Cesko.wiki Klasifikace eukaryot
Author
Albert FloresKlasifikace eukaryot od přibližně 90. let 20. století prošla výraznou změnou a dosud není plně stabilní. Stále ve větší míře se prosazuje fylogenetický přístup, tedy snaha respektovat v klasifikačních systémech skutečnou příbuznost jednotlivých skupin, nikoliv pouze podobné znaky. Různé aktuální studie používají vzájemně odlišné klasifikační systémy, jen málokteré z nich si kladou za cíl pokrýt celkový rozsah eukaryotní domény. Níže uvedené systémy proto nejsou závazné, ale jsou uvedeny jako příklady dvou možných, ale přitom šířeji aplikovaných v mezinárodních projektech. Oba jsou zaměřeny zejména na jednobuněčná eukaryota (protista) a systémy pro klasické mnohobuněčné říše ponechávají na specializovaných projektech (třebaže nemusejí vzájemně navazovat, co se týká klasifikační úrovně a zahrnutí nepřirozených skupin a incertae sedis); podobně i na wikipedii se jimi zabývají samostatné články Klasifikace rostlin, Klasifikace hub a Klasifikace živočichů.
Podle #Systém dle Adla a kol. +more|prvního z nich, vytvořeného protistology v r. 2005 a aktualizovaného v r. 2012 a 2019, lze v rámci eukaryot vyčlenit několik velkých skupin (superskupin) bez taxonomického ranku, u kterých se předpokládá jejich monofyletičnost, a sice Amoebozoa, Opisthokonta, Archaeplastida, Sar a několik menších, jako CRuMs, Cryptista, Haptista, Discoba a Metamonada; ukazuje i jejich přiřazení ke dvěma superskupinám Amorphea a Diaphoretickes, taktéž považovaným za přirozené.
#Systém dle Thomase Cavaliera-Smithe|Druhý systém, zachovávající taxonomické úrovně, vytvořil a průběžně upravoval Thomas Cavalier-Smith, přičemž se snažil implementovat nové fylogenetické poznatky. Uvedená podoba má základ již v r. +more 1998, ale v aktuální podobě je takřka zcela tvořena novým zněním daným postupnými dílčími úpravami systému až k r. 2022. Dělí doménu eukaryota na pět říší, a sice tradiční říše Plantae (rozšířenou na celý přirozený klad ve smyslu Archaeplastida), Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa), a nově seskupené říše protistů - (parafyletickou) Protozoa a (pravděpodobně polyfyletickou) Chromista, přičemž oběma názvům přiřazuje poněkud jiný rozsah, než měly v době svého zavedení.
Fylogenetické stromy na konci článku shrnují graficky představy o skutečné příbuznosti jednotlivých skupin eukaryot.
České názvosloví je založené na databázi BioLib.
Systém dle Adla a kol.
Založeno na systému Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes, který v r. 2019 přepracoval Sina M. +more Adl s kolektivem z předchozích klasifikací protistů z r. 2005 a 2012 . Systém byl primárně vytvořen pro jednobuněčná eukaryota a vyznačuje se volným členěním (bez názvů taxonomických úrovní jako kmen, třída či řád), přičemž směšuje na stejné úrovni různé taxonomické ranky (namísto monotypických taxonů uvádí rovnou taxon podřízený). V co největší míře se snaží vyhnout nepřirozeným skupinám, proto obsahuje značný počet incertae sedis (v následujícím přehledu uváděny vždy na začátku dané skupiny, aby se vyloučilo jejich mylnému přiřazení k poslední podskupině).
Systém se ve své poslední revizi se stal primární úvodní referencí pro taxonomické studie vyvíjené v rámci mezinárodní taxonomické iniciativy „UniEuk“ s cílem implementace v INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) a ENA (European Nucleotide Archive).
Skupiny, u kterých se sice předpokládá monofylie, ale jejich potenciální nepřirozenost není dosud spolehlivě vyloučena, jsou označeny (P). Značka (X) označuje taxony, pro které neexistují dostatečná molekulárně genetická data a jejich struktura či pozice v systému může být v budoucnosti podstatným způsobem revidována. +more V hranatých závorkách za názvem taxonu se uvádějí používaná synonyma nebo alternativní názvy, včetně názvů nekorektních (s ohledem na příslušné nomenklaturní kódy) či názvů nemajících nomenklaturní prioritu.
Pro přehlednost je systém redukován na 8 nejvyšších úrovní a jsou vypuštěny úrovně rodů a druhů, pokud nejsou reprezentanty monotypických taxonů vyšší úrovně nebo jsou takovým taxonům postaveny na roveň.
DOMÉNA: EUKARYOTA syn. EUKARYA
AMORPHEA ({{malé|Adl et al. 2012}})
Amoebozoa
Amoebozoa - měňavkovciMyxogastria) ** Tubulinea [=Lobosea ] - lalokonozí *** Corycida *** Echinamoebida *** Elardia **** Leptomyxida **** Arcellinida - krytenky ***** Sphaerothecina ***** Difflugina ***** Heleopera sphagni ***** Phryganellina **** Euamoebida ** Evosea *** Variosea **** Flamellidae **** Filamoeba **** Heliamoeba **** Protosteliida - protostelidy **** Fractovitellida ***** Acramoebidae ***** Schizoplasmodiidae ***** Soliformoviidae **** Angulamoeba **** Cavosteliida **** Ischnamoeba **** Darbyshirella **** Holomastigida **** Dictyamoeba **** Arboramoeba **** Phalansterium *** Eumycetozoa - hlenky **** Dictyostelia - diktyostelidy **** Myxogastria [Myxomycetes ] - pravé hlenky ***** Lucisporidia ***** Columellidia **** Protosporangiida ***** Protosporangiidae ***** Ceratiomyxa *** Cutosea *** Archamoebea - panoženky **** Mastigamoebida **** Pelobiontida **** Tricholimax **** Entamoeba **** Rhizomastix ** Discosea *** Flabellinia **** Thecamoebida **** Dermamoebida **** Mycamoeba **** Dactylopodida **** Vannellida *** Stygamoebida (P) *** Centramoebia **** Acanthopodida **** Pellitida **** Himatismenida
.jpg|náhled|vpravo|300px|Amoebozoa:_Vlčí_mléko_červené_(Vlastní_hlenky){kind=link}
Obazoa
Obazoa ** Apusomonadida - apusomonády ** Breviatea ** Opisthokonta *** Holozoa Lepidoptera) **** Ichthyosporea [Mesomycetozoea ] - plísňovky ***** Dermocystida [Rhinosporidaceae ] ***** Ichthyophonida [Ichthyophonae ; Amoebidiidae ] **** Filasterea **** Choanozoa [Choanozoa ] ***** Choanoflagellata [Craspedomonadina ; Craspedomonadaceae ; Craspedophyceae ; Craspédomonadophycidées ; Craspedomonadophyceae ; Choanomonadea ; Choanoflagelliida ; Choanoflagellatea ; Choanomonada ] - trubénky ****** Craspedida ******* Salpingoecidae ****** Acanthoecida ******* Acanthoecidae ******* Stephanoecidae ***** Metazoa [Animalia ; Eumetazoa ] - živočichové (nejsou uvedeny kmeny tkáňovců; celkový podrobnější systém najdete v článku Klasifikace živočichů) ****** Porifera [Parazoa ] - houbovci, (živočišné) houby ******* Hexactinellida - křemití, křemitky ******** Amphidoscophora ******** Hexasterophora ******* Demospongiae - rohovití ******** Verongimorpha ******** Keratosa ******** Heteroscleromorpha ******* Homoscleromorpha - plakiny ******* Calcarea [Calcispongia ] - vápenatí ******** Calcinea ******** Calcaronea ****** Trichoplax [Placozoa ] - vločkovci *** Nucletmycea [=Holomycota ]+moreJPG|náhled|vpravo|300px|Houby|Fungi:_Muchomůrka_červená_(Houby_rouškaté'>Agaricomycetidae) **** Incertae sedis Nucletmycea: Sanchytriaceae **** Rotosphaerida [junior syn. Cristidiscoidida ; Nucleariidae ] **** Fungi - houby (podrobnější systém najdete v článku Klasifikace hub) ***** Opisthosporidia (P) ****** Aphelidea [=Aphelidida ; =Aphelidiomyceta ; =Aphelidiomycota ; =Aphelidiomycotina ; =Aphelidiomycetes ; =Aphelidiaceae ] - afelidie ****** Cryptomycota [=Rozellida ; =Rozellomycota ; =Rozellosporidia ; =Rozellomycotina ] ****** Microsporidia - mikrosporidie (zastarale hmyzomorky) ***** Blastocladiales [=Blastocladiineae ; Blastocladiomycota ; Blastocladiomycetes ] ***** Chytridiomycota - chytridiomycety ****** Chytridiomycetes ******* Caulochytriales ******* Chytridiales ******* Cladochytriales ******* Gromochytriales ******* Lobulomycetales ******* Mesochytriales ******* Polychytriales ******* Polyphagales ******* Rhizophydiales ******* Rhizophlyctidales ******* Spizellomycetales ******* Synchytriales ***** Dikarya ****** Incertae sedis Dikarya: Entorrhizomycetes [=Entorrhizaceae ; =Entorrhizales ; =Entorrhizomycetes ; =Entorrhizomycota ; =Entorrhizomycotina ] ****** Ascomycota - houby vřeckovýtrusé ******* Taphrinomycotina ******** Archaeorhizomyces [=Archaeorhizomycetes ; =Archaeorhizomycetales ] ******** Neolecta [=Neolectomycetes ; =Neolectales ; =Neolectaceae ] ******** Pneumocystis [=Pneumocystidales ; =Pneumocystidomycetes ; =Pneumocystidaceae] ******** Schizosaccharomyces [=Schizosaccharomycetaceae ; Schizosaccharomycetales ; =Schizosaccharomycetes ] - kvasinkotvaré ******** Taphrinales [=Taphrinomycetes ] ******* Saccharomycetales [=Saccharomycetes ; =Saccharomycotina ] - pravé kvasinky ******* Pezizomycotina ******** Arthoniales [=Arthoniomycetes ] - artoniotvaré ******** Dothideomycetes ******** Eurotiomycetes ******** Geoglossaceae [=Geoglossales ; Geoglossomycetes ] ******** Laboulbeniomycetes ******** Lecanoromycetes ******** Leotiomycetes ******** Lichinales [=Lichinomycetes ] ******** Orbiliaceae [=Orbiliales ; =Orbiliomycetes ] ******** Pezizales [=Pezizomycetes ] ******** Sordariomycetes ******** Xanthopyreniaceae [=Collemopsidiales ; Collemopsidiomycetes ] ******** Xylonomycetes ****** Basidiomycota - houby stopkovýtrusé ******* Agaricomycotina ******** Agaricomycetes - houby rouškaté ******** Dacrymycetales [=Dacrymycetes ] ******** Tremellomycetes - houby mozkovité ******* Pucciniomycotina [=Urediniomycetes ] ******** Agaricostilbomycetes ******** Atractiellales [=Atractiellomycetes ] ******** Classiculales [=Classiculomycetes ] ******** Cryptomycocolax [=Cryptomycocolacaceae ; =Cryptomycocolacales ; =Cryptomycocolacomycetes ] ******** Cystobasidiomycetes ******** Microbotryomycetes ******** Mixia [=Mixiaceae ; =Mixiales ; Mixiomycetes ] ******** Pucciniomycetes - rzi ******** Spiculogloeaceae [=Spiculogloeales ; =Spiculogloeomycetes ] ******** Tritirachium [=Tritirachiaceae ; =Tritirachiales ; =Tritirachiomycetes ] ******* Ustilaginomycotina ******** Exobasidiomycetes ******** Malassezia [=Malasseziales ; =Malasseziaceae ; =Malasseziomycetes ] ******** Moniliella [=Moniliellaceae ; =Moniliellales ; =Moniliellomycetes ] ******** Ustilaginomycetes - sněti ******* Wallemiomycotina ******** Wallemia [=Wallemiaceae ; =Wallemiales ; =Wallemiomycetes ] ******** Geminibasidiaceae [=Geminibasidiales ; =Geminibasidiomycetes ] ***** Monoblepharidomycetes ***** Mucoromycota [Zygomycota ; Mucoromyceta ] (. P) ****** Glomeromycotina ******* Archaeosporales [=Archaeosporomycetes ] ******* Glomeromycetes ******** Diversisporales ******** Glomerales ******** Paraglomus [=Paraglomeraceae ; =Paraglomerales ; =Paraglomeromycetes ] ****** Mortierellaceae [Mortierellales ; =Mortierellomycotina ; =Mortierellomycetes ; =Mortierellomycota ] ****** Mucoromycotina ******* Endogonales [=Endogonomycetes ] ******* Mucorales [=Mucoromycetes ] (P) ******* Umbelopsidales [=Umbelopsidomycetes ] ***** Neocallimastigaceae [=Neocallimastigales , =Neocallymastigacetes , =Neocallimastigomycota ] ***** Olpidium [=Olpidiaceae ; =Olpidiales ; Olpidiomycota ; =Olpidiomycotina ; =Olpidiomyceta ] ***** Zoopagomycota [Zygomycota ; Zoopagomyceta ] (. P) ****** Entomophthoromycotina ******* Basidiobolus [=Basidiobolomycetes ] ******* Entomophthorales [=Entomophthoromycetes ] ******* Neozygitaceae [=Neozygitomycetes ; =Neozygitales ] ****** Zoopagales [=Zoopagomycotina ] ****** Kickxellomycotina ******* Asellariales [=Asellariaceae ] ******* Dimargaritaceae [=Dimargaritales ] ******* Harpellales ******* Kickxellaceae [=Kickxellales ].
DIAPHORETICKES ({{malé|Adl et al. 2012}})
Incertae sedis Diaphoretickes
Centroplasthelida) * Microheliella * Ancoracysta * Rappemonads [Rappephyceae ] - rappemonády * Telonemia [Telonemea ] * Picozoa [Picobiliphytes ; Picomonadea ] - pikomonády * Haptista ** Haptophyta *** Pavlovales *** Prymnesiophyceae **** Prymnesiales **** Phaeocystales **** Isochrysidales **** Coccolithales - kokolitky ** Centroplasthelida [Centrohelea ; Centroheliozoa ; ne však Centrohelida (polyfyletické vymezení - zahrnovalo i Gymnosphaerida)] - centrohelidní slunivky *** Incertae sedis Centroplasthelida: Spiculophryidae *** Pterocystida **** Raphidista ***** Choanocystidae ***** Raphidiophryidae **** Pterista ***** Oxnerellidae ***** Pterocystidae ***** Heterophryidae *** Panacanthocystida **** Yogsothothidae * Cryptista [Cryptista ] ** Palpitomonas ** Cryptophyceae [Cryptophyta ; Cryptophyta ] - skrytěnky *** Cryptomonadales *** Cyathomonadacea *** Kathablepharidacea [Kathablepharidae ]
Archaeplastida
Archaeplastida - rostliny (podrobnější systém najdete v článku Klasifikace rostlin)Polypodiopsida) ** Glaucophyta [Glaucocystaceae ; Glaucocystophyta ] - glaukofyty ** Rhodophyceae [Rhodophyta ; Rhodoplantae ] - ruduchy, zastarale červené řasy *** Cyanidiales [Cyanidiophyceae ; Cyanidiophyta ] *** Proteorhodophytina **** Compsopogonales [Compsopogonophyceae ] **** Porphyridiophyceae **** Rhodellophyceae [Rhodellophytina ] **** Stylonematales [Stylonematophyceae ] *** Eurhodophytina **** Bangiales [Bangiophyceae ] **** Florideophycidae ***** Hildenbrandia [Hildenbrandiophycidae ] ***** Nemaliophycidae ***** Corallinophycidae ***** Ahnfeltiophycidae ***** Rhodymeniophycidae ** Chloroplastida [Viridiplantae ; Chlorobionta ; Chlorobiota ] - zelené rostliny *** Chlorophyta **** Ulvophyceae (P) - porostovky **** Trebouxiophyceae [Pleurastrophyceae ; Microthamniales ] (P. +more) **** Chlorophyceae - zelenivky **** Chlorodendrophyceae [prasinophyte clade IV ] **** Pedinophyceae **** Chloropicophyceae [prasinophyte clade VII A & B ] **** Picocystophyceae **** Pyramimonadales [prasinophyte clade I ] **** Mamiellophyceae [prasinophyte clade II ] **** Nephroselmis [Nephroselmidophyceae ; prasinophyte clade III ] **** Pycnococcaceae [Pseudoscourfieldiales & Pseudoscourfieldiaceae ; prasinophyte clade V ] **** Palmophyllophyceae ***** Palmophyllales ***** Prasinococcales [prasinophyte clade VI ] *** Streptophyta [Charophyta ; Charophyceae ; Charophyceae ; Streptophyta ] - streptofyty **** Chlorokybus [Chlorokybophyceae ] **** Mesostigma [Mesostigmatophyceae ; Mesostigmata ] **** Klebsormidiophyceae **** Phragmoplastophyta ***** Zygnematophyceae - spájivky ***** Coleochaetophyceae ***** Charophyceae [Charales ; Charophytae ] - parožnatky ***** Embryophyta [Cormophyta ; Plantae ] - vyšší rostliny.
Sar
Sar [Harosa ]Phaeophyceae) ** Stramenopiles [Heterokonta Cavalier-Smith, 1981 stat. +more n. 2017] *** Bigyra **** Opalozoa ***** Nanomonadea [linie environmentálních vzorků MAST-3 ] ***** Opalinata [Slopalinida ] ****** Proteromonadea (P) ****** Opalinea - opalinky ****** Blastocystis ***** Placidida ***** Bicosoecida **** Sagenista ***** Labyrinthulomycetes [Labyrinthulea (Lister, 1891) Olive ex Cavalier-Smith, 1986] - labyrintuly ****** Amphitremida ****** Amphifilida ****** Oblongichytrida ****** Labyrinthulida ****** Thraustochytrida ***** Pseudophyllomitidae [linie environmentálních vzorků MAST-6 ] *** Gyrista **** Developea **** Hyphochytriales ***** Anisolpidiaceae ***** Hyphochytrium [Hyphochytridiomycetaceae ] ***** Rhizidiomycetaceae **** Peronosporomycetes [Oomycetes ] - řasovky, oomycety ***** „Saprolegniální linie“ ***** „Peronosporální linie“ **** Pirsoniales **** Actinophryidae **** Ochrophyta - hnědé řasy v širším smyslu, zastarale barevné řasy (v užším smyslu) ***** Chrysista ****** Incertae sedis Chrysista: linie environmentálních vzorků Synchromophyceae , Chrysomerophyceae ****** Chrysophyceae - zlativky ******* Chromulinales ******* Hibberdiales ******* Ochromonadales ******* Paraphysomonadida ******* Synurales ****** Eustigmatales ****** Phaeophyceae [Phaeophyceae , Phaeophyceae ] - hnědé řasy v užším smyslu, chaluhy v širším smyslu ******* Ascoseirales ******* Desmarestiales ******* Dictyotales ******* Discosporangiales ******* Ectocarpales ******* Fucales - chaluhotvaré ******* Ishige [Ishigeacea ; Ishigeales ] ******* Laminariales ******* Nemoderma [Nemodermatales ] ******* Onslowiales ******* Ralfsiales ******* Scytothamnales ******* Sphacelariales ******* Sporochnales ******* Syringodermatales ******* Tilopteridales ****** Phaeothamniophyceae ******* Phaeothamniales ******* Pleurochloridales ****** Raphidophyceae - chloromonády ****** Schizocladia [Schizocladales ] ****** Xanthophyceae [Heterokontae ; Heteromonadea ; Xanthophyta ] - různobrvky ******* Tribonematales ******* Vaucheriales ***** Diatomista ****** Bolidophyceae [Parmales ] ****** Diatomeae [=Bacillariophyta ] - rozsivky ******* Leptocylindrophytina ******** Leptocylindrophyceae ******** Corethrophyceae ******* Ellerbeckiophytina ******* Probosciophytina ******* Melosirophytina ******* Coscinodiscophytina ******* Rhizosoleniophytina ******* Arachnoidiscophytina ******* Bacillariophytina ******** Mediophyceae ******** Biddulphiophyceae ******** Bacillariophyceae ****** Dictyochophyceae ******* Dictyochales ******* Pedinellales ******* Rhizochromulinales ****** Pelagophyceae ******* Pelagomonadales ******* Sarcinochrysidales ****** Pinguiophyceae ** Alveolata Ciliophora) *** Colpodellida **** Vitrellaceae **** Colpodellaceae **** Chromeraceae **** Alphamonaceae *** Perkinsidae [Perkinsozoa ; Perkinsozoa ] *** Colponemida (P) **** Colponemidia **** Acavomonidia **** Palustrimonas **** Oxyrrhis [Oxyrrhinaceae ] *** Dinoflagellata - obrněnky **** Syndiniales ***** Incertae sedis Syndiniales: Ellobiopsidae ***** Euduboscquellidae ***** Amoebophryidae ***** Syndinidae ***** Sphaeriparaceae **** Noctilucales [Noctiluciphyceae ] **** Dinophyceae ***** Gymnodiniphycidae ****** Gymnodinium ****** Amphidinium ****** Gyrodinium ****** Kareniaceae ****** Ceratoperidiniaceae ****** Torodiniales ****** Levanderina ****** Margalefidinium ****** Cochlodinium ****** Ptychodiscales ****** Borghiellaceae ****** Tovelliaceae ****** Suessiaceae ***** Peridiniphycidae ****** Gonyaulacales ****** Peridiniales ****** Thoracosphaeraceae ****** Podolampadaceae ****** Kryptoperidiniaceae ****** Heterocapsaceae ****** Amphidomataceae ****** Oxytoxaceae ****** Centrodiniaceae ***** Dinophysales ***** Prorocentrales *** Apicomplexa - výtrusovci **** Incertae sedis Apicomplexa: Agamococcidiorida **** Incertae sedis Apicomplexa: Protococcidiorida **** Aconoidasida [=Hematozoa ] (P) - krvinkovky ***** Haemospororida ***** Piroplasmorida - klíštěnky ***** Nephromycida **** Conoidasida (P) ***** Coccidia (P) - kokcidie ****** Adeleorina ****** Eimeriorina ***** Gregarinasina (P) - gregariny, hromadinky ****** Archigregarinorida (P) ****** Eugregarinorida (P) ****** Neogregarinorida ****** Cryptogregarinorida ***** Blastogregarinea *** Ciliophora [Ciliata ; Infusoria ] - nálevníci, obrvení **** Postodesmatophora ***** Karyorelictea ****** Kentrophoridae ****** Loxodida ******* Cryptopharyngidae ******* Loxodidae ****** Geleiidae ***** Heterotrichea - různobrví ****** Blepharismidae ****** Climacostomidae ****** Condylostomatidae ****** Fabreidae ****** Gruberiidae ****** Coliphorina ******* Folliculinidae ******* Maristentoridae ****** Peritromidae ****** Spirostomidae ****** Stentoridae **** Intramacronucleata ***** Incertae sedis Intramacronucleata: Protocruzia [Protocruziidae ; Protocruziidia ] ***** SAL ****** Incertae sedis SAL: Cariacothrix [Cariacotrichea ] ****** Incertae sedis SAL: Mesodiniidae ****** Incertae sedis SAL: Phacodinium [Phacodiniidia ] ****** Spirotrichea ******* Euplotia ******** Euplotida ******** Discocephalida ******* Perilemmaphora ******** Hypotrichia - spodobrví ******** Oligotrichia - sporobrví ******* Licnophoridae ******* Kiitrichidae ****** Lamellicorticata ******* Armophorea ******** Incertae sedis Armophorea: Mylestomatidae ******** Metopida (P) ******** Clevelandellida ******** Caenomorphidae ******** Odontostomatida - hřebenoústí ******* Litostomatea ******** Rhynchostomatia ******** Haptoria (P) ******** Helicoprorodontidae ******** Trichostomatia - brvoústí ******** Isoendo ***** CONthreeP [Ventrata ] ****** Incertae sedis CONthreeP: Askenasia ****** Incertae sedis CONthreeP: Cyclotrichiidae ****** Incertae sedis CONthreeP: Paraspathidium ****** Incertae sedis CONthreeP: Pseudotrachelocercidae ****** Incertae sedis CONthreeP: Discotrichidae [Discotrichida ] ****** Phyllopharyngea ******* Synhymeniida ******** Nassulopsidae ******** Orthodonellidae ******** Scaphidiodontidae ******** Synhymeniidae ******* Subkinetalia ******** Cyrtophoria ******** Rhynchodia ******** Suctoria - rournatky ****** Colpodea ******* Bursariomorphida ******** Bryometopidae ******** Bursaridiidae ******** Bursariidae ******* Colpodida ******** Incertae sedis Colpodida: Bardeliellidae ******** Incertae sedis Colpodida: Hausmanniellidae ******** Incertae sedis Colpodida: Ilsiellidae ******** Incertae sedis Colpodida: Pseudochlamydonellidae ******** Incertae sedis Colpodida: Marynidae ******** Bryophryina ******** Colpodina ******** Grossglockneriidae [Grossglockneriina ] ******* Cyrtolophosidida ******** Cyrtolophosididae ******** Kreyellidae ******* Platyophryida ******** Ottowphryidae ******** Platyophryidae (P) ******** Sagittariidae ******** Sorogenidae ******** Woodruffiidae ****** Nassophorea (P) ******* Colpodidiidae ******* Nassulida ******** Furgasoniidae ******** Nassulidae ******* Microthoracida ******** Microthoracidae ******** Leptopharyngidae ****** Prostomatea (P) - předoústí ******* Apsiktratidae [Prostomatida ] ******* Prorodontida ******** Balanionidae ******** Cryptocaryonidae ******** Colepidae ******** Holophryidae ******** Lagynidae ******** Metacystidae ******** Placidae ******** Plagiocampidae ******** Prorodontidae ******** Urotrichidae ****** Plagiopylea ******* Plagiopylida ******** Epalxellidae (možná patří do Odontostomatida) ******** Plagiopylidae ******** Sonderiidae ******** Trimyemidae ****** Oligohymenophorea - chudoblanní ******* Apostomatia ******** Apostomatida ******** Astomatophorida ******** Pilisuctorida ******* Astomatia ******** Anoplophryidae ******** Buetschliellidae ******** Clausilocolidae ******** Contophryidae ******** Haptophryidae ******** Hoplitophryidae ******** Intoshellinidae ******** Maupasellidae ******** Radiophryidae ******* Hymenostomatia ******** Tetrahymenida ******** Ophryoglenida ******* Peniculia (P) ******** Peniculida ******** Urocentridae [Urocentrida ] ******* Peritrichia - kruhobrví ******** Sessilida ******** Mobilida ******* Scuticociliatia (P) ******** Philasterida ******** Pleuronematida ******** Thigmotrichida ******** Loxocephalida (P) ** Rhizaria Foraminifera) *** Incertae sedis Rhizaria: Gymnosphaerida (X) *** Cercozoa **** Incertae sedis Cercozoa: Discocelia [Discocelis ] **** Incertae sedis Cercozoa: Psammonobiotidae (X) (pravděpodobně součást Euglyphida) **** Incertae sedis Cercozoa: Volutellidae **** Cercomonadida [=Cercomonadidae ; Cercobodonidae ] - kořenonožci **** Paracercomonadida **** Glissomonadida [Heteromitidae ; Bodomorphidae ] ***** Sandonidae ***** Dujardinidae ***** Bodomorphidae ***** Proleptomonadidae ***** Allapsidae **** Viridiraptoridae **** Pansomonadidae **** Sainouroidea [Helkesida ] ***** Sainouridae ***** Helkesimastigidae ***** Guttulinopsidae **** Thecofilosea ***** Phaeodarea [Tripylea ] ****** Phaeoconchia ****** Phaeocystina ****** Phaeogromia ****** Phaeosphaeria ***** Cryomonadida ****** Rhogostomidae ****** Protaspidae ***** Ventricleftida ***** Tectofilosida ****** Chlamydophryidae ***** Ebriacea [Ebriidae ; Ebriida ] **** Imbricatea [Imbricatea ] ***** Spongomonadida [Spongomonadidae ] ***** Marimonadida ***** Variglissida ***** Silicofilosea ****** Thaumatomonadida [Thaumatomastigidae ] ******* Thaumatomonadidae ******* Esquamula ******* Peregriniidae ****** Euglyphida ******* Euglyphina ******** Assulinidae ******** Sphenoderiidae ******** Trinematidae ******** Euglyphidae - křeménky ******** Tracheleuglypha ******* Cyphoderiidae ******* Paulinellidae **** Metromonadea **** Granofilosea ***** Massisteridae ***** Clathrulinidae [Desmothoracida ] **** Chlorarachnea *** Endomyxa **** Vampyrellida **** Phytomyxea - nádorovky ***** Plasmodiophorida ***** Phagomyxida **** Filoreta **** Gromia - tobolinky **** Ascetosporea ***** Haplosporida - haplosporidie ***** Microcytida ***** Paramyxida ***** Claustrosporidium ***** Paradiniidae *** Retaria **** Foraminifera - dírkonošci ***** Monothalamea ***** Tubothalamea ****** Miliolida ****** Spirillinida ****** Ammodiscidae ***** Globothalamea ****** Rotaliida ******* Planorbulinidae ******* Discorboidea ******** Discorbidae ******** Rosalinidae ******* Rotalioidea ******** Elphidiidae ******** Ammoniidae ******** Elphidiellidae ******** Haynesinidae ******* Glabratelloidea ******** Rotaliellidae ******** Buliminoididae ******** Glabratellidae ******* Calcarinoidea ******** Calcarinidae ******* Nummulitoidea ******** Nummulitidae ******* Serioidea ******** Uvigerinidae ******** Bolivinitidae ******** Cassidulinidae ******** Sphaeroidinidae ******** Globobuliminidae ******* Incertae sedis Rotaliida: ******** Nonionidae ******** Virgulinellidae ******** Buliminidae ******** Epistominellidae ******** Stainforthiidae ******** Cibicididae ******** Chilostomellidae ******** Pullenidae ******** Nuttalidae ******** Discorbinellidae ******** Astrononionidae ******** Oridorsalidae ******** Melonidae ******** Cymbaloporidae ******** Rubratelliidae ******** Murrayinelliidae ****** Globigerinida (P) ****** Robertinida ****** Textulariida (P) ****** Carterina [Carterinida ] **** Radiolaria ***** Acantharea - strontnatci ****** Chaunocanthida ****** Holocanthida ****** Symphyacanthida ****** Arthracanthida ***** Taxopodida ***** Polycystinea ****** Spumellaria ****** Nassellaria ****** Collodaria *** Aquavolonida *** Tremula [=Tremulida ].
Incertae sedis EUKARYA
„CRuMs“ [Varisulca (navíc obsahují Ancyromonadida a mohou být parafyletická či polyfyletická)] ** Collodictyonidae [Diphylleidae ; Diphylleida ; Diphyllatea ; Sulcomonadidae ] ** Rigifilida ** Mantamonas * Ancyromonadida [=Planomonadida ] * Hemimastigophora ** Spironemidae * Meteora
Excavata
„Excavates“ [Excavata ] (P)Diplomonadida) ** Discoba *** Jakobida **** Andalucina ***** Andaluciidae ***** Stygiellidae **** Histionina *** Tsukubamonadida *** Heterolobosea **** Pharyngomonada **** Tetramitia ***** Selenaionidae ***** Neovahlkampfiidae ***** Eutetramitia ****** Vahlkampfiidae (P) ****** Gruberellidae ****** Acrasidae ****** Percolomonadidae ****** Psalteriomonadidae ****** Stephanopogonidae ****** Creneidae ****** Tulamoebidae *** Euglenozoa **** Euglenida - krásnoočka ***** Heteronematina (P) ***** Aphagea ***** Euglenophyceae [Euglenea ] ****** Rapaza ****** Eutreptiales ****** Euglenales ******* Phacaceae ******* Euglenaceae **** Diplonemea ***** Diplonemidae ***** Hemistasiidae ***** Eupelagonemidae **** Symbiontida **** Kinetoplastea - bičivky ***** Prokinetoplastina ***** Metakinetoplastina ****** Neobodonida ****** Parabodonida ****** Eubodonida ****** Trypanosomatida - trypanozomy ******* Leishmaniinae ** Malawimonadidae - malawimonády ** Metamonada *** Fornicata **** „Organismy podobné Carpediemonas“ (P) **** Diplomonadida - diplomonády ***** Hexamitinae ***** Giardiinae **** Retortamonadida (P) - retortamonády **** Caviomonadidae *** Parabasalia - bičenkovci **** Trichomonadida - bičenky, trichomonády **** Honigbergiellida (P. +more) **** Hypotrichomonadida **** Tritrichomonadida (P) **** Cristamonadida **** Spirotrichonymphida **** Lophomonadida **** Trichonymphida *** Preaxostyla **** Oxymonadida - oxymonády **** Trimastigidae **** Paratrimastigidae.
Systém dle Thomase Cavaliera-Smithe
Systém vznikl již v r. 1998 (i když koncepci 6 říší, z toho 5 eukaryotických, publikoval Cavalier-Smith poprvé již v r. +more 1981), nadále aktualizovány ale byly (až do r. 2022, kdy vyšla, již po autorově smrti, poslední revize podložená vedle genomických dat také podrobnou analýzou přechodových struktur mezi cytoskeletem a bičíky) pouze jeho části věnované protistním eukaryotům. Vychází z aktualizovaných představ o evoluci eukaryot a navrhuje nové členění protistů, přitom zachovává tradiční říše Plantae (rozšířenou na celý přirozený klad ve smyslu Archaeplastida), Fungi a Animalia (ve smyslu Metazoa, tedy bez prvoků). Soustředí se však na jednobuněčná eukaryota a nezabývá se podrobnou klasifikací hlavních skupin mnohobuněčných (Metazoa/Animalia, Rhodophyta, Chloroplastida/Viridiplantae a Neomycota/Dikarya u hub). Systém je založen na hypotéze, že kořen fylogenetického stromu se nachází mezi skupinou Euglenozoa a ostatními exkaváty.
Klasifikační systém Cavaliera-Smithe se stal základem protistního a chromistního systému v řídicí klasifikaci živých organismů použité pro projekty Catalogue of Life a Species 2000.
Systém připouští jako taxony i parafyletické skupiny (značeny (P)). Značka (X) označuje taxony, pro které neexistují dostatečná molekulárně genetická data a jejich struktura či pozice v systému může být v budoucnosti podstatným způsobem revidována. +more V hranatých závorkách za názvem taxonu se uvádějí používaná synonyma nebo alternativní názvy, včetně názvů nekorektních (s ohledem na příslušné nomenklaturní kódy) či názvů nemajících nomenklaturní prioritu.
Pro přehlednost je systém redukován na vyšší taxonomické úrovně (nejníže do úrovně podřádu).
NADŘÍŠE: EUKARYOTA syn. EUKARYA
Protozoa
Říše Protozoa Owen 1858 em. Cavalier-Smith 2010 (P) ** Podříše Malawimonada Cavalier-Smith 2022 **::* Kmen Malawimonada Cavalier-Smith 2022 **::*:::* Třída Malawimonadea Cavalier-Smith 2003 **::*:::*::* Řád Malawimonadida ** Podříše Natozoa Cavalier-Smith 2022 (P) *** Infraříše Archezoa Cavalier-Smith 1983 stat. +more n. em. 2022 ***:* Kmen Metamonada Grassé, 1952 em. stat. n. Cavalier-Smith 2003 ***:** Podkmen Anaeromonada Cavalier-Smith 1997 (jako infraphylum) [=Preaxostyla Simpson 2003] ***:**::* Třída Anaeromonadea Cavalier-Smith, 1997 em. 1999 ***:**::*::* Řád Trimastigida Cavalier-Smith 2003 em. 2022 ***:**::*::* Řád Paratrimastigida Cavalier-Smith 2022 ***:**::*::* Řád Oxymonadida Grassé 1952 - oxymonády ***:** Podkmen Trichozoa Cavalier-Smith 1997 ***:*** Infrakmen Parabasalia Honigberg 1973 stat. n. Cavalier-Smith 2022 - bičenkovci ***:***:* Třída Trichomonadea - bičenky, trichomonády ***:***:** Podtřída Eotrichomonadia ***:***:**:* Řád Trichomonadida ***:***:**:** Podřád Trichomonadina ***:***:**:** Podřád Honigbergiellina ***:***:**:** Podřád Hypotrichomonadina ***:***:**:* Řád Tritrichomonadina ***:***:** Podtřída Cristomonadia ***:***:**:* Řád Cristamonadida ***:***:**:* Řád Spirotrichonymphida ***:***:* Třída Trichonymphea ***:***:*::* Řád Trichonymphida ***:***:*::* Řád Lophomonadida ***:*** Infrakmen Fornicata Cavalier-Smith 2022 ***:***:* Třída Carpomonadea ***:***:*::* Řád Carpediemonadida ***:***:*::* Řád Chilomastigida ***:***:*::* Řád Dysnectida ***:***:* Třída Eopharyngea ***:***:*::* Řád Diplomonadida [=Diplozoa ] - diplomonády ***:***:*::** Podřád Distomatina ***:***:*::** Podřád Giardiina ***:***:*::* Řád Retortomonadida - retortamonády *** Infraříše Eozoa Cavalier-Smith 1997 stat. n. , em. Cavalier-Smith et al. 2015 [=Discoba Simpson in Hampl et al. 2009] **** Nadkmen/Kmen Eolouka Cavalier-Smith 2013 stat. n. 2022 (P) ****::::* Třída Jakobea ****::::*::* Řád Jakobida ****::::* Třída Tsukubamonadea Cavalier-Smith 2013 (jako Tsukubea) em. 2022 ****::::*::* Řád Tsukubamonadida **** Nadkmen Discicristata Cavalier-Smith 1993 ***** Kmen Euglenozoa Cavalier-Smith 1981 em. 1998Krásnoočko zelené (krásnoočka|Euglenida) ****** Podkmen Euglenoida Bütschli 1884 (jako Euglenoidina) stat. n. Cavalier-Smith 1993 ******* Infrakmen Entosiphona *******:* Třída Entosiphonea *******:*::* Řád Entosiphonida ******* Infrakmen Dipilida ******** Nadtřída Rigimonada (P) ********* Třída Stavomonadea ********** Podtřída Homostavia **********:* Řád Decastavida **********:* Řád Petalomonadida ********** Podtřída Heterostavia **********:* Řád Heterostavida ********* Třída Ploeotarea *********::* Řád Ploeotiida ******** Nadtřída Spirocuta ********* Třída Peranemea (P) ********** Podtřída Peranemia **********:* Řád Peranemida ********** Podtřída Anisonemia **********:* Řád Anisonemida **********:* Řád Natomonadida **********:** Podřád Metanemina **********:** Podřád Rhabdomonadina ********** Podtřída Acroglissia **********:* Řád Acroglissida ********* Třída Euglenophyceae - krásnoočka ********** Podtřída Rapazia **********:* Řád Rapazida ********** Podtřída Euglenophycidae **********:* Řád Eutreptiida (P) [=Eutreptiales] **********:* Řád Euglenida [=Euglenales ] ****** Podkmen Postgaardia ******::* Třída Postgaardea [=Symbiontida ] ******::*::* Řád Postgaardida ******::*::* Řád Bihospitida ****** Podkmen Glycomonada ******::* Třída Diplonemea ******::*::* Řád Diplonemida ******::* Třída Kinetoplastea - bičivky ******::** Podtřída Prokinetoplastina ******::**:* Řád Prokinetoplastida ******::** Podtřída Metakinetoplastina ******::**:* Řád Bodonida (P) ******::**:** Podřád Neobodonina ******::**:** Podřád Parabodonidina ******::**:** Podřád Eubodonidina ******::**:* Řád Trypanosomatida ***** Kmen Percolozoa [=Heterolobosea sensu lato] ****** Podkmen Orthozoa Cavalier-Smith 2022 ******::* Třída Pharyngomonadea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Nikolaev 2008 ******::*::* Řád Pharyngomonadida ******::* Třída Lunosea Cavalier-Smith 2022 ******::*::* Řád Selenaionida Hanousková et al. 2019 ****** Podkmen Tetramitia Cavalier-Smith 1993 em. 2008 em. 2022 ******::* Třída Neovahlkampfea Cavalier-Smith 2022 ******::*::* Řád Neovahlkampfida Cavalier-Smith 2022 ******* Infrakmen Eutetramitia Hanousková et al. ex Cavalier-Smith 2020 *******:* Třída Heterolobosea (sensu stricto) Page and Blanton 1985 *******:*::* Řád Acrasida *******:*::* Řád Schizopyrenida (sensu stricto) *******:* Třída Lyromonadea Cavalier-Smith 1993 em. 2022 *******:*::* Řád Lyromonadida Cavalier-Smith 1993 *******:*::* Řád Creneida Cavalier-Smith 2022 *******:* Třída Percolatea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith & Nikolaev 2008 *******:*::* Řád Percolomonadida *******:*::* Řád Pseudociliatida *** Infraříše Hemimastigophora Cavalier-Smith 2022 ***:* Kmen Hemimastigophora Foissner, Blatterer and Foissner 1998 ***:*:::* Třída Hemimastigea Foissner, Blatterer and Foissner 1988 ** Podříše Sarcomastigota Cavalier-Smith 1993 em. 2022 *** Infraříše Sulcozoa Cavalier-Smith 2022 ***:* Kmen Sulcozoa Cavalier-Smith 2013 em. 2022 (P) ***:** Podkmen Planomonada Cavalier-Smith 2022 ***:**::* Třída Planomonadea Cavalier-Smith 2022 ***:** Podkmen Varisulca Cavalier-Smith 2013 em. 2022 ***:**::* Třída Diphyllatea Cavalier-Smith, 2003 em. 2022 ***:**::*::* Řád Diphylleida ***:**::* Třída Glissodiscea Cavalier-Smith 2013 em. 2022 ***:**::*::* Řád Mantamonadida ***:**::* Třída Hilomonadea Cavalier-Smith 2008 em. 2012 ***:**::*::* Řád Rigifilida *** Infraříše Diacentrida Cavalier-Smith 2022 (P) ***:* Kmen Apusozoa Cavalier-Smith 1997 em. 2013 (P) ***:*:::* Třída Thecomonadea ***:*:::*::* Řád Apusomonadida ***:*:::* Třída Breviatea ***:*:::*::* Řád Breviatida ***:* Kmen Amoebozoa Lühe 1913 stat. n. Corliss 1984 em. Cavalier-Smith 1998 - měňavkovci ***:** Podkmen Tevosa (Kang et al. 2017 ex Cavalier-Smith 2020) Cavalier-Smith 2022 ***:*** Infrakmen Lobosa Carpenter em. Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al. 2004 stat. n. 2022 (P) ***:***:* Třída Tubulinea [Lobosea ] - lalokonozí ***:***:** Podtřída Neolobosia ***:***:*** Nadřád Eulobosia ***:***:**** Řád Euamoebida ***:***:***** Podřád Amoebina ***:***:***** Podřád Nolandina ***:***:**** Řád Arcellinida - krytenky ***:***:*** Nadřád Trichosia ***:***:**** Řád Trichosida ***:***:** Podtřída Leptomyxia ***:***:**:* Řád Leptomyxida ***:***:** Podtřída Echinamoebia ***:***:**:* Řád Echinamoebida ***:*** Infrakmen Conosa Cavalier-Smith 1998 em. stat. n. 2022 ***:***:* Třída Archamoebea ***:***:*::* Řád Mastigamoebida ***:***:*::* Řád Pelobiontida ***:***:*::* Řád Rhizomastigida ***:***:*::* Řád Entamoebida ***:***:* Třída Cutosea ***:***:*::* Řád Squamocutida ***:***:* Třída Variosea ***:***:*::* Řád Holomastigida ***:***:*::* Řád Phalansteriida ***:***:*::* Řád Artodiscida ***:***:*::* Řád Varipodida ***:***:*::* Řád Protostelida ***:***:*::* Řád Ramamoebida ***:**** Nadtřída Mycetozoa - hlenky ***:***** Třída Stelamoebea ***:****** Podtřída Exosporeae [Ceratiomyxomycetidae ] ***:******:* Řád Protosporangida ***:******:* Řád Ceratiomyxida ***:****** Podtřída Dictyostelia ***:******:* Řád Dictyostelida - diktyostelidy ***:****** Podtřída Myxogastria [Myxomycetes ] - pravé hlenky ***:******* Nadřád Lucisporidia ***:******** Řád Liceida ***:******** Řád Trichiida ***:******* Nadřád Columellidia ***:******** Řád Echinosteliida ***:******** Řád Fuscisporida ***:** Podkmen Discosa Cavalier-Smith 2022 ***:**::* Třída Discosea Cavalier-Smith in Cavalier-Smith et al. 2004 ***:**::** Podtřída Flabellinia ***:**::**:* Řád Glycostylida (P) ***:**::**:** Podřád Vannellina ***:**::**:** Podřád Dactylopodina ***:**::**:** Podřád Stygamoebina ***:**::**:* Řád Dermamoebida ***:**::**:* Řád Thecamoebida ***:**::** Podtřída Centramoebia (P) ***:**::**:* Řád Centramoebida ***:**::**:* Řád Himatismenida ***:**::**:** Podřád Tectiferina ***:**::**:** Podřád Parvamoebina *** Infraříše Opizoa Cavalier-Smith 2022 ***:* Kmen Choanozoa Cavalier-Smith 1981 em. 1983 (P) - trubénky v širším smyslu ***:** Podkmen Choanofila Cavalier-Smith 2013 (P) ***:**::* Třída Choanoflagellatea ***:**::*::* Řád Craspedida ***:**::*::* Řád Acanthoecida ***:**::* Třída Filasterea ***:**::*::* Řád Ministeriida ***:**::* Třída Ichthyosporea - plísňovky ***:**::*::* Řád Corallochytrida Cavalier-Smith, 1995 em. 2022 ***:**::*::* Řád Ichthyophonida ***:**::*::* Řád Dermocystida ***:** Podkmen Paramycia Cavalier-Smith 2013 em. 2022 ***:**::* Třída Cristidiscoidea [=Opisthosporidia ] - nukleárie v širším smyslu ***:**::*::* Řád Nucleariida - nukleárie v užším smyslu ***:**::*::* Řád Fonticulida ***:* Kmen Opisthosporidia (Karpov et al. 2014 ex Cavalier-Smith 2020) Cavalier-Smith 2022 (P) ***:** Podkmen Rozellidia Cavalier-Smith 2022 ***:**::* Třída Rozellidea Cavalier-Smith 2013 em. 2022 ***:** Podkmen Aphelidia Cavalier-Smith 2022 - afelidie ***:**::* Třída Aphelidea Gromov 2000 ***:**::*::* Řád Aphelida Cavalier-Smith 2013 ***:** Podkmen Microsporidia Balbiani, 1892 stat. n. Cavalier-Smith 2022 - mikrosporidie (zastarale hmyzomorky) ***:**::* Třída Microsporea Delphy, 1963 ***:**::* Třída Metchnikovellea Weiser, 1977 [=Rudimicrosporea Sprague, 1977].
Animalia
Klasifikace (mnohobuněčných) živočichů, naposledy v rámci tohoto systému podrobně publikovaná v r. 1998, je značně zastaralá a proto zde není uvedena (podrobnější aktuální systém, na kterém se Cavalier Smith také podílel, najdete v článku Klasifikace živočichů). +more * Říše Animalia [=Metazoa ] - živočichové.
Fungi
Říše Fungi - houby (podrobnější systém je uveden v článku Klasifikace hub)+morejpg|náhled|vpravo|300px|Houby'>Fungi: Kuřátka sličná (Agaricomycetes) ** Podříše Eomycota **:* Kmen Archemycota **:** Podkmen Chytridiomycotina - chytridiomycety **:**:::* Třída Parachytriomycetes **:**:::*::* Řád Neocallimastigales **:**:::*::* Řád Monoblepharidales **:**:::* Třída Chytridiomycetes **:**:::** Podtřída Rumpomycetidae **:**:::**:* Řád Chytridiales **:**:::**:* Řád Spizellomycetales **:**:::**:* Řád Rhizophlyctidales **:**:::**:* Řád Polychytriales **:** Podkmen Melanomycotina **:*** Infrakmen Allomycotina **:***::* Třída Allomycetes [=Blastocladiomycetes ] **:***::*::* Řád Blastocladiales **:***::*::* Řád Physodermatales **:*** Infrakmen Zygomycotina **:***::* Třída Zoomycetes **:***::** Podtřída Bolomycetidae **:***::**:* Řád Olpidiales **:***::**:* Řád Basidiobolales **:***::** Podtřída Pedomycetidae (řády Harpellales, Asellariales, Kickxellales, Dimargaritales, Zoopagales) **:***::** Podtřída Entomomycetidae (řád Entomophorales) **:***::* Třída Glomomycetes **:***::*::* Řád Archaeosporales [=Geosiphonales ] **:***::*::* Řád Diversisporales **:***::*::* Řád Glomerales [=Glomales] **:***::*::* Řád Paraglomerales **:***::*::* Řád Sanchytriales **:***::* Třída Mucoromycetes (řády Mucorales vč. Cunninghamellales, Endogonales, Mortierellales) ** Podříše Neomycota [=Dikarya ] **:* Kmen Ascomycota - houby vřeckovýtrusé **:* Kmen Basidiomycota - houby stopkovýtrusé.
Plantae
Klasifikace rostlin, naposledy v rámci tohoto systému podrobně publikovaná v r. 1998, byla značně zastaralá a je zde proto uvedena v rozsahu obecnější verze z r. +more 2004, pokrývající pouze nejvyšší taxony, ale aktualizované a revidované (doplněné o Pararhoda) poslední verzí z r. 2022 (podrobný systém s úplným zahrnutím vyšších rostlin, na kterém se však Cavalier-Smith nepodílel, najdete v článku Klasifikace rostlin). Gentianales) * Říše Plantae [=Archaeplastida ] - rostliny ** Podříše Biliphyta (P) *** Infraříše Glaucophyta [Glaucophyta ; Glaucocystaceae ; Glaucocystophyta ] - glaukofyty *** Infraříše Rhodaria **** Kmen Pararhoda ***** Třída Rhodelphea Tikhonenkov, Gawryluk, Mylnikov & Keeling in Gawryluk et al. 2019 ****** Řád Rhodelphales Tikhonenkov, Gawryluk, Mylnikov & Keeling in Gawryluk et al. 2019 orth. em. Cavalier-Smith, 2022 ***** Třída Picomonadea Seenivasan et al. 2013 em. Cavalier-Smith, 2022 [=Picozoa Seenivasan et al. 2013] - zast. pikomonády **** Kmen Rhodophyta [Rhodophyceae ; Rhodoplantae ] - ruduchy, zastarale červené řasy ** Podříše Viridaeplantae [Chloroplastida ; Chlorobionta ; Chlorobiota ] - zelené rostliny *** Infraříše Chlorophyta (v širším smyslu, zahrnuje i Streptophyta kromě vyšších rostlin) (P) - zelené řasy *** Infraříše Cormophyta [Embryophyta ] - vyšší rostliny.
Chromista
Říše Chromista (P) ** Podříše Harosa [=Sar ] *** Infraříše Halvaria **** Nadkmen Heterokonta [=Stramenopiles ] ***** Kmen Gyrista ****** Podkmen Ochrophytina - hnědé řasy v širším smyslu, zastarale barevné řasy (v užším smyslu) ******* Infrakmen Chrysista *******:* Nadtřída Limnistia *******:** Třída Eustigmatophyceae *******:** Třída Chrysomonadea [=Chrysophyceae] - zlativky *******:** Třída Picophagea [=Synchromophyceae ] *******:* Nadtřída Raphidoistia *******:** Třída Raphidomonadea *******:*** Podtřída Raphidophycidae (P) - chloromonády *******:*** Podtřída Raphopoda *******:* Nadtřída Fucistia *******:** Třída Chrysomerophyceae *******:** Třída Xanthophyceae - různobrvky *******:** Třída Aurophyceae *******:*** Podtřída Aurearenophycidae *******:*** Podtřída Phaeothamniophycidae [=Phaeothamniophyceae ] *******:** Třída Phaeophyceae - hnědé řasy v užším smyslu, chaluhy v širším smyslu *******:*** Podtřída Schizocladiophycidae [=Schizocladiophyceae ] *******:*** Podtřída Melanophycidae - chaluhy v užším smyslu (např. řády Ectocarpales, Laminariales, Fucales) ******* Infrakmen Diatomista *******:* Nadtřída Hypogyrista *******:** Třída Dictyochophyceae *******:*** Podtřída Pedinellia [=Pedinellophycidae; =Actinochrysea/ia] *******:*** Podtřída Pelagophycidae *******:*** Podtřída Sulcophycidae *******:** Třída Pinguiophyceae *******:* Nadtřída Khakista +morejpg|náhled|vpravo|300px|Chromista:_rozsivky'>rozsivka Gyrosigma acuminatum (Diatomeae) *******:** Třída Bolidophyceae *******:** Třída Diatomeae [=Bacillariophyceae] - rozsivky *******:*** Podtřída Corethrophycidae *******:*** Podtřída Rhizosoleniophycidae *******:*** Podtřída Eucentricophycidae *******:*** Podtřída Bacillariophycidae [=Pennatophycidae] ****** Podkmen Bigyromonada (P) ******:::* Třída Developea [Biyromonadea ] ******:::*::* Řád Developayellida ******:::* Třída Pirsonea ******:::*::* Řád Pirsoniida ****** Podkmen Pseudofungi ******:::* Třída Oomycetes - řasovky, oomycety ******:::* Třída Hyphochytrea ***** Kmen Bigyra ****** Podkmen Opalozoa ******* Infrakmen Placidozoa *******:* Nadtřída Wobblata *******:** Třída Placididea *******:** Třída Nanomonadea *******:** Třída Opalomonadea [=MAST-12] *******:* Nadtřída Opalinata *******:** Třída Opalinea - opalinky *******:** Třída Blastocystea ******* Infrakmen Bikosia *******::* Třída Bikosea *******::** Podtřída Bikosidia (řády Bicoecida, Anoecida, Pseudodendromonadida, Borokida) *******::** Podtřída Rictidia ****** Podkmen Sagenista ******:::* Třída Eogyrea (MAST-4, MAST-6, MAST-7-11) ******:::* Třída Labyrinthulea - labyrintuly ****** Bigyra incertae sedis: ******:::* Třída Platysulcea ******:::*::* Řád Platysulcida **** Nadkmen Alveolata ***** Kmen Miozoa ****** Podkmen Protalveolata (P) ******:::* Třída Colponemea ******:::*::* Řád Colponemida ******:::*::* Řád Palustrimonadida ******:::* Třída Acavomonadea ******:::*::* Řád Acavomonadida ****** Podkmen Myzozoa ******* Infrakmen Dinozoa ******** Parvkmen Perkinsozoa ********:* Třída Perkinsea ********:*::* Řád Acrocoelida ********:*::* Řád Perkinsida ********:*::* Řád Rastrimonadida ********:* Třída Squirmidea ******** Parvkmen Dinoflagellata - obrněnky ********* Nadtřída Eodina ********** Třída Myzodinea **********::* Řád Myzodinida ********** Třída Oxyrrhea ********* Nadtřída Syndina ********** Třída Endodinea **********::* Řád Ichthyodinida ********** Třída Ellobiopsea ********** Třída Syndinea ********* Nadtřída Dinokaryota ********** Třída Peridinea *********** Podtřída Dinophycidae ************ Infratřída Peridinoidia ************ Infratřída Gymnodinoidia [=Gymnodiniphycidae ] ************* Řád Gymnodiniales ************* Řád Spirodinida ************ Infratřída Epidinia ************* Řád Torodinida *********** Podtřída Karlodinia ********** Třída Sulcodinea **********::* Řád Gyrodinida **********::* Řád Amphidinida ********** Třída Noctilucea ******* Infrakmen Apicomplexa ******** Parvkmen Apicomonada ********:* Třída Apicomonadea ********:** Podtřída Myzomonadia ********:*** Nadřád Chromovoridia ********:**** Řád Algovorida ********:**** Řád Chromerida ********:**** Řád Voracida ********:**** Řád Voromonadida ********:*** Nadřád Paraconoidia ********:**** Řád Colpodellida ********:** Podtřída Vitrelloidia ********:**:* Řád Vitrellida ******** Parvkmen Sporozoa ********:* Třída Paragregarea ********:* Třída Gregarinomorphea - gregariny/hromadinky ********:** Podtřída Histogregaria ********:** Podtřída Cryptogregaria ********:** Podtřída Orthogregarinia ********:* Třída Coccidiomorphea ********:** Podtřída Coccidia - kokcidie ********:** Podtřída Hematozoa [Aconoidasida ] - krvinkovky ***** Kmen Ciliophora - nálevníci ****** Podkmen Intramacronucleata ******* Infrakmen Spirotrichia *******::* Třída Spirotrichea *******::* Třída Cariacotrichea *******::* Třída Armophorea *******::* Třída Litostomatea ******* Infrakmen Ventrata *******::* Třída Phyllopharyngea (včetně Suctoria) *******::* Třída Colpodea , včetně Nassophorea jakožto podtřída Nassophoria *******::* Třída Prostomatea *******::* Třída Plagiopylea *******::* Třída Oligohymenophorea - chudoblanní ******* Infrakmen Protocruzia *******::* Třída Protocruzea *******::** Podtřída Protocruziidia ****** Podkmen Postciliodesmatophora ******:::* Třída Karyorelictea ******:::* Třída Heterotrichea - různobrví *** Infraříše Rhizaria ***:* Kmen Cercozoa - kořenonožci ***:** Podkmen Reticulofilosa (P) ***:**:::* Třída Chlorarachnea ***:**:::*::* Řád Chlorarachnida ***:**:::*::* Řád Minorisida ***:**:::* Třída Granofilosea ***:**:::*::* Řád Cryptofilida ***:**:::*::* Řád Desmothoracida ***:**:::*::* Řád Leucodictyida ***:**:::*::* Řád Limnofilida ***:**:::* Třída Skiomonadea ***:**:::*::* Řád Tremulida ***:**:::*::* Řád Aquavolonida ***:** Podkmen Monadofilosa ***:**::* Nadtřída Eoglissa ***:**::** Třída Metromonadea ***:**::**::* Řád Metopiida ***:**::**::* Řád Metromonadida ***:**::** Třída Helkesea ***:**::**::* Řád Helkesida ***:**::* Nadtřída Ventrifilosa ***:**::** Třída Sarcomonadea ***:**::*** Podtřída Paracercomonada ***:**::***:* Řád Paracercomonadida ***:**::*** Podtřída Pediglissa ***:**::***:* Řád Cercomonadida ***:**::***:* Řád Glissomonadida ***:**::***:** Podřád Allapsina ***:**::***:** Podřád Sandonina ***:**::***:** Podřád Pansomonadina ***:**::** Třída Imbricatea ***:**::*** Podtřída Placonuda ***:**::**** Nadřád Nudisarca ***:**::***** Řád Variglissida ***:**::***** Řád Marimonadida ***:**::**** Nadřád Euglyphia ***:**::***** Řád Euglyphida ***:**::***** Řád Zoelucasida (X) ***:**::**** Nadřád Discomonada ***:**::***** Řád Discomonadida ***:**::*** Podtřída Placoperla ***:**::**** Nadřád Placofila ***:**::***** Řád Thaumatomonadida ***:**::***** Řád Discocelida ***:**::**** Nadřád Perlatia ***:**::***** Řád Spongomonadida ***:**::***** Řád Perlofilida (X) ***:**::*** Podtřída Krakenia ***:**::***:* Řád Krakenida ***:**::** Třída Thecofilosea ***:**::*** Podtřída Ventricleftia ***:**::***:* Řád Ventricleftida ***:**::*** Podtřída Eothecia ***:**::***:* Řád Matazida ***:**::***:* Řád Ebriida ***:**::***:* Řád Cryomonadida ***:**::*** Podtřída Phaeodaria ***:**::***:* Řád Eodarida ***:**::***:* Řád Opaloconchida ***:**::*** Podtřída Tectosia ***:**::***:* Řád Tectofilosida (nepatří sem dříve zahrnovaná Amphitremida, protože se nejedná o Rhizaria, Cercozoa, ale o Heterokonta/Stramenopiles, Labyrinthulea) ***:**::***:** Podřád Fiscullina ***:* Kmen Retaria ***:** Podkmen Endomyxa ***:**::* Nadtřída Marimyxia ***:**::** Třída Gromiidea (P) ***:**::**::* Řád Gromiida ***:**::**::* Řád Reticulosida ***:**::** Třída Ascetosporea ***:**::**::* Řád Claustrosporida (X) ***:**::**::* Řád Haplosporida ***:**::**::* Řád Mikrocytida ***:**::**::* Řád Paradinida ***:**::**::* Řád Paramyxida ***:**::* Nadtřída Proteomyxia ***:**::** Třída Vampyrellidea ***:**::**::* Řád Vampyrellida [=Aconchulinida ] ***:**::** Třída Phytomyxea ***:**::**::* Řád Phagomyxida ***:**::**::* Řád Plasmodiophorida ***:** Podkmen Ectoreta ***:*** Infrakmen Foraminifera - dírkonošci ***:***::* Třída Monothalamea ***:***::* Třída Globothalamea ***:***::* Třída Tubothalamea ***:***::*::* Řád Miliolida ***:***::*::* Řád Spirillinida ***:*** Infrakmen Radiozoa ***:***::* Třída Polycystinea ***:***::*::* Řád Collodarida ***:***::*::* Řád Nassellaria ***:***::*::* Řád Spumellaria ***:***::* Třída Acantharea ***:***::*::* Řád Arthracanthida (včetně Symphyacanthida) ***:***::*::* Řád Chaunacanthida ***:***::*::* Řád Holacanthida ***:***::*::* Řád Acanthoplegmida (X) ***:*** Infrakmen Sticholonchia ***:***::* Třída Sticholonchea ***:***::*::* Řád Taxopodida *** Infraříše Telonemia ***:* Kmen Telonemia Shalchian-Tabrizi et al. 2006 ***:*::::* Třída Telonemea Cavalier-Smith 1993 ** Podříše Hacrobia (P) **::* Kmen Cryptista **::** Podkmen Rollomonadia **::**::* Nadtřída Cryptomonada **::**::** Třída Cryptophyceae **::**::** Třída Goniomonadea **::**::* Nadtřída Leucocrypta [=Kathablepharida ] **::**::** Třída Leucocryptea **::** Podkmen Palpitia **::**:::* Třída Palpitea **::** Podkmen Endohelia **::**::* Nadtřída Endohelia **::**::** Třída Endohelea **::**::**:* Řád Microhelida **::**::**:* Řád Axomonadida **::* Kmen Haptista **::** Podkmen Haptophytina [≈Haptophyta ] **::**:::* Třída Coccolithophyceae [=Prymnesiophyceae ] - kokolitky **::**:::* Třída Pavlovophyceae **::**:::* Třída Rappephyceae - rappemonády **::** Podkmen Heliozoa **::**:::* Třída Centrohelea [=Centroheliozoa ] - centrohelidní slunivky.
Fylogenetické stromy
Níže uvedený fylogenetický strom domény Eukaryota vychází z internetového projektu “Tree of Life” a je upraven podle výsledků aktuálních (r. 2020) fylogenetických analýz, uvedených v odkazech k jednotlivým větvím stromu. +more Názvy větví pokud možno respektují výše uvedenou klasifikaci dle Siny M. Adla a kolektivu z roku 2019, případně systém T. Cavaliera-Smithe k r. 2018. Některé skupiny jsou nově zavedené, jejich definice je zpravidla v první referenci za jménem.
Protože výše uvedené systémy nemusí vždy plně odrážet fylogenetickou strukturu (v jednom kvůli slabosti fylogenetických hypotéz překypují incertae sedis na různých úrovních, druhý připouští nepřirozené taxony) a navzájem se liší, vychází strom i z dalších zdrojů a v některých aspektech se liší: * Jsou zobrazeny i klady vyšší úrovně, tedy sdružení velkých skupin do přirozených „superskupin“ Amorphea (resp. Podiata, zahrnující navíc téměř všechna bývalá Apusozoa kromě ankyromonád) a Diaphoretickes (obdobná dříve zavedené skupině Corticata). +more * Nejsou naopak zobrazeny ještě nadřazenější hypotetické klady Opimoda (exkavátní malawimonády s Podiata) a Diphoda (Diaphoretickes a zbytek exkavát - Discoba a pravděpodobně i metamonády) , neboť o pozici kořene eukaryotického fylogenetického stromu #Kořen fylogenetického stromu eukaryot|není dosud přesvědčivě rozhodnuto. * Excavata nejsou zobrazena jako klad, protože je zpochybněna jejich monofylie, třebaže ji některé dřívější studie potvrzovaly, ale jako tři samostatné vývojové linie Discoba, Metamonada a Malawimonas. * Strom respektuje přirozené umístění rhizarií dovnitř dřívějších chromalveolát (skupina Harosa=Sar: Stramenopila+Alveolata+Rhizaria), namíslo skupiny Hacrobia s nedostatečně potvrzenou přirozeností uvádí pouze její 2 hlavní vývojové větve - Cryptista a Haptista (s určitou průkazností monofyletismu), a to podle aktuálních (2020) představ o jejich přirozeném postavení, tedy Cryptista jako sesterskou skupinu k Archaeplastida a Haptista jako sesterskou k TSAR.
Závorka (P) označuje větve, pro které je monofylie prokázaná zatím velmi nedostatečně, může se tedy jednat o skupiny parafyletické či (výjimečně) polyfyletické.
Kořen fylogenetického stromu eukaryot
Výše uvedený strom nemá (úmyslně) vyznačen kořen (tj. posledního společného předka eukaryot, LECA), protože názory na jeho umístění se liší.
V současnosti ho nejcitovanější hypotézy kladou dovnitř exkavát:
Určitou analytickou podporu nalezly některé další hypotézy, umísťující kořen do jiných míst eukaryotického stromu: * Z analýzy vzácných genomových změn představovaných výjimečnými substitucemi nebo inzercemi či delecemi v sekvencích proteinů homologických napříč eukaryoty a prokaryoty, provedené v r. 2009, vyplynula pozice eukaryotického kořene na bázi skupiny Archaeplastida. +more Tato studie ale trpěla velmi omezeným samplingem a otazníky panovaly i ohledně použité metodologie; obdobná analýza s lepším samplingem pro podporu této hypotézy od té doby dosud provedena nebyla. * Hypotéza s kořenem mezi Opisthokonta a ostatními skupinami byla podpořena novější analýzou, která mezi fylogenetickými stromy pro sérii eukaryotických genových rodin hledala takovou podobu zakořeněné eukaryotické fylogeneze, jež minimalizuje nutný počet genových duplikací a ztrát v evoluční historii analyzovaných genových rodin, i novější (2022) fylogenomickou analýzou 2 786 genů ve 158 eukaryotických liniích. Některé aspekty fylogenetického stromu plynoucího z této analýzy jsou však v přímém rozporu s dobře doloženými příbuzenskými vztahy eukaryot. * Jiným argumentem byla rozdílnost bikontního a unikontního uspořádání cytoskeletu a jeho genetický základ, spolu s předpokladem jednobičíkatého předka. Odtud vycházela hypotetická pozice na bázi superskupiny Amorphea (mezi původními Bikonta a Unikonta). Argumenty však padly současně s prokázáním nepřirozenosti takového základního dělení eukaryot. Ke stejnému umístění kořene dospěla i první analýza využívající jako outgroup pro stanovení pozice kořene eukaryotické fylogeneze genů z dnešních α proteobakterií, ovšem tato analýza trpěla nedostatečným samplingem (mnoho důležitých eukaryotických skupin bylo reprezentováno chabě nebo chybělo úplně) a nepřesvědčivými hodnotami statistické podpory získaných výsledků.
Odkazy
Poznámky
Reference
Externí odkazy
[url=http://taxonomicon. taxonomy. +morenl/TaxonTree. aspx. id=639749]Klasifikace eukaryot na Taxonomiconu (lze si vybrat z několika systémů)[/url] * [url=http://tolweb. org/Eukaryotes/3]Eukaryota v projektu Tree of Life (Strom života)[/url] * [url=http://www. shigen. nig. ac. jp/algae_tree/TreeE. html]Moderní interaktivní fylogenetický strom organismů Tree to Strain[/url] * [url=http://www. vesmir. cz/clanek/rad-z-chaosu]Řád z chaosu (článek časopisu Vesmír z r. 2010, zabývající se aktuálním členěním a fylogenezí eukaryot)[/url] * [url=http://ziva. avcr. cz/2016-1/promeny-vyssi-systematiky-eukaryot-a-jeji-odraz-ve-stredoskolske-biologii. html]Proměny vyšší systematiky eukaryot a její odraz ve středoškolské biologii (článek časopisu Živa z r. 2016)[/url]. [url=http://ziva. avcr. cz/files/ziva/pdf/promeny-vyssi-systematiky-eukaryot-a-jeji-odraz-ve. pdf]Dostupné online ve formátu PDF. [/url].
Kategorie:Eukaryota Kategorie:Biologická systematika Kategorie:Strom života Kategorie:Klasifikační systémy