Cesko.wiki Klasifikace bakterií
Author
Albert FloresFylogenetický strom, který ukazuje bohatost současně známých bakteriálních linií (v horní části obrázku)..Klasifikace bakterií prodělala v prvních dekádách 21. století zásadní změny. Genomickými analýzami byla odhalena velká diverzita stávajících skupin a popsáno či alespoň geneticky identifikováno mnoho nových bakteriálních linií, aniž by k nim ve většině případů byly kultivované vzorky.
Úroveň kmene, současná nejvyšší taxonomická úroveň v doméně Bacteria, se stala standardní taxonomickou úrovní dle Mezinárodní kód nomenklatury prokaryot a v r. 2021 byla stanovena pro tuto úroveň jednotná přípona -ota. +more Současně s novými názvy se však v mikrobiologických publikacích nadále používají i názvy staré.
Seznam bakteriálních kmenů
Neexistuje závazné kritérium, podle kterého by daná bakteriální linie měla být postavena na taxonomickou úroveň kmene. Uváděnou pracovní definicí je, že bakteriální kmen je monofyletická linie bakterií, jejichž geny 16S rRNA sdílejí párovou sekvenční shodu v párech bazí ~ 75 % nebo méně vzhledem k zástupcům jiných bakteriálních kmenů. +more Odhaduje se, že existuje přibližně 1 300 takto definovaných bakteriálních kmenů.
Seznam vychází z publikovaného přehledu nových názvů bakteriálních kmenů po stanovení jednotné přípony -ota. Současná taxonomie nemůže pomíjet ani taxony bakteriálních linií, které nemají kultivované vzorky a jejichž úplný popis pro uznání oficiálního pojmenování podle názvoslovného kódu tak není možné. +more Takové taxony mají status „Candidatus“ a představují více než 70 % známých linií. Seznam kmenů je proto doplněn i o tyto kmeny, jejichž seznam byl publikován v r. 2023.
Seznam je aktualizován k březnu 2024 podle seznamu prokaryotních kmenů databáze LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature, která eviduje platně publikované popisy prokaryotických taxonů.
Ke každému novému názvu kmene v souladu s platným názvoslovným kódem jsou uvedena i starší synonyma a používaná nevalidně publikovaná jména, a v posledním sloupci i typový rod (u kmenů typu Candidatus se jedná o návrhy dle ).
Fylogenetické stromy
Vzájemné příbuzenské vztahy jednotlivých kmenů lze zobrazit níže uvedeným fylogenetickým stromem. Jeho zdrojem je internetová databáze Genome Taxonomy Database (GTDB), která shrnuje údaje o sekvenovaných genomech všech prokaryot. +more Na rozdíl od výše uvedeného seznamu platných bakteriálních kmenů uvádí i taxony na úrovni kmene, které dosud nejsou oficiálně pojmenovány, pod pracovními názvy z jednotlivých fylogenomických analýz. Odpovídá stavu z dubna 2023, zahrnujícímu 161 bakteriálních kmenů; aktuální seznam zahrnutých kmenů je [url=https://gtdb. ecogenomic. org/tree. r=d__Bacteria]zde[/url]. Jsou uvedeny i používané názvy linií vyšší úrovně než kmen, které neodpovídají názvoslovnému kódu a proto jsou uváděny v kolmých uvozovkách.