Klasifikace sinic

Taxonomie sinic je ve stavu velkého rozmachu v počtu popsaných taxonů, k tomu přispívá i velký počet generovaných z genomických analýz, aniž by k nim existovaly kultivované vzorky. Navíc zde soupeří přístupy fykologů, kteří sinice a jejich taxony popisovali jakožto řasy podle botanických principů, a bakteriologů, kteří na ně oprávněně aplikují vlastní zásady, protože sinice jsou součástí domény Bacteria.

Do toho vstoupily i změny vyvolané novými revizemi názvoslovných kódů, upravujícími názvy a pravidla popisu taxonů. U rostlin se International Code of Botanical Nomenclature změnil na International Code of Nomenclature for Algae, Fungi, and Plants (dále jen ICN), u bakterií International Code of Nomenclature of Bacteria (Bacteriological Code) na International Code of Nomenclature of Prokaryotes (dále jen ICNP) a navíc byl upraven implementovaným (v roce 2021) návrhem na rozšíření klasifikace bakterií o úroveň kmenů a jejich jednotné pojmenování (tvořené příponou -ota).

Žádná oficiální klasifikace sinic neexistuje. Postupně však dochází ke sjednocování přístupů - v roce 2021 byl přijat návrh (z roku 2004), že jména a popisy taxonů sinic platně zveřejněné v rámci ICN jsou rovněž akceptovány jako platně zveřejněné v rámci ICNP.

Druhou současnou snahou je vedle formální validity taxonů zajistit jejich fylogenetickou přirozenost. Stávající (i validní) vyšší taxony, založené na morfologických kritériích či kombinovaném morfologicko-molekulárním přístupu, jsou mnohdy parafyletické a dokonce i polyfyletické, a je proto žádoucí nalézt robustní fylogenetický strom podle dostupných genomických dat a podle něho upravit fylogenetickou taxonomii.

Z výše uvedeného plyne, že jsou publikovány různé klasifikační systémy pro sinice, které se vzájemně liší jak zásadami jejich sestavení, tak i počty zahrnutých vyšších taxonů.

V následujících oddílech jsou podrobněji uvedeny dva: * systém z roku 2023 založený na fylogenetických zásadách a * systém založený na průběžně aktualizované databázi validních názvů taxonů. Pro doplnění jsou stručně uvedeny další tři systémy založené na průběžně aktualizovaných databázích s příslušnými odkazy.

Tento článek neuvádí žádné starší, překonané systémy, i když byly ve své době hojně aplikované nebo citované, nebo byly vydané v češtině.

Nová fylogenetická systematika

Nový návrh taxonomické klasifikace sinic, publikovaný v roce 2023, je založen na robustní fylogenetické analýze dílčích genomických dat dostupných z nedávné doby v kombinaci s široce zmapovanou fylogenezí genu pro 16S rRNA. Systém se opírá o fylogenetický strom, ale stále využívá fenotypové apomorfie, kde je to možné. +more Je založen na referenčních kulturách typových druhů pro většinu sekvenovaných taxonů, aby umožnil integraci s tradičními popisy typových druhů a odpovídajících rodů. Použití kritéria monofylie na všechny taxonomické úrovně vyšší než rod umožnilo stanovit přirozená rozhraní mezi řády a čeleděmi a rozdělení polyfyletických tradičních taxonů (zejména parafyletických bazálních větví „Synechococcales sensu lato“) a proto systém obsahuje mnohé nové řády a čeledi, přičemž i mnohé z těch tradičních jsou revidované. Do kmene je (podle dřívějších návrhů) zahrnuta nová třída Vampirovibriophyceae odpovídající fylogenetické větvi, která se sice oddělila ještě před akvizicí oxygenní fotosyntézy (nebo schopnost fotosyntézy druhotně ztratila), ale s pravými sinicemi sdílí mnoho společných znaků (komponenty buněčné stěny, regulátory reakce na světlo a cirkadiánních rytmů). Třídu pravých sinic Cyanophyceae nový systém člení na 20 řádů a celkem 54 čeledí a k nim uvádí i zařazené rody (popsané do října 2021 a podložené kultivovanými bakteriálními vzorky, nikoli pouze molekulární analýzou) a specifikaci typového druhu.

O nový systém se zasloužili vědci Biologického centra AV ČR a Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích.

Tento systém je zpracován z pozice fykologů, proto dává přednost „rostlinným“ názvům taxonů. V následujícím přehledu jsou však doplněna i platná synonyma z pohledu bakteriologů a pro úplnost i některé starší názvy (s poznámkou, že jsou již zastaralé nebo překonané). +more Protože se v různých systémech pracuje se stejnými názvy taxonů, které však mají odlišné vymezení, je pro jednoznačnou identifikaci důsledně uváděn autor a rok popisu taxonu. (P) označuje taxony, pro které dosud chybí důležitá část fylogenomických informací a jejich zařazení v daném místě systému je potřeba považovat za provizorní (jedna čeleď a několik desítek rodů). Do následujícího přehledu jsou (podle vzoru některých systémů) formálně doplněny i primární plastidy (rostlin i rodu Paulinella) vzniklé ze sinic jako obligátních endosymbiontů.

Kmen Cyanobacteria Stanier ex Cavalier-Smith, 2002 (syn. Cyanobacteriota Oren et al. +more 2022), zastarale Cyanophyta jakožto oddělení rostlin) - sinice * Třída: Vampirovibriophyceae Strunecký & Mareš 2023 (syn. Melainabacteria Soo et al. 2014; Vampirovibrionia ) ** Řád: Vampirovibrionales Soo et al. 2015 *** Rody: Vampirovibrio *:(další potenciální řády této třídy, jako "Candidatus Caenarcaniphilales" Soo et al. 2014, "Candidatus Gastranaerophilales" Di Rienzi et al. 2013, "Candidatus Obscuribacterales" Soo et al. 2014 jsou dosud bez validního popisu a kultivovaných druhů) * Třída: Cyanophyceae Schaffner 1909 (syn. Oxyphotobacteria (ex Gibbons & Murray 1978) Murray 1988, Cyanobacteriia) ** Řád: Gloeobacterales Cavalier-Smith 2002 *** Čeleď: Gloeobacteraceae Komárek & Anagnostidis 1995 **** Rody: Gloeobacter *** Čeleď: Anthocerotibacteraceae Strunecký & Mareš 2023 **** Rody: Anthocerotibacter ** Řád: Thermostichales Komárek & Strunecký 2020 *** Čeleď: Thermostichaceae Komárek & Strunecký 2020 **** Rody: Thermostichus ** Řád: Aegeococcocales Strunecký & Mareš 2023 *** Čeleď: Aegeococcaceae Strunecký & Mareš 2023 **** Rody: Aegeococcus ** Řád: Pseudanabaenales Komárek & Anagnostidis 1988 *** Čeleď: Pseudanabaneaceae Anagnostidis & Komárek 1988 **** Rody: Pseudanabaena, Limnothrix *** Čeleď: Thalassoporaceae Strunecký & Mareš 2023 **** Rody: Thalassoporum ** Řád: Gloeomargaritales Moreira et al. 2017 *** Čeleď: Gloeomargaritaceae Moreira et al. 2017 **** Rody: Gloeomargarita **** primární plastid rostlin (ve smyslu Archaeplastida) ** Řád: Acaryochloridales Strunecký & Mareš 2023 *** Čeleď: Acaryochloridaceae Komárek et al. 2014 **** Rody: Acaryochloris *** Čeleď: Thermosynechococcaceae Komárek et al. 2020 **** Rody: Thermosynechococcus ** Řád: Prochlorotrichales Strunecký & Mareš 2023 *** Čeleď: Prochlorotrichaceae Burger-Wiersma et al. 1989 **** Rody: Prochlorothrix ** Řád: Synechococcales Hoffmann et al. 2005 *** Čeleď: Synechococcaceae Komárek & Anagnostidis 1995 **** Rody: Synechococcus *** Čeleď: Prochlorococcaceae Komárek & Strunecký 2020 **** Rody: Euryhalinema, Gibliniella, Haloleptolyngbya, Halomicronema, Anathece, Cyanobium, Parasynechococcus, Prochlorococcus *** plastid fotosyntetizujících rhizarií rodu Paulinella (Paulinella chromatophora, P. micropora, P. longichromatophora) ** Řád: Nodosilineales Strunecký & Mareš 2023 *** Čeleď: Nodosilineaceae Strunecký & Mareš 2023 **** Rody: Amazoninema, Leptoelongatus, Marileptolyngbya, Nodosilinea, Salileptolyngbya *** Čeleď: Cymatolegaceae Strunecký & Mareš 2023 **** Rody: Cymatolege, Rhodoploca, Leptothoe, Alternantia (P), Bacularia (P), Cyanocatenula (P), Cyanodictyon (P), Cyanothamnos (P), Epigloeosphaera (P), Lemmermanniella (P), Lithococcus (P), Lithomyxa (P), Myxobaktron (P), Palikiella (P), Rhabdoderma (P), Rhabdogloea (P), Rhodostichus (P), Romeria (P), Tubiella (P), Wolskyella (P) *** Čeleď: Persinemataceae Strunecký & Mareš 2023 **** Rody: Lagosinema, Persinema ** Řád: Oculatellales Strunecký & Mareš 2023 *** Čeleď: Oculatellaceae Mai & Johansen 2018 **** Rody: Albertania, Calenema, Cartusia, Drouetiella, Elainella, Kaiparowitsia, Komarkovaea, Metis, Oculatella, Pegethrix, Shackletoniella, Thermoleptolyngbya, Tildeniella, Timaviella, Toxifilum, Trichotorquatus, Sodaleptolyngbya ** Řád: Leptolyngbyales Strunecký & Mareš 2023 *** Čeleď: Leptolyngbyaceae Komárek et al. 2014 **** Rody: Alkalinema, Arthronema, Chamaethrix, Chroakolemma, Heteroleibleinia (P), Jaaginema (P), Kovacikia, Leptodesmis, Leptolyngbya, Limnolyngbya, Myxacorys, Onodrimia, Pantanalinema, Phormidesmis, Planktolyngbya (P), Plectolyngbya, Pseudophormidium, Scytolyngbya, Sokolovia (P), Stenomitos, Tapinothrix (P) *** Čeleď: Trichocoleusaceae Mai & Johansen 2018 **** Rody: Geitleribactron (P), Pinocchia (P), Schizothrix (P), Sirocoleum (P), Trichocoleus *** Čeleď: Neosynechococaceae Strunecký & Mareš 2023 **** Rody: Neosynechococcus ** Řád: Geitlerinematales Strunecký & Mareš 2023 *** Čeleď: Geitlerinemataceae Strunecký & Mareš 2023 **** Rody: Geitlerinema ** Řád: Desertifilales Strunecký & Mareš 2023 *** Čeleď: Desertifilaceae Hašler et al. 2017 **** Rody: Desertifilum, Jacksonvillea, Klisinema, Roseofilum ** Řád: Oscillatoriales Schaffner 1922 *** Čeleď: Oscillatoriaceae (Gray) Kirchner 1898 **** Rody: Ammassolinea, Baaleninema, Koinonema, Laspinema, Oxynema, Oscillatoria - drkalka, Perforafilum, Phormidium (P), Planktothricoides, Sodalinema *** Čeleď: Microcoleaceae Komárek et al. 2014 **** Rody: Affixifilum, Ammatoidea (P), Ancylothrix, Arthrospira, Blennothrix (P), Capilliphycus, Dapis , Dasygloea (P), Homoeothrix (P), Hydrocoleum (P), Kamptonema, Leibleinia (P), Leptochromothrix (P), Limnoraphis, Limnospira, Lyngbya (P), Lyngbyopsis (P), Microcoleus, Neolyngbya, Okeania, Ophiophycus (P), Phormidiochaete (P), Planktothrix, Plectonema (P), Polychlamydum (P), Porphyrosiphon (P), Proterendothrix (P), Pseudoscytonema (P), Sirenicapillaria (P), Symplocastrum (P), Tenebriella, Tigrinifium (P), Trichodesmium, Tychonema (P), Vermifilum (P) *** Čeleď: Aerosakkonemataceae Strunecký & Mareš 2023 (P) **** Rody: Aerosakkonema, Potamosiphon, Microseira, Cephalothrix ** Řád: Coleofasciculales Strunecký & Mareš 2023 *** Čeleď: Coleofasciculaceae Komárek et al. 2014 **** Rody: Caldora, Coleofasciculus, Kastovskya, Moorena, Symploca (P) *** Čeleď: Wilmottiaceae Strunecký & Mareš 2023 **** Rody: Anagnostidinema (P), Gracilinea, Potamolinea, Pycnacronema, Ramsaria, Wilmottia ** Řád: Spirulinales Komárek et al. 2014 *** Čeleď: Spirulinaceae (Gomont) Hoffmann et al. 2005 **** Rody: Glaucospira (P), Halospirulina, Spirulina *** Čeleď: Lusitaniellaceae Strunecký & Mareš 2023 **** Rody: Lusitaniella ** Řád: Chroococcales Schaffner 1922 *** Čeleď: Microcystaceae Elenkin 1933 **** Rody: Aphanocapsa (P), Aphanothece, Asterocapsa (P), Chalicogloea, Coelomoron, Coelosphaeriopsis (P), Coelosphaerium (P), Crocosphaera, Cyanoaggregatum (P), Cyanocatena (P), Cyanocomperia (P), Cyanogastrum (P), Cyanogranis (P), Cyanonephron (P), Cyanostylon (P), Cyanotetras (P), Dzensia (P), Eucapsis (P), Gloeothece, Hormothece (P), Mantellum (P), Merismopedia, Microcystis, Pannus (P), Planctocyanocapsa (P), Pseudoncobyrsa (P), Radiocystis (P), Rippkaea, Siphonosphaera (P), Snowella, Sphaerocavum, Synechocystis, Woronichinia, Zehria *** Čeleď: Geminocystaceae Tuji et al. 2021 **** Rody: Geminocystis, Microcrocis (P), Picosynechococcus *** Čeleď: Chroococcaceae Nägeli 1849 **** Rody: Chroococcus, Cryptococcum, Cyanoarbor (P), Cyanocatenula (P), Cyanodermatium (P), Cyanokybus (P), Cyanosarcina (P), Entophysalis (P), Inacoccus (P), Johanseninema (P), Lithocapsa (P), Nephrococcus (P), Paracapsa (P), Placoma (P), Pseudocapsa (P), Siphononema (P) *** Čeleď: Cyanotrichaceae Elenkin in Kiselev 1947 **** Rody: Johannesbaptistia, Limnococcus *** Čeleď: Prochloraceae Lewin 1977 **** Rody: Prochloron *** Čeleď: Gomphosphaeriaceae Elenkin 1933 **** Rody: Gomphosphaeria *** Čeleď: Pleurocapsaceae Geitler 1925 **** Rody: Cyanocystis (P), Cyanoderma (P), Cyanosaccus (P), Chamaecalyx (P), Chondrocystis, Chroococcidium (P), Chroococcopsis, Dalmatella (P), Dermocarpella (P), Epilithia (P), Foliisarcina, Hormathonema (P), Hydrococcus (P), Hyella, Myxohyella (P), Myxosarcina, Nisada (P), Odorella, Onkonema (P), Pleurocapsa, Podocapsa (P), Radaisia (P), Sinaiella (P), Solentia (P), Stanieria, Tryponema (P), Xenococcus, Xenotholos (P) *** Čeleď: Halothecaceae Strunecký & Mareš 2023 **** Rody: Halothece, Rubidibacter ** Řád: Gomontiellales Strunecký & Mareš 2023 *** Čeleď: Gomontiellaceae Elenkin 1949 **** Rody: Borzia (P), Crinalium, Gomontiella (P), Hormoscilla, Katagnymene (P), Komvophoron (P), Starria, Yonedaella (P) *** Čeleď: Chamaesiphonaceae Borzí 1882 **** Rody: Chamaesiphon, Clastidium (P), Cyanophanon (P), Godlewskia (P), Pascherinema (P), Stichosiphon (P) *** Čeleď: Cyanothecaceae Komárek et al. 2014 **** Rody: Cyanothece *** Čeleď: Konicacronemataceae Strunecký & Mareš 2023 **** Rody: Konicacronema ** Řád: Chroococcidiopsidales Komárek et al. 2014 *** Čeleď: Chroococcidiopsidaceae Geitler ex Büdel et al. 2012 **** Rody: Aliterella, Chlorogloea (P), Chroococcidiopsis, Chroogloeocystis, Gloeocapsa (P), Gloeocapsopsis, Lightfootiella (P), Sinocapsa ** Řád: Nostocales Borzì 1914 *** Čeleď: Scytonemataceae Rabenhorst 1865 ex Bornet & Flahault 1888 **** Rody: Adrianema (P), Aetokthonos, Brachytrichia (P), Brasilonema, Chakia (P), Colteronema (P), Croatella (P), Cronbergia, Ewamiania, Herpyzonema (P), Iphinoe, Iningainema, Iyengariella (P), Loriellopsis (P), Mastigocladopsis, Ophiothrix (P), Parenchymorpha (P), Petalonema, Scytonema, Scytonematopsis (P), Spelaeonaias, Symphyonema (P), Symphyonemopsis (P), Voukiella (P) *** Čeleď: Heteroscytonemataceae McGregor & Sendall 2018 **** Rody: Heteroscytonema *** Čeleď: Hapalosiphonaceae Elenkin 1916 **** Rody: Albrightia (P), Baradlaia (P), Brachytrichiopsis (P), Chlorogloeopsis, Chondrogloea (P), Dictyophoron (P), Fischerella, Fischerellopsis (P), Handeliella (P), Hapalosiphon (P), Hyphomorpha (P), Leptopogon (P), Letestuinema (P), Loefgrenia (P), Loriella (P), Mastigocladus, Mastigocoleopsis (P), Matteia (P), Neowestiellopsis, Nostochopsis, Pelatocladus, Reptodigitus, Schmidleinema (P), Spelaeopogon (P), Thalpophila (P), Westiella (P), Westiellopsis *** Čeleď: Geitleriaceae Kilgore & Johansen 2018 **** Rody: Geitleria *** Čeleď: Rivulariaceae Rabenhorst ex Bornet & Flahault 1886 **** Rody: Calothrix (P), Dichothrix (P), Dulcicalothrix, Gardnerula (P), Isactis (P), Kyrtuthrix, Macrochaete, Mastigocoleus, Microchaete (P), Nunduva, Phyllonema, Richelia, Rivularia, Sacconema (P) *** Čeleď: Nostocaceae Agardh ex Kirchner 1890 **** Rody: Compactonostoc, Desmonostoc, Dendronalium, Heterocyanococcus (P), Komarekiella, Mojavia, Nostoc - jednořadka, Parakomarekiella, Roholtiella, Violetonostoc *** Čeleď: Leptobasaceae Elenkin 1916 **** Rody: Aulosira, Calochaete, Camptylonemopsis (P), Coleospermum (P), Fortiea, Thiochaete (P) *** Čeleď: Nodulariaceae Elenkin 1916 **** Rody: Aliinostoc, Amazonocrinis, Anabaenopsis, Atlanticothrix, Chrysosporum, Cyanocohniella, Cyanospira, Desikacharya, Goleter, Halotia, Minunostoc, Nodularia, Pseudoaliinostoc, Purpureonostoc, Umezakia *** Čeleď: Aphanizomenonaceae Elenkin 1938 **** Rody: Amphiheterocytum, Anabaena, Aphanizomenon, Cyanomargarita, Cylindrospermum, Cuspidothrix, Dolichospermum, Gloeotrichia, Hydrocoryne (P), Macrospermum (P), Neowollea, Raphidiopsis, Sphaerospermopsis, Trichormus, Wollea *** Čeleď: Tolypotrichaceae Hauer et al. 2014 **** Rody: Borzinema (P), Coleodesmiopsis (P), Coleodesmium (P), Dactylothamnos, Dapisostemon, Hassallia, Kryptousia, Rexia, Seguenzaea (P), Spirirestis, Streptostemon (P), Tolypothrix, Godleya, Toxopsis *** Čeleď: Stigonemataceae Borzì 1892 **** Rody: Cyanobotrys (P), Doliocatella (P), Homoeoptyche (P), Pulvinularia (P), Stigonema *** Čeleď: Capsosiraceae Geitler 1925 **** Rody: Capsosira (P), Desmosiphon (P), Nematoplaca (P), Stauromatonema (P) *** Čeleď: Rhizonemataceae Büdel & Kauff ex Lücking & Barrie in Lücking et al. 2014 **** Rody: Rhizonema (P).

LPSN

Průběžně aktualizovaná taxonomická databáze List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) obsahuje, v abecedním a chronologickém řazení, jména taxonů prokaryot (a jejich změny), jak byla citována v Approved Lists of Bacterial Names nebo platně zveřejněna v odborných periodicích International Journal of Systematic Bacteriology (IJSB) nebo International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM).

Mateřským taxonem pro sinice (v širším smyslu) je zde * [url=https://lpsn.dsmz.de/phylum/cyanobacteriota]Kmen Cyanobacteriota[/url]

Ke konci února 2023 uvádí 2 podřazené třídy a 13 řádů (z nichž jen některé mají publikovaný validní popis).

Následující přehled je zpracován do úrovně čeledí, odpovídá stavu databáze ke konci února 2023 a přebírá formální pravidla LPSN pro zápis jmen taxonů, tedy zapsaných (následující lze kombinovat): * kurzívou: taxony s publikovaným validním popisem v souladu s ICNP nebo s ICN (Botanical Code) * "kurzívou v kolmých uvozovkách": publikované jméno taxonu bez validního popisu *

kurzívou v hranatých závorkách

: předběžný záznam, u kterého dosud chybí zásadní informace * antikvou s kurzívním předslovem Candidatus: taxon identifikován molekulárně, ale nemá kultivované vzorky Protože se v různých systémech pracuje se stejnými názvy taxonů, které však mají odlišné vymezení, je pro jednoznačnou identifikaci důsledně uváděn autor a rok popisu taxonu.

Kmen Cyanobacteriota Oren et al. 2022 * Třída "Candidatus Melainabacteria" Soo et al. +more 2014 ** Řád "Candidatus Caenarcanales" corrig. Soo et al. 2014 (původně "Candidatus Caenarcaniphilales") ** Řád "Candidatus Gastranaerophilales" Di Rienzi et al. 2013 * Třída Cyanophyceae Schaffner 1909 ** nezařazené do řádů *** Čeleď Alternantiaceae Schiller 1954 *** Čeleď Camptotrichaceae West & West 1897 ** Řád Chroococcales Schaffner 1922 *** Čeleď Aphanothecaceae (Komárek & Anagnostidis 1986) Komárek et al. 2014 *** Čeleď Chroococcaceae Rabenhorst 1863 *** Čeleď "Cyanochloridaceae" Fritsch 1945 *** Čeleď "Cyanocytaceae" Hall & Claus 1963 *** Čeleď Entophysalidaceae Geitler 1925 *** Čeleď Geminocystaceae Tuji et al. 2021 *** Čeleď Gomphosphaeriaceae Elenkin 1933 *** Čeleď Microcystaceae Elenkin 1933 *** Čeleď Skujapeltaceae Hall & Claus 1967 *** Čeleď "Stichosiphonaceae" Hoffmann et al. 2005 ** Řád Chroococcidiopsidales Komárek et al. 2014 *** Čeleď "Aliterellaceae" Rigonato et al. 2016 *** Čeleď Chroococcidiopsidaceae Komárek et al. 2014 *** Čeleď "Sinocapsaceae" Wang et al. 2019 ** Řád Gloeobacterales Cavalier-Smith 2002 *** Čeleď Anthocerotibacteraceae Strunecky et al. 2023 *** Čeleď Gloeobacteraceae Komárek & Anagnostidis 1995 ** Řád Gloeomargaritales Moreira et al. 2017 *** Čeleď Gloeomargaritaceae Moreira et al. 2017 ** Řád Nostocales Borzì 1914 *** Čeleď.

Aphanizomenonaceae

*** Čeleď Borzinemataceae Geitler 1942 *** Čeleď Calotrichaceae Cooke 1890 *** Čeleď Capsosiraceae Geitler 1925 *** Čeleď Chlorogloeopsidaceae Mitra & Pandey 1967 *** Čeleď Cyanomargaritaceae Shalygin et al. 2017 *** Čeleď Dapisostemonaceae Hentschke et al. +more 2016 *** Čeleď "Fortieaceae" Komárek et al. 2014 *** Čeleď Gloeotrichiaceae Komárek et al. 2014 *** Čeleď Godleyaceae Hauer et al. 2014 *** Čeleď Hapalosiphonaceae Elenkin 1916 *** Čeleď Heteroscytonemataceae Sendall & McGregor 2018 *** Čeleď.

Nodulariaceae

*** Čeleď Nostocaceae Eichler 1886 *** Čeleď Rhizonemataceae Büdel & Kauff ex Lücking & Barrie 2014 *** Čeleď Rivulariaceae Rabenhorst ex Bornet & Flahault 1886 *** Čeleď Scytonemaceae Rabenhorst ex Bornet & Flahault 1886 *** Čeleď Scytonemataceae Frank 1886 *** Čeleď Stigonemataceae (Agardh ex Bornet & Flahault 1886) Borzì 1892 *** Čeleď "Symphyonemataceae" Hoffmann et al. 2005 *** Čeleď Tolypothrichaceae Hauer et al. +more 2014 *** Čeleď Tolypotrichaceae corrig. Hauer et al. 2014 ** Řád Oscillatoriales Schaffner 1922 *** Čeleď Borziaceae Borzì 1914 *** Čeleď Coleofasciculaceae Komárek et al. 2014 *** Čeleď Cyanothecaceae Komárek et al. 2014 *** Čeleď Desertifilaceae Hašler et al. 2017 *** Čeleď Gomontiellaceae Elenkin ex Geitler 1942 *** Čeleď Homoeotrichaceae Elenkin 1949 *** Čeleď Laspinemataceae corrig. Zimba et al. 2021 (původně Laspinemaceae Zimba et al. 2021) *** Čeleď Microcoleaceae Komárek et al. 2014 *** Čeleď Oscillatoriaceae Engler 1898 *** Čeleď Phormidiaceae Anagnostidis & Komárek 1988 *** Čeleď Sirenicapillariaceae Berthold et al. 2022 *** Čeleď Vermifilaceae Berthold et al. 2020 ** Řád Pelonematales Skuja 1956 *** Čeleď Pelonemataceae Skuja 1956 ** Řád Pleurocapsales Geitler 1925 *** Čeleď.

Dermocarpellaceae

*** Čeleď Hydrococcaceae Kützing 1843 *** Čeleď Leuconemataceae Kaas 1983 *** Čeleď Pleurocapsaceae Geitler 1925 *** Čeleď Xenococcaceae Ercegović 1932 ** Řád Spirulinales Komárek et al. 2014 *** Čeleď Lusitaniellaceae Strunecky et al. +more 2023 *** Čeleď Spirulinaceae (Gomont 1892) Hoffmann et al. 2005 ** Řád "Synechococcales" Hoffmann et al. 2005 *** Čeleď Acaryochloridaceae Komárek et al. 2014 *** Čeleď Chamaesiphonaceae Borzì 1878 *** Čeleď Coelosphaeriaceae Elenkin 1933 *** Čeleď Heteroleibleiniaceae Komárek et al. 2014 *** Čeleď Leptolyngbyaceae Komárek et al. 2014 *** Čeleď Merismopediaceae Elenkin 1933 *** Čeleď Oculatellaceae Mai & Johansen 2018 *** Čeleď Petrachloraceae corrig. Soares et al. 2022 *** Čeleď Petrachlorosaceae Soares et al. 2022 *** Čeleď Prochloraceae (ex Lewin 1977) Florenzano et al. 1986 *** Čeleď Pseudanabaenaceae Anagnostidis & Komárek 1988 *** Čeleď Romeriaceae Komárek et al. 2014 *** Čeleď Schizotrichaceae Elenkin 1949 *** Čeleď Synechococcaceae Komárek & Anagnostidis 1995 ** Řád Thermostichales Komarek et al. 2020 *** Čeleď.

Thermostichaceae

NCBI

Průběžně aktualizovaná taxonomická databáze Národního střediska biotechnologických informací (NCBI) zahrnuje organismy, jejichž data jsou obsažena v databázích NCBI, včetně environmentálních vzorků a nevalidních taxonů. Uvádí i taxony incertae sedis. +more Relativně často však mění hierarchickou strukturu taxonomických kategorií (zejména na úrovni podtříd).

Mateřským taxonem pro sinice (v širším smyslu) je zde * [url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Tree&id=1798711&lvl=5]Cyanobacteriota/Melainabacteria group[/url]

AlgaeBase

AlgaeBase je průběžně aktualizovaná taxonomická databáze eukaryotických organismů řazených mezi „řasy“.

Uvádí taxony z různých publikovaných systémů, a proto se obsahově mohou překrývat či shodovat i různé taxonomické úrovně.

Mateřským taxonem pro sinice (v širším smyslu) je zde * [url=https://www.algaebase.org/browse/taxonomy/#4305]Kmen Cyanobacteria[/url]

Ke konci února 2023 uvádí 2 podřazené třídy, 4 podtřídy a 22 řádů (z nichž některé jsou přímo podřazené jak třídě Cyanobacteria, tak jedné z podtříd).

WoRMS

WoRMS (World Register of Marine Species) je průběžně aktualizovaná taxonomická databáze, která zahrnuje pouze vodní organismy - je zaměřena na mořské, ale jsou doplněny i organismy z brakických vod a často i sladkovodní.

Mateřským taxonem pro sinice je zde * [url=https://marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=146537]Kmen Cyanobacteria[/url]

Ke konci února 2023 uvádí 1 podřazenou třídu, 3 podtřídy a 7 řádů.

Fylogenetické stromy

Fylogenetický strom do úrovně řádů

Dle fylogenetické analýzy dílčích genomických dat dostupných z nedávné doby v kombinaci s široce zmapovanou fylogenezí genu pro 16S rRNA lze příbuzenské vztahy jednotlivých tříd a řádů zobrazit následujícm fylogenetickým stromem:

Korunový klad sinic a jejich nejbližších příbuzných

Postavení nejbližších příbuzných sinic ukazuje následující fylogenetický strom:

Jména (oficiální) zahrnutých taxonů (dle LPSN): * kmen "Candidatus Saganbacteria" Probst et al. 2018 * kmen "Candidatus Margulisbacteria" Anantharaman et al. +more 2016 * kmen "Candidatus Blackallbacteria" Probst et al. 2018 ** třída "Candidatus Sericytochromatia" Soo et al. 2017 * kmen Cyanobacteriota Oren et al. 2022 ** třída "Candidatus Melainabacteria" Soo et al. 2014 (= Vampirovibriophyceae Strunecký & Mareš 2023) ** třída Cyanobacteria Stanier ex Cavalier-Smith, 2002 validně publikována jako Cyanophyceae Schaffner 1909).

Odkazy

Poznámky

Reference

GUIRY, M. D., GUIRY, G. M. 2023. AlgaeBase. World-wide electronic publication, National University of Ireland, Galway. [url=https://www.algaebase.org]Dostupné online[/url]

cit. 2023-02-28

(anglicky)

List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Nomenclature. [url=https://lpsn.dsmz.de/text/nomenclature]Dostupné online[/url]

cit. 2023-02-28

(anglicky) List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Phylum "Cyanobacteria". [url=https://lpsn.dsmz.de/phylum/cyanobacteria-1]Dostupné online[/url]

cit. 2023-02-28

(anglicky) List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Phylum Cyanobacteriota. [url=https://lpsn.dsmz.de/phylum/cyanobacteriota]Dostupné online[/url]

cit. 2023-02-28

(anglicky) List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Genus Vampirovibrio. [url=https://lpsn.dsmz.de/genus/vampirovibrio]Dostupné online[/url]

cit. 2023-02-28

(anglicky) List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Class Cyanophyceae. [url=https://lpsn.dsmz.de/class/cyanophyceae]Dostupné online[/url]

cit. 2023-02-28

(anglicky) List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Class Oxyphotobacteria. [url=https://lpsn.dsmz.de/class/oxyphotobacteria]Dostupné online[/url]

cit. 2023-02-28

(anglicky) List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Phylum ""Candidatus Saganbacteria"". [url=https://lpsn.dsmz.de/phylum/saganbacteria]Dostupné online[/url]

cit. 2023-02-28

(anglicky) List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Phylum ""Candidatus Margulisbacteria"". [url=https://lpsn.dsmz.de/phylum/margulisbacteria]Dostupné online[/url]

cit. 2023-02-28

(anglicky) List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Phylum ""Candidatus Blackallbacteria"". [url=https://lpsn.dsmz.de/phylum/blackallbacteria]Dostupné online[/url]

cit. 2023-02-28

(anglicky) List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Class ""Candidatus Sericytochromatia"". [url=https://lpsn.dsmz.de/class/sericytochromatia]Dostupné online[/url]

cit. 2023-02-28

(anglicky) List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Class ""Candidatus Melainabacteria"". [url=https://lpsn.dsmz.de/class/melainabacteria]Dostupné online[/url]

cit. 2023-02-28

(anglicky) National Center for Biotechnology Information - The Taxonomy Database. [url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi]Dostupné online[/url]

cit. 2023-02-28

(anglicky)

World Register of Marine Species. DOI: [url=https://dx. +moredoi. org/10. 14284/170]10. 14284/170[/url]. [url=https://www. marinespecies. org]Dostupné online[/url] na VLIZ.

cit. 2023-02-28

(anglicky)

Kategorie:Sinice Kategorie:Biologická systematika Kategorie:Strom života Kategorie:Klasifikační systémy