Array ( [0] => 16584453 [id] => 16584453 [1] => cswiki [site] => cswiki [2] => Thaumarchaeota [uri] => Thaumarchaeota [3] => [img] => [4] => [day_avg] => [5] => [day_diff] => [6] => [day_last] => [7] => [day_prev_last] => [8] => [oai] => [9] => [is_good] => [10] => [object_type] => [11] => 0 [has_content] => 0 [12] => [oai_cs_optimisticky] => ) Array ( [0] => {{Taxobox [1] => | doména = [[Archea]] [2] => | nadkmen = Proteoarcheota [3] => | kmen = Thaumarcheota [4] => | obrázek = ThaspiviridaeFig1rv2.png [5] => }} [6] => '''''Thaumarchaeota''''' (též ''Nitrososphaerota''{{Citace periodika [7] => | příjmení = Whitman [8] => | jméno = William B. [9] => | příjmení2 = Oren [10] => | jméno2 = Aharon [11] => | příjmení3 = Chuvochina [12] => | jméno3 = Maria [13] => | titul = Proposal of the suffix –ota to denote phyla. Addendum to ‘Proposal to include the rank of phylum in the International Code of Nomenclature of Prokaryotes’ [14] => | periodikum = International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [15] => | datum vydání = 2018 [16] => | ročník = 68 [17] => | číslo = 3 [18] => | strany = 967–969 [19] => | issn = 1466-5034 [20] => | doi = 10.1099/ijsem.0.002593 [21] => | url = https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.002593 [22] => | datum přístupu = 2023-11-28 [23] => }}) je [[Archea|archeální]] [[Kmen (biologie)|kmen]],{{Citace periodika [24] => | příjmení = Oren [25] => | jméno = Aharon [26] => | příjmení2 = Garrity [27] => | jméno2 = George M. [28] => | titul = Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes [29] => | periodikum = International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology [30] => | datum vydání = 2021 [31] => | ročník = 71 [32] => | číslo = 10 [33] => | strany = 005056 [34] => | issn = 1466-5034 [35] => | doi = 10.1099/ijsem.0.005056 [36] => | url = https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.005056 [37] => | datum přístupu = 2023-11-19 [38] => }} jehož vyčlenění z kmene ''[[Crenarchaeota]]'' bylo navrženo v roce 2008 na základě [[Sekvenování DNA|sekvenace]] [[genom]]u ''[[Cenarchaeum symbiosum]].''{{Citace periodika [39] => | příjmení = Brochier-Armanet [40] => | jméno = Céline [41] => | příjmení2 = Boussau [42] => | jméno2 = Bastien [43] => | příjmení3 = Gribaldo [44] => | jméno3 = Simonetta [45] => | titul = Mesophilic crenarchaeota: proposal for a third archaeal phylum, the Thaumarchaeota [46] => | periodikum = Nature Reviews Microbiology [47] => | datum vydání = 2008-03 [48] => | ročník = 6 [49] => | číslo = 3 [50] => | strany = 245–252 [51] => | issn = 1740-1534 [52] => | doi = 10.1038/nrmicro1852 [53] => | jazyk = en [54] => | url = https://www.nature.com/articles/nrmicro1852 [55] => | datum přístupu = 2023-11-19 [56] => }} Tato změna byla dále podpořena sekvenací genomů ''Nitrosopumilus maritimus'' a ''Nitrososphaera gargensis'' v roce 2010''.''{{Citace periodika [57] => | příjmení = Spang [58] => | jméno = Anja [59] => | příjmení2 = Hatzenpichler [60] => | jméno2 = Roland [61] => | příjmení3 = Brochier-Armanet [62] => | jméno3 = Céline [63] => | titul = Distinct gene set in two different lineages of ammonia-oxidizing archaea supports the phylum Thaumarchaeota [64] => | periodikum = Trends in Microbiology [65] => | datum vydání = 2010-08 [66] => | ročník = 18 [67] => | číslo = 8 [68] => | strany = 331–340 [69] => | issn = 1878-4380 [70] => | pmid = 20598889 [71] => | doi = 10.1016/j.tim.2010.06.003 [72] => | poznámka = PMID: 20598889 [73] => | url = https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20598889/ [74] => | datum přístupu = 2023-11-19 [75] => }} Jedná se o amoniak oxidující archea (AOA).{{Citace periodika [76] => | příjmení = Yin [77] => | jméno = Zhixuan [78] => | příjmení2 = Bi [79] => | jméno2 = Xuejun [80] => | příjmení3 = Xu [81] => | jméno3 = Chenlu [82] => | titul = Ammonia-Oxidizing Archaea (AOA) Play with Ammonia-Oxidizing Bacteria (AOB) in Nitrogen Removal from Wastewater [83] => | periodikum = Archaea [84] => | datum vydání = 2018-09-13 [85] => | ročník = 2018 [86] => | strany = 8429145 [87] => | issn = 1472-3646 [88] => | pmid = 30302054 [89] => | doi = 10.1155/2018/8429145 [90] => | poznámka = PMID: 30302054 [91] => PMCID: PMC6158934 [92] => | url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6158934/ [93] => | datum přístupu = 2023-12-07 [94] => }} Specifickým znakem tohoto kmene je [[Buněčná membrána|membránový]] [[Lipidy|lipid]] [[crenarchaeol]], který se vyskytuje pouze u nich a skládá se z jednoho [[cyklohexan]]ového a čtyř [[cyklopentan]]ových kruhů. Předpokládá se, že umožňuje těmto organismům adaptaci na nižší teploty v [[oceán]]ech, kde se často vyskytují.{{Citace periodika [95] => | příjmení = Damsté [96] => | jméno = Jaap S. Sinninghe [97] => | příjmení2 = Schouten [98] => | jméno2 = Stefan [99] => | příjmení3 = Hopmans [100] => | jméno3 = Ellen C. [101] => | titul = Crenarchaeol: the characteristic core glycerol dibiphytanyl glycerol tetraether membrane lipid of cosmopolitan pelagic crenarchaeota [102] => | periodikum = Journal of Lipid Research [103] => | datum vydání = 2002-10 [104] => | ročník = 43 [105] => | číslo = 10 [106] => | strany = 1641–1651 [107] => | issn = 0022-2275 [108] => | pmid = 12364548 [109] => | doi = 10.1194/jlr.m200148-jlr200 [110] => | poznámka = PMID: 12364548 [111] => | url = https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12364548/ [112] => | datum přístupu = 2023-11-30 [113] => }} Nejčastěji jsou studována jako obohacené směsné [[Mikrobiální kultura|kultury]], ale podařilo se získat i několik čistých kultur.{{Citace periodika [114] => | příjmení = Könneke [115] => | jméno = Martin [116] => | příjmení2 = Bernhard [117] => | jméno2 = Anne E. [118] => | příjmení3 = de la Torre [119] => | jméno3 = José R. [120] => | titul = Isolation of an autotrophic ammonia-oxidizing marine archaeon [121] => | periodikum = Nature [122] => | datum vydání = 2005-09 [123] => | ročník = 437 [124] => | číslo = 7058 [125] => | strany = 543–546 [126] => | issn = 1476-4687 [127] => | doi = 10.1038/nature03911 [128] => | jazyk = en [129] => | url = https://www.nature.com/articles/nature03911 [130] => | datum přístupu = 2023-12-03 [131] => }} [[Kultivace]] je obtížná kvůli dlouhé [[Doba zdvojení|době zdvojení]], která může být 21 až 81 hodin.{{Citace periodika [132] => | příjmení = Schouten [133] => | jméno = Stefan [134] => | příjmení2 = Hopmans [135] => | jméno2 = Ellen C. [136] => | příjmení3 = Baas [137] => | jméno3 = Marianne [138] => | titul = Intact Membrane Lipids of “ Candidatus Nitrosopumilus maritimus,” a Cultivated Representative of the Cosmopolitan Mesophilic Group I Crenarchaeota [139] => | periodikum = Applied and Environmental Microbiology [140] => | datum vydání = 2008-04-15 [141] => | ročník = 74 [142] => | číslo = 8 [143] => | strany = 2433–2440 [144] => | issn = 0099-2240 [145] => | pmid = 18296531 [146] => | doi = 10.1128/AEM.01709-07 [147] => | jazyk = en [148] => | url = https://journals.asm.org/doi/10.1128/AEM.01709-07 [149] => | datum přístupu = 2023-12-05 [150] => }}{{Citace periodika [151] => | příjmení = Mosier [152] => | jméno = Annika C. [153] => | příjmení2 = Lund [154] => | jméno2 = Marie B. [155] => | příjmení3 = Francis [156] => | jméno3 = Christopher A. [157] => | titul = Ecophysiology of an ammonia-oxidizing archaeon adapted to low-salinity habitats [158] => | periodikum = Microbial Ecology [159] => | datum vydání = 2012-11 [160] => | ročník = 64 [161] => | číslo = 4 [162] => | strany = 955–963 [163] => | issn = 1432-184X [164] => | pmid = 22644483 [165] => | doi = 10.1007/s00248-012-0075-1 [166] => | poznámka = PMID: 22644483 [167] => | url = https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22644483/ [168] => | datum přístupu = 2023-12-03 [169] => }} [170] => [171] => == Výskyt == [172] => ''Thaumarchaeota'' patří mezi nejhojněji rozšířená archea na Zemi, kde je můžeme nalézt v mnoha různých [[Biotop|habitatech]].{{Citace periodika [173] => | příjmení = Pester [174] => | jméno = Michael [175] => | příjmení2 = Schleper [176] => | jméno2 = Christa [177] => | příjmení3 = Wagner [178] => | jméno3 = Michael [179] => | titul = The Thaumarchaeota: an emerging view of their phylogeny and ecophysiology [180] => | periodikum = Current Opinion in Microbiology [181] => | datum vydání = 2011-6 [182] => | ročník = 14 [183] => | číslo = 3 [184] => | strany = 300–306 [185] => | issn = 1369-5274 [186] => | pmid = 21546306 [187] => | doi = 10.1016/j.mib.2011.04.007 [188] => | poznámka = PMID: 21546306 [189] => PMCID: PMC3126993 [190] => | url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3126993/ [191] => | datum přístupu = 2023-11-19 [192] => }} Jsou globálně rozšířená v oceánech jako součást [[plankton]]u.{{Citace periodika [193] => | příjmení = Walker [194] => | jméno = C. B. [195] => | příjmení2 = de la Torre [196] => | jméno2 = J. R. [197] => | příjmení3 = Klotz [198] => | jméno3 = M. G. [199] => | titul = Nitrosopumilus maritimus genome reveals unique mechanisms for nitrification and autotrophy in globally distributed marine crenarchaea [200] => | periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America [201] => | datum vydání = 2010-05-11 [202] => | ročník = 107 [203] => | číslo = 19 [204] => | strany = 8818–8823 [205] => | issn = 1091-6490 [206] => | pmid = 20421470 [207] => | doi = 10.1073/pnas.0913533107 [208] => | poznámka = PMID: 20421470 [209] => PMCID: PMC2889351 [210] => | url = https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20421470/ [211] => | datum přístupu = 2023-11-19 [212] => }} Zde se nejčastěji vyskytují v hloubce 100–350 metrů.{{Citace elektronického periodika [213] => | titul = ScienceDirect.com {{!}} Science, health and medical journals, full text articles and books. [214] => | periodikum = www.sciencedirect.com [215] => | url = https://www.sciencedirect.com/?ref=pdf_download&fr=RR-11&rr=82e49ccacefa1315 [216] => | datum přístupu = 2023-11-30 [217] => }} Byla také nalezena ''Thaumarchaeota'' obývající dno [[Marianský příkop|Mariánského příkopu]].{{Citace periodika [218] => | příjmení = Kerou [219] => | jméno = Melina [220] => | příjmení2 = Ponce-Toledo [221] => | jméno2 = Rafael I. [222] => | příjmení3 = Zhao [223] => | jméno3 = Rui [224] => | titul = Genomes of Thaumarchaeota from deep sea sediments reveal specific adaptations of three independently evolved lineages [225] => | periodikum = The ISME Journal [226] => | datum vydání = 2021-09 [227] => | ročník = 15 [228] => | číslo = 9 [229] => | strany = 2792–2808 [230] => | issn = 1751-7370 [231] => | doi = 10.1038/s41396-021-00962-6 [232] => | jazyk = en [233] => | url = https://www.nature.com/articles/s41396-021-00962-6 [234] => | datum přístupu = 2023-11-30 [235] => }} V pobřežních vodách [[Kalifornie]] byl objeven archeon žijící v [[Symbióza|symbióze]] s [[Mořská houba|mořskou houbou]].{{Citace periodika [236] => | příjmení = Preston [237] => | jméno = C M [238] => | příjmení2 = Wu [239] => | jméno2 = K Y [240] => | příjmení3 = Molinski [241] => | jméno3 = T F [242] => | titul = A psychrophilic crenarchaeon inhabits a marine sponge: Cenarchaeum symbiosum gen. nov., sp. nov. [243] => | periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America [244] => | datum vydání = 1996-06-25 [245] => | ročník = 93 [246] => | číslo = 13 [247] => | strany = 6241–6246 [248] => | issn = 0027-8424 [249] => | pmid = 8692799 [250] => | poznámka = PMID: 8692799 [251] => PMCID: PMC39006 [252] => | url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC39006/ [253] => | datum přístupu = 2023-11-30 [254] => }} Dále se také vyskytují ve sladkovodním prostředí, velmi slaných vodách{{Citace periodika [255] => | příjmení = Doxey [256] => | jméno = Andrew C. [257] => | příjmení2 = Kurtz [258] => | jméno2 = Daniel A. [259] => | příjmení3 = Lynch [260] => | jméno3 = Michael DJ [261] => | titul = Aquatic metagenomes implicate Thaumarchaeota in global cobalamin production [262] => | periodikum = The ISME Journal [263] => | datum vydání = 2015-02 [264] => | ročník = 9 [265] => | číslo = 2 [266] => | strany = 461–471 [267] => | issn = 1751-7370 [268] => | doi = 10.1038/ismej.2014.142 [269] => | jazyk = en [270] => | url = https://www.nature.com/articles/ismej2014142 [271] => | datum přístupu = 2023-11-19 [272] => }} a půdě.{{Citace periodika [273] => | příjmení = Tourna [274] => | jméno = Maria [275] => | příjmení2 = Stieglmeier [276] => | jméno2 = Michaela [277] => | příjmení3 = Spang [278] => | jméno3 = Anja [279] => | titul = Nitrososphaera viennensis, an ammonia oxidizing archaeon from soil [280] => | periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America [281] => | datum vydání = 2011-05-17 [282] => | ročník = 108 [283] => | číslo = 20 [284] => | strany = 8420–8425 [285] => | issn = 1091-6490 [286] => | pmid = 21525411 [287] => | doi = 10.1073/pnas.1013488108 [288] => | poznámka = PMID: 21525411 [289] => PMCID: PMC3100973 [290] => | url = https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21525411/ [291] => | datum přístupu = 2023-11-19 [292] => }} Tvoří konsorcia oxidující [[amoniak]] ([[Anammox]]) v [[Čistírna odpadních vod|čistírnách odpadních vod]].{{Citace periodika [293] => | příjmení = Limpiyakorn [294] => | jméno = Tawan [295] => | příjmení2 = Fürhacker [296] => | jméno2 = Maria [297] => | příjmení3 = Haberl [298] => | jméno3 = Raimund [299] => | titul = amoA-encoding archaea in wastewater treatment plants: a review [300] => | periodikum = Applied Microbiology and Biotechnology [301] => | datum vydání = 2013-02-01 [302] => | ročník = 97 [303] => | číslo = 4 [304] => | strany = 1425–1439 [305] => | issn = 1432-0614 [306] => | doi = 10.1007/s00253-012-4650-7 [307] => | jazyk = en [308] => | url = https://doi.org/10.1007/s00253-012-4650-7 [309] => | datum přístupu = 2023-11-30 [310] => }} Byla také objevena v sirných vodách [[Bažina|bažin]], kde žijí v symbióze s [[Proteobacteria|gammaproteobakteriemi]] oxidujícími [[Síra|síru]].{{Citace periodika [311] => | příjmení = Muller [312] => | jméno = Félix [313] => | příjmení2 = Brissac [314] => | jméno2 = Terry [315] => | příjmení3 = Le Bris [316] => | jméno3 = Nadine [317] => | titul = First description of giant Archaea ( Thaumarchaeota ) associated with putative bacterial ectosymbionts in a sulfidic marine habitat [318] => | periodikum = Environmental Microbiology [319] => | datum vydání = 2010-08 [320] => | ročník = 12 [321] => | číslo = 8 [322] => | strany = 2371–2383 [323] => | issn = 1462-2912 [324] => | doi = 10.1111/j.1462-2920.2010.02309.x [325] => | jazyk = en [326] => | url = https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1462-2920.2010.02309.x [327] => | datum přístupu = 2023-11-19 [328] => }} Většina thaumarchaeot je [[Mezofil|mesofilní]], ale lze nalézt i [[termofil]]ní druhy žijící v horkých [[pramen]]ech.{{Citace periodika [329] => | příjmení = De La Torre [330] => | jméno = José R. [331] => | příjmení2 = Walker [332] => | jméno2 = Christopher B. [333] => | příjmení3 = Ingalls [334] => | jméno3 = Anitra E. [335] => | titul = Cultivation of a thermophilic ammonia oxidizing archaeon synthesizing crenarchaeol [336] => | periodikum = Environmental Microbiology [337] => | datum vydání = 2008-03 [338] => | ročník = 10 [339] => | číslo = 3 [340] => | strany = 810–818 [341] => | issn = 1462-2912 [342] => | doi = 10.1111/j.1462-2920.2007.01506.x [343] => | jazyk = en [344] => | url = https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1462-2920.2007.01506.x [345] => | datum přístupu = 2023-11-19 [346] => }} Jsou také součástí [[mikrobiom]]u lidské [[kůže]], ale nebyla u nich pozorována [[patogen]]ita.{{Citace periodika [347] => | příjmení = Probst [348] => | jméno = Alexander J. [349] => | příjmení2 = Auerbach [350] => | jméno2 = Anna K. [351] => | příjmení3 = Moissl-Eichinger [352] => | jméno3 = Christine [353] => | titul = Archaea on Human Skin [354] => | periodikum = PLOS ONE [355] => | datum vydání = 12. 6. 2013 [356] => | ročník = 8 [357] => | číslo = 6 [358] => | strany = e65388 [359] => | issn = 1932-6203 [360] => | pmid = 23776475 [361] => | doi = 10.1371/journal.pone.0065388 [362] => | jazyk = en [363] => | url = https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0065388 [364] => | datum přístupu = 2023-11-30 [365] => }} [366] => [367] => == Taxonomie == [368] => ''Thaumarchaeota'' se dělí do tří skupin. Skupina 1.1a je tvořena zástupci, kteří osidlují vodní prostředí. Do skupiny 1.1b spadají archea vyskytující se v půdě. Poslední skupinu ThAOA tvoří termofilní zástupci. Toto rozdělení probíhá na základě sekvence genu [[16S rRNA]], kdy jednotliví zástupci mají její podobnost větší než 97 %, zatímco její podobnost mezi skupinami je 85–86 %.{{Citace monografie [369] => | příjmení = Stieglmeier [370] => | jméno = Michaela [371] => | příjmení2 = Alves [372] => | jméno2 = Ricardo J. E. [373] => | příjmení3 = Schleper [374] => | jméno3 = Christa [375] => | titul = The Phylum Thaumarchaeota [376] => | url = https://doi.org/10.1007/978-3-642-38954-2_338 [377] => | editoři = Eugene Rosenberg, Edward F. DeLong, Stephen Lory, Erko Stackebrandt, Fabiano Thompson [378] => | vydavatel = Springer [379] => | místo = Berlin, Heidelberg [380] => | strany = 347–362 [381] => | isbn = 978-3-642-38954-2 [382] => | doi = 10.1007/978-3-642-38954-2_338 [383] => | poznámka = DOI: 10.1007/978-3-642-38954-2_338 [384] => | jazyk = en [385] => }} Kromě genu 16s RNA se také využívá jako marker pro identifikaci a klasifikaci [[gen]] ''amoA'', kódující amoiakmonooxygenázu.{{Citace elektronického periodika [386] => | periodikum = academic.oup.com [387] => | url = https://academic.oup.com/femsec/article/64/2/167/643668?login=false [388] => | datum přístupu = 2023-12-04 [389] => }} [390] => [391] => == Morfologie == [392] => [[Buňka|Buňky]] jsou malé a velikostí nepřesahují 1 μm. Tvarem může být [[Tyčinky (bakterie)|tyčinka]] nebo [[Koky|kok]], případně nepravidelný kok. U některých zástupců může při vyšší koncentraci buněk docházet k jejich agregaci. Na povrchu některých z nich se nachází glykoproteinová [[S-vrstva]] nebo [[Pilus|pily]], které umožňují [[Adheze|přichycení]] na povrch.{{Citace periodika [393] => | příjmení = Hatzenpichler [394] => | jméno = Roland [395] => | příjmení2 = Lebedeva [396] => | jméno2 = Elena V. [397] => | příjmení3 = Spieck [398] => | jméno3 = Eva [399] => | titul = A moderately thermophilic ammonia-oxidizing crenarchaeote from a hot spring [400] => | periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America [401] => | datum vydání = 2008-02-12 [402] => | ročník = 105 [403] => | číslo = 6 [404] => | strany = 2134–2139 [405] => | issn = 1091-6490 [406] => | pmid = 18250313 [407] => | doi = 10.1073/pnas.0708857105 [408] => | poznámka = PMID: 18250313 [409] => PMCID: PMC2538889 [410] => | url = https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18250313/ [411] => | datum přístupu = 2023-12-03 [412] => }} U [[Motilita|motilních]] můžeme pozorovat archaellum, tedy archeální [[bičík]]. [413] => [414] => == Genom == [415] => Velikost [[genom]]u se pohybuje mezi 1,57 Mbp a 2,8 Mbp, kdy zástupci skupiny 1.1b mají větší genomy. než zástupci ostatních skupin. Počet předpovězených genů je 1847 až 3609. Genom ''Nitrosopumilus maritimus'' se svou velikostí 1,65 Mbp řadí mezi jedny z nejmenších archeálních genomů.{{Citace monografie [416] => | příjmení = Urakawa [417] => | jméno = Hidetoshi [418] => | příjmení2 = Martens-Habbena [419] => | jméno2 = Willm [420] => | příjmení3 = Stahl [421] => | jméno3 = David A. [422] => | titul = Physiology and Genomics of Ammonia-Oxidizing Archaea [423] => | url = http://doi.wiley.com/10.1128/9781555817145.ch6 [424] => | editoři = Bess B. Ward, Daniel J. Arp, Martin G. Klotz [425] => | vydavatel = ASM Press [426] => | místo = Washington, DC, USA [427] => | strany = 115–155 [428] => | isbn = 978-1-68367-116-9 [429] => | isbn2 = 978-1-55581-714-5 [430] => | doi = 10.1128/9781555817145.ch6 [431] => | poznámka = DOI: 10.1128/9781555817145.ch6 [432] => | jazyk = en [433] => }} Zástupci skupiny 1.1a mají [[obsah GC]] okolo 33 %, zatímco u skupiny 1.1b se pohybuje mezi 48,4 až 52,7 %. Byl u nich nalezen gen pro [[Topoizomeráza|topoizomerázu]] 1B, která zatím nebyla pozorována u žádných jiných archeí.{{Citace periodika [434] => | příjmení = Brochier-Armanet [435] => | jméno = Céline [436] => | příjmení2 = Gribaldo [437] => | jméno2 = Simonetta [438] => | příjmení3 = Forterre [439] => | jméno3 = Patrick [440] => | titul = A DNA topoisomerase IB in Thaumarchaeota testifies for the presence of this enzyme in the last common ancestor of Archaea and Eucarya [441] => | periodikum = Biology Direct [442] => | datum vydání = 2008-12-23 [443] => | ročník = 3 [444] => | strany = 54 [445] => | issn = 1745-6150 [446] => | pmid = 19105819 [447] => | doi = 10.1186/1745-6150-3-54 [448] => | poznámka = PMID: 19105819 [449] => PMCID: PMC2621148 [450] => | url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2621148/ [451] => | datum přístupu = 2023-12-05 [452] => }} U skupiny 1.1b se nacházejí geny kódující [[CRISPR]]-CAS typu I, který zajišťuje ochranu proti [[Virus|virům]].{{Citace periodika [453] => | příjmení = Spang [454] => | jméno = Anja [455] => | příjmení2 = Poehlein [456] => | jméno2 = Anja [457] => | příjmení3 = Offre [458] => | jméno3 = Pierre [459] => | titul = The genome of the ammonia‐oxidizing C andidatus N itrososphaera gargensis: insights into metabolic versatility and environmental adaptations [460] => | periodikum = Environmental Microbiology [461] => | datum vydání = 2012-12 [462] => | ročník = 14 [463] => | číslo = 12 [464] => | strany = 3122–3145 [465] => | issn = 1462-2912 [466] => | doi = 10.1111/j.1462-2920.2012.02893.x [467] => | jazyk = en [468] => | url = https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1462-2920.2012.02893.x [469] => | datum přístupu = 2023-12-05 [470] => }} Viry napadající kmen ''Thaumarchaeota'' spadají do třídy [[dsDNA]] virů.{{Citace elektronického periodika [471] => | periodikum = portlandpress.com [472] => | url = https://portlandpress.com/biochemsoctrans/article-abstract/39/1/82/85283/A-thaumarchaeal-provirus-testifies-for-an-ancient?redirectedFrom=fulltext [473] => | datum přístupu = 2023-12-05 [474] => }} [475] => [476] => == Metabolismus == [477] => Zástupci kmene ''Thaumarchaeota'' jsou [[aerobní]] [[Chemoautotrofie|chemoautotrofní]] organismy. Růstové podmínky byly stanoveny studiem obohacených nebo čistých kultur. Růstové teploty se pohybují mezi 22–72 °C, kdy většina [[mezofil]]ních má optimum kolem 28 °C. Jsou schopné růst při [[pH]] 4–7,5, ale většině vyhovuje neutrální až mírně zásadité prostředí. [478] => [479] => Velká část informací o jejich [[Metabolismus|metabolismu]] pochází ze studia zástupce ''Nitrosopumilus maritimus'', který byl, jako jeden z mála thaumarchaeot, získán jako čistá kultura. ''N. maritimus'' je [[Adaptace|adaptovaný]] pro život v [[Oligotrofní vody|oligotrofním]] prostředí otevřených oceánu. Energii získává [[Oxidace|oxidací]] [[amoniak]]u na [[Dusitany|dusitan]] s pomocí [[enzym]]ů, které mají vysokou [[Substrát (chemie)|substrátovou]] [[Afinita (biochemie)|afinitu]]. Tyto enzymy mu umožňují využívat nízké [[Koncentrace (chemie)|koncentrace]] [[Živina|živin]] dostupné v oceánech. ''N. maritimus'' se značnou mírou podílí na procesu [[nitrifikace]] a [[Koloběh dusíku|koloběhu dusíku]] v přírodě{{Citace periodika [480] => | příjmení = Martens-Habbena [481] => | jméno = Willm [482] => | příjmení2 = Berube [483] => | jméno2 = Paul M. [484] => | příjmení3 = Urakawa [485] => | jméno3 = Hidetoshi [486] => | titul = Ammonia oxidation kinetics determine niche separation of nitrifying Archaea and Bacteria [487] => | periodikum = Nature [488] => | datum vydání = 2009-10 [489] => | ročník = 461 [490] => | číslo = 7266 [491] => | strany = 976–979 [492] => | issn = 1476-4687 [493] => | doi = 10.1038/nature08465 [494] => | jazyk = en [495] => | url = https://www.nature.com/articles/nature08465 [496] => | datum přístupu = 2023-11-28 [497] => }}. Tento archeon je schopný růst na [[Anorganická sloučenina|anorganickém]] [[Živné médium|médiu]], ale má i [[Pumpa (buňka)|transportéry]] pro různé [[Organická sloučenina|organické]] látky, jako jsou [[Aminokyselina|aminokyseliny]] a [[oligopeptidy]]. Namísto [[Železo|železa]], které se vyskytuje coby [[Kofaktor (biochemie)|kofaktor]] v komplexech [[Elektronový transportní řetězec|elektronového transportního řetězce]] u nitrifikačních [[Bakterie|bakterií]], se u ''N. maritimus'' nachází v centrech [[Oxidáza|oxidáz]] [[měď]].{{Citace periodika [498] => | příjmení = Walker [499] => | jméno = C. B. [500] => | příjmení2 = de la Torre [501] => | jméno2 = J. R. [502] => | příjmení3 = Klotz [503] => | jméno3 = M. G. [504] => | titul = Nitrosopumilus maritimus genome reveals unique mechanisms for nitrification and autotrophy in globally distributed marine crenarchaea [505] => | periodikum = Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America [506] => | datum vydání = 2010-05-11 [507] => | ročník = 107 [508] => | číslo = 19 [509] => | strany = 8818–8823 [510] => | issn = 0027-8424 [511] => | pmid = 20421470 [512] => | doi = 10.1073/pnas.0913533107 [513] => | poznámka = PMID: 20421470 [514] => PMCID: PMC2889351 [515] => | url = https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2889351/ [516] => | datum přístupu = 2023-11-28 [517] => }} [518] => [519] => Další informace pocházejí ze studia genomů zástupců kmene ''Thaumarchaeota''. Jelikož se v žádném genom nepodařilo identifikovat geny kódující enzym [[Rubisco|RuBisCo]], tak se předpokládá, že fixace [[Oxid uhličitý|CO2]] probíhá 3-hydroxypropionátt/4-hydroxybutyrátovou cestou.{{Citace periodika [520] => | příjmení = Berg [521] => | jméno = Ivan A. [522] => | příjmení2 = Kockelkorn [523] => | jméno2 = Daniel [524] => | příjmení3 = Buckel [525] => | jméno3 = Wolfgang [526] => | titul = A 3-hydroxypropionate/4-hydroxybutyrate autotrophic carbon dioxide assimilation pathway in Archaea [527] => | periodikum = Science (New York, N.Y.) [528] => | datum vydání = 2007-12-14 [529] => | ročník = 318 [530] => | číslo = 5857 [531] => | strany = 1782–1786 [532] => | issn = 1095-9203 [533] => | pmid = 18079405 [534] => | doi = 10.1126/science.1149976 [535] => | poznámka = PMID: 18079405 [536] => | url = https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18079405/ [537] => | datum přístupu = 2023-11-28 [538] => }} V jejich genomu byly také identifikovány geny pro [[Syntéza (chemie)|syntetickou]] dráhu [[Vitamín B12|kobalaminu]]. [539] => [540] => == Odkazy == [541] => [542] => === Reference === [543] => [544] => {{Autoritní data}} [545] => [546] => {{Portály|Biologie}} [547] => [548] => [[Kategorie:Archea]] [549] => [[Kategorie:Mikrobiologie]] [] => )
good wiki

Thaumarchaeota

Thaumarchaeota (též Nitrososphaerota) je archeální kmen, jehož vyčlenění z kmene Crenarchaeota bylo navrženo v roce 2008 na základě sekvenace genomu Cenarchaeum symbiosum. Tato změna byla dále podpořena sekvenací genomů Nitrosopumilus maritimus a Nitrososphaera gargensis v roce 2010.

More about us

About

Expert Team

Vivamus eget neque lacus. Pellentesque egauris ex.

Award winning agency

Lorem ipsum, dolor sit amet consectetur elitorceat .

10 Year Exp.

Pellen tesque eget, mauris lorem iupsum neque lacus.

You might be interested in

,'genom','Archea','amoniak','Mikrobiální kultura','crenarchaeol','Oxidace','Topoizomeráza','Virus','Proteobacteria','Marianský příkop','cyklopentan','bičík'

Amoniak

Archea

Bičík

Cyklopentan

Genom

Oxidace

Proteobacteria

Topoizomeráza

Virus