Tracking SARS-CoV-2 variants|website=www.who.int|accessdate=21. 5. 2022}} [3063] => [3064] => Mezi nejhůře zasažené země patří Peru, odkud byla popsána varianta '''C.37 / GR/452Q.V1 (λ dle WHO)'''. [3065] => [3066] => V Angole byly u cestujících z Tanzánie identifikovány tři vzorky nové varianty označené provizorně jako '''A.VOI.V2'''. Ta obsahuje tři delece a 11 substitucí aminokyselin ve spike proteinu (z celkových 31 substitucí). Tři substituce (R346K, T478R, E484K) zahrnují receptor-binding domain. Z dalších celkem 5 substitucí a tří delecí v N-terminální doméně spike proteinu se některé kumulují v tzv. antigenní superdoméně (Y144Δ, R246M, SYL247-249Δ a W258L) a poblíž místa S1/S2 štěpeného furinovou proteázou (H655Y a P681H).{{Cite web|url=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.30.21254323v1.full-text |title=A novel variant of interest of SARS-CoV-2 with multiple spike mutations detected through travel surveillance in Africa|first1=Tulio de|last1=Oliveira|first2=Silvia|last2=Lutucuta|first3=John|last3=Nkengasong|first4=Joana|last4=Morais|first5=Joana Paula|last5=Paixão|first6=Zoraima|last6=Neto|first7=Pedro|last7=Afonso|first8=Julio|last8=Miranda|first9=Kumbelembe|last9=David|first10=Luzia|last10=Inglês|first11=Amilton Pereira Agostinho Paulo Raisa Rivas|last11=Carralero|first12=Helga Reis|last12=Freitas|first13=Franco|last13=Mufinda|first14=Sofonias Kifle|last14=Tessema|first15=Houriiyah|last15=Tegally|first16=Emmanuel James|last16=San|first17=Eduan|last17=Wilkinson|first18=Jennifer|last18=Giandhari|first19=Sureshnee|last19=Pillay|first20=Marta|last20=Giovanetti|first21=Yeshnee|last21=Naidoo|first22=Aris|last22=Katzourakis|first23=Mahan|last23=Ghafari|first24=Lavanya|last24=Singh|first25=Derek|last25=Tshiabuila|first26=Darren|last26=Martin|first27=Richard J.|last27=Lessells |date= 4. 4. 2021|pages=2021.03.30.21254323|accessdate=21. 5. 2022|via=medRxiv|doi=10.1101/2021.03.30.21254323v1.full-text}} [3067] => [3068] => Mezi monitorované varianty patří '''B.1.640''', zachycená v září 2021 v Kongu. Obsahuje mutace D614G, F490R, N394S, N501Y, P681H, R346S, Y449N, 137−145del, ale není známo jaká je její infekčnost.{{Citace elektronického periodika |titul=ECDC: SARS-CoV-2 variants of concern as of 22 December 2021 |url=https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern |datum přístupu=2022-01-04 |url archivu=https://web.archive.org/web/20210616103810/https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern |datum archivace=2021-06-16 |nedostupné=ano }} Později byla přejmenována na '''B.1.640.1.''' Klon této varianty označovaný '''B.1.640.2''' byl zavlečen do Francie z Kamerunu. Obsahuje více mutací než varianta omikron - celkem 46 záměn a 37 delecí nukleotidů, jejichž výsledkem je 30 záměn a 12 delecí aminokyselin, z toho 14 záměn a 9 delecí ve spike proteinu.{{Cite web|url=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.24.21268174v1.full |title=Emergence in Southern France of a new SARS-CoV-2 variant of probably Cameroonian origin harbouring both substitutions N501Y and E484K in the spike protein|first1=Philippe|last1=Colson|first2=Jérémy|last2=Delerce|first3=Emilie|last3=Burel|first4=Jordan|last4=Dahan|first5=Agnès|last5=Jouffret|first6=Florence|last6=Fenollar|first7=Nouara|last7=Yahi|first8=Jacques|last8=Fantini|first9=Bernard La|last9=Scola|first10=Didier|last10=Raoult|date=29. 12. 2021|pages=2021.12.24.21268174|accessdate=21. 5. 2022|via=medRxiv|doi=10.1101/2021.12.24.21268174v1.full}} Tato varianta přes vysoký počet mutací nezpůsobila žádné větší ohnisko infekcí a nikde nevytlačila variantu delta.{{Cite web|url=https://www.seznamzpravy.cz/clanek/zahranicni-francie-hlasi-novou-silne-zmutovanou-variantu-budme-v-klidu-vzkazuji-vedci-184746|title=Francie hlásí novou silně zmutovanou variantu. Buďme v klidu, radí vědci|website=www.seznamzpravy.cz|accessdate=21. 5. 2022}} [3069] => [3070] => === Konkrétní záměny aminokyselin u nejvýznamnějších mutací === [3071] => * '''D614G''' záměna [[Kyselina asparagová|kyseliny asparagové]] za [[glycin]] v pozici 614 spike-proteinu. Dominantní a nakažlivější varianta viru SARS-CoV-2 od července 2020, zejména v Evropě [3072] => *
'''E484K''' záměna [[Kyselina glutamová|kyseliny glutamové]] za [[lysin]] v pozici 484 spike-proteinu. Vyskytuje se u vysoce infekčních variant viru P.1 a P.2 (B.1.1.248) z Japonska{{Cite web|url=https://www.novinky.cz/zahranicni/svet/clanek/v-japonsku-se-objevila-nova-mutace-40351543|title=V Japonsku se objevila nová mutace |website=Novinky.cz|date= |accessdate=21. 5. 2022}} a Brazílie a u jihoafrické mutace 501.V2. Odpovídá za sníženou antigenicitu viru (tzv. ''escape mutation'') a snižuje vazbu neutralizačních protilátek 10-60násobně.
Mutace E484K se jeví jako potenciálně velmi nebezpečná, protože v pokusech in vitro umožnila mutantnímu viru SARS-CoV-2 infikovat kontrolní linii lidského plicního adenokarcinomu, které chybí [[receptor ACE2]]. Původní (divoký) kmen viru tyto buňky nebyl schopný infikovat. Nový receptor zatím nebyl identifikován, ale infekci zablokovalo hydrolytické odstranění heparansulfátu z povrchu buněk. Infekci brání také monoklonální protilátky proti spike proteinu i séra vakcinovaných osob, zatímco convalescentní séra byla méně účinná.{{Citace elektronického periodika [3073] => | příjmení1 = Puray-Chavez [3074] => | jméno1 = Maritza [3075] => | příjmení2 = LaPak [3076] => | jméno2 = Kyle M. [3077] => | příjmení3 = Schrank [3078] => | jméno3 = Travis P. [3079] => | příjmení4 = Elliott [3080] => | jméno4 = Jennifer L. [3081] => | příjmení5 = Bhatt [3082] => | jméno5 = Dhaval P. [3083] => | příjmení6 = Agajanian [3084] => | jméno6 = Megan J. [3085] => | příjmení7 = Jasuja [3086] => | jméno7 = Ria [3087] => | příjmení8 = Lawson [3088] => | jméno8 = Dana Q. [3089] => | příjmení9 = Davis [3090] => | jméno9 = Keanu [3091] => | příjmení10 = Rothlauf [3092] => | jméno10 = Paul W. [3093] => | příjmení11 = Liu [3094] => | jméno11 = Zhuoming [3095] => | příjmení12 = Jo [3096] => | jméno12 = Heejoon [3097] => | příjmení13 = Lee [3098] => | jméno13 = Nakyung [3099] => | příjmení14 = Tenneti [3100] => | jméno14 = Kasyap [3101] => | příjmení15 = Eschbach [3102] => | jméno15 = Jenna E. [3103] => | příjmení16 = Shema Mugisha [3104] => | jméno16 = Christian [3105] => | příjmení17 = Cousins [3106] => | jméno17 = Emily M. [3107] => | příjmení18 = Cloer [3108] => | jméno18 = Erica W. [3109] => | příjmení19 = Vuong [3110] => | jméno19 = Hung R. [3111] => | příjmení20 = VanBlargan [3112] => | jméno20 = Laura A. [3113] => | příjmení21 = Bailey [3114] => | jméno21 = Adam L. [3115] => | příjmení22 = Gilchuk [3116] => | jméno22 = Pavlo [3117] => | příjmení23 = Crowe [3118] => | jméno23 = James E. [3119] => | příjmení24 = Diamond [3120] => | jméno24 = Michael S. [3121] => | příjmení25 = Hayes [3122] => | jméno25 = D. Neil [3123] => | příjmení26 = Whelan [3124] => | jméno26 = Sean P.J. [3125] => | příjmení27 = Horani [3126] => | jméno27 = Amjad [3127] => | příjmení28 = Brody [3128] => | jméno28 = Steven L. [3129] => | příjmení29 = Goldfarb [3130] => | jméno29 = Dennis [3131] => | příjmení30 = Major [3132] => | jméno30 = M. Ben [3133] => | příjmení31 = Kutluay [3134] => | jméno31 = Sebla B. [3135] => | titul = Systematic analysis of SARS-CoV-2 infection of an ACE2-negative human airway cell [3136] => | periodikum = Cell Reports [3137] => | ročník = 36 [3138] => | číslo = 2 [3139] => | datum_vydání = 2021-07 [3140] => | strany = 109364 [3141] => | url = https://www.cell.com/cell-reports/pdf/S2211-1247(21)00762-2.pdf [3142] => | jazyk = anglicky [3143] => | doi = 10.1016/j.celrep.2021.109364 [3144] => }}
[3145] => * '''N501Y''' záměna [[asparagin]]u za [[tyrosin]] v pozici 501 spike-proteinu, v místě kterým se váže na [[Angiotenzin konvertující enzym|receptor ACE2]] lidských buněk. Zvyšuje vazebnou afinitu spike-proteinu a tím i infekčnost této varianty SARS-CoV-2. Byla zjištěna u mutací označovaných jako P.1. (Japonsko, Brazílie), B.1.1.7, též známá jako Variant of Concern 202012/01 (Velká Británie a Evropa), 501.V2 (jižní Afrika) a COH.20G/501Y (dominantní v Columbus, Ohio, USA). [3146] => * '''L452R''' záměna [[leucin]]u za [[arginin]] v pozici 452 spike-proteinu. Charakteristická pro variantu viru B.1.429 dominantní v Kalifornii. Odstraňuje hydrofobní interakci v sousedství pozice 452 a je zřejmě odpovědná za vyšší stabilitu spike-proteinu ve vodném prostředí. [3147] => * '''S477N''' záměna [[serin]]u za [[asparagin]] v pozici 477 spike-proteinu. Odpovídá za vyšší vazebnou afinitu k receptoru ACE2. [3148] => * '''F888L''' záměna [[fenylalanin]]u za [[leucin]] v S2 subjednotce spike proteinu sousedící s membránou. Podobná záměna v pozici 870 se objevila u pacienta s přetrvávajícím onemocněním covid-19 a je patrně odpovědná za rezistenci vůči protilátkám. [3149] => * '''Q677H''' záměna [[glutamin]]u za [[histidin]]. Zvyšuje stabilitu komplexu S1 a S2 podjednotek a patrně tak podporuje otevřenou konformaci vazebné domény spike proteinu a tím zvyšuje infekčnost viru. [3150] => * '''P681R''' záměna [[prolin]]u za [[arginin]] v pozici 681, která usnadňuje štěpení S proteinu proteázou a změnu konfigurace na S1/S2, která umožňuje průnik viru buněčnou membránou. [3151] => * '''F486P''' záměna [[fenylalanin]]u za [[prolin]] v pozici 486 spike-proteinu, která nemění pevnost vazby na receptor, ale propůjčuje viru odolnost vůči protilátkám získaným imunizací nebo proděláním infekce.[https://www.theguardian.com/world/2023/jan/03/could-new-omicron-variant-xbb15-fuel-further-covid-infections Ian Sample, Could new Omicron variant XBB.1.5 fuel further Covid infections?, The Guardian, 3.1.2023] [3152] => [3153] => === Rekombinantní mutace === [3154] => Při současné replikaci dvou variant viru v jedné buňce může dojít k vzájemné rekombinaci a skokové evoluci vlastností viru. Tuto událost, kterou je možno zjistit pouze důslednou sekvenací genomů, se podařilo potvrdit počátkem února 2021 Bette Korber z [[Národní laboratoř Los Alamos|Národní laboratoře Los Alamos]] ve Spojených státech amerických. Rekombinantní virus, který vznikl mechanismem přepnutí šablon (template switching) během replikace, nese deleci Δ69/70 „britské“ varianty, která zřejmě zvyšuje infekčnost a mutaci L452R „kalifornské“ varianty, která zřejmě souvisí s odolností vůči protilátkám po nemoci.{{Cite web|url=https://www.osel.cz/11600-kalifornske-monstrum-rekombinantni-covid-kombinuje-britsky-a-kalifornsky.html|author=Stanislav Mihulka | title=Monstrum: Z „britského“ a „kalifornského“ vznikl rekombinantní covid|website=Osel.cz |date=16.2.2021|accessdate=21. 5. 2022}} [3155] => [3156] => ==== XD (Deltacron) ==== [3157] => V březnu 2022 vědci detekovali rekombinantní mutaci varianty omicron a delta při koinfekci u jednoho pacienta a nezávisle na tom dvě infekce způsobené novým rekombinantním virem. V obou případech pocházel 5'-konec virového genomu z genomu delta a 3'-konec z genomu omicron, ačkoli body zlomu byly odlišné.{{Cite web|url=https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.03.09.22272113v1|title=Evidence for SARS-CoV-2 Delta and Omicron co-infections and recombination|first1=Alexandre|last1=Bolze|first2=Simon|last2=White|first3=Tracy|last3=Basler|first4=Andrew Dei|last4=Rossi|first5=Pavitra|last5=Roychoudhury|first6=Alexander L.|last6=Greninger|first7=Kathleen|last7=Hayashibara|first8=Dana|last8=Wyman|first9=Eric|last9=Kil|first10=Hang|last10=Dai|first11=Tyler|last11=Cassens|first12=Kevin|last12=Tsan|first13=Jason|last13=Nguyen|first14=Jimmy|last14=Ramirez|first15=Scotty|last15=Carter|first16=Elizabeth T.|last16=Cirulli|first17=Kelly Schiabor|last17=Barrett|first18=Pedro|last18=Belda-Ferre|first19=Nicole L.|last19=Washington|first20=Sharoni|last20=Jacobs|first21=Efren|last21=Sandoval|first22=David|last22=Becker|first23=James T.|last23=Lu|first24=Magnus|last24=Isaksson|first25=William|last25=Lee|first26=Shishi|last26=Luo|date=12. 3. 2022|pages=2022.03.09.22272113|accessdate=21. 5. 2022|via=medRxiv|doi=10.1101/2022.03.09.22272113v1}} Nový rekombinantní virus byl prozatímně označen jako XD{{Cite web|url=https://cov-lineages.org/lineage.html?lineage=XD|title=Cov-Lineages|website=cov-lineages.org|accessdate=21. 5. 2022}} nebo jako Deltacron. Jeho spike protein pochází z varianty omicron a zbytek viru má charakteristiky varianty delta.{{Cite web|url=https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1063424/Tech-Briefing-39-25March2022_FINAL.pdf|title=SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England |journal= Technical briefing |issue=39 |publisher= UK Health Security Agency |date= 25.3.2022|accessdate=21. 5. 2022}} Varianta označovaná jako XD je zatím vzácná. Vědci ji zatím zjistili pouze ve Francii, Dánsku, Belgii, Nizozemsku a Německu a v USA, nejméně jeden se objevil ve Velké Británii a v Brazílii.{{Cite web|url=https://www.npr.org/sections/goatsandsoda/2022/03/23/1088236568/when-2-coronavirus-variants-meet-inside-1-person-a-frankenstein-hybrid-can-be-bo |author=Michaleen Doucleff |title=Delta and omicron met up inside 1 person and made the Frankenstein hybrid 'deltacron' | website=Goats and Soda |date= 23.3.2022 |accessdate=21. 5. 2022}} [3158] => [3159] => ==== XE ==== [3160] => Tato rekombinantní varianta SARS-CoV-2 obsahuje část genomu varianty Omicron BA.1 (ORF-1a po basi 11 537, kódující nestrukturální proteiny 1-6) a zbytek genomu tvoří varianta Omicron BA.2. Do 22. března 2022 bylo ve Velké Británii zachyceno 763 vzorků a přírůstek frekvence zhruba 9,8 % oproti variantě BA.1. Varianta BA.2 přitom během prvních měsíců roku 2022 postupně nahrazuje variantu BA.1. [3161] => [3162] => ==== XF ==== [3163] => Tato rekombinantní varianta SARS-CoV-2 obsahuje část genomu varianty delta (ORF-1a po basi 5 386, kódující nestrukturální proteiny 1-3) a zbytek genomu patří variantě Omicron BA.1. Ve Velké Británii bylo mezi lednem a polovinou února 2022 zachyceno celkem 39 vzorků. [3164] => [3165] => == Strukturní biologie == [3166] => Virová částice viru ''SARS-CoV-2'' má průměr 50–200 [[Metr|nanometru]].{{Cite journal |displayauthors=6 |vauthors=Chen N, Zhou M, Dong X, Qu J, Gong F, Han Y, Qiu Y, Wang J, Liu Y, Wei Y, Sia J, You T, Zhang X, Zhang L |date=15 February 2020 |title=Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study |url=https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30211-7/fulltext |url-status=live |journal=[[The Lancet]] |volume=395 |issue=10223 |pages=507–513 |doi=10.1016/S0140-6736(20)30211-7 |pmc=7135076 |pmid=32007143 |archive-url=https://web.archive.org/web/20200131002254/https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)30211-7/fulltext |archive-date=31 January 2020 |access-date=9 March 2020 |name-list-format=vanc}} [[Virion]] má většinou velikost 80 až 120 nm.{{Citace elektronického periodika [3167] => | příjmení1 = Tai [3168] => | jméno1 = Linhua [3169] => | příjmení2 = Zhu [3170] => | jméno2 = Guoliang [3171] => | příjmení3 = Yang [3172] => | jméno3 = Minnan [3173] => | příjmení4 = Cao [3174] => | jméno4 = Lei [3175] => | příjmení5 = Xing [3176] => | jméno5 = Xiaorui [3177] => | příjmení6 = Yin [3178] => | jméno6 = Guoliang [3179] => | příjmení7 = Chan [3180] => | jméno7 = Chun [3181] => | příjmení8 = Qin [3182] => | jméno8 = Chengfeng [3183] => | příjmení9 = Rao [3184] => | jméno9 = Zihe [3185] => | příjmení10 = Wang [3186] => | jméno10 = Xiangxi [3187] => | příjmení11 = Sun [3188] => | jméno11 = Fei [3189] => | příjmení12 = Zhu [3190] => | jméno12 = Yun [3191] => | titul = Nanometer-resolution in situ structure of the SARS-CoV-2 postfusion spike protein [3192] => | periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences [3193] => | ročník = 118 [3194] => | číslo = 48 [3195] => | datum_vydání = 2021-11-30 [3196] => | strany = e2112703118 [3197] => | url = https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2112703118 [3198] => | jazyk = anglicky [3199] => | doi = 10.1073/pnas.2112703118 [3200] => }} [3201] => [3202] => === Genom viru === [3203] => [[Soubor:SARS-CoV-2 genome.svg|náhled|400 px|Struktura genomu SARS-CoV-2]] [3204] => SARS-CoV-2 patří mezi velké obalené viry, jejichž genom tvoří tzv. ssRNA (Positive-sense single-stranded RNA), která po vstupu do buňky funguje jako [[mRNA]] a po navázání na [[ribosom]] se začne přepisovat. První 2/3 genomu obsahují geny potřebné k replikaci, které kódují 16 proteinů. Tato část se přepíše do dvou velkých polyproteinů (pp1ab -∼790 kDa, pp1a -∼490 kDa) které jsou následně rozštěpeny na jednotlivé peptidy virovými [[proteáza]]mi (3CLpro nebo Mpro – hlavní 3C-like proteáza, PL2pro – vedlejší papain-like cysteinová proteáza). Bezprostředně před sekvencí pro PL2pro je tzv. SUP (''SARS-CoV-unique'' nebo "orphan domain"), sekvence 375 aminokyselin, která se u jiných koronavirů nevyskytuje. [3205] => [3206] => Zde je zajímavé zmínit, že přepis pp1ab zahrnuje ribosomální frameshift o jeden nukleotid proti směru hned před terminačním kodonem. Může za něj tzv. klouzavá sekvence (UUUAAAC) a „pseudouzel“ (pseudoknot) RNA na konci ORF 1a.{{Citace elektronického periodika [3207] => | příjmení1 = Masters [3208] => | jméno1 = Paul S. [3209] => | titul = The Molecular Biology of Coronaviruses [3210] => | periodikum = Advances in Virus Research [3211] => | ročník = 66 [3212] => | datum_vydání = 2006 [3213] => | strany = 193–292 [3214] => | url = https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0065352706660053 [3215] => | datum_přístupu = 2020-11-01 [3216] => | jazyk = anglicky [3217] => | doi = 10.1016/S0065-3527(06)66005-3 [3218] => }} [3219] => [3220] => Mezi prvními přepsanými proteiny je [[RNA polymeráza|RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp)]] (ns12) a [[Helikáza|NTPáza/helikáza]] (ns13). Prvních 16 nestrukturních proteinů spontánně vytvoří RTC komplex (replikáza, transkriptáza). Protein nsp14 je 3'-5' exoribonukleáza, která kontroluje správnost transkripce. Její funkce je důležitá vzhledem ke značné velikosti genomu SARS-CoV-2 (∼29.7 kb, se 14 open reading frames (ORFs), které se částečně překrývají a nepřekládanými 5′ and 3′- konci obsahujícími 265 a 342 nukleotidů).{{Citace elektronického periodika [3221] => | příjmení1 = Snijder [3222] => | jméno1 = Eric J. [3223] => | příjmení2 = Bredenbeek [3224] => | jméno2 = Peter J. [3225] => | příjmení3 = Dobbe [3226] => | jméno3 = Jessika C. [3227] => | příjmení4 = Thiel [3228] => | jméno4 = Volker [3229] => | příjmení5 = Ziebuhr [3230] => | jméno5 = John [3231] => | příjmení6 = Poon [3232] => | jméno6 = Leo L.M. [3233] => | příjmení7 = Guan [3234] => | jméno7 = Yi [3235] => | příjmení8 = Rozanov [3236] => | jméno8 = Mikhail [3237] => | příjmení9 = Spaan [3238] => | jméno9 = Willy J.M. [3239] => | příjmení10 = Gorbalenya [3240] => | jméno10 = Alexander E. [3241] => | titul = Unique and Conserved Features of Genome and Proteome of SARS-coronavirus, an Early Split-off From the Coronavirus Group 2 Lineage [3242] => | periodikum = Journal of Molecular Biology [3243] => | ročník = 331 [3244] => | číslo = 5 [3245] => | datum_vydání = 2003-08 [3246] => | strany = 991–1004 [3247] => | url = https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022283603008659?via%3Dihub [3248] => | datum_přístupu = 2020-10-30 [3249] => | jazyk = anglicky [3250] => | doi = 10.1016/S0022-2836(03)00865-9 [3251] => }} [3252] => [3253] => Nsp14 je bifunkční enzym, který má aktivitu 3′–5′ exoribonukleázy a mRNA cap guanine-N7 metyltransferázy (N7-MTase). Působí v komplexu s dalším nestrukturním proteinem nsp10, který stabilizuje její katalytickou doménu. Je schopna rozeznat a eliminovat i ribonukleosidové analogy užívané jako antivirotika a odpovídá za rezistenci vůči Remdesiviru, který je užíván při léčbě covid-19.{{Cite web|url=https://science.sciencemag.org/content/early/2021/07/26/science.abi9310|title=Chang Liu et al., Structural basis of mismatch recognition by a SARS-CoV-2 proofreading enzyme, Science 27 Jul 2021|accessdate=21. 5. 2022}} [3254] => [3255] => [[RNA polymeráza|RNA-dependentní RNA polymeráza (RdRp)]] přímo řídí syntézu komplementárních molekul nsRNA (negative-sense subgenomic RNA) z genomové psRNA (positive-sense genomic RNA). Následuje transkripce nsRNA na odpovídající ps RNA nového genomu viru. Helikáza zajišťuje separaci řetězců dvouřetězcové RNA po replikaci genomu viru. [3256] => [3257] => Zbývající část genomu kóduje čtyři strukturální proteiny tvořící obal virové RNA (spike (S), membrane (M), envelope (E), nucleocapsid (N)) spolu s 8 doprovodnými proteiny (orf3 - orf9), které nemají významnou homologii se sekvencemi virových proteinů nebo jinými koronaviry a jejich funkce je nejasná.{{Citace elektronického periodika [3258] => | příjmení1 = Keum [3259] => | jméno1 = Young-Sam [3260] => | příjmení2 = Jeong [3261] => | jméno2 = Yong-Joo [3262] => | titul = Development of chemical inhibitors of the SARS coronavirus: Viral helicase as a potential target [3263] => | periodikum = Biochemical Pharmacology [3264] => | ročník = 84 [3265] => | číslo = 10 [3266] => | datum_vydání = 2012-11 [3267] => | strany = 1351–1358 [3268] => | url = https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0006295212005680?via%3Dihub [3269] => | datum_přístupu = 2020-10-30 [3270] => | jazyk = anglicky [3271] => | doi = 10.1016/j.bcp.2012.08.012 [3272] => }} [[Translace (biologie)|Translace RNA]] probíhá v [[Endoplazmatické retikulum|endoplasmatickém retikulu]] infikované buňky a proteiny S, M, E a N se posunují do [[Golgiho aparát|Golgiho komplexu]], kde probíhá [[posttranslační modifikace]] a M proteiny zprostředkují organizaci virové nukleokapsidy. Kompletní virové částice se uvolňují sekrečními váčky procesem [[Exocytóza|exocytózy]].{{Citace elektronického periodika [3273] => | příjmení1 = Fehr [3274] => | jméno1 = Anthony R. [3275] => | příjmení2 = Perlman [3276] => | jméno2 = Stanley [3277] => | titul = Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis [3278] => | periodikum = Coronaviruses [3279] => | ročník = 1282 [3280] => | datum_vydání = 2015 [3281] => | strany = 1–23 [3282] => | url = https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-4939-2438-7_1#citeas [3283] => | datum_přístupu = 2020-10-30 [3284] => | jazyk = anglicky [3285] => | doi = 10.1007/978-1-4939-2438-7_1 [3286] => }} Publikace genomu vedly k vytvoření několika modelů peplomerového S (spike) proteinu, které potvrzují, že struktura S proteinu je komplementární k receptoru ACE2. Ten funguje jako receptor Angiotenzin konvertujícího enzymu 2 a virus ho využívá ke vstupu do buňky. Dne 22. ledna na sobě nezávisle čínská a americká skupina reverzní genetikou experimentálně demonstrovaly ACE2 jako receptor pro ''SARS-CoV-2''. [3287] => [3288] => [3289] => Soubor:Novel Coronavirus SARS-CoV-2 (49666286236).jpg|Apoptóza buňky pacienta s koronaviry SARS-CoV-2, skenovací elektronový mikroskop, dodatečně barevně odlišeno [3290] => Soubor:Novel Coronavirus SARS-CoV-2 (49597020718).jpg|Koronavirus SARS-CoV-2 v transmisním elektronovém mikroskopu, dodatečně barevně odlišeno [3291] => Soubor:6VSB spike protein SARS-CoV-2 homotrimer.png|6VSB spike protein SARS-CoV-2 – trimer ze strany a shora, monomery odlišeny barevně [3292] => Soubor:3D Print of Coronavirus Spike (49470004272).jpg|3D tisk – koronavirus spike. Vyčnívající část červeně označeného gylykoproteinu S zprostředkuje vazbu viru na receptor ACE2 lidské buňky [3293] => File:SARS-CoV-2 cycle.png|Schéma replikačního cyklu koronaviru [3294] => Soubor:Replication-transcription complex for Coronaviruses.tif|Replikační-transkripční komplex koronavirů složený ze 16 nestrukturních proteinů [3295] => [3296] => [3297] => === Spike protein === [3298] => Při vstupu viru do buňky hraje roli trimer glykoproteinu S, který tvoří „spike“ a obsahuje doménu vážící se na receptor a další doménu, která po rozštěpení buněčnou proteázou umožní fúzi viru s buněčnou membránou. Tato doména virového obalu chybí u jiných SARS-CoV-2-příbuzných kmenů{{Citace elektronického periodika [3299] => | příjmení1 = Coutard [3300] => | jméno1 = B. [3301] => | příjmení2 = Valle [3302] => | jméno2 = C. [3303] => | příjmení3 = de Lamballerie [3304] => | jméno3 = X. [3305] => | příjmení4 = Canard [3306] => | jméno4 = B. [3307] => | příjmení5 = Seidah [3308] => | jméno5 = N.G. [3309] => | příjmení6 = Decroly [3310] => | jméno6 = E. [3311] => | titul = The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade [3312] => | periodikum = Antiviral Research [3313] => | ročník = 176 [3314] => | datum_vydání = 2020-04 [3315] => | strany = 104742 [3316] => | url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7114094/pdf/main.pdf [3317] => | datum_přístupu = 2020-10-30 [3318] => | jazyk = anglicky [3319] => | doi = 10.1016/j.antiviral.2020.104742 [3320] => | pmid = 32057769 [3321] => }} rozhoduje o tom, zda je schopen překročit mezidruhovou bariéru. Obsahuje sekvenci aminokyselin štěpenou peptidázou furinem (PACE, Paired basic Amino acid Cleaving Enzyme) a vykazuje nápadnou shodu s vysoce virulentním kmenem ptačí chřipky H5N1, který vznikl mutací virů ptačí chřipky které nezpůsobovaly onemocnění lidí. Tato sekvence je oproti RNA nepatogenních kmenů koronavirů o 12 nukleotidů delší a chybí u kmenů koronaviru izolovaných z netopýrů (CoV RaTG-13) i luskounů. Vysoce virulentní forma SARS-CoV-2 tak mohla vzniknout rekombinací koronaviru a viru ptačí chřipky v lidských buňkách.{{Citace elektronického periodika [3322] => | příjmení1 = Racaniello [3323] => | jméno1 = Vincent [3324] => | titul = Furin cleavage site in the SARS-CoV-2 coronavirus glycoprotein [3325] => | periodikum = www.virology.ws [3326] => | datum_vydání = 2020-02-13 [3327] => | url = https://www.virology.ws/2020/02/13/furin-cleavage-site-in-the-sars-cov-2-coronavirus-glycoprotein/ [3328] => | datum_přístupu = 2020-10-30 [3329] => | jazyk = anglicky [3330] => }} [3331] => [3332] => Spike protein je homotrimerický protein, každý z jeho monomerů je složen ze 2 podjednotek – S1 zodpovědná za vazbu k ACE2 receptoru a S2 zodpovědná za fúzi virální a buněčné membrány. Spike protein viru SARS-CoV-2 se na ACE2 receptor váže 10 krát pevněji než Spike protein viru SARS-CoV.{{Citace periodika [3333] => | příjmení = Wrapp [3334] => | jméno = Daniel [3335] => | příjmení2 = Wang [3336] => | jméno2 = Nianshuang [3337] => | příjmení3 = Corbett [3338] => | jméno3 = Kizzmekia S. [3339] => | titul = Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation [3340] => | periodikum = Science [3341] => | datum vydání = 2020-03-13 [3342] => | ročník = 367 [3343] => | číslo = 6483 [3344] => | strany = 1260–1263 [3345] => | issn = 0036-8075 [3346] => | doi = 10.1126/science.abb2507 [3347] => | jazyk = en [3348] => | url = https://www.sciencemag.org/lookup/doi/10.1126/science.abb2507 [3349] => | datum přístupu = 2020-06-29 [3350] => }} To může být zprostředkováno rozdílnou strukturou receptor-vázající domény (RBD) v daných proteinech. U spike proteinu různých koronavirů je pro správnou vazbu na ACE2 receptor důležitých 6 aminokyselin. SARS-CoV a nový SARS-CoV-2 se liší v pěti z těchto aminokyselin.{{Citace periodika [3351] => | příjmení = Andersen [3352] => | jméno = Kristian G. [3353] => | příjmení2 = Rambaut [3354] => | jméno2 = Andrew [3355] => | příjmení3 = Lipkin [3356] => | jméno3 = W. Ian [3357] => | titul = The proximal origin of SARS-CoV-2 [3358] => | periodikum = Nature Medicine [3359] => | datum vydání = 2020-04 [3360] => | ročník = 26 [3361] => | číslo = 4 [3362] => | strany = 450–452 [3363] => | issn = 1078-8956 [3364] => | pmid = 32284615 [3365] => | doi = 10.1038/s41591-020-0820-9 [3366] => | jazyk = en [3367] => | url = http://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9 [3368] => | datum přístupu = 2020-06-29 [3369] => }}{{Citace periodika [3370] => | příjmení = Shang [3371] => | jméno = Jian [3372] => | příjmení2 = Ye [3373] => | jméno2 = Gang [3374] => | příjmení3 = Shi [3375] => | jméno3 = Ke [3376] => | titul = Structural basis of receptor recognition by SARS-CoV-2 [3377] => | periodikum = Nature [3378] => | datum vydání = 2020-05 [3379] => | ročník = 581 [3380] => | číslo = 7807 [3381] => | strany = 221–224 [3382] => | issn = 0028-0836 [3383] => | doi = 10.1038/s41586-020-2179-y [3384] => | jazyk = en [3385] => | url = http://www.nature.com/articles/s41586-020-2179-y [3386] => | datum přístupu = 2020-06-29 [3387] => }} SARS-CoV-2 má navíc ACE2-interagující Lys417, který interaguje s Asp30 receptoru ACE2. Tento lysinový zbytek je u viru SARS-CoV nahrazen aminokyselinou valin, která se vazby na ACE2 neúčastní.{{Citace periodika [3388] => | příjmení = Lan [3389] => | jméno = Jun [3390] => | příjmení2 = Ge [3391] => | jméno2 = Jiwan [3392] => | příjmení3 = Yu [3393] => | jméno3 = Jinfang [3394] => | titul = Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain bound to the ACE2 receptor [3395] => | periodikum = Nature [3396] => | datum vydání = 2020-05 [3397] => | ročník = 581 [3398] => | číslo = 7807 [3399] => | strany = 215–220 [3400] => | issn = 0028-0836 [3401] => | doi = 10.1038/s41586-020-2180-5 [3402] => | jazyk = en [3403] => | url = http://www.nature.com/articles/s41586-020-2180-5 [3404] => | datum přístupu = 2020-06-29 [3405] => }} Gen pro Spike protein viru SARS-CoV-2 má také inserci 12 bazí: ccucggcgggca. Tato mutace vytváří funkční polybazické štěpné místo pro furinovou proteázu (též označovanou PACE – Paired basic Amino acid Cleaving Enzyme){{Cite web|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?Db=gene&Cmd=ShowDetailView&TermToSearch=5045|title=furin, paired basic amino acid cleaving enzyme, Homo sapiens (human), Gene ID: 5045, updated on 16-Feb-2021 |website=www.ncbi.nlm.nih.gov|accessdate=21. 5. 2022}} na pomezí S1 a S2 podjednotek. [3406] => [3407] => Spike protein degraduje během jednoho dne.{{Citace elektronického periodika [3408] => | titul = Study reveals characteristics of SARS-CoV-2 spike protein [3409] => | periodikum = phys.org [3410] => | datum_vydání = 2021-07-28 [3411] => | url = https://phys.org/news/2021-07-reveals-characteristics-sars-cov-spike-protein.html [3412] => | datum_přístupu = 2022-08-15 [3413] => | jazyk = anglicky [3414] => }} [3415] => [3416] => === Nukleokapsidový protein N === [3417] => Tento protein slouží ke stabilizaci konformace (zabalení) virové mRNA uvnitř virové částice. Ukázalo se, že některé mutace v tomto proteinu výrazně zvyšují infekčnost viru, ale jejich přímé zkoumání vyžadovalo laboratoř s nejvyšším zabezpečením BSL-3. [3418] => [3419] => V laboratoři, kterou vede nositelka Nobelovy ceny [[Jennifer Doudnaová|Jennifer Doudna]], nalezli způsob jak tento problém obejít pomocí tzv. "virům podobných částic" (SARS-CoV-2 virus-like particles, SC2-VLPs), které jsou tvořeny pouze prázdnou obálkou viru a místo virové RNA obsahují exogenní mRNA. V experimentech byla použita mRNA pro luciferázu, která po přepisu v cytoplasmě infikované buňky vyvolává měřitelnou luminiscenci. Část virového genomu ORF 1ab, [3420] => která kóduje komplex enzymů virové polymerázy a také nukleokapsidový protein, byla rozdělena na segmenty o velikosti 2 kB a ty byly uchovány ve formě plasmidů. Z experimentů, které kombinovaly jednotlivé segmenty RNA SARS-CoV-2 s mRA pro luciferázu byl určen segment nukleokapsidového proteinu označený PS9 ze 3´ konce ORF 1ab, který zajišťuje maximální expresi luciferázy v infikovaných buňkách. Byl tak vytvořen model, který se obejde bez použití celého viru a umožňuje detailní zkoumání mutací nukleokapsidového proteinu i v normálních laboratořích. [3421] => [3422] => Z experimentů vyplývá, že z celkem čtyř akumulovaných mutací N-proteinu v variantách SARS-CoV-2, které jsou infekčnější než původní virus Wu-han, každá zvyšuje desetinásobně expresi virové RNA. Mutace N-proteinu S202R a R203M zvyšují množství produkovaných virových částic padesátinásobně.{{Cite web|url=https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl6184#F4|title=Abdullah M. Seyd et al., Rapid assessment of SARS-CoV-2 evolved variants using virus-like particles, Science 4 Nov 2021|accessdate=21. 5. 2022}} [3423] => ==== Konkrétní záměny aminokyselin u nejvýznamnějších mutací ==== [3424] => * '''S202R''' - záměna [[serin]]u za [[arginin]] v pozici 202 [3425] => * '''R203M''' - záměna [[arginin]]u za [[methionin]] v pozici 203 [3426] => [3427] => == Odkazy == [3428] => [3429] => === Poznámky === [3430] => [3431] => [3432] => === Reference === [3433] => {{Překlad|en|Novel coronavirus (2019-nCoV)|937260526|de|2019-nCoV|937266513}} [3434] => [3435] => [3436] => === Externí odkazy === [3437] => * {{Commonscat}} [3438] => [3439] => {{Varování - Medicína}} [3440] => {{Covid-19}} [3441] => {{Autoritní data}} [3442] => [3443] => {{Portály|Biologie|Medicína}} [3444] => [3445] => [[Kategorie:Coronaviridae]] [3446] => [[Kategorie:Pandemie covidu-19]] [] => )
good wiki

SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 je taxonomický ráz či vnitrodruhový klad virového druhu s mezinárodním taxonomickým názvem Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus. Jedná se o RNA koronavirus, který způsobuje onemocnění covid-19, jež bylo poprvé pozorováno na konci roku 2019 v čínském městě Wu-chan.

More about us

About

Tento virus se stal známým jako příčina onemocnění COVID-19, jež ovlivnilo životy lidí na celém světě. Přestože se jedná o výzvu, kterou je třeba čelit, vyvolal tento virus také řadu pozitivních reakcí a inovací. Vědci a výzkumníci z celého světa se rychle spojili, aby lépe pochopili virus a vyvinuli účinné vakcíny. Tento nevídaný mezinárodní úsilí vedlo k vývoji vakcín za rekordně krátkou dobu, což ukázalo na schopnost lidské spolupráce a výzkumu. Díky tomu se miliony lidí v mnoha zemích mohly ochránit před těžkým průběhem onemocnění. Pandemie také přinesla důležité změny v našem každodenním životě. Společnost se naučila více ocenit a investovat do veřejného zdraví, což posílilo zdravotnické systémy a připravilo nás na budoucí výzvy. Lidé projevili solidaritu a vzájemnou pomoc, což posílilo komunitní vazby. SARS-CoV-2, ačkoliv přinesl mnoho obtíží, se stal také katalyzátorem pro růst v oblasti telemedicíny, vzdělávání na dálku a digitální komunikace. Naučili jsme se přizpůsobit a inovovat, což ukazuje na naši odolnost a schopnost překonávat překážky. I když je důležité brát pandemii vážně a dodržovat zdravotní doporučení, je rovněž důležité se zaměřit na pozitivní aspekty, které z této výzvy plynou. Lidský duch, solidarita a vědecký pokrok nám ukazují, že i v těžkých časech existuje naděje na lepší zítřky.

Expert Team

Vivamus eget neque lacus. Pellentesque egauris ex.

Award winning agency

Lorem ipsum, dolor sit amet consectetur elitorceat .

10 Year Exp.

Pellen tesque eget, mauris lorem iupsum neque lacus.

You might be interested in

,'Světová zdravotnická organizace','Wu-chan','Angiotenzin konvertující enzym','arginin','Wuchanský institut virologie','SARS','endozom','Koronavirus','klad','koronavirus','Zápal plic','RNA viry'

Arginin

Endozom

Klad

Koronavirus

SARS

Wu-chan